# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.496 0.180 0.121 0.078 0.058 0.032 0.017 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 2 M 0.252 0.147 0.150 0.144 0.142 0.071 0.045 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 V 0.175 0.091 0.096 0.150 0.163 0.132 0.087 0.055 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 4 S 0.336 0.181 0.162 0.125 0.090 0.050 0.028 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 P 0.326 0.121 0.118 0.131 0.117 0.081 0.045 0.026 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 6 E 0.471 0.200 0.120 0.089 0.063 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.330 0.186 0.152 0.135 0.091 0.049 0.027 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 8 A 0.154 0.088 0.119 0.139 0.165 0.145 0.092 0.051 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 9 V 0.320 0.145 0.123 0.142 0.118 0.072 0.038 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 K 0.462 0.224 0.135 0.080 0.050 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.067 0.056 0.086 0.165 0.217 0.190 0.104 0.057 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 12 G 0.149 0.143 0.186 0.176 0.157 0.092 0.050 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 E 0.489 0.204 0.119 0.086 0.051 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.161 0.172 0.150 0.184 0.153 0.089 0.049 0.025 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 F 0.017 0.018 0.039 0.091 0.170 0.221 0.189 0.136 0.081 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 16 D 0.208 0.244 0.204 0.156 0.097 0.047 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.418 0.274 0.164 0.071 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.028 0.028 0.051 0.154 0.253 0.199 0.133 0.095 0.040 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 19 L 0.046 0.053 0.093 0.183 0.213 0.168 0.131 0.065 0.031 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 20 S 0.562 0.223 0.105 0.058 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.282 0.194 0.166 0.157 0.097 0.058 0.026 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 R 0.550 0.213 0.124 0.052 0.033 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.383 0.236 0.163 0.098 0.064 0.033 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.161 0.085 0.086 0.128 0.181 0.158 0.099 0.049 0.039 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 25 L 0.096 0.135 0.150 0.214 0.189 0.111 0.056 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.552 0.276 0.111 0.032 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.071 0.069 0.115 0.158 0.206 0.169 0.114 0.069 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 28 F 0.016 0.019 0.044 0.103 0.184 0.216 0.223 0.104 0.063 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 29 T 0.234 0.247 0.204 0.138 0.096 0.043 0.021 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.458 0.286 0.135 0.067 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.068 0.057 0.091 0.179 0.225 0.177 0.108 0.059 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.036 0.043 0.080 0.173 0.244 0.175 0.132 0.059 0.042 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 33 K 0.536 0.239 0.118 0.062 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 T 0.579 0.231 0.109 0.043 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.217 0.144 0.137 0.172 0.180 0.083 0.036 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.165 0.111 0.148 0.160 0.192 0.107 0.058 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.310 0.122 0.130 0.148 0.122 0.082 0.042 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 38 E 0.308 0.170 0.134 0.144 0.121 0.057 0.028 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.163 0.116 0.116 0.167 0.159 0.112 0.066 0.050 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 40 N 0.084 0.073 0.077 0.156 0.199 0.154 0.105 0.073 0.045 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 41 I 0.066 0.033 0.047 0.076 0.101 0.167 0.165 0.131 0.097 0.057 0.033 0.016 0.009 0.002 42 E 0.091 0.083 0.116 0.158 0.187 0.138 0.097 0.061 0.036 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 43 F 0.026 0.019 0.032 0.062 0.106 0.154 0.150 0.153 0.128 0.090 0.048 0.020 0.009 0.003 44 W 0.025 0.030 0.049 0.123 0.200 0.204 0.147 0.090 0.076 0.039 0.010 0.005 0.002 0.001 45 I 0.129 0.132 0.132 0.165 0.158 0.100 0.071 0.050 0.032 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 46 A 0.056 0.077 0.097 0.177 0.174 0.164 0.122 0.082 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 47 C 0.013 0.016 0.033 0.092 0.146 0.179 0.187 0.141 0.127 0.052 0.010 0.002 0.001 0.001 48 E 0.191 0.176 0.185 0.179 0.123 0.075 0.038 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 D 0.374 0.265 0.162 0.093 0.061 0.024 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 F 0.035 0.029 0.058 0.159 0.200 0.190 0.175 0.111 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.246 0.169 0.248 0.135 0.107 0.051 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.591 0.162 0.103 0.075 0.043 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.472 0.173 0.098 0.122 0.074 0.036 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.625 0.199 0.091 0.051 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 G 0.682 0.184 0.089 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 P 0.538 0.170 0.129 0.075 0.055 0.021 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 Q 0.724 0.173 0.056 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.475 0.262 0.122 0.070 0.044 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 I 0.066 0.045 0.080 0.142 0.216 0.184 0.136 0.087 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 60 H 0.082 0.104 0.204 0.195 0.195 0.125 0.056 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.688 0.165 0.065 0.037 0.026 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.047 0.095 0.132 0.274 0.219 0.118 0.069 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.006 0.005 0.013 0.049 0.118 0.245 0.219 0.143 0.159 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 64 K 0.135 0.225 0.235 0.231 0.110 0.039 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.630 0.256 0.094 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.020 0.027 0.054 0.157 0.287 0.245 0.111 0.075 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.017 0.036 0.062 0.211 0.266 0.148 0.138 0.068 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 68 E 0.530 0.311 0.100 0.034 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.306 0.350 0.203 0.082 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.067 0.046 0.106 0.144 0.229 0.177 0.126 0.069 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 71 I 0.046 0.054 0.068 0.134 0.244 0.199 0.130 0.068 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.332 0.187 0.137 0.137 0.083 0.058 0.031 0.016 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 73 T 0.425 0.195 0.141 0.103 0.068 0.034 0.017 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 74 D 0.356 0.204 0.171 0.106 0.083 0.039 0.020 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 75 A 0.160 0.107 0.131 0.151 0.164 0.130 0.072 0.040 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 76 P 0.201 0.137 0.136 0.138 0.149 0.087 0.068 0.039 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 77 K 0.229 0.109 0.103 0.136 0.124 0.104 0.070 0.048 0.028 0.024 0.016 0.004 0.002 0.001 78 E 0.137 0.115 0.131 0.160 0.185 0.093 0.070 0.040 0.035 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 79 V 0.058 0.022 0.033 0.060 0.084 0.143 0.126 0.172 0.099 0.105 0.049 0.027 0.019 0.004 80 N 0.138 0.107 0.112 0.170 0.173 0.094 0.077 0.054 0.040 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 81 L 0.049 0.025 0.037 0.088 0.104 0.168 0.133 0.107 0.093 0.109 0.057 0.021 0.008 0.002 82 D 0.193 0.162 0.159 0.153 0.147 0.085 0.046 0.020 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 83 F 0.286 0.150 0.131 0.146 0.108 0.068 0.045 0.030 0.016 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 84 H 0.286 0.215 0.172 0.123 0.090 0.053 0.031 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.079 0.064 0.093 0.133 0.179 0.177 0.115 0.076 0.051 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 86 K 0.121 0.132 0.162 0.200 0.181 0.098 0.054 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 87 E 0.698 0.191 0.064 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.150 0.166 0.183 0.192 0.157 0.074 0.044 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.032 0.024 0.048 0.094 0.171 0.218 0.182 0.134 0.066 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 90 T 0.248 0.228 0.210 0.161 0.088 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 N 0.746 0.155 0.060 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.166 0.152 0.149 0.177 0.195 0.087 0.040 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.064 0.051 0.082 0.136 0.177 0.181 0.155 0.099 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 94 T 0.437 0.224 0.148 0.085 0.053 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.444 0.164 0.150 0.096 0.072 0.036 0.019 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 96 P 0.180 0.115 0.115 0.155 0.164 0.119 0.070 0.044 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 97 T 0.141 0.121 0.118 0.139 0.158 0.130 0.088 0.054 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 98 L 0.144 0.112 0.122 0.156 0.149 0.128 0.084 0.048 0.028 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 99 H 0.316 0.172 0.154 0.116 0.091 0.068 0.039 0.020 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 100 S 0.042 0.038 0.056 0.118 0.175 0.185 0.142 0.108 0.075 0.032 0.017 0.007 0.003 0.001 101 F 0.024 0.028 0.048 0.099 0.148 0.214 0.195 0.112 0.083 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 102 D 0.363 0.293 0.163 0.091 0.048 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.239 0.273 0.229 0.118 0.069 0.038 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.015 0.014 0.029 0.090 0.173 0.237 0.202 0.144 0.074 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.038 0.082 0.167 0.240 0.220 0.127 0.076 0.028 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.656 0.232 0.080 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.051 0.116 0.180 0.256 0.202 0.101 0.057 0.028 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.011 0.011 0.027 0.065 0.150 0.228 0.250 0.141 0.097 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.077 0.140 0.140 0.254 0.208 0.100 0.044 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.644 0.249 0.083 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.121 0.102 0.144 0.179 0.221 0.137 0.051 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 112 M 0.056 0.059 0.093 0.170 0.213 0.165 0.143 0.062 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 113 E 0.508 0.275 0.107 0.056 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.496 0.251 0.146 0.056 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 D 0.316 0.168 0.177 0.118 0.112 0.060 0.027 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 S 0.131 0.081 0.081 0.121 0.203 0.165 0.093 0.063 0.037 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 117 Y 0.140 0.108 0.102 0.183 0.167 0.123 0.081 0.042 0.029 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 118 T 0.464 0.197 0.131 0.080 0.048 0.033 0.021 0.010 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 119 R 0.264 0.188 0.189 0.126 0.103 0.062 0.034 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 120 F 0.214 0.095 0.109 0.119 0.153 0.122 0.082 0.058 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 121 L 0.151 0.119 0.139 0.197 0.169 0.106 0.062 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 122 K 0.434 0.191 0.115 0.104 0.066 0.044 0.021 0.009 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 123 S 0.320 0.237 0.157 0.141 0.079 0.035 0.016 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 124 D 0.643 0.245 0.081 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.217 0.173 0.197 0.133 0.136 0.083 0.035 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.054 0.044 0.069 0.137 0.228 0.184 0.147 0.078 0.043 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 127 L 0.324 0.281 0.152 0.123 0.067 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.603 0.264 0.094 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.074 0.054 0.091 0.165 0.239 0.185 0.099 0.057 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 130 M 0.065 0.059 0.106 0.173 0.224 0.168 0.120 0.045 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 131 E 0.601 0.199 0.099 0.051 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.462 0.220 0.146 0.081 0.047 0.024 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001