# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.261 0.138 0.121 0.156 0.129 0.087 0.052 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 2 N 0.486 0.211 0.128 0.086 0.044 0.024 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 P 0.539 0.204 0.109 0.079 0.034 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.531 0.220 0.133 0.062 0.025 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 N 0.293 0.172 0.162 0.126 0.103 0.071 0.040 0.015 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 6 W 0.117 0.106 0.121 0.140 0.181 0.132 0.099 0.053 0.025 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 7 L 0.054 0.040 0.048 0.093 0.145 0.171 0.130 0.114 0.083 0.064 0.026 0.018 0.010 0.004 8 L 0.056 0.062 0.070 0.118 0.139 0.130 0.117 0.101 0.085 0.054 0.026 0.028 0.007 0.006 9 L 0.018 0.014 0.020 0.037 0.061 0.094 0.106 0.150 0.164 0.146 0.091 0.062 0.027 0.009 10 R 0.030 0.054 0.059 0.096 0.113 0.120 0.108 0.120 0.113 0.082 0.048 0.037 0.013 0.008 11 R 0.018 0.019 0.028 0.051 0.070 0.099 0.103 0.139 0.144 0.143 0.100 0.049 0.026 0.013 12 V 0.019 0.029 0.043 0.078 0.115 0.122 0.123 0.136 0.121 0.098 0.051 0.037 0.015 0.012 13 V 0.017 0.011 0.018 0.025 0.043 0.080 0.114 0.143 0.160 0.146 0.113 0.072 0.041 0.015 14 R 0.030 0.047 0.067 0.113 0.129 0.130 0.118 0.128 0.094 0.068 0.036 0.024 0.010 0.007 15 F 0.028 0.026 0.031 0.047 0.072 0.116 0.121 0.138 0.140 0.119 0.083 0.050 0.020 0.009 16 G 0.062 0.066 0.077 0.097 0.135 0.120 0.104 0.125 0.089 0.058 0.034 0.019 0.009 0.004 17 D 0.083 0.099 0.099 0.128 0.139 0.110 0.091 0.083 0.066 0.048 0.029 0.015 0.006 0.004 18 T 0.078 0.055 0.078 0.092 0.121 0.137 0.123 0.106 0.083 0.060 0.035 0.017 0.009 0.005 19 D 0.091 0.088 0.106 0.128 0.132 0.126 0.109 0.085 0.058 0.034 0.022 0.011 0.005 0.004 20 A 0.049 0.032 0.045 0.061 0.103 0.132 0.136 0.138 0.111 0.089 0.053 0.029 0.015 0.008 21 A 0.066 0.059 0.070 0.092 0.131 0.132 0.120 0.105 0.083 0.058 0.039 0.026 0.012 0.007 22 G 0.095 0.053 0.063 0.089 0.101 0.106 0.115 0.100 0.095 0.069 0.056 0.033 0.015 0.010 23 V 0.038 0.033 0.048 0.077 0.119 0.132 0.140 0.140 0.106 0.071 0.047 0.028 0.012 0.007 24 M 0.041 0.030 0.031 0.042 0.070 0.110 0.129 0.146 0.136 0.100 0.079 0.050 0.027 0.009 25 H 0.052 0.051 0.067 0.104 0.126 0.138 0.137 0.122 0.085 0.056 0.030 0.019 0.008 0.005 26 F 0.031 0.033 0.052 0.075 0.127 0.145 0.137 0.123 0.110 0.075 0.051 0.025 0.010 0.006 27 H 0.087 0.065 0.072 0.087 0.113 0.139 0.128 0.102 0.082 0.055 0.034 0.020 0.011 0.006 28 Q 0.063 0.076 0.093 0.151 0.158 0.153 0.121 0.073 0.049 0.034 0.014 0.008 0.004 0.003 29 L 0.012 0.009 0.021 0.038 0.090 0.151 0.218 0.175 0.147 0.073 0.039 0.016 0.008 0.004 30 F 0.031 0.034 0.075 0.067 0.120 0.204 0.207 0.117 0.066 0.031 0.025 0.012 0.009 0.002 31 R 0.251 0.313 0.158 0.113 0.096 0.032 0.015 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 W 0.010 0.033 0.071 0.171 0.174 0.191 0.191 0.124 0.021 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 33 C 0.003 0.005 0.017 0.047 0.116 0.235 0.255 0.176 0.109 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 34 H 0.092 0.224 0.220 0.214 0.137 0.061 0.030 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.344 0.351 0.173 0.074 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.006 0.015 0.050 0.123 0.186 0.237 0.211 0.139 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 37 W 0.010 0.020 0.053 0.151 0.257 0.244 0.135 0.072 0.040 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 38 E 0.322 0.313 0.160 0.105 0.059 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.248 0.263 0.209 0.149 0.072 0.037 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.018 0.024 0.052 0.169 0.196 0.212 0.169 0.110 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 41 L 0.045 0.061 0.083 0.131 0.193 0.203 0.138 0.083 0.042 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 42 E 0.452 0.268 0.126 0.081 0.032 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.312 0.203 0.226 0.104 0.065 0.049 0.026 0.005 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.073 0.051 0.087 0.139 0.221 0.182 0.112 0.074 0.034 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 45 G 0.205 0.133 0.128 0.137 0.146 0.105 0.071 0.037 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 46 L 0.164 0.098 0.079 0.131 0.145 0.124 0.090 0.075 0.044 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 47 N 0.339 0.179 0.151 0.120 0.078 0.053 0.038 0.014 0.012 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 48 P 0.120 0.085 0.127 0.133 0.152 0.125 0.099 0.060 0.044 0.026 0.018 0.007 0.003 0.002 49 A 0.262 0.138 0.112 0.124 0.120 0.093 0.066 0.040 0.020 0.011 0.009 0.004 0.002 0.001 50 D 0.286 0.188 0.144 0.140 0.089 0.063 0.040 0.021 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 51 I 0.096 0.063 0.070 0.109 0.158 0.147 0.134 0.110 0.059 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 52 F 0.149 0.132 0.150 0.169 0.162 0.096 0.063 0.040 0.018 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 53 P 0.494 0.161 0.129 0.087 0.051 0.035 0.023 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 54 G 0.327 0.161 0.138 0.137 0.115 0.058 0.034 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 S 0.338 0.164 0.121 0.132 0.104 0.062 0.040 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 R 0.335 0.174 0.146 0.135 0.098 0.055 0.033 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 K 0.462 0.163 0.145 0.094 0.061 0.039 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.419 0.167 0.128 0.120 0.090 0.041 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.431 0.191 0.125 0.118 0.071 0.034 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.290 0.186 0.143 0.159 0.104 0.061 0.032 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 T 0.257 0.197 0.162 0.145 0.095 0.070 0.041 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 62 P 0.139 0.155 0.131 0.167 0.142 0.106 0.074 0.040 0.022 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 63 E 0.067 0.104 0.111 0.137 0.141 0.143 0.121 0.066 0.051 0.022 0.021 0.007 0.005 0.003 64 V 0.005 0.011 0.021 0.043 0.097 0.131 0.161 0.164 0.139 0.093 0.066 0.034 0.022 0.014 65 A 0.002 0.003 0.007 0.016 0.036 0.063 0.110 0.117 0.149 0.156 0.143 0.100 0.058 0.041 66 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.023 0.054 0.066 0.125 0.168 0.199 0.189 0.093 0.069 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.023 0.043 0.097 0.164 0.237 0.222 0.127 0.073 68 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.030 0.072 0.116 0.158 0.212 0.198 0.125 0.072 69 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.031 0.062 0.114 0.196 0.216 0.187 0.110 0.066 70 H 0.001 0.003 0.007 0.015 0.039 0.058 0.094 0.191 0.172 0.157 0.111 0.074 0.039 0.037 71 C 0.002 0.002 0.004 0.008 0.019 0.045 0.068 0.092 0.141 0.208 0.155 0.122 0.079 0.053 72 Q 0.007 0.019 0.038 0.094 0.165 0.133 0.141 0.146 0.119 0.083 0.024 0.016 0.006 0.009 73 A 0.015 0.011 0.017 0.027 0.050 0.102 0.126 0.127 0.143 0.154 0.116 0.064 0.034 0.014 74 D 0.054 0.083 0.112 0.169 0.159 0.139 0.104 0.086 0.049 0.023 0.010 0.007 0.002 0.002 75 F 0.025 0.021 0.026 0.056 0.085 0.121 0.143 0.168 0.138 0.113 0.060 0.028 0.012 0.004 76 R 0.059 0.093 0.110 0.132 0.167 0.148 0.091 0.098 0.054 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 77 R 0.160 0.129 0.104 0.132 0.122 0.095 0.074 0.069 0.046 0.034 0.020 0.008 0.004 0.002 78 P 0.097 0.091 0.127 0.155 0.174 0.133 0.088 0.061 0.038 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 79 I 0.062 0.048 0.068 0.099 0.149 0.156 0.130 0.111 0.082 0.052 0.022 0.010 0.007 0.003 80 H 0.100 0.122 0.136 0.177 0.161 0.114 0.080 0.054 0.029 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 81 T 0.074 0.071 0.087 0.133 0.149 0.156 0.110 0.077 0.058 0.042 0.025 0.009 0.005 0.003 82 G 0.087 0.119 0.104 0.155 0.161 0.122 0.090 0.058 0.050 0.026 0.015 0.008 0.003 0.002 83 D 0.043 0.048 0.070 0.127 0.134 0.119 0.122 0.113 0.088 0.060 0.044 0.014 0.011 0.006 84 A 0.010 0.025 0.033 0.073 0.119 0.152 0.157 0.143 0.115 0.085 0.043 0.024 0.013 0.010 85 L 0.003 0.002 0.005 0.008 0.020 0.044 0.077 0.095 0.140 0.180 0.185 0.116 0.090 0.034 86 A 0.003 0.007 0.011 0.037 0.061 0.080 0.114 0.138 0.149 0.150 0.096 0.078 0.037 0.037 87 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.028 0.040 0.106 0.175 0.257 0.226 0.099 0.048 88 E 0.001 0.003 0.004 0.015 0.029 0.045 0.079 0.192 0.202 0.166 0.118 0.080 0.042 0.024 89 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.024 0.041 0.084 0.126 0.193 0.221 0.164 0.095 0.037 90 R 0.003 0.009 0.018 0.041 0.082 0.099 0.122 0.192 0.167 0.130 0.059 0.044 0.018 0.015 91 P 0.004 0.008 0.013 0.021 0.045 0.078 0.113 0.155 0.177 0.160 0.123 0.060 0.030 0.013 92 E 0.050 0.083 0.136 0.163 0.161 0.158 0.100 0.070 0.039 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 93 R 0.102 0.147 0.122 0.174 0.163 0.106 0.068 0.042 0.039 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 94 L 0.058 0.080 0.101 0.163 0.185 0.149 0.114 0.086 0.036 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 95 N 0.309 0.246 0.215 0.113 0.046 0.033 0.023 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 96 P 0.231 0.191 0.179 0.140 0.114 0.069 0.040 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 97 N 0.103 0.103 0.115 0.159 0.177 0.128 0.090 0.056 0.031 0.017 0.012 0.003 0.004 0.002 98 S 0.043 0.066 0.070 0.127 0.180 0.159 0.125 0.080 0.066 0.044 0.019 0.012 0.005 0.005 99 F 0.009 0.007 0.012 0.028 0.058 0.094 0.129 0.145 0.149 0.149 0.105 0.060 0.038 0.017 100 Q 0.008 0.017 0.022 0.062 0.078 0.111 0.123 0.119 0.140 0.109 0.083 0.075 0.028 0.026 101 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.041 0.066 0.142 0.193 0.229 0.187 0.078 0.031 102 H 0.001 0.004 0.005 0.015 0.033 0.046 0.076 0.206 0.192 0.160 0.115 0.082 0.047 0.019 103 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.023 0.041 0.071 0.112 0.202 0.217 0.162 0.108 0.048 104 E 0.005 0.012 0.029 0.052 0.112 0.111 0.130 0.167 0.141 0.115 0.053 0.039 0.016 0.018 105 F 0.009 0.007 0.012 0.019 0.047 0.074 0.097 0.132 0.161 0.162 0.124 0.087 0.048 0.021 106 R 0.024 0.055 0.095 0.198 0.183 0.169 0.109 0.080 0.048 0.023 0.008 0.005 0.002 0.002 107 C 0.062 0.099 0.073 0.156 0.174 0.141 0.088 0.072 0.065 0.038 0.019 0.007 0.002 0.001 108 E 0.201 0.262 0.172 0.165 0.087 0.050 0.031 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 109 E 0.326 0.280 0.184 0.100 0.036 0.036 0.021 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.069 0.110 0.140 0.168 0.211 0.143 0.075 0.040 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 111 I 0.033 0.031 0.056 0.096 0.142 0.181 0.166 0.137 0.071 0.037 0.025 0.010 0.009 0.005 112 A 0.016 0.021 0.025 0.058 0.126 0.131 0.136 0.144 0.131 0.098 0.041 0.039 0.020 0.012 113 A 0.010 0.006 0.011 0.019 0.031 0.056 0.116 0.130 0.165 0.146 0.123 0.104 0.061 0.023 114 H 0.007 0.015 0.022 0.048 0.094 0.116 0.124 0.146 0.143 0.112 0.067 0.059 0.026 0.021 115 A 0.004 0.003 0.005 0.010 0.022 0.048 0.074 0.099 0.153 0.183 0.181 0.117 0.066 0.036 116 L 0.004 0.011 0.015 0.052 0.092 0.110 0.130 0.185 0.160 0.124 0.046 0.036 0.015 0.018 117 I 0.003 0.003 0.006 0.010 0.022 0.049 0.099 0.128 0.169 0.172 0.159 0.103 0.047 0.030 118 R 0.003 0.006 0.015 0.035 0.070 0.098 0.134 0.183 0.154 0.128 0.078 0.043 0.027 0.026 119 H 0.004 0.003 0.006 0.010 0.020 0.039 0.082 0.074 0.115 0.158 0.188 0.142 0.083 0.076 120 L 0.005 0.003 0.007 0.013 0.034 0.057 0.111 0.140 0.155 0.159 0.126 0.090 0.062 0.039 121 A 0.006 0.004 0.006 0.012 0.028 0.051 0.092 0.123 0.131 0.144 0.168 0.116 0.081 0.039 122 I 0.022 0.016 0.021 0.044 0.075 0.127 0.146 0.142 0.131 0.106 0.077 0.056 0.024 0.013 123 N 0.056 0.077 0.076 0.163 0.170 0.138 0.115 0.080 0.060 0.031 0.019 0.009 0.003 0.002 124 A 0.076 0.079 0.079 0.159 0.160 0.171 0.111 0.070 0.052 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 125 Q 0.255 0.203 0.186 0.150 0.085 0.059 0.034 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 126 T 0.456 0.188 0.165 0.087 0.044 0.032 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.325 0.162 0.167 0.125 0.103 0.060 0.031 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 128 H 0.324 0.166 0.129 0.133 0.108 0.061 0.039 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 129 R 0.210 0.144 0.141 0.135 0.136 0.097 0.064 0.038 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 130 C 0.170 0.104 0.095 0.136 0.166 0.120 0.082 0.065 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 131 A 0.267 0.161 0.138 0.140 0.110 0.077 0.049 0.027 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 132 L 0.099 0.077 0.085 0.141 0.174 0.156 0.105 0.067 0.052 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 133 P 0.151 0.135 0.151 0.171 0.153 0.099 0.068 0.032 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 134 E 0.593 0.195 0.105 0.057 0.022 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.287 0.218 0.181 0.136 0.086 0.050 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.044 0.038 0.064 0.117 0.201 0.200 0.163 0.103 0.045 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 137 D 0.227 0.215 0.194 0.167 0.107 0.050 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.622 0.200 0.093 0.047 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.103 0.113 0.124 0.198 0.196 0.122 0.078 0.042 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 140 L 0.048 0.053 0.099 0.136 0.197 0.173 0.147 0.091 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 141 E 0.464 0.222 0.136 0.086 0.046 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.460 0.187 0.140 0.095 0.055 0.033 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.222 0.125 0.140 0.168 0.154 0.095 0.055 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 144 G 0.319 0.156 0.168 0.123 0.104 0.068 0.036 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 145 V 0.310 0.139 0.111 0.143 0.133 0.073 0.044 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 146 G 0.427 0.182 0.124 0.106 0.066 0.045 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 147 K 0.335 0.165 0.136 0.128 0.102 0.060 0.033 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 148 I 0.131 0.093 0.101 0.141 0.166 0.131 0.099 0.072 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 149 G 0.184 0.105 0.110 0.126 0.141 0.130 0.083 0.055 0.031 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 150 S 0.283 0.163 0.147 0.130 0.104 0.065 0.045 0.025 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 151 I 0.121 0.071 0.086 0.116 0.150 0.139 0.110 0.083 0.056 0.037 0.017 0.009 0.004 0.002