# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.048 0.063 0.078 0.101 0.122 0.123 0.109 0.094 0.076 0.053 0.028 0.015 0.008 2 T 0.079 0.051 0.067 0.092 0.122 0.130 0.122 0.102 0.085 0.062 0.041 0.026 0.012 0.009 3 S 0.048 0.027 0.033 0.046 0.078 0.103 0.123 0.134 0.131 0.107 0.081 0.051 0.026 0.011 4 S 0.063 0.046 0.055 0.077 0.099 0.125 0.130 0.121 0.099 0.072 0.056 0.034 0.016 0.008 5 E 0.103 0.080 0.088 0.103 0.110 0.115 0.106 0.093 0.074 0.050 0.041 0.022 0.008 0.006 6 P 0.068 0.047 0.062 0.079 0.117 0.126 0.121 0.129 0.096 0.069 0.044 0.024 0.011 0.006 7 A 0.065 0.059 0.068 0.088 0.122 0.122 0.126 0.124 0.092 0.064 0.036 0.020 0.010 0.005 8 H 0.085 0.058 0.081 0.100 0.122 0.131 0.127 0.100 0.074 0.058 0.033 0.018 0.008 0.005 9 G 0.110 0.077 0.099 0.112 0.134 0.132 0.110 0.077 0.058 0.040 0.027 0.014 0.006 0.004 10 A 0.097 0.047 0.055 0.077 0.110 0.125 0.128 0.110 0.093 0.071 0.043 0.026 0.013 0.006 11 T 0.091 0.078 0.088 0.128 0.136 0.129 0.121 0.093 0.061 0.036 0.021 0.012 0.005 0.002 12 P 0.140 0.096 0.093 0.117 0.123 0.119 0.100 0.078 0.053 0.037 0.025 0.012 0.005 0.002 13 K 0.259 0.163 0.139 0.130 0.105 0.072 0.054 0.032 0.020 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 14 R 0.220 0.136 0.138 0.134 0.122 0.092 0.066 0.041 0.024 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 15 S 0.166 0.107 0.134 0.141 0.155 0.115 0.078 0.053 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 16 P 0.274 0.144 0.130 0.140 0.120 0.082 0.048 0.030 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 17 S 0.377 0.169 0.116 0.121 0.096 0.053 0.030 0.016 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 18 E 0.287 0.166 0.140 0.142 0.112 0.063 0.042 0.022 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 19 G 0.326 0.158 0.149 0.127 0.091 0.068 0.042 0.018 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 20 S 0.271 0.176 0.149 0.131 0.102 0.076 0.045 0.024 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 21 A 0.136 0.099 0.089 0.126 0.148 0.131 0.100 0.084 0.044 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 22 D 0.079 0.114 0.094 0.146 0.180 0.127 0.089 0.077 0.048 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 23 N 0.064 0.049 0.072 0.099 0.116 0.149 0.151 0.108 0.083 0.050 0.030 0.016 0.009 0.005 24 A 0.056 0.053 0.086 0.111 0.174 0.172 0.135 0.080 0.058 0.034 0.018 0.012 0.006 0.004 25 A 0.025 0.012 0.025 0.028 0.076 0.120 0.165 0.154 0.142 0.095 0.072 0.044 0.032 0.010 26 L 0.029 0.026 0.040 0.074 0.123 0.176 0.176 0.151 0.101 0.053 0.021 0.017 0.008 0.004 27 C 0.030 0.066 0.074 0.099 0.190 0.136 0.103 0.142 0.081 0.042 0.018 0.013 0.005 0.002 28 D 0.022 0.034 0.059 0.122 0.143 0.162 0.144 0.189 0.068 0.038 0.010 0.006 0.002 0.002 29 A 0.015 0.025 0.043 0.123 0.171 0.194 0.146 0.145 0.074 0.050 0.007 0.005 0.001 0.001 30 L 0.048 0.035 0.066 0.074 0.121 0.149 0.159 0.143 0.114 0.059 0.016 0.009 0.005 0.002 31 A 0.051 0.055 0.076 0.148 0.189 0.170 0.120 0.089 0.052 0.030 0.009 0.006 0.003 0.002 32 V 0.066 0.042 0.068 0.071 0.110 0.172 0.165 0.099 0.093 0.052 0.035 0.017 0.007 0.003 33 E 0.075 0.076 0.089 0.166 0.208 0.153 0.087 0.075 0.039 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 34 H 0.058 0.061 0.064 0.121 0.156 0.160 0.125 0.120 0.068 0.039 0.016 0.007 0.003 0.002 35 A 0.091 0.060 0.085 0.102 0.134 0.160 0.124 0.115 0.068 0.035 0.014 0.008 0.004 0.002 36 T 0.110 0.104 0.118 0.154 0.167 0.109 0.084 0.068 0.043 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 37 I 0.079 0.046 0.071 0.092 0.128 0.156 0.131 0.117 0.078 0.053 0.024 0.013 0.006 0.003 38 Y 0.097 0.055 0.080 0.101 0.133 0.145 0.131 0.097 0.071 0.042 0.024 0.014 0.006 0.004 39 G 0.094 0.049 0.056 0.073 0.114 0.114 0.131 0.114 0.100 0.067 0.045 0.025 0.012 0.006 40 Y 0.088 0.059 0.072 0.097 0.121 0.142 0.124 0.097 0.074 0.052 0.040 0.020 0.010 0.005 41 G 0.152 0.083 0.087 0.108 0.118 0.119 0.101 0.070 0.062 0.041 0.032 0.016 0.007 0.005 42 I 0.079 0.047 0.057 0.087 0.123 0.133 0.132 0.120 0.089 0.060 0.039 0.019 0.009 0.004 43 V 0.084 0.065 0.077 0.101 0.125 0.140 0.127 0.102 0.077 0.046 0.030 0.015 0.007 0.003 44 S 0.199 0.121 0.118 0.129 0.117 0.103 0.082 0.053 0.033 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 45 A 0.268 0.160 0.138 0.128 0.104 0.078 0.056 0.029 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 46 L 0.157 0.101 0.111 0.139 0.147 0.130 0.095 0.058 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 47 S 0.242 0.145 0.168 0.143 0.120 0.079 0.054 0.024 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 48 P 0.383 0.167 0.155 0.110 0.079 0.049 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 P 0.483 0.189 0.109 0.092 0.058 0.035 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.258 0.212 0.148 0.140 0.111 0.064 0.035 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.058 0.046 0.069 0.112 0.163 0.186 0.166 0.115 0.051 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 52 N 0.069 0.091 0.159 0.149 0.183 0.160 0.098 0.049 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 53 F 0.286 0.208 0.137 0.117 0.114 0.063 0.027 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 54 L 0.045 0.093 0.117 0.216 0.204 0.129 0.098 0.070 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 55 V 0.005 0.006 0.016 0.036 0.089 0.193 0.249 0.199 0.149 0.043 0.011 0.003 0.001 0.001 56 A 0.037 0.109 0.148 0.249 0.213 0.124 0.062 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 57 D 0.575 0.264 0.120 0.026 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.021 0.052 0.085 0.239 0.258 0.187 0.087 0.052 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.023 0.038 0.051 0.192 0.258 0.192 0.135 0.066 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 60 K 0.563 0.281 0.104 0.039 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.654 0.198 0.111 0.026 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 H 0.174 0.116 0.152 0.195 0.214 0.097 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.531 0.205 0.127 0.070 0.038 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 H 0.511 0.191 0.101 0.096 0.053 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.178 0.115 0.138 0.180 0.170 0.108 0.066 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 R 0.083 0.081 0.128 0.165 0.236 0.150 0.072 0.047 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 67 D 0.398 0.209 0.102 0.115 0.082 0.048 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.095 0.142 0.150 0.186 0.188 0.113 0.062 0.038 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 69 V 0.009 0.008 0.022 0.052 0.112 0.196 0.229 0.202 0.114 0.041 0.009 0.004 0.002 0.001 70 I 0.042 0.089 0.141 0.213 0.228 0.149 0.066 0.039 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 71 V 0.369 0.264 0.142 0.097 0.062 0.033 0.014 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.026 0.051 0.086 0.221 0.201 0.159 0.127 0.098 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 73 L 0.021 0.023 0.059 0.096 0.150 0.221 0.200 0.129 0.068 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 74 S 0.322 0.240 0.159 0.127 0.080 0.037 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.399 0.218 0.158 0.098 0.054 0.037 0.021 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 76 R 0.191 0.106 0.134 0.161 0.164 0.115 0.063 0.029 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 77 G 0.241 0.148 0.159 0.125 0.108 0.091 0.066 0.031 0.016 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 78 V 0.098 0.055 0.053 0.085 0.148 0.148 0.123 0.125 0.074 0.050 0.022 0.010 0.007 0.002 79 T 0.172 0.138 0.130 0.143 0.121 0.093 0.072 0.044 0.034 0.021 0.016 0.010 0.004 0.002 80 A 0.110 0.058 0.078 0.086 0.112 0.128 0.115 0.093 0.084 0.058 0.038 0.024 0.009 0.005 81 P 0.080 0.060 0.061 0.100 0.140 0.128 0.119 0.120 0.084 0.050 0.030 0.018 0.008 0.004 82 I 0.077 0.074 0.087 0.108 0.122 0.137 0.116 0.099 0.073 0.050 0.030 0.017 0.008 0.003 83 A 0.190 0.109 0.110 0.126 0.126 0.103 0.085 0.055 0.039 0.027 0.017 0.008 0.004 0.002 84 A 0.202 0.152 0.167 0.127 0.117 0.082 0.062 0.033 0.026 0.014 0.011 0.005 0.002 0.001 85 A 0.122 0.068 0.086 0.123 0.142 0.145 0.112 0.080 0.048 0.037 0.020 0.008 0.005 0.002 86 G 0.216 0.157 0.157 0.135 0.119 0.078 0.057 0.033 0.022 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 87 Y 0.065 0.040 0.043 0.085 0.119 0.136 0.123 0.143 0.095 0.082 0.037 0.018 0.011 0.004 88 Q 0.139 0.131 0.118 0.132 0.124 0.101 0.084 0.067 0.046 0.025 0.016 0.011 0.004 0.002 89 L 0.041 0.030 0.037 0.066 0.096 0.127 0.116 0.151 0.121 0.107 0.056 0.030 0.016 0.006 90 P 0.081 0.077 0.088 0.112 0.148 0.126 0.108 0.091 0.073 0.044 0.024 0.018 0.006 0.004 91 M 0.089 0.057 0.062 0.099 0.111 0.131 0.115 0.103 0.084 0.071 0.042 0.021 0.011 0.004 92 Q 0.160 0.144 0.149 0.145 0.125 0.098 0.076 0.040 0.030 0.014 0.010 0.006 0.002 0.002 93 V 0.065 0.048 0.072 0.096 0.131 0.158 0.151 0.113 0.072 0.045 0.028 0.010 0.006 0.002 94 S 0.247 0.206 0.165 0.136 0.097 0.068 0.041 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 95 S 0.168 0.157 0.148 0.146 0.143 0.100 0.060 0.035 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 96 A 0.059 0.058 0.083 0.129 0.179 0.167 0.141 0.103 0.050 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 97 A 0.133 0.172 0.158 0.151 0.136 0.116 0.063 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 98 D 0.103 0.174 0.156 0.176 0.179 0.098 0.052 0.033 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 99 A 0.007 0.009 0.027 0.062 0.106 0.188 0.277 0.213 0.071 0.026 0.008 0.003 0.002 0.001 100 A 0.025 0.034 0.082 0.078 0.142 0.245 0.189 0.106 0.062 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 101 R 0.145 0.293 0.171 0.128 0.163 0.042 0.020 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.011 0.027 0.067 0.145 0.152 0.192 0.202 0.150 0.031 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 103 A 0.005 0.009 0.031 0.082 0.167 0.251 0.187 0.141 0.086 0.034 0.003 0.002 0.001 0.001 104 V 0.097 0.169 0.157 0.190 0.179 0.088 0.050 0.042 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 105 R 0.089 0.157 0.150 0.218 0.162 0.111 0.055 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 106 M 0.026 0.026 0.064 0.095 0.132 0.195 0.216 0.131 0.073 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 107 E 0.062 0.087 0.115 0.165 0.185 0.170 0.098 0.063 0.032 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 108 N 0.278 0.185 0.137 0.114 0.099 0.069 0.051 0.030 0.019 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 109 D 0.082 0.071 0.102 0.126 0.176 0.146 0.113 0.072 0.054 0.029 0.016 0.007 0.004 0.003 110 G 0.040 0.022 0.037 0.047 0.112 0.122 0.174 0.153 0.128 0.069 0.049 0.024 0.014 0.006 111 A 0.061 0.045 0.060 0.085 0.121 0.159 0.161 0.108 0.074 0.051 0.035 0.018 0.014 0.007 112 T 0.099 0.055 0.070 0.097 0.124 0.153 0.124 0.065 0.067 0.055 0.040 0.025 0.014 0.011 113 A 0.031 0.017 0.031 0.047 0.091 0.137 0.206 0.150 0.119 0.070 0.046 0.031 0.015 0.010 114 W 0.017 0.014 0.030 0.045 0.092 0.159 0.214 0.183 0.122 0.059 0.036 0.017 0.009 0.003 115 R 0.068 0.131 0.131 0.151 0.170 0.129 0.080 0.071 0.034 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 116 A 0.053 0.077 0.101 0.165 0.192 0.146 0.097 0.090 0.039 0.026 0.006 0.005 0.001 0.001 117 V 0.010 0.012 0.029 0.070 0.108 0.163 0.244 0.222 0.090 0.036 0.009 0.004 0.001 0.001 118 V 0.031 0.044 0.088 0.084 0.130 0.190 0.189 0.120 0.070 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 119 E 0.235 0.228 0.173 0.133 0.105 0.054 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 120 H 0.050 0.064 0.110 0.166 0.185 0.165 0.140 0.066 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 121 A 0.060 0.034 0.066 0.077 0.157 0.185 0.182 0.121 0.072 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 122 E 0.197 0.178 0.158 0.194 0.134 0.068 0.038 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.323 0.154 0.124 0.126 0.107 0.082 0.042 0.016 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 124 A 0.282 0.174 0.137 0.158 0.121 0.062 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 125 D 0.362 0.212 0.157 0.121 0.057 0.048 0.025 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 126 D 0.100 0.093 0.095 0.153 0.204 0.153 0.083 0.066 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 127 R 0.091 0.097 0.110 0.142 0.158 0.137 0.109 0.082 0.039 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 128 V 0.134 0.132 0.133 0.131 0.153 0.117 0.076 0.055 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 129 F 0.039 0.027 0.053 0.079 0.130 0.159 0.173 0.154 0.084 0.049 0.024 0.015 0.008 0.005 130 A 0.027 0.021 0.036 0.064 0.144 0.155 0.160 0.142 0.124 0.068 0.027 0.020 0.008 0.004 131 S 0.053 0.042 0.058 0.065 0.105 0.134 0.157 0.128 0.100 0.061 0.046 0.029 0.016 0.006 132 T 0.090 0.089 0.101 0.173 0.175 0.133 0.086 0.060 0.044 0.026 0.011 0.006 0.003 0.002 133 A 0.029 0.025 0.045 0.096 0.139 0.185 0.170 0.131 0.081 0.054 0.023 0.013 0.005 0.003 134 L 0.050 0.031 0.053 0.070 0.132 0.183 0.165 0.135 0.098 0.048 0.018 0.011 0.005 0.002 135 T 0.108 0.123 0.117 0.174 0.167 0.116 0.076 0.061 0.031 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 136 E 0.141 0.131 0.132 0.161 0.150 0.126 0.065 0.039 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 137 S 0.099 0.107 0.108 0.162 0.178 0.128 0.082 0.071 0.038 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 138 A 0.068 0.063 0.088 0.118 0.135 0.153 0.143 0.117 0.061 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 139 V 0.079 0.083 0.108 0.124 0.156 0.162 0.113 0.083 0.048 0.025 0.009 0.006 0.003 0.001 140 M 0.084 0.054 0.078 0.105 0.148 0.134 0.114 0.094 0.081 0.054 0.028 0.014 0.008 0.004 141 A 0.049 0.039 0.058 0.094 0.151 0.143 0.147 0.113 0.089 0.057 0.028 0.019 0.008 0.005 142 T 0.099 0.042 0.052 0.062 0.086 0.129 0.142 0.114 0.101 0.069 0.050 0.028 0.019 0.007 143 R 0.044 0.057 0.072 0.141 0.194 0.149 0.121 0.098 0.055 0.035 0.015 0.011 0.005 0.003 144 W 0.023 0.012 0.024 0.036 0.069 0.145 0.194 0.153 0.144 0.095 0.061 0.027 0.012 0.004 145 N 0.090 0.115 0.133 0.163 0.194 0.128 0.068 0.054 0.030 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 146 R 0.143 0.160 0.126 0.171 0.151 0.091 0.052 0.049 0.028 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 147 V 0.037 0.040 0.061 0.139 0.159 0.191 0.143 0.149 0.049 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 148 L 0.063 0.061 0.109 0.132 0.159 0.161 0.130 0.087 0.056 0.027 0.009 0.004 0.001 0.001 149 G 0.322 0.190 0.146 0.117 0.091 0.055 0.036 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 150 A 0.291 0.172 0.164 0.120 0.095 0.070 0.042 0.015 0.013 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 151 W 0.179 0.107 0.121 0.138 0.139 0.114 0.080 0.046 0.036 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 152 P 0.122 0.080 0.090 0.109 0.133 0.134 0.118 0.095 0.052 0.028 0.020 0.010 0.005 0.003 153 I 0.084 0.067 0.065 0.092 0.120 0.129 0.113 0.123 0.082 0.059 0.034 0.018 0.010 0.004 154 T 0.107 0.073 0.077 0.090 0.109 0.110 0.101 0.089 0.082 0.066 0.046 0.030 0.013 0.007 155 A 0.090 0.063 0.077 0.092 0.114 0.107 0.111 0.094 0.087 0.066 0.049 0.030 0.012 0.007 156 A 0.063 0.050 0.064 0.086 0.109 0.122 0.130 0.115 0.094 0.067 0.052 0.028 0.013 0.007 157 F 0.067 0.058 0.073 0.099 0.112 0.143 0.128 0.114 0.078 0.056 0.038 0.021 0.009 0.005 158 P 0.117 0.086 0.088 0.113 0.131 0.122 0.099 0.086 0.064 0.045 0.024 0.016 0.006 0.003 159 G 0.133 0.094 0.091 0.119 0.144 0.119 0.091 0.078 0.058 0.039 0.018 0.010 0.004 0.002 160 G 0.244 0.150 0.131 0.134 0.114 0.080 0.056 0.034 0.024 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 161 D 0.336 0.169 0.154 0.116 0.079 0.057 0.040 0.018 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 162 E 0.249 0.147 0.146 0.130 0.115 0.084 0.058 0.031 0.018 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001