# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.097 0.117 0.131 0.150 0.132 0.093 0.052 0.042 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 2 T 0.295 0.157 0.130 0.136 0.111 0.078 0.045 0.024 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 3 D 0.367 0.243 0.161 0.103 0.063 0.029 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 W 0.058 0.049 0.078 0.129 0.173 0.192 0.142 0.093 0.055 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 5 Q 0.098 0.121 0.169 0.190 0.191 0.113 0.060 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.577 0.232 0.099 0.047 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.098 0.104 0.127 0.203 0.206 0.118 0.078 0.046 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 L 0.015 0.014 0.035 0.079 0.145 0.206 0.229 0.157 0.081 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 9 D 0.218 0.212 0.199 0.170 0.104 0.052 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.634 0.202 0.088 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 H 0.113 0.105 0.121 0.190 0.215 0.125 0.069 0.034 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 12 V 0.072 0.064 0.106 0.155 0.191 0.171 0.125 0.073 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 13 G 0.476 0.190 0.136 0.084 0.057 0.029 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.345 0.134 0.121 0.137 0.106 0.076 0.040 0.018 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 15 G 0.215 0.146 0.139 0.153 0.153 0.089 0.051 0.027 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 V 0.131 0.103 0.135 0.161 0.165 0.138 0.081 0.049 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 17 R 0.469 0.202 0.119 0.085 0.062 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.107 0.115 0.151 0.195 0.170 0.120 0.072 0.042 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 T 0.021 0.020 0.036 0.081 0.158 0.214 0.197 0.143 0.096 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 20 R 0.107 0.163 0.197 0.210 0.162 0.085 0.040 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.454 0.321 0.144 0.047 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.008 0.014 0.030 0.117 0.211 0.242 0.170 0.136 0.054 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 23 I 0.008 0.020 0.047 0.159 0.197 0.191 0.183 0.097 0.070 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 24 R 0.482 0.370 0.107 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.190 0.217 0.246 0.152 0.110 0.050 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.021 0.024 0.070 0.208 0.282 0.179 0.135 0.059 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.423 0.266 0.179 0.073 0.035 0.015 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.728 0.178 0.049 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.736 0.221 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.515 0.260 0.139 0.040 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.188 0.098 0.126 0.167 0.205 0.115 0.067 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.595 0.200 0.107 0.047 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.479 0.163 0.118 0.107 0.075 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.336 0.169 0.142 0.136 0.111 0.053 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 P 0.217 0.104 0.138 0.147 0.157 0.116 0.056 0.034 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 36 I 0.311 0.127 0.109 0.151 0.128 0.083 0.042 0.023 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.420 0.187 0.126 0.114 0.072 0.040 0.019 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 38 G 0.330 0.183 0.147 0.123 0.090 0.060 0.032 0.017 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 39 K 0.158 0.136 0.146 0.165 0.171 0.111 0.056 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 40 R 0.264 0.169 0.135 0.139 0.107 0.078 0.052 0.028 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 41 S 0.106 0.097 0.118 0.152 0.167 0.160 0.100 0.061 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 42 V 0.029 0.018 0.031 0.061 0.119 0.171 0.189 0.167 0.124 0.053 0.021 0.010 0.005 0.001 43 Y 0.057 0.075 0.104 0.171 0.185 0.177 0.119 0.059 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 44 E 0.160 0.173 0.172 0.140 0.140 0.088 0.054 0.030 0.021 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 45 V 0.021 0.019 0.040 0.097 0.123 0.174 0.236 0.199 0.050 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 46 A 0.023 0.019 0.039 0.062 0.116 0.172 0.225 0.177 0.098 0.044 0.013 0.008 0.003 0.001 47 V 0.077 0.082 0.086 0.128 0.165 0.134 0.111 0.111 0.057 0.029 0.009 0.006 0.003 0.001 48 H 0.082 0.065 0.089 0.125 0.128 0.156 0.138 0.093 0.054 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 49 L 0.042 0.023 0.040 0.086 0.143 0.159 0.158 0.107 0.122 0.078 0.023 0.012 0.004 0.003 50 A 0.088 0.049 0.060 0.083 0.107 0.143 0.140 0.126 0.097 0.045 0.031 0.017 0.010 0.004 51 V 0.121 0.088 0.091 0.139 0.143 0.131 0.102 0.073 0.050 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 52 L 0.079 0.049 0.058 0.094 0.121 0.149 0.155 0.108 0.084 0.050 0.030 0.014 0.006 0.003 53 L 0.086 0.062 0.091 0.121 0.171 0.164 0.122 0.071 0.054 0.030 0.016 0.006 0.003 0.002 54 E 0.165 0.119 0.128 0.136 0.156 0.102 0.074 0.046 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.002 55 A 0.123 0.054 0.072 0.102 0.123 0.149 0.118 0.088 0.068 0.051 0.025 0.015 0.009 0.003 56 D 0.074 0.059 0.074 0.144 0.178 0.132 0.129 0.079 0.070 0.034 0.016 0.008 0.003 0.002 57 L 0.056 0.040 0.055 0.086 0.105 0.149 0.146 0.126 0.092 0.064 0.048 0.020 0.010 0.003 58 R 0.227 0.162 0.142 0.139 0.112 0.078 0.056 0.038 0.023 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 59 I 0.085 0.067 0.086 0.136 0.162 0.134 0.122 0.087 0.055 0.036 0.018 0.007 0.003 0.002 60 A 0.055 0.037 0.059 0.094 0.147 0.186 0.158 0.117 0.075 0.041 0.017 0.008 0.004 0.001 61 T 0.209 0.167 0.168 0.172 0.123 0.070 0.047 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 62 G 0.336 0.155 0.143 0.123 0.104 0.061 0.036 0.018 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 63 A 0.303 0.169 0.145 0.149 0.112 0.062 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 T 0.392 0.205 0.145 0.104 0.072 0.038 0.021 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.219 0.104 0.132 0.142 0.153 0.113 0.066 0.037 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 66 D 0.486 0.205 0.121 0.083 0.052 0.025 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.364 0.185 0.151 0.110 0.089 0.046 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 M 0.149 0.090 0.098 0.147 0.171 0.129 0.095 0.067 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 69 A 0.185 0.117 0.129 0.145 0.137 0.110 0.079 0.046 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 70 Q 0.337 0.156 0.133 0.123 0.095 0.066 0.040 0.023 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 71 F 0.186 0.110 0.131 0.146 0.157 0.105 0.068 0.042 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.151 0.088 0.095 0.140 0.156 0.131 0.089 0.077 0.035 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 73 A 0.278 0.168 0.142 0.139 0.112 0.067 0.041 0.025 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 74 V 0.166 0.096 0.128 0.160 0.158 0.121 0.075 0.042 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 75 P 0.280 0.139 0.142 0.133 0.126 0.085 0.045 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 76 V 0.442 0.187 0.132 0.104 0.070 0.030 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.193 0.134 0.136 0.183 0.151 0.100 0.052 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 78 P 0.109 0.091 0.129 0.190 0.187 0.144 0.071 0.036 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 79 E 0.709 0.192 0.057 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.426 0.345 0.147 0.054 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.028 0.025 0.047 0.106 0.212 0.273 0.152 0.093 0.054 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 82 V 0.068 0.127 0.212 0.279 0.191 0.066 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.848 0.132 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.057 0.126 0.172 0.237 0.241 0.104 0.041 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.011 0.016 0.048 0.113 0.185 0.210 0.247 0.115 0.044 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 86 D 0.547 0.299 0.103 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.504 0.321 0.131 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 S 0.016 0.019 0.040 0.105 0.245 0.277 0.155 0.093 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.022 0.068 0.145 0.246 0.257 0.130 0.082 0.033 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.759 0.193 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.064 0.112 0.174 0.240 0.222 0.106 0.053 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.015 0.018 0.050 0.118 0.197 0.221 0.220 0.101 0.045 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.353 0.277 0.171 0.101 0.054 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.718 0.183 0.065 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.225 0.153 0.189 0.165 0.154 0.069 0.028 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.213 0.145 0.181 0.154 0.149 0.088 0.042 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.526 0.181 0.103 0.091 0.058 0.024 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.716 0.187 0.053 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.422 0.250 0.165 0.079 0.052 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.077 0.051 0.094 0.155 0.228 0.190 0.111 0.060 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 101 S 0.374 0.192 0.166 0.109 0.081 0.041 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.527 0.164 0.097 0.085 0.058 0.032 0.016 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 E 0.138 0.131 0.128 0.179 0.185 0.094 0.065 0.036 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 104 T 0.057 0.038 0.061 0.094 0.127 0.180 0.147 0.153 0.063 0.046 0.021 0.008 0.004 0.001 105 T 0.236 0.158 0.140 0.137 0.120 0.081 0.055 0.031 0.019 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 106 Y 0.088 0.047 0.069 0.113 0.144 0.151 0.117 0.084 0.073 0.063 0.032 0.013 0.005 0.002 107 W 0.119 0.092 0.098 0.146 0.156 0.138 0.096 0.064 0.043 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 108 G 0.249 0.142 0.127 0.127 0.105 0.084 0.062 0.045 0.029 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 109 V 0.188 0.112 0.122 0.146 0.143 0.115 0.072 0.044 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 110 T 0.335 0.177 0.151 0.115 0.094 0.058 0.031 0.017 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 111 D 0.290 0.158 0.151 0.135 0.112 0.065 0.039 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 112 S 0.281 0.150 0.124 0.133 0.110 0.089 0.052 0.033 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 113 T 0.153 0.121 0.115 0.149 0.157 0.114 0.076 0.055 0.034 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 114 T 0.107 0.088 0.104 0.138 0.149 0.151 0.118 0.073 0.035 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 115 G 0.210 0.168 0.154 0.126 0.116 0.085 0.061 0.036 0.022 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 116 W 0.060 0.046 0.072 0.110 0.143 0.168 0.151 0.121 0.057 0.034 0.021 0.010 0.005 0.002 117 L 0.039 0.024 0.036 0.065 0.113 0.150 0.177 0.154 0.112 0.062 0.033 0.022 0.008 0.003 118 L 0.068 0.057 0.064 0.105 0.123 0.140 0.137 0.121 0.082 0.049 0.027 0.016 0.007 0.003 119 E 0.123 0.093 0.109 0.127 0.134 0.123 0.098 0.071 0.053 0.033 0.020 0.011 0.004 0.002 120 A 0.065 0.037 0.051 0.092 0.135 0.150 0.131 0.120 0.098 0.067 0.030 0.015 0.006 0.003 121 A 0.078 0.047 0.066 0.103 0.139 0.162 0.144 0.095 0.077 0.045 0.022 0.014 0.005 0.003 122 V 0.160 0.109 0.106 0.138 0.145 0.112 0.083 0.065 0.043 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 123 H 0.152 0.090 0.095 0.132 0.135 0.135 0.100 0.064 0.044 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 124 L 0.177 0.113 0.115 0.151 0.153 0.114 0.071 0.040 0.037 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 125 Y 0.217 0.117 0.113 0.130 0.128 0.103 0.073 0.050 0.037 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 126 H 0.269 0.136 0.130 0.124 0.105 0.088 0.063 0.043 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 127 H 0.209 0.099 0.104 0.122 0.130 0.111 0.085 0.058 0.040 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 128 R 0.191 0.110 0.111 0.133 0.144 0.117 0.082 0.049 0.032 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 129 S 0.296 0.134 0.116 0.108 0.101 0.081 0.064 0.040 0.029 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 130 Q 0.161 0.096 0.105 0.128 0.138 0.128 0.099 0.064 0.041 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 131 L 0.062 0.037 0.051 0.089 0.149 0.165 0.151 0.103 0.090 0.051 0.029 0.014 0.006 0.003 132 L 0.124 0.080 0.090 0.121 0.139 0.143 0.120 0.072 0.053 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 133 D 0.157 0.125 0.133 0.152 0.148 0.105 0.070 0.048 0.029 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 134 Y 0.040 0.029 0.041 0.095 0.134 0.166 0.173 0.134 0.105 0.051 0.021 0.008 0.003 0.002 135 L 0.063 0.059 0.085 0.135 0.173 0.176 0.123 0.081 0.059 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 136 N 0.327 0.234 0.168 0.116 0.072 0.035 0.023 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.105 0.084 0.104 0.156 0.175 0.137 0.104 0.070 0.039 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 138 L 0.056 0.049 0.089 0.150 0.184 0.177 0.153 0.075 0.037 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 139 G 0.373 0.203 0.169 0.093 0.070 0.039 0.026 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 140 Y 0.182 0.097 0.116 0.165 0.163 0.127 0.066 0.036 0.021 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 141 D 0.354 0.190 0.131 0.116 0.095 0.048 0.028 0.014 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 142 I 0.142 0.084 0.100 0.135 0.147 0.145 0.090 0.073 0.039 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 143 K 0.243 0.156 0.132 0.133 0.128 0.084 0.054 0.030 0.021 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 144 L 0.183 0.101 0.119 0.141 0.136 0.113 0.073 0.048 0.033 0.027 0.016 0.005 0.003 0.001 145 D 0.309 0.168 0.144 0.128 0.100 0.061 0.041 0.023 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 146 L 0.103 0.057 0.065 0.108 0.145 0.162 0.116 0.091 0.075 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 147 F 0.106 0.088 0.096 0.159 0.153 0.153 0.114 0.056 0.034 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 148 E 0.465 0.224 0.140 0.070 0.041 0.025 0.017 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001