# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.484 0.171 0.113 0.105 0.063 0.032 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.377 0.274 0.146 0.105 0.054 0.025 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 L 0.061 0.063 0.095 0.174 0.198 0.195 0.104 0.052 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 4 K 0.665 0.225 0.071 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.389 0.353 0.181 0.049 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.016 0.015 0.027 0.086 0.217 0.280 0.170 0.100 0.078 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 7 M 0.065 0.162 0.225 0.287 0.169 0.048 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.807 0.171 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.042 0.082 0.141 0.210 0.286 0.161 0.052 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.015 0.024 0.054 0.183 0.293 0.158 0.151 0.070 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.476 0.357 0.105 0.041 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.449 0.310 0.166 0.044 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.031 0.048 0.107 0.183 0.256 0.191 0.101 0.053 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 14 K 0.102 0.129 0.137 0.115 0.164 0.138 0.114 0.058 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 15 V 0.026 0.029 0.042 0.089 0.156 0.173 0.153 0.127 0.090 0.060 0.029 0.014 0.009 0.004 16 G 0.018 0.015 0.024 0.047 0.070 0.111 0.165 0.113 0.130 0.086 0.086 0.080 0.032 0.022 17 V 0.006 0.004 0.010 0.018 0.034 0.064 0.097 0.124 0.172 0.175 0.127 0.094 0.046 0.030 18 F 0.007 0.004 0.007 0.012 0.027 0.047 0.071 0.143 0.154 0.136 0.140 0.126 0.083 0.042 19 A 0.017 0.011 0.016 0.030 0.041 0.068 0.081 0.112 0.120 0.157 0.131 0.108 0.078 0.033 20 T 0.013 0.021 0.027 0.097 0.147 0.135 0.167 0.125 0.116 0.082 0.036 0.020 0.006 0.008 21 L 0.010 0.014 0.026 0.064 0.090 0.175 0.208 0.155 0.121 0.066 0.047 0.015 0.005 0.003 22 D 0.118 0.158 0.192 0.169 0.140 0.102 0.060 0.033 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.283 0.221 0.157 0.136 0.104 0.048 0.023 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 24 Y 0.223 0.193 0.144 0.173 0.122 0.070 0.035 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 G 0.490 0.226 0.139 0.063 0.036 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.336 0.199 0.199 0.099 0.083 0.043 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 P 0.124 0.065 0.084 0.118 0.172 0.155 0.117 0.074 0.040 0.027 0.014 0.005 0.003 0.001 28 H 0.063 0.077 0.085 0.135 0.178 0.140 0.119 0.088 0.049 0.031 0.018 0.010 0.004 0.003 29 A 0.032 0.020 0.025 0.046 0.067 0.102 0.138 0.153 0.134 0.112 0.073 0.063 0.024 0.010 30 R 0.032 0.029 0.044 0.074 0.084 0.110 0.133 0.146 0.122 0.091 0.069 0.038 0.018 0.010 31 H 0.019 0.013 0.020 0.030 0.054 0.084 0.094 0.106 0.126 0.126 0.138 0.115 0.045 0.032 32 A 0.018 0.009 0.013 0.019 0.031 0.059 0.091 0.131 0.149 0.154 0.131 0.106 0.066 0.023 33 H 0.026 0.032 0.046 0.087 0.121 0.114 0.140 0.135 0.105 0.077 0.052 0.035 0.016 0.014 34 I 0.019 0.017 0.028 0.050 0.076 0.134 0.137 0.142 0.127 0.119 0.084 0.039 0.018 0.010 35 T 0.039 0.049 0.068 0.142 0.204 0.164 0.122 0.090 0.065 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 36 A 0.063 0.084 0.100 0.195 0.169 0.138 0.104 0.059 0.048 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 37 A 0.114 0.139 0.153 0.203 0.151 0.111 0.058 0.034 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 38 N 0.227 0.262 0.178 0.161 0.082 0.043 0.022 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.333 0.296 0.186 0.087 0.052 0.023 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.223 0.228 0.187 0.124 0.102 0.066 0.033 0.017 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 41 G 0.050 0.062 0.084 0.139 0.230 0.156 0.111 0.057 0.054 0.029 0.016 0.006 0.002 0.002 42 I 0.006 0.006 0.011 0.028 0.059 0.090 0.124 0.186 0.164 0.125 0.107 0.053 0.031 0.011 43 F 0.007 0.007 0.012 0.026 0.039 0.060 0.097 0.142 0.151 0.134 0.126 0.119 0.051 0.030 44 F 0.005 0.003 0.004 0.008 0.013 0.026 0.039 0.112 0.142 0.199 0.193 0.154 0.074 0.029 45 M 0.009 0.007 0.011 0.022 0.039 0.051 0.072 0.121 0.159 0.163 0.135 0.127 0.056 0.028 46 T 0.014 0.016 0.023 0.052 0.071 0.116 0.140 0.134 0.141 0.124 0.096 0.042 0.018 0.012 47 S 0.072 0.079 0.096 0.130 0.165 0.138 0.100 0.066 0.081 0.033 0.025 0.009 0.003 0.002 48 P 0.143 0.177 0.169 0.181 0.122 0.078 0.055 0.032 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 49 E 0.294 0.260 0.164 0.095 0.078 0.053 0.025 0.014 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 50 T 0.251 0.220 0.196 0.142 0.108 0.041 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.482 0.206 0.143 0.074 0.045 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 F 0.110 0.084 0.110 0.144 0.219 0.145 0.077 0.055 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 53 Y 0.070 0.068 0.075 0.166 0.187 0.138 0.116 0.100 0.043 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 54 D 0.529 0.288 0.100 0.045 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.240 0.187 0.210 0.133 0.110 0.060 0.033 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.049 0.033 0.066 0.121 0.211 0.210 0.155 0.090 0.039 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 57 M 0.154 0.161 0.189 0.193 0.149 0.077 0.042 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.370 0.174 0.145 0.127 0.092 0.046 0.022 0.011 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 D 0.156 0.205 0.170 0.196 0.144 0.064 0.030 0.014 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.102 0.090 0.121 0.138 0.144 0.148 0.104 0.078 0.037 0.021 0.013 0.003 0.002 0.001 61 R 0.030 0.050 0.063 0.131 0.209 0.174 0.117 0.083 0.065 0.042 0.020 0.009 0.004 0.003 62 V 0.007 0.005 0.009 0.021 0.034 0.067 0.113 0.122 0.155 0.139 0.143 0.109 0.055 0.022 63 A 0.004 0.006 0.012 0.031 0.051 0.066 0.114 0.199 0.166 0.136 0.098 0.057 0.033 0.024 64 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.026 0.065 0.095 0.150 0.219 0.219 0.133 0.065 65 T 0.005 0.004 0.007 0.016 0.029 0.045 0.070 0.129 0.143 0.177 0.130 0.118 0.077 0.050 66 A 0.006 0.008 0.012 0.033 0.051 0.072 0.099 0.109 0.150 0.151 0.140 0.101 0.037 0.033 67 I 0.012 0.016 0.025 0.066 0.087 0.169 0.159 0.146 0.149 0.073 0.060 0.023 0.009 0.005 68 S 0.082 0.150 0.123 0.193 0.151 0.109 0.073 0.043 0.042 0.014 0.013 0.004 0.001 0.001 69 E 0.239 0.278 0.184 0.120 0.074 0.045 0.027 0.014 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 70 E 0.279 0.332 0.203 0.088 0.050 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.336 0.259 0.194 0.076 0.058 0.038 0.021 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.059 0.058 0.092 0.125 0.227 0.172 0.115 0.080 0.037 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 73 L 0.039 0.040 0.049 0.096 0.151 0.142 0.152 0.138 0.082 0.055 0.028 0.017 0.007 0.003 74 I 0.027 0.035 0.040 0.071 0.088 0.110 0.126 0.192 0.122 0.090 0.050 0.031 0.014 0.005 75 Q 0.036 0.036 0.057 0.076 0.087 0.097 0.109 0.106 0.117 0.100 0.083 0.059 0.021 0.015 76 V 0.011 0.012 0.020 0.037 0.072 0.095 0.112 0.129 0.152 0.139 0.100 0.071 0.029 0.020 77 V 0.012 0.007 0.011 0.020 0.030 0.059 0.090 0.101 0.144 0.158 0.149 0.109 0.073 0.035 78 R 0.012 0.018 0.030 0.063 0.100 0.105 0.161 0.169 0.132 0.087 0.055 0.035 0.017 0.017 79 V 0.007 0.004 0.007 0.011 0.021 0.050 0.064 0.110 0.144 0.195 0.188 0.108 0.070 0.023 80 E 0.023 0.035 0.055 0.111 0.174 0.132 0.132 0.105 0.095 0.066 0.028 0.023 0.011 0.010 81 G 0.041 0.024 0.026 0.054 0.068 0.091 0.108 0.126 0.122 0.157 0.093 0.054 0.025 0.012 82 T 0.029 0.042 0.061 0.126 0.172 0.156 0.158 0.122 0.071 0.035 0.015 0.008 0.003 0.003 83 A 0.029 0.021 0.031 0.054 0.078 0.134 0.162 0.139 0.118 0.105 0.073 0.034 0.017 0.005 84 R 0.076 0.096 0.147 0.184 0.179 0.124 0.094 0.052 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 85 P 0.153 0.093 0.095 0.124 0.143 0.128 0.089 0.074 0.047 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 86 V 0.102 0.091 0.108 0.169 0.182 0.143 0.088 0.060 0.032 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 87 E 0.289 0.174 0.136 0.136 0.114 0.065 0.037 0.023 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 88 N 0.325 0.179 0.168 0.139 0.095 0.045 0.024 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 D 0.520 0.197 0.120 0.071 0.041 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.184 0.127 0.155 0.142 0.169 0.099 0.059 0.036 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 91 L 0.078 0.055 0.080 0.131 0.178 0.174 0.135 0.097 0.038 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 92 K 0.272 0.194 0.150 0.132 0.116 0.061 0.033 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 T 0.263 0.171 0.142 0.156 0.114 0.062 0.037 0.026 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 94 V 0.099 0.076 0.101 0.156 0.169 0.151 0.107 0.075 0.040 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 95 F 0.085 0.057 0.080 0.127 0.158 0.170 0.131 0.093 0.053 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 96 A 0.328 0.220 0.163 0.120 0.071 0.043 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 D 0.299 0.190 0.156 0.117 0.102 0.067 0.032 0.014 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 98 N 0.167 0.156 0.176 0.164 0.163 0.081 0.046 0.022 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 99 P 0.229 0.125 0.117 0.139 0.124 0.109 0.070 0.045 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 100 Y 0.091 0.086 0.100 0.153 0.195 0.145 0.101 0.058 0.041 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 101 Y 0.036 0.029 0.045 0.087 0.125 0.166 0.167 0.137 0.091 0.062 0.037 0.012 0.006 0.001 102 Q 0.304 0.242 0.165 0.116 0.073 0.044 0.028 0.013 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 103 H 0.200 0.163 0.193 0.142 0.127 0.073 0.045 0.028 0.015 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 104 I 0.035 0.026 0.045 0.107 0.191 0.202 0.152 0.153 0.055 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 105 Y 0.076 0.093 0.154 0.242 0.208 0.110 0.058 0.028 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 106 K 0.568 0.190 0.096 0.080 0.036 0.016 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.529 0.280 0.100 0.062 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.567 0.261 0.107 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 S 0.576 0.258 0.108 0.031 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.343 0.234 0.168 0.121 0.085 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.336 0.246 0.158 0.097 0.077 0.043 0.025 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 112 T 0.047 0.062 0.090 0.135 0.229 0.174 0.114 0.065 0.038 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 113 M 0.013 0.012 0.021 0.050 0.082 0.125 0.176 0.168 0.118 0.093 0.068 0.051 0.017 0.006 114 Q 0.020 0.022 0.033 0.059 0.072 0.097 0.119 0.150 0.144 0.109 0.086 0.058 0.020 0.012 115 V 0.004 0.003 0.006 0.011 0.022 0.039 0.057 0.137 0.166 0.181 0.160 0.134 0.057 0.022 116 F 0.008 0.005 0.008 0.014 0.024 0.045 0.063 0.128 0.153 0.178 0.142 0.128 0.076 0.028 117 Q 0.015 0.021 0.031 0.065 0.091 0.094 0.118 0.116 0.137 0.126 0.083 0.061 0.020 0.022 118 I 0.012 0.010 0.016 0.031 0.052 0.101 0.116 0.155 0.173 0.142 0.104 0.054 0.023 0.010 119 Y 0.041 0.061 0.079 0.123 0.151 0.146 0.123 0.102 0.082 0.046 0.025 0.012 0.006 0.004 120 A 0.078 0.093 0.107 0.126 0.144 0.119 0.108 0.087 0.061 0.042 0.020 0.009 0.003 0.002 121 G 0.093 0.094 0.118 0.122 0.151 0.133 0.097 0.077 0.053 0.032 0.017 0.007 0.003 0.002 122 H 0.084 0.086 0.099 0.129 0.153 0.132 0.112 0.075 0.055 0.035 0.022 0.010 0.004 0.003 123 G 0.064 0.042 0.054 0.079 0.106 0.132 0.142 0.125 0.105 0.071 0.041 0.023 0.011 0.004 124 F 0.065 0.063 0.073 0.120 0.133 0.125 0.123 0.114 0.077 0.044 0.035 0.016 0.008 0.004 125 Y 0.036 0.029 0.040 0.058 0.086 0.118 0.137 0.142 0.120 0.091 0.075 0.040 0.020 0.008 126 H 0.100 0.060 0.076 0.103 0.118 0.140 0.120 0.091 0.066 0.053 0.039 0.020 0.011 0.004 127 S 0.195 0.131 0.135 0.148 0.141 0.081 0.065 0.037 0.031 0.015 0.012 0.006 0.002 0.001 128 L 0.068 0.039 0.053 0.109 0.135 0.188 0.147 0.092 0.078 0.054 0.022 0.009 0.005 0.001 129 T 0.228 0.186 0.165 0.164 0.121 0.058 0.038 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.376 0.188 0.163 0.112 0.069 0.039 0.026 0.012 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 131 G 0.314 0.181 0.173 0.105 0.097 0.062 0.034 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 132 H 0.110 0.092 0.118 0.157 0.185 0.126 0.081 0.064 0.029 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 133 K 0.085 0.089 0.085 0.137 0.163 0.110 0.104 0.107 0.061 0.039 0.011 0.006 0.002 0.001 134 Y 0.027 0.025 0.033 0.064 0.084 0.114 0.114 0.214 0.123 0.109 0.057 0.020 0.011 0.004 135 I 0.018 0.025 0.039 0.075 0.117 0.116 0.123 0.142 0.118 0.095 0.059 0.045 0.015 0.013 136 F 0.017 0.008 0.014 0.022 0.032 0.065 0.086 0.115 0.134 0.182 0.138 0.110 0.056 0.020 137 S 0.040 0.045 0.065 0.109 0.132 0.110 0.126 0.120 0.102 0.057 0.047 0.027 0.011 0.009 138 I 0.015 0.010 0.016 0.033 0.050 0.105 0.113 0.137 0.131 0.146 0.134 0.064 0.035 0.011 139 G 0.067 0.071 0.086 0.136 0.165 0.153 0.117 0.075 0.063 0.033 0.018 0.010 0.004 0.002 140 Q 0.161 0.130 0.121 0.156 0.147 0.090 0.070 0.046 0.037 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 141 G 0.184 0.152 0.147 0.146 0.125 0.097 0.066 0.035 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 142 E 0.222 0.191 0.162 0.130 0.109 0.073 0.049 0.028 0.019 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 143 H 0.113 0.090 0.133 0.127 0.157 0.134 0.106 0.067 0.034 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 144 S 0.258 0.126 0.109 0.115 0.117 0.094 0.063 0.052 0.029 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 145 E 0.099 0.079 0.087 0.135 0.166 0.107 0.099 0.099 0.058 0.042 0.016 0.009 0.003 0.002 146 V 0.052 0.032 0.040 0.068 0.098 0.131 0.130 0.188 0.104 0.090 0.034 0.020 0.009 0.002 147 R 0.147 0.105 0.130 0.145 0.136 0.107 0.077 0.057 0.039 0.027 0.015 0.010 0.003 0.001 148 A 0.168 0.080 0.098 0.124 0.134 0.113 0.088 0.061 0.054 0.047 0.019 0.010 0.003 0.001 149 L 0.116 0.087 0.102 0.136 0.157 0.132 0.092 0.070 0.051 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001