# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.086 0.091 0.125 0.144 0.133 0.101 0.074 0.048 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 2 T 0.257 0.162 0.149 0.134 0.114 0.074 0.050 0.026 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 3 T 0.389 0.175 0.139 0.110 0.074 0.046 0.032 0.015 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 4 P 0.435 0.183 0.143 0.093 0.060 0.042 0.025 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 5 P 0.179 0.118 0.125 0.145 0.159 0.113 0.075 0.042 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 6 A 0.151 0.131 0.131 0.156 0.157 0.111 0.080 0.044 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 7 R 0.536 0.202 0.110 0.069 0.035 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.168 0.153 0.164 0.171 0.130 0.097 0.065 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 9 A 0.051 0.044 0.075 0.110 0.195 0.197 0.161 0.090 0.048 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 10 K 0.305 0.238 0.198 0.122 0.075 0.033 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.617 0.201 0.098 0.049 0.017 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.092 0.108 0.129 0.202 0.208 0.142 0.073 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.041 0.057 0.095 0.182 0.238 0.173 0.121 0.054 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.639 0.236 0.081 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.397 0.304 0.201 0.064 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.015 0.018 0.038 0.109 0.228 0.260 0.176 0.109 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.079 0.155 0.179 0.236 0.213 0.077 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.753 0.175 0.048 0.016 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.076 0.104 0.175 0.205 0.216 0.126 0.061 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.043 0.038 0.101 0.133 0.217 0.175 0.168 0.084 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 21 E 0.495 0.232 0.137 0.064 0.038 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.180 0.121 0.110 0.188 0.161 0.096 0.073 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 23 D 0.287 0.224 0.163 0.123 0.083 0.061 0.032 0.011 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 24 V 0.066 0.076 0.098 0.142 0.189 0.155 0.101 0.085 0.044 0.023 0.012 0.004 0.003 0.002 25 D 0.067 0.081 0.085 0.132 0.165 0.152 0.127 0.081 0.051 0.027 0.015 0.008 0.004 0.003 26 A 0.020 0.015 0.028 0.043 0.086 0.130 0.140 0.112 0.132 0.109 0.085 0.054 0.029 0.019 27 W 0.009 0.007 0.013 0.031 0.054 0.076 0.131 0.144 0.151 0.131 0.114 0.076 0.036 0.026 28 V 0.005 0.003 0.005 0.009 0.018 0.038 0.068 0.085 0.138 0.141 0.178 0.177 0.094 0.041 29 S 0.005 0.004 0.006 0.011 0.021 0.041 0.078 0.139 0.158 0.171 0.149 0.116 0.074 0.027 30 T 0.006 0.010 0.014 0.033 0.060 0.093 0.105 0.157 0.148 0.149 0.103 0.067 0.033 0.022 31 A 0.017 0.013 0.022 0.036 0.063 0.114 0.134 0.135 0.147 0.128 0.088 0.064 0.025 0.015 32 G 0.053 0.073 0.101 0.144 0.164 0.140 0.108 0.088 0.065 0.034 0.016 0.009 0.003 0.003 33 A 0.070 0.089 0.097 0.143 0.160 0.143 0.099 0.082 0.055 0.035 0.016 0.007 0.003 0.002 34 D 0.162 0.162 0.160 0.155 0.125 0.092 0.060 0.037 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 35 G 0.202 0.180 0.157 0.131 0.095 0.087 0.064 0.034 0.024 0.011 0.010 0.003 0.002 0.001 36 G 0.088 0.080 0.106 0.129 0.166 0.128 0.104 0.086 0.051 0.030 0.018 0.006 0.005 0.002 37 A 0.039 0.068 0.071 0.115 0.146 0.149 0.128 0.103 0.073 0.053 0.027 0.013 0.009 0.005 38 P 0.017 0.014 0.025 0.039 0.078 0.106 0.141 0.127 0.136 0.129 0.088 0.053 0.029 0.019 39 Y 0.007 0.011 0.018 0.043 0.069 0.101 0.124 0.132 0.138 0.130 0.103 0.064 0.031 0.029 40 L 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.024 0.054 0.060 0.125 0.155 0.206 0.220 0.078 0.055 41 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.014 0.031 0.072 0.155 0.172 0.179 0.182 0.097 0.056 0.029 42 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.030 0.064 0.102 0.156 0.230 0.201 0.124 0.070 43 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.042 0.092 0.129 0.205 0.183 0.155 0.106 0.059 44 S 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.034 0.060 0.095 0.138 0.180 0.162 0.144 0.083 0.067 45 Y 0.006 0.006 0.011 0.024 0.045 0.086 0.119 0.126 0.144 0.142 0.125 0.089 0.042 0.036 46 L 0.015 0.033 0.045 0.120 0.143 0.146 0.149 0.124 0.106 0.056 0.032 0.018 0.006 0.007 47 W 0.015 0.036 0.046 0.104 0.133 0.188 0.148 0.135 0.097 0.049 0.029 0.011 0.005 0.002 48 D 0.090 0.184 0.171 0.178 0.139 0.092 0.063 0.040 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 49 G 0.126 0.197 0.169 0.169 0.116 0.097 0.059 0.026 0.020 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 50 E 0.075 0.100 0.128 0.134 0.149 0.149 0.104 0.061 0.049 0.021 0.020 0.005 0.004 0.002 51 T 0.018 0.030 0.044 0.096 0.143 0.151 0.150 0.120 0.102 0.062 0.043 0.019 0.012 0.010 52 F 0.003 0.003 0.006 0.012 0.027 0.052 0.101 0.137 0.162 0.154 0.147 0.102 0.066 0.028 53 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.014 0.033 0.063 0.101 0.137 0.164 0.173 0.150 0.101 0.050 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.026 0.049 0.099 0.166 0.215 0.232 0.129 0.063 55 A 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.026 0.052 0.096 0.150 0.177 0.173 0.168 0.089 0.044 56 T 0.005 0.009 0.013 0.031 0.050 0.093 0.112 0.146 0.158 0.137 0.117 0.071 0.033 0.024 57 P 0.021 0.035 0.048 0.094 0.128 0.149 0.135 0.124 0.112 0.074 0.043 0.022 0.008 0.008 58 A 0.053 0.086 0.106 0.139 0.155 0.136 0.115 0.086 0.062 0.035 0.017 0.007 0.003 0.002 59 A 0.143 0.148 0.186 0.147 0.121 0.102 0.075 0.035 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 60 S 0.171 0.156 0.198 0.155 0.122 0.091 0.055 0.023 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 61 P 0.270 0.157 0.129 0.136 0.113 0.084 0.050 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 62 T 0.140 0.133 0.120 0.167 0.155 0.097 0.074 0.055 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 63 G 0.033 0.038 0.048 0.082 0.140 0.147 0.149 0.173 0.096 0.055 0.021 0.011 0.005 0.002 64 R 0.169 0.129 0.123 0.151 0.130 0.111 0.072 0.049 0.028 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 65 N 0.186 0.136 0.141 0.153 0.148 0.092 0.057 0.032 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 66 L 0.048 0.032 0.047 0.084 0.162 0.166 0.147 0.139 0.087 0.051 0.018 0.009 0.007 0.002 67 S 0.123 0.146 0.164 0.216 0.152 0.098 0.050 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 68 E 0.220 0.149 0.139 0.162 0.135 0.079 0.050 0.026 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 69 T 0.117 0.169 0.133 0.182 0.145 0.108 0.067 0.034 0.023 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 70 G 0.043 0.048 0.073 0.113 0.132 0.151 0.151 0.114 0.080 0.043 0.032 0.010 0.007 0.004 71 R 0.012 0.024 0.032 0.075 0.127 0.164 0.155 0.156 0.107 0.073 0.037 0.020 0.011 0.007 72 V 0.005 0.003 0.006 0.011 0.021 0.044 0.075 0.089 0.146 0.152 0.183 0.146 0.083 0.037 73 R 0.002 0.004 0.007 0.017 0.030 0.047 0.090 0.139 0.166 0.162 0.138 0.105 0.057 0.036 74 L 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.018 0.034 0.056 0.106 0.161 0.224 0.213 0.124 0.052 75 G 0.003 0.005 0.009 0.020 0.041 0.064 0.095 0.155 0.162 0.153 0.117 0.089 0.054 0.033 76 I 0.006 0.007 0.010 0.020 0.040 0.072 0.100 0.112 0.158 0.160 0.144 0.095 0.047 0.029 77 G 0.024 0.041 0.069 0.116 0.150 0.160 0.135 0.113 0.088 0.049 0.028 0.015 0.006 0.005 78 P 0.053 0.094 0.104 0.146 0.153 0.128 0.106 0.086 0.058 0.034 0.022 0.009 0.003 0.003 79 T 0.053 0.086 0.113 0.144 0.151 0.167 0.111 0.078 0.050 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 80 R 0.059 0.100 0.106 0.146 0.149 0.129 0.115 0.088 0.052 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 81 D 0.070 0.075 0.102 0.130 0.133 0.135 0.112 0.088 0.069 0.040 0.027 0.010 0.006 0.004 82 L 0.014 0.024 0.032 0.061 0.111 0.128 0.143 0.141 0.126 0.095 0.059 0.036 0.020 0.012 83 V 0.009 0.006 0.011 0.019 0.033 0.061 0.110 0.126 0.152 0.160 0.135 0.089 0.062 0.026 84 L 0.005 0.009 0.014 0.033 0.061 0.092 0.121 0.149 0.142 0.132 0.098 0.074 0.040 0.031 85 V 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.021 0.039 0.059 0.121 0.187 0.220 0.184 0.109 0.043 86 E 0.004 0.011 0.016 0.045 0.079 0.087 0.112 0.151 0.162 0.140 0.075 0.063 0.029 0.027 87 G 0.005 0.004 0.007 0.017 0.024 0.057 0.084 0.108 0.148 0.194 0.174 0.099 0.049 0.030 88 T 0.005 0.012 0.024 0.059 0.104 0.124 0.150 0.194 0.132 0.087 0.050 0.032 0.014 0.013 89 A 0.005 0.005 0.009 0.013 0.026 0.055 0.126 0.153 0.176 0.150 0.146 0.079 0.043 0.013 90 L 0.022 0.054 0.083 0.121 0.152 0.170 0.133 0.135 0.065 0.035 0.014 0.009 0.004 0.002 91 P 0.048 0.084 0.082 0.117 0.158 0.143 0.109 0.108 0.066 0.047 0.023 0.010 0.004 0.002 92 L 0.047 0.047 0.071 0.137 0.190 0.167 0.129 0.123 0.050 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 93 E 0.220 0.166 0.199 0.174 0.108 0.063 0.039 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 94 P 0.437 0.199 0.130 0.115 0.063 0.031 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.574 0.232 0.097 0.061 0.018 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 G 0.672 0.181 0.095 0.032 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.349 0.172 0.187 0.121 0.090 0.049 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.317 0.150 0.140 0.123 0.130 0.077 0.041 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.537 0.203 0.103 0.077 0.045 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 G 0.482 0.205 0.127 0.094 0.045 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.096 0.076 0.102 0.150 0.203 0.169 0.104 0.055 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 102 G 0.091 0.096 0.135 0.173 0.197 0.136 0.090 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 103 D 0.586 0.202 0.096 0.059 0.025 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 T 0.265 0.200 0.198 0.143 0.085 0.055 0.034 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 105 F 0.045 0.040 0.068 0.109 0.196 0.193 0.161 0.115 0.046 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 106 A 0.223 0.187 0.188 0.162 0.121 0.059 0.033 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 107 E 0.641 0.173 0.082 0.052 0.021 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.215 0.168 0.161 0.162 0.144 0.075 0.041 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 T 0.127 0.086 0.123 0.153 0.174 0.138 0.102 0.059 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 110 G 0.366 0.160 0.143 0.114 0.098 0.060 0.032 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 F 0.320 0.133 0.114 0.140 0.116 0.074 0.047 0.023 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 112 D 0.429 0.178 0.122 0.105 0.072 0.041 0.025 0.011 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 113 P 0.249 0.149 0.138 0.142 0.125 0.083 0.052 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 114 R 0.192 0.124 0.122 0.147 0.157 0.106 0.069 0.044 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 115 R 0.220 0.138 0.147 0.152 0.136 0.093 0.052 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 116 L 0.165 0.131 0.124 0.172 0.162 0.099 0.061 0.039 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 117 T 0.130 0.140 0.125 0.167 0.152 0.116 0.068 0.044 0.028 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 118 T 0.116 0.138 0.121 0.159 0.138 0.109 0.087 0.052 0.035 0.020 0.014 0.005 0.002 0.002 119 S 0.047 0.069 0.086 0.134 0.142 0.141 0.120 0.077 0.073 0.040 0.044 0.012 0.008 0.005 120 Y 0.006 0.012 0.020 0.048 0.070 0.122 0.169 0.141 0.142 0.099 0.082 0.044 0.025 0.018 121 L 0.002 0.002 0.004 0.010 0.023 0.046 0.091 0.125 0.155 0.165 0.175 0.107 0.063 0.033 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.022 0.039 0.083 0.123 0.172 0.197 0.164 0.129 0.056 123 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.024 0.035 0.086 0.159 0.199 0.267 0.135 0.083 124 R 0.001 0.001 0.002 0.009 0.019 0.036 0.066 0.138 0.174 0.198 0.166 0.091 0.057 0.043 125 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.032 0.056 0.108 0.169 0.218 0.205 0.117 0.070 126 S 0.002 0.006 0.013 0.037 0.061 0.074 0.114 0.180 0.176 0.157 0.079 0.051 0.023 0.026 127 P 0.001 0.004 0.007 0.015 0.032 0.061 0.094 0.136 0.174 0.185 0.139 0.093 0.035 0.024 128 R 0.005 0.009 0.020 0.039 0.054 0.104 0.138 0.192 0.161 0.122 0.077 0.039 0.024 0.016 129 R 0.004 0.014 0.021 0.045 0.090 0.087 0.122 0.163 0.142 0.144 0.080 0.049 0.021 0.018 130 V 0.005 0.004 0.008 0.010 0.024 0.056 0.092 0.131 0.158 0.182 0.151 0.096 0.063 0.020 131 Q 0.024 0.040 0.054 0.113 0.134 0.128 0.121 0.124 0.099 0.075 0.037 0.029 0.012 0.012 132 A 0.012 0.011 0.015 0.030 0.057 0.091 0.120 0.158 0.164 0.153 0.094 0.062 0.024 0.010 133 W 0.023 0.041 0.052 0.103 0.146 0.167 0.130 0.157 0.093 0.048 0.022 0.012 0.005 0.002 134 R 0.157 0.155 0.133 0.162 0.128 0.091 0.064 0.043 0.029 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 135 E 0.231 0.174 0.164 0.150 0.114 0.074 0.045 0.020 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 136 A 0.220 0.196 0.150 0.164 0.109 0.077 0.043 0.016 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 137 N 0.335 0.196 0.169 0.134 0.069 0.049 0.028 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 138 E 0.311 0.182 0.175 0.125 0.087 0.063 0.033 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 139 L 0.085 0.052 0.063 0.102 0.194 0.175 0.119 0.104 0.055 0.030 0.010 0.005 0.004 0.001 140 S 0.155 0.118 0.119 0.164 0.163 0.109 0.068 0.049 0.025 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 141 G 0.277 0.131 0.101 0.122 0.112 0.077 0.062 0.040 0.037 0.019 0.012 0.007 0.002 0.001 142 R 0.103 0.114 0.125 0.154 0.147 0.109 0.092 0.065 0.042 0.023 0.016 0.006 0.003 0.001 143 E 0.205 0.151 0.145 0.127 0.108 0.107 0.067 0.039 0.024 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 144 L 0.084 0.089 0.118 0.157 0.195 0.139 0.093 0.062 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 145 M 0.086 0.062 0.087 0.128 0.182 0.162 0.117 0.084 0.049 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 146 R 0.218 0.182 0.165 0.169 0.114 0.073 0.036 0.019 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 147 D 0.365 0.197 0.115 0.113 0.087 0.052 0.029 0.015 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 148 G 0.241 0.207 0.129 0.159 0.114 0.061 0.038 0.019 0.014 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 149 E 0.294 0.178 0.170 0.130 0.065 0.069 0.048 0.014 0.013 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 150 W 0.070 0.052 0.081 0.117 0.154 0.180 0.126 0.086 0.058 0.030 0.024 0.009 0.007 0.004 151 L 0.044 0.033 0.038 0.063 0.113 0.133 0.140 0.151 0.110 0.069 0.044 0.035 0.021 0.008 152 V 0.040 0.032 0.034 0.056 0.089 0.123 0.125 0.146 0.133 0.100 0.056 0.041 0.020 0.007 153 T 0.098 0.084 0.095 0.115 0.126 0.120 0.100 0.076 0.069 0.044 0.035 0.024 0.008 0.005 154 D 0.164 0.103 0.116 0.117 0.133 0.104 0.080 0.053 0.051 0.033 0.025 0.013 0.005 0.003