# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.278 0.187 0.166 0.142 0.104 0.054 0.031 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 2 S 0.432 0.212 0.148 0.089 0.054 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 F 0.089 0.071 0.092 0.147 0.203 0.160 0.100 0.068 0.044 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 4 I 0.051 0.053 0.074 0.145 0.174 0.188 0.145 0.086 0.044 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 5 E 0.514 0.260 0.111 0.056 0.029 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.178 0.181 0.212 0.157 0.120 0.068 0.045 0.021 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 7 M 0.026 0.021 0.042 0.077 0.148 0.233 0.203 0.137 0.072 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 8 I 0.129 0.148 0.186 0.192 0.172 0.088 0.045 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 9 G 0.652 0.182 0.089 0.041 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 S 0.134 0.128 0.136 0.192 0.182 0.121 0.059 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.095 0.088 0.121 0.191 0.202 0.131 0.093 0.043 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 12 N 0.656 0.228 0.080 0.025 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.685 0.196 0.082 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.204 0.139 0.148 0.179 0.214 0.067 0.026 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.564 0.186 0.116 0.068 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.561 0.206 0.109 0.066 0.035 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 W 0.100 0.070 0.096 0.226 0.227 0.141 0.072 0.035 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 18 K 0.627 0.245 0.079 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.543 0.287 0.123 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.029 0.025 0.049 0.131 0.258 0.248 0.143 0.073 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 21 E 0.151 0.234 0.252 0.182 0.107 0.041 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.777 0.179 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.047 0.089 0.140 0.249 0.247 0.127 0.066 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.010 0.013 0.036 0.099 0.194 0.240 0.213 0.109 0.067 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 25 K 0.453 0.304 0.133 0.068 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.664 0.225 0.085 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.075 0.063 0.108 0.177 0.250 0.195 0.080 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.126 0.125 0.189 0.194 0.196 0.087 0.049 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.801 0.142 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.470 0.311 0.138 0.047 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.049 0.042 0.086 0.134 0.225 0.218 0.132 0.076 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 32 H 0.261 0.206 0.177 0.129 0.123 0.060 0.026 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 H 0.514 0.219 0.122 0.075 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.064 0.072 0.084 0.170 0.205 0.199 0.110 0.051 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.025 0.043 0.084 0.177 0.229 0.173 0.130 0.069 0.049 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 36 K 0.503 0.321 0.121 0.035 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.229 0.263 0.231 0.121 0.088 0.042 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.015 0.017 0.040 0.111 0.190 0.201 0.221 0.146 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.164 0.230 0.226 0.139 0.112 0.064 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 K 0.373 0.243 0.173 0.087 0.060 0.030 0.016 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 41 Y 0.037 0.040 0.073 0.156 0.188 0.192 0.143 0.089 0.040 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 42 M 0.017 0.016 0.026 0.048 0.101 0.127 0.183 0.196 0.154 0.069 0.032 0.022 0.007 0.002 43 W 0.036 0.041 0.039 0.077 0.088 0.128 0.118 0.209 0.110 0.073 0.046 0.020 0.012 0.003 44 T 0.139 0.109 0.113 0.101 0.101 0.112 0.080 0.050 0.060 0.040 0.047 0.030 0.011 0.007 45 S 0.080 0.043 0.063 0.082 0.127 0.129 0.114 0.073 0.104 0.082 0.055 0.032 0.009 0.007 46 G 0.077 0.074 0.086 0.108 0.131 0.136 0.119 0.098 0.077 0.040 0.030 0.013 0.007 0.003 47 G 0.137 0.106 0.107 0.135 0.125 0.119 0.099 0.066 0.044 0.027 0.020 0.009 0.004 0.003 48 P 0.149 0.113 0.130 0.123 0.136 0.107 0.092 0.055 0.045 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 49 T 0.195 0.106 0.108 0.126 0.129 0.123 0.084 0.047 0.035 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 50 D 0.240 0.180 0.149 0.142 0.111 0.068 0.051 0.028 0.017 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 51 W 0.089 0.068 0.098 0.125 0.153 0.168 0.121 0.082 0.047 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 52 Q 0.419 0.189 0.132 0.097 0.072 0.041 0.022 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 53 D 0.267 0.190 0.167 0.144 0.103 0.057 0.032 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 T 0.064 0.048 0.059 0.124 0.182 0.195 0.133 0.088 0.075 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 55 K 0.164 0.207 0.206 0.181 0.113 0.063 0.036 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 R 0.433 0.290 0.154 0.059 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.025 0.029 0.053 0.121 0.203 0.216 0.173 0.129 0.035 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 58 F 0.014 0.021 0.050 0.106 0.187 0.211 0.226 0.111 0.050 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 59 G 0.284 0.315 0.193 0.094 0.061 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.114 0.185 0.221 0.185 0.129 0.087 0.047 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.011 0.011 0.024 0.084 0.167 0.199 0.226 0.168 0.080 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 62 L 0.021 0.039 0.069 0.119 0.185 0.241 0.185 0.077 0.040 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 63 D 0.266 0.229 0.208 0.114 0.100 0.042 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.037 0.043 0.084 0.169 0.178 0.188 0.143 0.085 0.035 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 65 F 0.025 0.020 0.036 0.084 0.152 0.187 0.190 0.129 0.119 0.040 0.010 0.006 0.001 0.001 66 E 0.082 0.099 0.094 0.140 0.139 0.120 0.113 0.131 0.046 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 67 E 0.205 0.206 0.180 0.131 0.100 0.076 0.046 0.026 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 68 G 0.094 0.063 0.118 0.158 0.193 0.164 0.102 0.048 0.031 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 69 A 0.136 0.110 0.127 0.171 0.192 0.115 0.072 0.034 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.156 0.109 0.104 0.182 0.139 0.133 0.084 0.042 0.030 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 71 E 0.432 0.284 0.146 0.073 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.363 0.212 0.198 0.093 0.071 0.035 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.363 0.174 0.142 0.124 0.108 0.049 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.260 0.181 0.139 0.152 0.133 0.063 0.032 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.061 0.044 0.053 0.131 0.204 0.189 0.129 0.085 0.060 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 76 T 0.236 0.201 0.177 0.176 0.094 0.054 0.033 0.014 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.465 0.188 0.165 0.067 0.050 0.030 0.018 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.060 0.037 0.053 0.109 0.197 0.185 0.114 0.116 0.064 0.037 0.016 0.006 0.004 0.001 79 T 0.056 0.057 0.078 0.162 0.194 0.179 0.136 0.062 0.040 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 80 G 0.215 0.124 0.119 0.139 0.137 0.108 0.067 0.038 0.028 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 81 E 0.346 0.220 0.152 0.115 0.076 0.041 0.024 0.012 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 82 D 0.143 0.156 0.151 0.161 0.133 0.125 0.069 0.033 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 83 V 0.024 0.024 0.042 0.082 0.170 0.201 0.186 0.126 0.104 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 84 A 0.099 0.136 0.193 0.187 0.159 0.112 0.063 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 85 A 0.407 0.298 0.168 0.058 0.039 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 F 0.015 0.026 0.055 0.147 0.200 0.193 0.189 0.140 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 87 C 0.006 0.010 0.024 0.065 0.142 0.196 0.256 0.154 0.111 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 88 D 0.160 0.257 0.224 0.167 0.105 0.045 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.330 0.318 0.205 0.080 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.013 0.015 0.038 0.147 0.265 0.233 0.143 0.095 0.038 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 91 M 0.026 0.042 0.073 0.190 0.231 0.186 0.145 0.061 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 92 K 0.652 0.218 0.082 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.425 0.256 0.161 0.093 0.038 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 T 0.381 0.191 0.137 0.111 0.095 0.052 0.018 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.577 0.239 0.100 0.049 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 T 0.740 0.152 0.076 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 W 0.126 0.083 0.128 0.172 0.252 0.142 0.055 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 98 M 0.245 0.175 0.144 0.176 0.137 0.064 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.771 0.162 0.040 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 K 0.407 0.237 0.177 0.093 0.048 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 Y 0.071 0.049 0.104 0.148 0.227 0.208 0.103 0.050 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 102 R 0.304 0.211 0.176 0.150 0.094 0.036 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 T 0.814 0.143 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 K 0.295 0.276 0.202 0.110 0.073 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 L 0.038 0.031 0.063 0.127 0.227 0.220 0.144 0.094 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 106 N 0.250 0.222 0.193 0.155 0.102 0.045 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.722 0.172 0.060 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.182 0.172 0.182 0.179 0.165 0.065 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 I 0.059 0.036 0.069 0.121 0.195 0.210 0.153 0.100 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 110 G 0.335 0.173 0.150 0.140 0.103 0.054 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.588 0.140 0.102 0.077 0.045 0.024 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.479 0.220 0.137 0.075 0.051 0.021 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001