# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.466 0.177 0.151 0.088 0.053 0.033 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 2 M 0.238 0.151 0.139 0.158 0.152 0.078 0.041 0.019 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 S 0.269 0.180 0.126 0.153 0.111 0.069 0.047 0.022 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 4 E 0.260 0.177 0.147 0.154 0.098 0.073 0.044 0.019 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 5 T 0.049 0.071 0.078 0.132 0.147 0.152 0.137 0.097 0.064 0.034 0.020 0.010 0.005 0.003 6 F 0.021 0.020 0.031 0.069 0.101 0.130 0.144 0.159 0.120 0.096 0.055 0.031 0.018 0.008 7 D 0.014 0.028 0.036 0.069 0.105 0.113 0.121 0.129 0.121 0.106 0.070 0.051 0.021 0.013 8 V 0.006 0.003 0.005 0.009 0.017 0.041 0.065 0.094 0.147 0.191 0.164 0.139 0.091 0.030 9 E 0.013 0.024 0.037 0.081 0.112 0.100 0.119 0.146 0.130 0.096 0.056 0.053 0.018 0.015 10 L 0.004 0.004 0.006 0.014 0.029 0.069 0.094 0.154 0.168 0.192 0.131 0.081 0.042 0.012 11 T 0.033 0.064 0.079 0.138 0.188 0.156 0.093 0.096 0.075 0.039 0.017 0.012 0.004 0.004 12 K 0.095 0.112 0.106 0.184 0.159 0.094 0.078 0.065 0.042 0.031 0.020 0.008 0.003 0.002 13 N 0.219 0.212 0.190 0.141 0.085 0.076 0.041 0.014 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 14 V 0.137 0.195 0.153 0.195 0.133 0.085 0.049 0.023 0.016 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.202 0.206 0.196 0.163 0.088 0.064 0.047 0.015 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 16 G 0.120 0.132 0.153 0.128 0.119 0.143 0.101 0.034 0.030 0.013 0.016 0.005 0.004 0.003 17 L 0.009 0.010 0.020 0.043 0.103 0.121 0.149 0.170 0.129 0.097 0.072 0.036 0.025 0.014 18 G 0.005 0.010 0.012 0.034 0.057 0.082 0.106 0.129 0.147 0.133 0.109 0.105 0.043 0.029 19 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.019 0.047 0.075 0.148 0.185 0.195 0.198 0.084 0.033 20 T 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.038 0.067 0.166 0.179 0.169 0.155 0.106 0.060 0.025 21 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.029 0.061 0.108 0.186 0.221 0.197 0.120 0.046 22 A 0.008 0.013 0.022 0.041 0.069 0.082 0.113 0.138 0.157 0.147 0.084 0.073 0.029 0.025 23 G 0.015 0.025 0.036 0.068 0.096 0.116 0.128 0.137 0.134 0.107 0.073 0.039 0.014 0.011 24 Y 0.026 0.047 0.071 0.111 0.132 0.167 0.144 0.134 0.081 0.045 0.025 0.011 0.005 0.003 25 I 0.110 0.134 0.130 0.148 0.142 0.108 0.086 0.064 0.037 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 26 G 0.242 0.173 0.182 0.136 0.106 0.070 0.046 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 27 D 0.346 0.181 0.157 0.119 0.090 0.052 0.029 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 K 0.413 0.184 0.145 0.120 0.071 0.034 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.475 0.205 0.141 0.089 0.043 0.026 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.229 0.166 0.127 0.161 0.139 0.082 0.050 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 31 E 0.304 0.238 0.152 0.123 0.072 0.050 0.033 0.014 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 32 P 0.164 0.175 0.156 0.136 0.121 0.106 0.064 0.032 0.023 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 33 S 0.034 0.040 0.062 0.102 0.180 0.152 0.143 0.101 0.079 0.048 0.028 0.014 0.009 0.006 34 G 0.012 0.015 0.026 0.052 0.109 0.136 0.139 0.114 0.127 0.107 0.076 0.048 0.023 0.016 35 I 0.006 0.005 0.007 0.018 0.026 0.062 0.094 0.097 0.148 0.147 0.163 0.127 0.061 0.037 36 F 0.002 0.003 0.005 0.013 0.021 0.038 0.074 0.105 0.169 0.161 0.166 0.151 0.059 0.033 37 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.024 0.053 0.118 0.156 0.165 0.223 0.142 0.083 0.020 38 K 0.007 0.013 0.018 0.032 0.045 0.079 0.094 0.144 0.137 0.141 0.128 0.080 0.055 0.029 39 S 0.016 0.029 0.043 0.068 0.115 0.111 0.117 0.124 0.121 0.117 0.063 0.043 0.016 0.018 40 I 0.013 0.012 0.022 0.034 0.078 0.114 0.139 0.175 0.163 0.128 0.058 0.036 0.019 0.009 41 T 0.051 0.079 0.129 0.172 0.145 0.155 0.105 0.070 0.046 0.026 0.011 0.007 0.002 0.002 42 K 0.146 0.116 0.123 0.135 0.144 0.097 0.080 0.065 0.041 0.027 0.016 0.007 0.002 0.002 43 S 0.200 0.194 0.166 0.130 0.114 0.069 0.051 0.035 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 44 S 0.212 0.139 0.125 0.135 0.121 0.104 0.069 0.043 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 45 A 0.109 0.097 0.116 0.144 0.198 0.138 0.086 0.054 0.031 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 46 V 0.182 0.090 0.089 0.128 0.147 0.126 0.097 0.055 0.038 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 47 E 0.344 0.218 0.171 0.115 0.058 0.041 0.029 0.010 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 48 H 0.211 0.123 0.126 0.131 0.139 0.104 0.068 0.040 0.027 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 49 D 0.190 0.173 0.132 0.166 0.143 0.081 0.049 0.029 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 50 G 0.323 0.133 0.115 0.114 0.087 0.084 0.058 0.031 0.024 0.013 0.011 0.003 0.003 0.001 51 R 0.070 0.078 0.105 0.171 0.213 0.133 0.086 0.063 0.039 0.023 0.009 0.006 0.003 0.002 52 I 0.028 0.019 0.028 0.049 0.102 0.134 0.145 0.161 0.130 0.099 0.046 0.030 0.021 0.006 53 Q 0.040 0.069 0.080 0.154 0.165 0.151 0.105 0.089 0.064 0.045 0.017 0.013 0.005 0.004 54 I 0.024 0.025 0.034 0.065 0.094 0.124 0.124 0.133 0.131 0.110 0.070 0.044 0.013 0.009 55 G 0.016 0.029 0.033 0.070 0.102 0.111 0.107 0.143 0.147 0.105 0.070 0.040 0.018 0.010 56 D 0.008 0.014 0.022 0.049 0.053 0.087 0.134 0.163 0.160 0.136 0.085 0.051 0.023 0.015 57 Q 0.004 0.006 0.013 0.027 0.052 0.090 0.111 0.180 0.165 0.157 0.100 0.049 0.031 0.017 58 I 0.003 0.004 0.006 0.009 0.026 0.040 0.059 0.088 0.139 0.169 0.167 0.142 0.100 0.047 59 I 0.012 0.007 0.012 0.021 0.032 0.054 0.110 0.107 0.140 0.149 0.139 0.114 0.066 0.038 60 A 0.014 0.026 0.042 0.083 0.104 0.129 0.142 0.126 0.117 0.079 0.073 0.036 0.015 0.014 61 V 0.013 0.012 0.017 0.028 0.055 0.115 0.128 0.164 0.147 0.115 0.106 0.058 0.032 0.012 62 D 0.064 0.088 0.092 0.144 0.166 0.120 0.100 0.094 0.059 0.038 0.017 0.010 0.004 0.003 63 G 0.109 0.109 0.118 0.146 0.154 0.110 0.083 0.056 0.051 0.034 0.019 0.008 0.002 0.002 64 T 0.168 0.130 0.134 0.143 0.125 0.111 0.075 0.049 0.030 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 65 N 0.253 0.183 0.147 0.134 0.086 0.077 0.059 0.026 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 66 L 0.058 0.055 0.078 0.105 0.166 0.169 0.138 0.112 0.061 0.034 0.014 0.006 0.003 0.001 67 Q 0.212 0.151 0.143 0.144 0.130 0.094 0.060 0.031 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 68 G 0.410 0.178 0.147 0.094 0.069 0.043 0.028 0.012 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 69 F 0.249 0.151 0.116 0.151 0.133 0.087 0.056 0.029 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 70 T 0.203 0.168 0.171 0.145 0.123 0.095 0.053 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 71 N 0.066 0.061 0.107 0.152 0.192 0.173 0.127 0.067 0.031 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.404 0.266 0.153 0.083 0.048 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.126 0.250 0.196 0.192 0.134 0.058 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.006 0.009 0.019 0.063 0.116 0.212 0.275 0.212 0.070 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 75 V 0.018 0.061 0.122 0.208 0.219 0.181 0.107 0.051 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 76 E 0.570 0.294 0.104 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.010 0.037 0.108 0.194 0.265 0.181 0.122 0.064 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.009 0.011 0.038 0.084 0.193 0.229 0.236 0.130 0.052 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 79 R 0.318 0.288 0.188 0.115 0.055 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.356 0.254 0.139 0.127 0.064 0.034 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.055 0.072 0.103 0.225 0.238 0.153 0.084 0.040 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 82 G 0.184 0.225 0.211 0.159 0.084 0.072 0.042 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.187 0.137 0.136 0.155 0.144 0.105 0.068 0.029 0.019 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 84 T 0.037 0.060 0.085 0.138 0.180 0.178 0.144 0.063 0.049 0.026 0.021 0.009 0.005 0.004 85 V 0.010 0.006 0.013 0.021 0.049 0.086 0.129 0.125 0.164 0.136 0.114 0.077 0.047 0.022 86 L 0.004 0.008 0.011 0.038 0.070 0.084 0.126 0.170 0.149 0.122 0.090 0.071 0.033 0.022 87 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.033 0.052 0.113 0.168 0.246 0.206 0.115 0.035 88 T 0.003 0.006 0.009 0.026 0.044 0.063 0.094 0.163 0.182 0.159 0.100 0.088 0.037 0.026 89 L 0.002 0.003 0.004 0.008 0.017 0.039 0.062 0.126 0.168 0.196 0.186 0.112 0.061 0.020 90 M 0.012 0.024 0.041 0.072 0.109 0.159 0.133 0.156 0.125 0.084 0.037 0.028 0.012 0.008 91 R 0.050 0.072 0.078 0.129 0.152 0.121 0.107 0.098 0.079 0.060 0.030 0.014 0.005 0.004 92 R 0.103 0.120 0.157 0.154 0.147 0.124 0.080 0.051 0.033 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 93 G 0.245 0.168 0.151 0.141 0.104 0.077 0.053 0.028 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 94 E 0.291 0.188 0.188 0.129 0.091 0.052 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 T 0.310 0.141 0.125 0.123 0.110 0.081 0.051 0.029 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 96 S 0.267 0.163 0.143 0.126 0.117 0.072 0.049 0.028 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 97 V 0.123 0.074 0.082 0.115 0.147 0.138 0.111 0.093 0.052 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002