# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.239 0.138 0.122 0.136 0.127 0.086 0.059 0.037 0.024 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 2 P 0.327 0.197 0.157 0.118 0.079 0.051 0.034 0.015 0.010 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 3 A 0.240 0.131 0.128 0.138 0.119 0.092 0.063 0.034 0.023 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 4 L 0.108 0.092 0.104 0.129 0.158 0.135 0.107 0.073 0.044 0.023 0.015 0.008 0.004 0.002 5 I 0.057 0.037 0.044 0.074 0.116 0.145 0.130 0.131 0.099 0.080 0.043 0.025 0.015 0.005 6 T 0.086 0.092 0.094 0.129 0.131 0.117 0.103 0.088 0.067 0.041 0.024 0.019 0.006 0.004 7 Y 0.032 0.024 0.031 0.055 0.082 0.108 0.110 0.143 0.139 0.124 0.079 0.043 0.020 0.008 8 R 0.040 0.065 0.072 0.111 0.138 0.119 0.108 0.106 0.094 0.066 0.038 0.026 0.010 0.006 9 T 0.033 0.025 0.035 0.059 0.080 0.112 0.118 0.137 0.128 0.125 0.077 0.039 0.023 0.011 10 T 0.053 0.058 0.084 0.120 0.146 0.136 0.120 0.097 0.073 0.051 0.027 0.020 0.008 0.006 11 V 0.029 0.017 0.024 0.035 0.065 0.108 0.125 0.145 0.148 0.132 0.083 0.050 0.029 0.010 12 Q 0.060 0.073 0.093 0.144 0.162 0.130 0.101 0.092 0.063 0.041 0.020 0.014 0.005 0.003 13 E 0.101 0.089 0.084 0.110 0.119 0.112 0.099 0.093 0.072 0.055 0.037 0.018 0.007 0.004 14 D 0.118 0.104 0.104 0.122 0.145 0.116 0.087 0.079 0.056 0.034 0.020 0.009 0.004 0.002 15 W 0.068 0.084 0.090 0.141 0.147 0.133 0.100 0.086 0.065 0.044 0.023 0.011 0.005 0.003 16 V 0.071 0.046 0.064 0.091 0.119 0.149 0.136 0.118 0.088 0.061 0.029 0.017 0.008 0.004 17 D 0.093 0.094 0.105 0.129 0.130 0.126 0.095 0.085 0.061 0.037 0.022 0.013 0.006 0.003 18 Y 0.052 0.035 0.043 0.062 0.102 0.124 0.118 0.141 0.119 0.096 0.053 0.031 0.017 0.007 19 N 0.095 0.086 0.098 0.116 0.145 0.117 0.096 0.084 0.065 0.044 0.026 0.017 0.007 0.004 20 G 0.134 0.085 0.090 0.114 0.124 0.111 0.092 0.078 0.067 0.046 0.031 0.016 0.007 0.004 21 H 0.076 0.068 0.084 0.121 0.141 0.144 0.119 0.097 0.066 0.038 0.024 0.012 0.005 0.003 22 L 0.061 0.054 0.060 0.082 0.114 0.138 0.135 0.124 0.099 0.059 0.039 0.020 0.009 0.004 23 R 0.077 0.079 0.098 0.124 0.128 0.136 0.121 0.104 0.060 0.035 0.021 0.011 0.004 0.002 24 D 0.086 0.076 0.094 0.103 0.143 0.128 0.102 0.089 0.073 0.046 0.031 0.016 0.007 0.005 25 A 0.065 0.052 0.059 0.076 0.121 0.125 0.128 0.117 0.097 0.075 0.040 0.024 0.014 0.007 26 F 0.054 0.044 0.064 0.094 0.131 0.146 0.149 0.108 0.084 0.059 0.033 0.019 0.010 0.007 27 Y 0.020 0.014 0.028 0.048 0.093 0.133 0.169 0.145 0.131 0.093 0.067 0.034 0.016 0.010 28 L 0.049 0.033 0.047 0.048 0.085 0.130 0.157 0.119 0.111 0.068 0.067 0.048 0.027 0.010 29 L 0.072 0.097 0.084 0.158 0.154 0.121 0.090 0.088 0.059 0.042 0.017 0.010 0.005 0.003 30 I 0.012 0.019 0.033 0.080 0.116 0.181 0.207 0.176 0.085 0.049 0.021 0.012 0.004 0.003 31 F 0.012 0.012 0.033 0.047 0.097 0.185 0.211 0.170 0.127 0.063 0.024 0.010 0.005 0.001 32 S 0.151 0.214 0.197 0.157 0.134 0.066 0.038 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.096 0.147 0.167 0.182 0.179 0.105 0.056 0.039 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 34 A 0.023 0.029 0.058 0.113 0.154 0.202 0.201 0.155 0.044 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 35 T 0.048 0.069 0.122 0.168 0.212 0.161 0.105 0.059 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 36 D 0.303 0.229 0.157 0.129 0.087 0.046 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 A 0.288 0.201 0.175 0.138 0.082 0.063 0.028 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 38 L 0.043 0.042 0.058 0.140 0.188 0.180 0.140 0.107 0.063 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 39 M 0.061 0.069 0.083 0.119 0.159 0.175 0.141 0.099 0.050 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 40 D 0.405 0.211 0.135 0.100 0.053 0.039 0.028 0.011 0.007 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 41 R 0.186 0.140 0.186 0.133 0.122 0.093 0.066 0.025 0.023 0.011 0.010 0.003 0.002 0.001 42 I 0.075 0.046 0.067 0.098 0.168 0.163 0.136 0.117 0.061 0.035 0.018 0.008 0.005 0.002 43 G 0.190 0.146 0.145 0.142 0.129 0.094 0.068 0.038 0.023 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 44 L 0.156 0.078 0.073 0.121 0.140 0.129 0.100 0.080 0.051 0.040 0.017 0.008 0.004 0.001 45 D 0.309 0.195 0.151 0.123 0.086 0.055 0.038 0.016 0.013 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 46 A 0.120 0.075 0.099 0.122 0.148 0.137 0.114 0.079 0.048 0.029 0.017 0.006 0.004 0.001 47 D 0.313 0.176 0.151 0.126 0.097 0.061 0.041 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 48 S 0.333 0.164 0.144 0.123 0.094 0.066 0.038 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 49 R 0.211 0.129 0.129 0.158 0.167 0.087 0.058 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 50 G 0.314 0.185 0.158 0.145 0.092 0.053 0.029 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 Q 0.347 0.196 0.142 0.129 0.083 0.052 0.027 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 S 0.196 0.176 0.134 0.161 0.125 0.084 0.057 0.033 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 53 G 0.114 0.145 0.129 0.148 0.133 0.125 0.084 0.052 0.035 0.015 0.011 0.004 0.002 0.002 54 N 0.019 0.029 0.042 0.075 0.142 0.152 0.156 0.150 0.104 0.060 0.036 0.018 0.011 0.007 55 S 0.009 0.011 0.020 0.041 0.084 0.110 0.138 0.129 0.139 0.114 0.094 0.057 0.032 0.022 56 L 0.004 0.003 0.006 0.012 0.023 0.051 0.095 0.093 0.145 0.147 0.164 0.139 0.068 0.049 57 F 0.002 0.001 0.003 0.006 0.012 0.025 0.054 0.076 0.132 0.169 0.200 0.172 0.095 0.052 58 T 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.027 0.055 0.103 0.136 0.154 0.191 0.162 0.100 0.049 59 L 0.002 0.002 0.003 0.007 0.014 0.033 0.063 0.090 0.129 0.185 0.192 0.144 0.088 0.049 60 E 0.008 0.017 0.028 0.052 0.103 0.103 0.122 0.167 0.138 0.109 0.068 0.045 0.020 0.021 61 A 0.013 0.008 0.013 0.023 0.047 0.091 0.105 0.118 0.148 0.176 0.109 0.079 0.047 0.024 62 H 0.021 0.040 0.058 0.142 0.200 0.149 0.124 0.108 0.085 0.047 0.013 0.008 0.003 0.003 63 I 0.035 0.030 0.042 0.073 0.101 0.149 0.155 0.127 0.104 0.086 0.057 0.024 0.012 0.004 64 N 0.137 0.158 0.179 0.161 0.122 0.101 0.062 0.040 0.022 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 65 Y 0.043 0.042 0.053 0.104 0.138 0.148 0.139 0.145 0.086 0.060 0.025 0.011 0.005 0.002 66 L 0.057 0.086 0.094 0.144 0.192 0.159 0.088 0.088 0.051 0.028 0.007 0.005 0.001 0.001 67 H 0.216 0.134 0.104 0.135 0.115 0.086 0.067 0.056 0.037 0.025 0.014 0.006 0.004 0.002 68 E 0.108 0.101 0.133 0.167 0.180 0.119 0.081 0.046 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 69 V 0.060 0.034 0.055 0.081 0.133 0.161 0.135 0.116 0.093 0.064 0.035 0.016 0.013 0.004 70 K 0.121 0.125 0.137 0.198 0.160 0.102 0.068 0.042 0.025 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 71 L 0.040 0.036 0.041 0.087 0.127 0.161 0.126 0.134 0.104 0.078 0.037 0.015 0.009 0.003 72 G 0.062 0.105 0.083 0.151 0.178 0.141 0.087 0.075 0.058 0.031 0.014 0.008 0.003 0.002 73 T 0.067 0.064 0.089 0.137 0.138 0.111 0.110 0.095 0.076 0.050 0.037 0.013 0.009 0.005 74 E 0.017 0.033 0.050 0.098 0.163 0.168 0.147 0.112 0.095 0.064 0.027 0.015 0.007 0.006 75 V 0.007 0.005 0.009 0.016 0.035 0.068 0.100 0.113 0.151 0.155 0.163 0.081 0.070 0.028 76 W 0.005 0.011 0.016 0.052 0.079 0.102 0.141 0.147 0.138 0.134 0.071 0.055 0.026 0.026 77 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.019 0.039 0.055 0.125 0.184 0.246 0.193 0.088 0.039 78 Q 0.001 0.003 0.005 0.015 0.030 0.044 0.073 0.170 0.187 0.164 0.128 0.096 0.052 0.031 79 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.019 0.040 0.077 0.122 0.185 0.225 0.176 0.097 0.044 80 Q 0.002 0.006 0.012 0.031 0.060 0.086 0.115 0.195 0.171 0.151 0.075 0.051 0.023 0.021 81 I 0.003 0.004 0.007 0.011 0.027 0.051 0.084 0.125 0.172 0.170 0.166 0.100 0.054 0.025 82 L 0.018 0.029 0.056 0.098 0.128 0.170 0.149 0.135 0.091 0.063 0.029 0.018 0.009 0.007 83 G 0.071 0.098 0.100 0.141 0.163 0.124 0.099 0.067 0.064 0.036 0.021 0.010 0.003 0.004 84 F 0.043 0.051 0.074 0.118 0.165 0.162 0.133 0.120 0.065 0.039 0.019 0.007 0.004 0.001 85 D 0.274 0.223 0.174 0.134 0.072 0.052 0.036 0.014 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 86 R 0.145 0.147 0.158 0.162 0.147 0.100 0.062 0.034 0.022 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 87 K 0.168 0.130 0.125 0.141 0.133 0.109 0.079 0.051 0.029 0.015 0.012 0.003 0.003 0.001 88 R 0.069 0.093 0.092 0.142 0.170 0.144 0.102 0.068 0.054 0.035 0.016 0.008 0.004 0.003 89 L 0.017 0.012 0.021 0.040 0.080 0.110 0.141 0.162 0.141 0.121 0.075 0.041 0.027 0.012 90 H 0.017 0.028 0.036 0.079 0.106 0.131 0.131 0.124 0.119 0.089 0.055 0.046 0.020 0.017 91 V 0.004 0.002 0.004 0.009 0.016 0.035 0.064 0.087 0.153 0.197 0.184 0.148 0.067 0.030 92 Y 0.003 0.007 0.010 0.028 0.056 0.067 0.098 0.178 0.174 0.145 0.107 0.073 0.035 0.019 93 H 0.005 0.003 0.005 0.010 0.014 0.040 0.065 0.083 0.123 0.171 0.212 0.145 0.085 0.039 94 S 0.014 0.024 0.039 0.070 0.113 0.117 0.142 0.170 0.124 0.085 0.047 0.032 0.013 0.011 95 L 0.008 0.009 0.014 0.022 0.049 0.085 0.116 0.169 0.164 0.153 0.104 0.060 0.035 0.011 96 H 0.029 0.051 0.090 0.155 0.192 0.188 0.117 0.085 0.048 0.027 0.008 0.006 0.002 0.002 97 R 0.194 0.164 0.135 0.169 0.151 0.072 0.046 0.028 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 98 A 0.245 0.207 0.172 0.174 0.096 0.053 0.030 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 99 G 0.374 0.263 0.153 0.106 0.045 0.033 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.281 0.227 0.183 0.145 0.083 0.046 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.412 0.219 0.138 0.097 0.050 0.045 0.023 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 102 E 0.094 0.121 0.108 0.166 0.199 0.126 0.075 0.048 0.034 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 103 V 0.021 0.021 0.035 0.071 0.117 0.147 0.159 0.191 0.108 0.057 0.035 0.018 0.014 0.006 104 L 0.016 0.020 0.027 0.057 0.125 0.139 0.129 0.126 0.125 0.100 0.046 0.051 0.023 0.015 105 A 0.013 0.006 0.011 0.018 0.031 0.058 0.104 0.105 0.153 0.158 0.136 0.114 0.065 0.026 106 A 0.012 0.022 0.032 0.067 0.118 0.126 0.123 0.133 0.131 0.093 0.055 0.047 0.021 0.019 107 S 0.007 0.005 0.009 0.017 0.033 0.067 0.100 0.125 0.161 0.166 0.147 0.091 0.048 0.025 108 E 0.008 0.020 0.027 0.076 0.123 0.133 0.134 0.179 0.136 0.093 0.032 0.021 0.009 0.009 109 Q 0.006 0.007 0.013 0.025 0.046 0.083 0.123 0.145 0.161 0.151 0.124 0.067 0.029 0.022 110 M 0.006 0.008 0.019 0.038 0.073 0.101 0.133 0.168 0.154 0.128 0.076 0.046 0.027 0.024 111 L 0.005 0.003 0.006 0.009 0.020 0.038 0.087 0.090 0.129 0.162 0.168 0.139 0.087 0.057 112 L 0.004 0.003 0.006 0.011 0.027 0.051 0.098 0.137 0.143 0.168 0.150 0.096 0.069 0.037 113 H 0.007 0.006 0.007 0.015 0.030 0.056 0.085 0.099 0.125 0.142 0.180 0.128 0.073 0.047 114 V 0.022 0.014 0.019 0.041 0.064 0.105 0.136 0.134 0.143 0.119 0.089 0.072 0.027 0.016 115 D 0.029 0.050 0.049 0.120 0.144 0.149 0.132 0.126 0.101 0.050 0.028 0.013 0.005 0.003 116 L 0.048 0.065 0.071 0.137 0.147 0.176 0.123 0.094 0.065 0.040 0.021 0.007 0.003 0.001 117 A 0.342 0.206 0.200 0.104 0.056 0.041 0.029 0.010 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 118 G 0.362 0.186 0.187 0.107 0.068 0.045 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 P 0.268 0.157 0.148 0.134 0.121 0.080 0.047 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 120 Q 0.315 0.189 0.143 0.123 0.095 0.058 0.037 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 121 S 0.174 0.110 0.116 0.128 0.142 0.118 0.090 0.060 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 122 A 0.175 0.109 0.105 0.134 0.155 0.115 0.080 0.057 0.032 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 123 P 0.266 0.151 0.131 0.125 0.111 0.080 0.055 0.034 0.023 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 124 F 0.115 0.075 0.090 0.125 0.156 0.138 0.107 0.082 0.051 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 125 G 0.180 0.118 0.142 0.136 0.132 0.111 0.075 0.044 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 126 H 0.314 0.155 0.115 0.125 0.107 0.070 0.046 0.028 0.017 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 127 T 0.231 0.177 0.144 0.143 0.116 0.076 0.051 0.029 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 128 T 0.073 0.058 0.090 0.123 0.157 0.162 0.136 0.100 0.052 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 129 V 0.092 0.096 0.143 0.148 0.176 0.134 0.092 0.060 0.030 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 130 C 0.296 0.158 0.101 0.129 0.112 0.081 0.047 0.036 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 131 R 0.158 0.167 0.129 0.182 0.141 0.091 0.060 0.034 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 132 L 0.033 0.030 0.056 0.101 0.151 0.184 0.175 0.127 0.082 0.039 0.014 0.005 0.002 0.001 133 N 0.303 0.215 0.194 0.130 0.077 0.041 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.436 0.218 0.145 0.095 0.048 0.030 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.099 0.087 0.103 0.177 0.206 0.146 0.095 0.056 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 136 V 0.149 0.123 0.158 0.180 0.179 0.097 0.061 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 137 E 0.572 0.182 0.097 0.075 0.036 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.458 0.184 0.125 0.106 0.064 0.035 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Q 0.410 0.169 0.152 0.118 0.075 0.039 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.502 0.167 0.122 0.093 0.057 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 G 0.417 0.174 0.136 0.110 0.079 0.045 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.329 0.145 0.122 0.133 0.124 0.069 0.042 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.403 0.182 0.142 0.116 0.073 0.042 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 A 0.279 0.146 0.133 0.137 0.128 0.089 0.048 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 145 P 0.316 0.169 0.139 0.148 0.117 0.053 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 146 Q 0.603 0.189 0.110 0.056 0.019 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Y 0.237 0.147 0.142 0.148 0.147 0.096 0.045 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 M 0.126 0.102 0.108 0.182 0.204 0.111 0.086 0.048 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 149 G 0.492 0.229 0.147 0.069 0.027 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 R 0.387 0.170 0.128 0.125 0.075 0.054 0.033 0.012 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 151 T 0.131 0.123 0.126 0.162 0.172 0.123 0.079 0.043 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 152 I 0.083 0.058 0.068 0.108 0.179 0.178 0.123 0.105 0.048 0.030 0.011 0.005 0.004 0.001 153 K 0.424 0.198 0.154 0.102 0.057 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.164 0.083 0.111 0.146 0.164 0.134 0.085 0.046 0.032 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 155 P 0.325 0.174 0.146 0.124 0.106 0.058 0.034 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 156 A 0.351 0.173 0.142 0.123 0.088 0.054 0.032 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001