# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.139 0.143 0.157 0.136 0.107 0.070 0.028 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 2 D 0.249 0.168 0.172 0.148 0.113 0.078 0.045 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.342 0.251 0.165 0.121 0.064 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.232 0.279 0.197 0.141 0.078 0.044 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.017 0.026 0.047 0.101 0.176 0.232 0.180 0.154 0.049 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 6 L 0.027 0.048 0.077 0.151 0.209 0.195 0.141 0.097 0.035 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 7 E 0.295 0.304 0.201 0.082 0.051 0.032 0.017 0.007 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 8 I 0.033 0.047 0.110 0.179 0.189 0.163 0.130 0.084 0.035 0.017 0.006 0.003 0.002 0.002 9 L 0.014 0.014 0.037 0.063 0.126 0.180 0.224 0.194 0.089 0.038 0.011 0.007 0.002 0.001 10 V 0.054 0.045 0.054 0.060 0.126 0.151 0.148 0.143 0.106 0.054 0.028 0.016 0.012 0.003 11 C 0.069 0.078 0.092 0.135 0.165 0.146 0.119 0.072 0.056 0.033 0.016 0.010 0.005 0.003 12 P 0.087 0.060 0.089 0.124 0.170 0.159 0.109 0.060 0.065 0.039 0.021 0.011 0.004 0.003 13 L 0.064 0.064 0.083 0.142 0.165 0.165 0.123 0.097 0.052 0.024 0.013 0.006 0.002 0.002 14 C 0.074 0.054 0.065 0.105 0.130 0.155 0.143 0.120 0.073 0.043 0.022 0.009 0.005 0.002 15 K 0.167 0.153 0.162 0.148 0.128 0.095 0.060 0.037 0.024 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 16 G 0.291 0.123 0.102 0.123 0.112 0.081 0.058 0.037 0.031 0.020 0.014 0.005 0.003 0.001 17 P 0.118 0.108 0.123 0.169 0.154 0.117 0.088 0.052 0.035 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 18 L 0.071 0.039 0.051 0.073 0.120 0.157 0.147 0.148 0.086 0.054 0.028 0.013 0.009 0.003 19 V 0.147 0.135 0.158 0.159 0.155 0.096 0.064 0.043 0.021 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 20 F 0.127 0.064 0.072 0.119 0.164 0.152 0.103 0.079 0.052 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 21 D 0.321 0.200 0.135 0.152 0.105 0.045 0.021 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 K 0.329 0.193 0.120 0.163 0.091 0.048 0.028 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 23 S 0.470 0.233 0.139 0.083 0.033 0.022 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.377 0.221 0.183 0.101 0.048 0.041 0.018 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.246 0.146 0.123 0.153 0.140 0.086 0.052 0.026 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 26 E 0.114 0.100 0.103 0.157 0.182 0.132 0.082 0.055 0.038 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 27 L 0.031 0.026 0.027 0.057 0.100 0.139 0.122 0.189 0.136 0.086 0.037 0.027 0.018 0.005 28 I 0.041 0.044 0.053 0.109 0.151 0.137 0.120 0.108 0.102 0.064 0.025 0.030 0.009 0.006 29 C 0.043 0.033 0.044 0.071 0.101 0.140 0.127 0.119 0.119 0.092 0.061 0.032 0.013 0.004 30 K 0.206 0.155 0.161 0.131 0.109 0.088 0.058 0.028 0.025 0.012 0.014 0.007 0.003 0.002 31 G 0.113 0.088 0.111 0.137 0.142 0.129 0.098 0.066 0.052 0.031 0.021 0.007 0.003 0.002 32 D 0.118 0.117 0.113 0.144 0.158 0.128 0.082 0.062 0.037 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 33 R 0.191 0.162 0.142 0.137 0.113 0.093 0.062 0.043 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 34 L 0.050 0.049 0.070 0.110 0.155 0.141 0.133 0.133 0.073 0.045 0.021 0.011 0.005 0.003 35 A 0.049 0.049 0.079 0.098 0.135 0.155 0.143 0.111 0.083 0.047 0.025 0.017 0.007 0.004 36 F 0.090 0.072 0.076 0.112 0.145 0.134 0.107 0.106 0.070 0.044 0.020 0.013 0.006 0.003 37 P 0.082 0.088 0.088 0.134 0.154 0.135 0.107 0.087 0.058 0.032 0.017 0.010 0.004 0.002 38 I 0.067 0.047 0.068 0.101 0.139 0.170 0.138 0.099 0.078 0.047 0.025 0.012 0.005 0.002 39 K 0.282 0.179 0.181 0.134 0.093 0.057 0.035 0.016 0.011 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 40 D 0.338 0.193 0.138 0.119 0.079 0.056 0.034 0.017 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 41 G 0.243 0.188 0.137 0.125 0.109 0.081 0.051 0.030 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 42 I 0.072 0.088 0.100 0.140 0.187 0.133 0.104 0.077 0.047 0.025 0.015 0.006 0.003 0.002 43 P 0.051 0.035 0.068 0.092 0.132 0.164 0.168 0.106 0.073 0.049 0.032 0.016 0.009 0.006 44 M 0.092 0.046 0.065 0.086 0.126 0.155 0.119 0.086 0.079 0.054 0.040 0.027 0.014 0.010 45 M 0.068 0.035 0.036 0.059 0.097 0.099 0.118 0.120 0.119 0.095 0.058 0.058 0.026 0.011 46 L 0.026 0.025 0.029 0.071 0.107 0.143 0.161 0.141 0.135 0.078 0.045 0.025 0.011 0.004 47 E 0.075 0.102 0.122 0.163 0.145 0.135 0.101 0.053 0.040 0.022 0.028 0.009 0.003 0.002 48 S 0.503 0.217 0.136 0.066 0.031 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.152 0.196 0.160 0.202 0.131 0.085 0.041 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 50 A 0.031 0.040 0.065 0.139 0.210 0.212 0.136 0.092 0.052 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 51 R 0.222 0.225 0.196 0.175 0.097 0.047 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.641 0.203 0.103 0.031 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.093 0.082 0.114 0.231 0.262 0.114 0.059 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.424 0.183 0.171 0.105 0.062 0.032 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 P 0.585 0.201 0.072 0.082 0.036 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.694 0.192 0.069 0.033 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.611 0.186 0.125 0.047 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.429 0.178 0.152 0.105 0.075 0.037 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.314 0.142 0.118 0.147 0.146 0.075 0.036 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.617 0.169 0.097 0.059 0.031 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.286 0.126 0.117 0.172 0.151 0.071 0.041 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.468 0.162 0.129 0.099 0.069 0.038 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.422 0.156 0.144 0.115 0.081 0.044 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 H 0.445 0.147 0.116 0.110 0.083 0.048 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.361 0.153 0.132 0.128 0.112 0.059 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 H 0.400 0.157 0.123 0.122 0.090 0.050 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 H 0.367 0.153 0.136 0.119 0.098 0.061 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 H 0.335 0.153 0.135 0.127 0.102 0.065 0.041 0.020 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001