# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.426 0.184 0.101 0.124 0.076 0.042 0.024 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 2 E 0.385 0.266 0.150 0.106 0.043 0.029 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 L 0.038 0.048 0.094 0.144 0.194 0.209 0.153 0.067 0.033 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 4 K 0.570 0.244 0.115 0.042 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.329 0.354 0.189 0.081 0.027 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.007 0.009 0.019 0.072 0.193 0.279 0.215 0.135 0.059 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 7 M 0.031 0.116 0.182 0.290 0.241 0.074 0.041 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.781 0.172 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.015 0.054 0.131 0.229 0.286 0.179 0.072 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.013 0.020 0.043 0.140 0.272 0.198 0.178 0.086 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.431 0.347 0.138 0.057 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.454 0.282 0.176 0.054 0.016 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.028 0.049 0.099 0.185 0.266 0.183 0.103 0.058 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 K 0.124 0.135 0.159 0.125 0.139 0.136 0.106 0.043 0.020 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 15 V 0.040 0.047 0.051 0.101 0.178 0.166 0.128 0.121 0.082 0.046 0.018 0.010 0.008 0.005 16 G 0.028 0.019 0.035 0.051 0.091 0.119 0.181 0.104 0.112 0.077 0.068 0.064 0.030 0.022 17 V 0.009 0.004 0.011 0.019 0.045 0.074 0.121 0.106 0.163 0.157 0.125 0.089 0.048 0.029 18 F 0.007 0.005 0.009 0.013 0.035 0.063 0.110 0.128 0.140 0.113 0.150 0.115 0.075 0.036 19 A 0.024 0.016 0.018 0.030 0.055 0.091 0.098 0.119 0.131 0.130 0.108 0.093 0.060 0.026 20 T 0.017 0.032 0.037 0.125 0.163 0.141 0.147 0.136 0.090 0.062 0.024 0.016 0.005 0.006 21 L 0.012 0.014 0.031 0.061 0.091 0.188 0.210 0.165 0.115 0.058 0.035 0.013 0.004 0.002 22 D 0.145 0.165 0.204 0.170 0.125 0.091 0.052 0.027 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.338 0.238 0.141 0.122 0.076 0.043 0.022 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 24 Y 0.174 0.175 0.140 0.185 0.147 0.092 0.046 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 G 0.422 0.186 0.174 0.091 0.047 0.037 0.027 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 26 N 0.295 0.192 0.190 0.126 0.085 0.062 0.030 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 27 P 0.145 0.077 0.091 0.111 0.164 0.146 0.111 0.073 0.040 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 28 H 0.071 0.079 0.085 0.131 0.180 0.132 0.101 0.096 0.059 0.034 0.015 0.010 0.004 0.003 29 A 0.042 0.030 0.034 0.053 0.084 0.112 0.147 0.159 0.130 0.088 0.051 0.043 0.019 0.008 30 R 0.038 0.037 0.056 0.087 0.113 0.132 0.129 0.133 0.107 0.077 0.044 0.028 0.013 0.008 31 H 0.025 0.019 0.030 0.043 0.078 0.111 0.124 0.126 0.125 0.111 0.093 0.069 0.028 0.019 32 A 0.029 0.014 0.023 0.027 0.056 0.084 0.128 0.143 0.151 0.124 0.100 0.069 0.038 0.015 33 H 0.034 0.042 0.056 0.093 0.131 0.120 0.130 0.130 0.100 0.071 0.043 0.028 0.012 0.009 34 I 0.025 0.024 0.039 0.059 0.098 0.151 0.144 0.144 0.112 0.096 0.057 0.030 0.014 0.007 35 T 0.056 0.056 0.073 0.126 0.198 0.157 0.105 0.102 0.063 0.034 0.014 0.009 0.003 0.002 36 A 0.084 0.082 0.089 0.173 0.168 0.137 0.103 0.069 0.047 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 37 A 0.121 0.147 0.131 0.191 0.155 0.120 0.063 0.035 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 38 N 0.230 0.251 0.155 0.174 0.083 0.051 0.031 0.011 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 39 E 0.357 0.274 0.166 0.105 0.041 0.033 0.015 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.232 0.186 0.171 0.139 0.097 0.087 0.043 0.017 0.013 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 41 G 0.055 0.060 0.074 0.142 0.211 0.160 0.110 0.075 0.056 0.028 0.015 0.007 0.004 0.003 42 I 0.008 0.008 0.012 0.026 0.058 0.090 0.118 0.182 0.168 0.124 0.094 0.056 0.041 0.013 43 F 0.009 0.010 0.015 0.034 0.053 0.079 0.109 0.129 0.150 0.134 0.096 0.104 0.048 0.029 44 F 0.005 0.004 0.006 0.011 0.022 0.044 0.068 0.101 0.158 0.182 0.163 0.143 0.064 0.029 45 M 0.010 0.011 0.015 0.028 0.058 0.079 0.100 0.145 0.161 0.136 0.105 0.088 0.042 0.021 46 T 0.018 0.024 0.035 0.071 0.094 0.146 0.149 0.129 0.116 0.093 0.065 0.035 0.014 0.011 47 S 0.101 0.102 0.108 0.147 0.166 0.132 0.081 0.057 0.051 0.026 0.016 0.008 0.002 0.002 48 P 0.182 0.188 0.150 0.184 0.114 0.073 0.052 0.024 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 49 E 0.320 0.229 0.172 0.112 0.062 0.054 0.031 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 50 T 0.271 0.223 0.214 0.138 0.080 0.041 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.466 0.195 0.153 0.088 0.041 0.032 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 F 0.111 0.102 0.106 0.151 0.202 0.154 0.082 0.048 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 53 Y 0.058 0.083 0.084 0.173 0.216 0.131 0.112 0.080 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 54 D 0.562 0.239 0.113 0.047 0.016 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.215 0.178 0.222 0.157 0.104 0.067 0.036 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.040 0.033 0.060 0.103 0.217 0.203 0.160 0.114 0.045 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 57 M 0.152 0.161 0.177 0.190 0.167 0.083 0.038 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.472 0.190 0.123 0.102 0.052 0.029 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 59 D 0.168 0.206 0.161 0.190 0.133 0.075 0.035 0.012 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.082 0.079 0.109 0.142 0.145 0.151 0.128 0.077 0.043 0.019 0.017 0.004 0.003 0.002 61 R 0.029 0.053 0.055 0.120 0.172 0.189 0.129 0.097 0.068 0.044 0.023 0.011 0.006 0.005 62 V 0.007 0.005 0.010 0.019 0.034 0.068 0.114 0.125 0.162 0.135 0.138 0.102 0.054 0.025 63 A 0.003 0.005 0.009 0.025 0.044 0.058 0.103 0.153 0.170 0.149 0.115 0.091 0.044 0.029 64 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.035 0.062 0.109 0.162 0.232 0.207 0.119 0.050 65 T 0.002 0.003 0.005 0.010 0.024 0.044 0.070 0.131 0.150 0.166 0.147 0.123 0.079 0.047 66 A 0.005 0.006 0.009 0.020 0.041 0.063 0.084 0.105 0.143 0.165 0.142 0.123 0.050 0.044 67 I 0.015 0.018 0.027 0.058 0.092 0.154 0.144 0.143 0.152 0.084 0.059 0.033 0.012 0.009 68 S 0.076 0.129 0.109 0.194 0.149 0.120 0.083 0.051 0.041 0.019 0.018 0.006 0.002 0.002 69 E 0.251 0.246 0.179 0.132 0.068 0.056 0.037 0.011 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 70 E 0.265 0.266 0.219 0.118 0.059 0.035 0.023 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 71 G 0.332 0.225 0.220 0.094 0.046 0.046 0.026 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.074 0.075 0.110 0.127 0.205 0.171 0.107 0.070 0.031 0.015 0.008 0.003 0.003 0.002 73 L 0.043 0.045 0.050 0.094 0.155 0.146 0.139 0.138 0.087 0.052 0.022 0.016 0.008 0.004 74 I 0.028 0.039 0.040 0.070 0.100 0.124 0.134 0.152 0.127 0.086 0.042 0.037 0.014 0.006 75 Q 0.031 0.031 0.046 0.071 0.088 0.099 0.114 0.119 0.134 0.098 0.081 0.051 0.022 0.014 76 V 0.010 0.013 0.022 0.038 0.078 0.099 0.123 0.131 0.147 0.126 0.094 0.071 0.029 0.020 77 V 0.014 0.007 0.013 0.020 0.034 0.066 0.110 0.118 0.150 0.152 0.141 0.088 0.062 0.025 78 R 0.015 0.026 0.041 0.073 0.117 0.123 0.142 0.150 0.111 0.085 0.049 0.036 0.016 0.015 79 V 0.008 0.004 0.007 0.012 0.027 0.062 0.084 0.112 0.150 0.190 0.166 0.097 0.059 0.022 80 E 0.029 0.049 0.057 0.123 0.173 0.136 0.099 0.103 0.096 0.070 0.025 0.023 0.008 0.008 81 G 0.045 0.026 0.028 0.058 0.076 0.098 0.114 0.138 0.134 0.133 0.076 0.042 0.021 0.010 82 T 0.029 0.049 0.072 0.130 0.166 0.150 0.133 0.134 0.070 0.037 0.016 0.009 0.004 0.003 83 A 0.029 0.019 0.033 0.042 0.072 0.121 0.167 0.154 0.134 0.102 0.071 0.033 0.018 0.006 84 R 0.086 0.105 0.155 0.168 0.177 0.123 0.079 0.056 0.026 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 85 P 0.148 0.104 0.084 0.124 0.139 0.129 0.087 0.075 0.050 0.033 0.016 0.007 0.003 0.001 86 V 0.100 0.106 0.101 0.171 0.177 0.136 0.080 0.065 0.034 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 87 E 0.259 0.173 0.136 0.150 0.110 0.072 0.045 0.023 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 88 N 0.308 0.194 0.184 0.138 0.083 0.046 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 89 D 0.507 0.196 0.127 0.079 0.036 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.145 0.133 0.161 0.164 0.176 0.107 0.060 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 L 0.061 0.051 0.067 0.122 0.180 0.176 0.154 0.108 0.047 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 92 K 0.262 0.232 0.172 0.135 0.093 0.054 0.027 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 93 T 0.377 0.219 0.143 0.114 0.062 0.040 0.022 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 94 V 0.073 0.077 0.106 0.171 0.186 0.160 0.112 0.069 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 95 F 0.065 0.058 0.095 0.115 0.174 0.178 0.142 0.094 0.046 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 96 A 0.360 0.241 0.163 0.108 0.061 0.034 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.334 0.178 0.149 0.118 0.088 0.064 0.037 0.011 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 98 N 0.154 0.143 0.155 0.175 0.169 0.098 0.052 0.024 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 99 P 0.242 0.134 0.123 0.141 0.113 0.111 0.066 0.037 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 100 Y 0.112 0.103 0.105 0.162 0.183 0.137 0.088 0.053 0.031 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 101 Y 0.038 0.032 0.049 0.084 0.127 0.160 0.179 0.128 0.098 0.055 0.030 0.012 0.006 0.002 102 Q 0.274 0.227 0.184 0.124 0.076 0.052 0.032 0.014 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 103 H 0.241 0.189 0.180 0.137 0.097 0.070 0.042 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 104 I 0.038 0.039 0.060 0.121 0.203 0.193 0.145 0.132 0.043 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 105 Y 0.093 0.104 0.157 0.191 0.205 0.122 0.064 0.035 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 106 K 0.553 0.204 0.101 0.080 0.034 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.566 0.233 0.101 0.065 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.465 0.245 0.143 0.091 0.029 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 S 0.529 0.224 0.144 0.057 0.022 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.335 0.239 0.160 0.131 0.072 0.041 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.288 0.192 0.161 0.126 0.097 0.069 0.041 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 112 T 0.040 0.052 0.071 0.135 0.223 0.182 0.115 0.081 0.051 0.025 0.011 0.007 0.003 0.003 113 M 0.019 0.018 0.027 0.052 0.089 0.134 0.173 0.163 0.130 0.079 0.048 0.044 0.017 0.008 114 Q 0.025 0.027 0.039 0.076 0.092 0.113 0.117 0.123 0.140 0.096 0.064 0.053 0.022 0.013 115 V 0.003 0.004 0.008 0.015 0.032 0.056 0.093 0.138 0.173 0.162 0.135 0.113 0.049 0.019 116 F 0.007 0.006 0.010 0.015 0.033 0.066 0.093 0.146 0.172 0.157 0.121 0.095 0.058 0.020 117 Q 0.019 0.031 0.041 0.080 0.113 0.116 0.108 0.123 0.116 0.109 0.062 0.046 0.019 0.017 118 I 0.020 0.015 0.025 0.039 0.069 0.119 0.127 0.142 0.152 0.130 0.078 0.052 0.021 0.012 119 Y 0.048 0.062 0.082 0.134 0.161 0.144 0.104 0.100 0.078 0.046 0.021 0.011 0.005 0.004 120 A 0.089 0.101 0.107 0.135 0.133 0.119 0.101 0.083 0.056 0.039 0.021 0.010 0.004 0.003 121 G 0.130 0.103 0.126 0.113 0.141 0.122 0.089 0.071 0.047 0.029 0.017 0.007 0.003 0.002 122 H 0.115 0.097 0.105 0.132 0.139 0.116 0.094 0.069 0.053 0.036 0.025 0.011 0.005 0.004 123 G 0.077 0.049 0.062 0.079 0.103 0.130 0.140 0.121 0.095 0.065 0.039 0.023 0.011 0.005 124 F 0.062 0.054 0.061 0.101 0.120 0.120 0.123 0.128 0.091 0.060 0.042 0.022 0.011 0.005 125 Y 0.028 0.029 0.038 0.050 0.079 0.109 0.134 0.146 0.125 0.100 0.083 0.046 0.024 0.010 126 H 0.085 0.047 0.058 0.074 0.103 0.126 0.126 0.111 0.090 0.074 0.049 0.033 0.017 0.007 127 S 0.149 0.117 0.122 0.141 0.142 0.097 0.078 0.055 0.041 0.026 0.017 0.010 0.004 0.003 128 L 0.064 0.039 0.051 0.087 0.131 0.165 0.145 0.117 0.087 0.063 0.027 0.013 0.008 0.003 129 T 0.219 0.168 0.167 0.160 0.126 0.069 0.044 0.022 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 130 Q 0.315 0.174 0.156 0.140 0.089 0.053 0.037 0.015 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 131 G 0.275 0.176 0.165 0.126 0.100 0.075 0.046 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 132 H 0.130 0.112 0.122 0.163 0.156 0.119 0.081 0.053 0.029 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 133 K 0.089 0.109 0.096 0.153 0.150 0.125 0.102 0.077 0.046 0.028 0.012 0.008 0.003 0.002 134 Y 0.026 0.025 0.032 0.068 0.091 0.129 0.130 0.170 0.131 0.096 0.052 0.027 0.016 0.006 135 I 0.012 0.023 0.030 0.062 0.101 0.106 0.121 0.156 0.135 0.107 0.063 0.052 0.020 0.013 136 F 0.013 0.007 0.011 0.016 0.029 0.060 0.092 0.117 0.149 0.166 0.140 0.112 0.065 0.021 137 S 0.039 0.047 0.063 0.102 0.127 0.111 0.114 0.107 0.101 0.071 0.051 0.038 0.016 0.013 138 I 0.013 0.011 0.017 0.029 0.051 0.096 0.117 0.143 0.150 0.145 0.119 0.063 0.034 0.013 139 G 0.057 0.063 0.078 0.112 0.153 0.148 0.111 0.104 0.077 0.047 0.024 0.016 0.007 0.004 140 Q 0.124 0.113 0.106 0.145 0.145 0.102 0.081 0.064 0.049 0.036 0.020 0.010 0.004 0.003 141 G 0.164 0.125 0.129 0.138 0.136 0.108 0.081 0.050 0.033 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 142 E 0.207 0.163 0.153 0.145 0.106 0.081 0.064 0.031 0.022 0.011 0.010 0.003 0.002 0.001 143 H 0.088 0.085 0.135 0.130 0.143 0.138 0.119 0.073 0.037 0.024 0.015 0.006 0.003 0.002 144 S 0.215 0.120 0.103 0.121 0.115 0.111 0.078 0.056 0.034 0.022 0.013 0.007 0.004 0.002 145 E 0.105 0.098 0.090 0.136 0.156 0.105 0.093 0.088 0.055 0.041 0.015 0.011 0.005 0.002 146 V 0.043 0.034 0.041 0.064 0.111 0.134 0.135 0.181 0.113 0.082 0.031 0.019 0.010 0.003 147 R 0.146 0.120 0.141 0.151 0.143 0.102 0.064 0.049 0.032 0.024 0.011 0.010 0.003 0.002 148 A 0.177 0.094 0.100 0.127 0.133 0.105 0.084 0.062 0.049 0.038 0.016 0.010 0.003 0.002 149 L 0.122 0.106 0.106 0.142 0.164 0.119 0.079 0.068 0.043 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001