# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.072 0.080 0.101 0.131 0.132 0.109 0.096 0.067 0.047 0.025 0.013 0.006 0.003 2 T 0.130 0.095 0.099 0.121 0.134 0.115 0.095 0.082 0.055 0.035 0.020 0.012 0.005 0.003 3 Q 0.111 0.083 0.090 0.112 0.124 0.113 0.102 0.092 0.068 0.048 0.030 0.016 0.007 0.003 4 S 0.088 0.068 0.080 0.096 0.125 0.126 0.112 0.105 0.079 0.052 0.036 0.019 0.009 0.004 5 V 0.082 0.065 0.073 0.103 0.122 0.132 0.114 0.104 0.080 0.056 0.035 0.020 0.010 0.005 6 L 0.078 0.059 0.070 0.102 0.123 0.134 0.126 0.112 0.084 0.054 0.029 0.018 0.007 0.004 7 L 0.075 0.061 0.074 0.095 0.119 0.146 0.122 0.115 0.081 0.051 0.033 0.017 0.008 0.003 8 P 0.186 0.123 0.119 0.119 0.118 0.103 0.074 0.055 0.042 0.026 0.019 0.010 0.004 0.002 9 P 0.230 0.145 0.140 0.126 0.121 0.078 0.058 0.037 0.027 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 10 G 0.217 0.137 0.125 0.132 0.128 0.091 0.066 0.041 0.028 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 11 P 0.189 0.124 0.125 0.132 0.122 0.115 0.083 0.046 0.030 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 12 F 0.128 0.089 0.107 0.132 0.153 0.135 0.103 0.068 0.040 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 13 T 0.143 0.097 0.111 0.136 0.142 0.123 0.099 0.065 0.040 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 14 R 0.168 0.144 0.127 0.138 0.134 0.107 0.067 0.051 0.030 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 15 R 0.228 0.164 0.135 0.133 0.123 0.080 0.052 0.039 0.022 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 16 Q 0.125 0.109 0.107 0.165 0.161 0.131 0.070 0.054 0.040 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 17 A 0.087 0.076 0.089 0.130 0.164 0.145 0.105 0.094 0.057 0.029 0.012 0.007 0.003 0.001 18 Q 0.118 0.117 0.124 0.158 0.146 0.113 0.077 0.066 0.041 0.021 0.011 0.005 0.003 0.002 19 A 0.044 0.040 0.060 0.085 0.133 0.149 0.152 0.140 0.084 0.051 0.030 0.018 0.009 0.006 20 V 0.037 0.019 0.040 0.053 0.097 0.126 0.165 0.149 0.123 0.086 0.050 0.030 0.017 0.008 21 T 0.057 0.045 0.054 0.081 0.141 0.131 0.117 0.105 0.098 0.070 0.042 0.032 0.016 0.010 22 T 0.052 0.027 0.032 0.049 0.074 0.108 0.123 0.118 0.127 0.111 0.083 0.054 0.028 0.012 23 T 0.045 0.043 0.053 0.119 0.146 0.143 0.123 0.108 0.098 0.061 0.031 0.018 0.007 0.006 24 Y 0.023 0.026 0.035 0.056 0.087 0.141 0.149 0.149 0.122 0.090 0.070 0.033 0.014 0.007 25 S 0.068 0.055 0.081 0.104 0.137 0.127 0.118 0.106 0.081 0.054 0.035 0.018 0.010 0.006 26 N 0.033 0.041 0.059 0.105 0.140 0.135 0.124 0.099 0.089 0.085 0.047 0.023 0.010 0.009 27 I 0.038 0.016 0.025 0.036 0.061 0.100 0.115 0.121 0.148 0.136 0.092 0.065 0.033 0.015 28 T 0.027 0.031 0.034 0.080 0.101 0.113 0.137 0.154 0.123 0.086 0.056 0.034 0.016 0.009 29 L 0.019 0.015 0.019 0.032 0.051 0.099 0.120 0.144 0.149 0.132 0.117 0.065 0.030 0.009 30 E 0.091 0.102 0.112 0.137 0.137 0.122 0.093 0.076 0.054 0.030 0.024 0.014 0.005 0.003 31 D 0.140 0.122 0.103 0.133 0.130 0.107 0.083 0.060 0.051 0.032 0.023 0.009 0.004 0.002 32 D 0.106 0.122 0.126 0.160 0.160 0.128 0.078 0.054 0.034 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 33 Q 0.181 0.160 0.174 0.157 0.111 0.088 0.060 0.029 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 34 G 0.141 0.152 0.169 0.159 0.145 0.105 0.062 0.031 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 35 S 0.108 0.110 0.131 0.138 0.175 0.129 0.090 0.051 0.032 0.018 0.010 0.004 0.003 0.002 36 H 0.034 0.046 0.060 0.116 0.163 0.170 0.136 0.111 0.071 0.046 0.025 0.013 0.005 0.005 37 F 0.017 0.015 0.023 0.047 0.069 0.099 0.149 0.143 0.152 0.103 0.086 0.062 0.023 0.013 38 R 0.006 0.012 0.017 0.040 0.050 0.079 0.127 0.178 0.172 0.128 0.093 0.061 0.027 0.011 39 L 0.003 0.004 0.006 0.011 0.020 0.050 0.066 0.138 0.159 0.184 0.162 0.105 0.069 0.024 40 V 0.004 0.005 0.008 0.015 0.037 0.054 0.077 0.133 0.154 0.187 0.118 0.117 0.060 0.031 41 V 0.009 0.008 0.013 0.021 0.043 0.065 0.107 0.129 0.176 0.155 0.122 0.092 0.040 0.019 42 R 0.021 0.043 0.069 0.131 0.144 0.188 0.127 0.103 0.078 0.044 0.029 0.015 0.005 0.005 43 D 0.091 0.117 0.104 0.152 0.160 0.127 0.082 0.062 0.049 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 44 T 0.123 0.149 0.132 0.176 0.149 0.105 0.069 0.045 0.028 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 45 E 0.248 0.209 0.190 0.138 0.082 0.063 0.035 0.015 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.253 0.154 0.178 0.129 0.108 0.080 0.049 0.022 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 47 R 0.183 0.146 0.141 0.153 0.138 0.104 0.058 0.031 0.021 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 48 M 0.074 0.054 0.069 0.105 0.151 0.140 0.124 0.111 0.074 0.045 0.026 0.015 0.007 0.005 49 V 0.024 0.029 0.032 0.066 0.098 0.116 0.132 0.168 0.131 0.094 0.051 0.035 0.017 0.007 50 W 0.018 0.017 0.024 0.040 0.056 0.095 0.125 0.143 0.154 0.125 0.091 0.071 0.029 0.013 51 R 0.012 0.018 0.026 0.049 0.068 0.094 0.103 0.135 0.147 0.141 0.104 0.063 0.027 0.014 52 A 0.011 0.011 0.017 0.024 0.046 0.069 0.094 0.119 0.153 0.147 0.134 0.107 0.045 0.023 53 W 0.015 0.016 0.023 0.044 0.061 0.094 0.117 0.153 0.150 0.136 0.096 0.052 0.028 0.014 54 N 0.026 0.041 0.052 0.079 0.104 0.121 0.119 0.132 0.117 0.091 0.054 0.039 0.014 0.010 55 F 0.023 0.021 0.029 0.047 0.080 0.116 0.127 0.161 0.139 0.119 0.073 0.038 0.019 0.008 56 E 0.071 0.103 0.116 0.147 0.157 0.115 0.087 0.072 0.057 0.037 0.019 0.011 0.004 0.003 57 P 0.148 0.086 0.102 0.125 0.124 0.122 0.098 0.073 0.049 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 58 D 0.165 0.150 0.149 0.144 0.143 0.100 0.061 0.041 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 59 A 0.078 0.051 0.063 0.099 0.145 0.154 0.135 0.109 0.077 0.051 0.021 0.009 0.005 0.002 60 G 0.191 0.176 0.177 0.158 0.128 0.074 0.048 0.023 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 61 E 0.298 0.170 0.147 0.127 0.089 0.072 0.044 0.019 0.015 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 62 G 0.091 0.093 0.105 0.150 0.164 0.145 0.108 0.076 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 63 L 0.027 0.029 0.045 0.072 0.116 0.148 0.167 0.173 0.112 0.060 0.028 0.014 0.007 0.003 64 N 0.040 0.072 0.083 0.128 0.166 0.145 0.118 0.108 0.065 0.042 0.017 0.011 0.004 0.002 65 R 0.102 0.092 0.094 0.116 0.120 0.123 0.084 0.076 0.073 0.052 0.038 0.017 0.009 0.004 66 Y 0.044 0.046 0.071 0.130 0.146 0.144 0.142 0.111 0.072 0.044 0.022 0.017 0.006 0.006 67 I 0.027 0.020 0.032 0.039 0.081 0.123 0.163 0.181 0.157 0.084 0.050 0.026 0.014 0.004 68 R 0.077 0.114 0.115 0.180 0.162 0.124 0.081 0.064 0.036 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 69 T 0.277 0.164 0.142 0.113 0.084 0.075 0.057 0.023 0.024 0.014 0.017 0.005 0.002 0.001 70 S 0.203 0.138 0.138 0.145 0.148 0.091 0.057 0.032 0.024 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 71 G 0.217 0.155 0.130 0.150 0.112 0.097 0.066 0.034 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 72 I 0.110 0.083 0.097 0.131 0.176 0.153 0.102 0.072 0.039 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 73 R 0.300 0.167 0.154 0.130 0.095 0.064 0.043 0.020 0.012 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 74 T 0.318 0.156 0.141 0.122 0.103 0.065 0.042 0.021 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 75 D 0.320 0.169 0.129 0.125 0.101 0.064 0.042 0.024 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 76 T 0.229 0.147 0.131 0.142 0.131 0.089 0.055 0.033 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 77 A 0.103 0.081 0.099 0.142 0.168 0.135 0.108 0.076 0.042 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 78 T 0.266 0.133 0.119 0.135 0.109 0.093 0.063 0.035 0.021 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 79 R 0.175 0.136 0.135 0.151 0.138 0.094 0.067 0.044 0.029 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 80 L 0.075 0.050 0.059 0.098 0.150 0.155 0.136 0.130 0.068 0.046 0.017 0.009 0.005 0.002 81 E 0.287 0.175 0.163 0.133 0.101 0.058 0.036 0.020 0.012 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 82 H 0.244 0.118 0.115 0.139 0.127 0.093 0.066 0.041 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 83 H 0.238 0.139 0.126 0.138 0.137 0.092 0.057 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 84 H 0.241 0.143 0.138 0.149 0.124 0.082 0.053 0.033 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 85 H 0.272 0.136 0.124 0.134 0.124 0.086 0.057 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 86 H 0.236 0.137 0.134 0.135 0.129 0.092 0.057 0.035 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 87 H 0.258 0.141 0.131 0.133 0.118 0.082 0.057 0.036 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001