# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.306 0.160 0.139 0.130 0.101 0.066 0.043 0.023 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 2 G 0.296 0.146 0.124 0.132 0.113 0.075 0.048 0.028 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 3 T 0.185 0.148 0.135 0.156 0.135 0.088 0.061 0.040 0.024 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 4 S 0.183 0.103 0.095 0.131 0.123 0.115 0.087 0.069 0.041 0.025 0.015 0.007 0.004 0.002 5 E 0.139 0.114 0.112 0.140 0.146 0.115 0.082 0.061 0.040 0.023 0.013 0.008 0.004 0.002 6 A 0.048 0.031 0.038 0.058 0.105 0.133 0.133 0.154 0.120 0.087 0.043 0.027 0.016 0.005 7 A 0.092 0.076 0.094 0.133 0.147 0.134 0.104 0.079 0.058 0.038 0.021 0.015 0.005 0.003 8 P 0.119 0.083 0.098 0.112 0.123 0.115 0.099 0.075 0.066 0.045 0.036 0.019 0.007 0.004 9 P 0.132 0.094 0.094 0.114 0.127 0.117 0.096 0.085 0.060 0.038 0.024 0.012 0.006 0.003 10 P 0.102 0.097 0.100 0.135 0.143 0.126 0.098 0.076 0.053 0.033 0.019 0.010 0.004 0.003 11 F 0.047 0.041 0.059 0.083 0.139 0.156 0.144 0.123 0.096 0.061 0.028 0.013 0.006 0.003 12 A 0.159 0.121 0.119 0.144 0.135 0.115 0.080 0.049 0.033 0.019 0.014 0.007 0.003 0.002 13 R 0.209 0.172 0.165 0.141 0.104 0.074 0.056 0.031 0.022 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 14 V 0.057 0.049 0.072 0.105 0.142 0.163 0.147 0.136 0.063 0.036 0.017 0.008 0.004 0.002 15 A 0.112 0.124 0.144 0.139 0.151 0.117 0.079 0.059 0.034 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 16 P 0.220 0.122 0.107 0.126 0.124 0.085 0.070 0.055 0.038 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 17 A 0.093 0.091 0.106 0.137 0.162 0.131 0.096 0.061 0.053 0.033 0.021 0.010 0.004 0.003 18 L 0.042 0.028 0.039 0.060 0.091 0.129 0.133 0.133 0.127 0.089 0.064 0.035 0.020 0.009 19 F 0.050 0.043 0.055 0.099 0.117 0.133 0.140 0.125 0.091 0.061 0.040 0.027 0.011 0.007 20 I 0.029 0.024 0.029 0.042 0.064 0.113 0.115 0.139 0.142 0.116 0.099 0.054 0.026 0.009 21 G 0.085 0.062 0.064 0.083 0.106 0.112 0.105 0.111 0.096 0.070 0.049 0.034 0.016 0.007 22 N 0.090 0.086 0.092 0.112 0.128 0.106 0.101 0.090 0.075 0.054 0.037 0.019 0.007 0.004 23 A 0.083 0.062 0.080 0.096 0.130 0.135 0.125 0.102 0.077 0.052 0.033 0.015 0.007 0.003 24 R 0.191 0.150 0.165 0.144 0.107 0.088 0.069 0.037 0.022 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 25 A 0.149 0.112 0.126 0.136 0.143 0.124 0.091 0.054 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 26 A 0.171 0.117 0.122 0.135 0.157 0.110 0.082 0.053 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 27 G 0.316 0.181 0.148 0.131 0.091 0.057 0.038 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 A 0.354 0.168 0.141 0.116 0.095 0.058 0.036 0.014 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 29 T 0.162 0.122 0.130 0.176 0.167 0.102 0.066 0.036 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.504 0.196 0.123 0.081 0.043 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.234 0.179 0.154 0.169 0.123 0.073 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.097 0.073 0.084 0.146 0.208 0.158 0.104 0.078 0.033 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 33 V 0.243 0.194 0.172 0.180 0.111 0.052 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.505 0.214 0.128 0.077 0.035 0.022 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.131 0.139 0.155 0.204 0.163 0.101 0.060 0.024 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 36 G 0.218 0.197 0.176 0.138 0.094 0.085 0.053 0.017 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 37 I 0.016 0.028 0.037 0.095 0.192 0.179 0.126 0.136 0.083 0.060 0.025 0.010 0.009 0.004 38 T 0.024 0.038 0.046 0.099 0.111 0.136 0.177 0.110 0.105 0.059 0.043 0.030 0.012 0.010 39 L 0.002 0.003 0.007 0.016 0.032 0.068 0.086 0.109 0.174 0.179 0.155 0.092 0.050 0.027 40 C 0.001 0.002 0.002 0.006 0.015 0.026 0.058 0.098 0.141 0.150 0.178 0.186 0.093 0.045 41 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.037 0.062 0.114 0.171 0.240 0.188 0.119 0.044 42 N 0.001 0.003 0.006 0.015 0.029 0.052 0.081 0.153 0.164 0.165 0.145 0.104 0.049 0.033 43 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.038 0.057 0.116 0.155 0.198 0.174 0.130 0.073 0.030 44 S 0.009 0.022 0.030 0.083 0.122 0.134 0.121 0.152 0.145 0.105 0.034 0.025 0.009 0.008 45 R 0.040 0.068 0.079 0.138 0.148 0.135 0.114 0.099 0.077 0.055 0.028 0.012 0.004 0.003 46 Q 0.181 0.182 0.185 0.153 0.105 0.081 0.055 0.027 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.219 0.177 0.179 0.157 0.103 0.072 0.050 0.020 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 48 P 0.348 0.169 0.189 0.113 0.085 0.050 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.461 0.175 0.126 0.099 0.071 0.035 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.347 0.161 0.118 0.128 0.112 0.061 0.038 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 R 0.335 0.167 0.141 0.127 0.103 0.058 0.036 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.343 0.161 0.143 0.126 0.095 0.059 0.036 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 53 P 0.253 0.135 0.121 0.141 0.125 0.093 0.059 0.033 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 54 G 0.116 0.101 0.102 0.141 0.167 0.128 0.086 0.067 0.044 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 55 V 0.052 0.056 0.063 0.109 0.151 0.155 0.126 0.115 0.073 0.053 0.024 0.014 0.007 0.003 56 A 0.141 0.097 0.102 0.131 0.116 0.112 0.092 0.061 0.055 0.037 0.029 0.016 0.007 0.004 57 E 0.039 0.044 0.061 0.092 0.114 0.129 0.126 0.110 0.105 0.075 0.054 0.031 0.012 0.008 58 L 0.016 0.014 0.020 0.035 0.059 0.094 0.119 0.174 0.152 0.127 0.093 0.056 0.031 0.011 59 R 0.022 0.036 0.046 0.075 0.094 0.104 0.114 0.142 0.120 0.101 0.067 0.048 0.020 0.012 60 V 0.016 0.014 0.018 0.029 0.049 0.081 0.099 0.140 0.156 0.167 0.109 0.074 0.036 0.014 61 P 0.033 0.043 0.052 0.082 0.112 0.118 0.116 0.129 0.117 0.084 0.053 0.036 0.015 0.009 62 V 0.029 0.032 0.041 0.070 0.093 0.121 0.132 0.141 0.124 0.098 0.064 0.033 0.014 0.007 63 F 0.066 0.079 0.106 0.127 0.141 0.145 0.112 0.088 0.060 0.037 0.021 0.012 0.004 0.003 64 D 0.172 0.138 0.131 0.137 0.133 0.096 0.069 0.048 0.033 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 65 D 0.267 0.171 0.141 0.141 0.111 0.068 0.045 0.026 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 66 P 0.319 0.185 0.149 0.126 0.084 0.062 0.038 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 67 A 0.225 0.145 0.154 0.145 0.132 0.088 0.057 0.026 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 68 E 0.458 0.197 0.130 0.095 0.052 0.034 0.020 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.406 0.228 0.148 0.097 0.054 0.037 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.066 0.059 0.075 0.131 0.201 0.174 0.130 0.088 0.048 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 71 L 0.087 0.111 0.137 0.171 0.181 0.138 0.091 0.048 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 72 T 0.524 0.250 0.115 0.057 0.024 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 H 0.041 0.078 0.131 0.177 0.205 0.159 0.122 0.057 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.008 0.009 0.034 0.052 0.132 0.217 0.276 0.168 0.070 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 75 E 0.237 0.266 0.212 0.127 0.085 0.045 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.175 0.311 0.180 0.156 0.105 0.041 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.003 0.007 0.020 0.066 0.124 0.228 0.276 0.202 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 78 C 0.008 0.035 0.092 0.212 0.232 0.215 0.117 0.056 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 79 A 0.568 0.298 0.098 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.014 0.059 0.126 0.242 0.253 0.143 0.096 0.053 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.004 0.005 0.021 0.062 0.125 0.226 0.313 0.148 0.073 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 82 E 0.231 0.299 0.235 0.123 0.066 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.509 0.267 0.141 0.051 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.042 0.042 0.096 0.182 0.292 0.187 0.096 0.047 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.106 0.114 0.194 0.215 0.212 0.090 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.553 0.238 0.074 0.080 0.030 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.393 0.305 0.136 0.107 0.033 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 G 0.294 0.287 0.195 0.118 0.038 0.039 0.020 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.061 0.095 0.130 0.146 0.188 0.166 0.116 0.046 0.025 0.007 0.011 0.002 0.003 0.002 90 S 0.005 0.012 0.023 0.052 0.128 0.180 0.200 0.165 0.097 0.054 0.040 0.016 0.017 0.010 91 C 0.002 0.002 0.004 0.008 0.025 0.045 0.074 0.067 0.126 0.151 0.155 0.182 0.092 0.068 92 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.045 0.059 0.122 0.153 0.197 0.240 0.096 0.060 93 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 0.039 0.099 0.140 0.222 0.276 0.134 0.058 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.046 0.135 0.160 0.189 0.181 0.139 0.083 0.034 95 C 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.037 0.054 0.124 0.159 0.208 0.162 0.120 0.078 0.034 96 K 0.012 0.027 0.046 0.084 0.143 0.128 0.108 0.125 0.120 0.101 0.043 0.034 0.013 0.016 97 N 0.020 0.043 0.065 0.112 0.148 0.143 0.122 0.110 0.104 0.074 0.030 0.016 0.006 0.005 98 G 0.023 0.057 0.082 0.145 0.145 0.185 0.136 0.119 0.064 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 99 R 0.035 0.098 0.115 0.182 0.152 0.137 0.102 0.092 0.047 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 100 S 0.044 0.088 0.097 0.117 0.160 0.136 0.124 0.111 0.067 0.031 0.013 0.006 0.003 0.002 101 R 0.022 0.036 0.059 0.085 0.135 0.151 0.158 0.140 0.093 0.059 0.034 0.014 0.009 0.005 102 S 0.016 0.016 0.032 0.051 0.106 0.130 0.162 0.126 0.117 0.087 0.069 0.042 0.024 0.023 103 A 0.008 0.004 0.008 0.013 0.031 0.054 0.111 0.104 0.145 0.140 0.148 0.111 0.078 0.045 104 A 0.003 0.003 0.005 0.011 0.028 0.046 0.102 0.110 0.142 0.141 0.146 0.123 0.085 0.055 105 V 0.002 0.001 0.002 0.006 0.012 0.036 0.076 0.082 0.117 0.161 0.209 0.136 0.100 0.058 106 C 0.002 0.002 0.004 0.010 0.025 0.056 0.103 0.107 0.142 0.151 0.141 0.125 0.073 0.057 107 T 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.050 0.111 0.161 0.183 0.153 0.140 0.086 0.053 0.027 108 A 0.003 0.007 0.013 0.023 0.060 0.115 0.132 0.203 0.171 0.126 0.057 0.049 0.029 0.012 109 Y 0.008 0.025 0.034 0.087 0.162 0.149 0.109 0.189 0.108 0.087 0.018 0.014 0.005 0.004 110 L 0.007 0.017 0.034 0.105 0.146 0.172 0.162 0.206 0.081 0.052 0.010 0.007 0.002 0.002 111 M 0.020 0.025 0.056 0.097 0.138 0.209 0.165 0.156 0.082 0.038 0.007 0.004 0.001 0.001 112 R 0.116 0.153 0.150 0.195 0.164 0.100 0.053 0.038 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 113 H 0.206 0.186 0.126 0.178 0.133 0.088 0.039 0.019 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 114 R 0.271 0.177 0.144 0.170 0.108 0.065 0.038 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 G 0.399 0.203 0.191 0.098 0.044 0.036 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 H 0.434 0.175 0.121 0.110 0.076 0.048 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.255 0.227 0.182 0.133 0.099 0.059 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.028 0.022 0.044 0.092 0.189 0.212 0.182 0.129 0.066 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 119 D 0.257 0.260 0.196 0.133 0.080 0.043 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.282 0.340 0.170 0.106 0.062 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.005 0.010 0.024 0.091 0.137 0.211 0.271 0.199 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 122 F 0.006 0.020 0.063 0.160 0.217 0.254 0.152 0.069 0.039 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.531 0.320 0.104 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.042 0.128 0.231 0.243 0.190 0.086 0.052 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.006 0.006 0.026 0.073 0.164 0.249 0.258 0.149 0.051 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.157 0.179 0.236 0.182 0.151 0.057 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.673 0.191 0.067 0.038 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.108 0.103 0.123 0.200 0.220 0.128 0.057 0.028 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 129 R 0.087 0.090 0.126 0.172 0.168 0.137 0.104 0.062 0.031 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 130 P 0.189 0.091 0.078 0.115 0.132 0.143 0.095 0.072 0.041 0.021 0.012 0.005 0.004 0.002 131 V 0.085 0.080 0.086 0.129 0.148 0.136 0.104 0.081 0.063 0.039 0.024 0.014 0.007 0.003 132 A 0.081 0.035 0.047 0.065 0.110 0.125 0.125 0.107 0.115 0.089 0.045 0.035 0.015 0.006 133 E 0.126 0.113 0.118 0.145 0.148 0.109 0.083 0.066 0.042 0.022 0.015 0.008 0.003 0.002 134 P 0.139 0.087 0.086 0.122 0.121 0.139 0.101 0.070 0.052 0.037 0.027 0.013 0.006 0.003 135 N 0.176 0.131 0.138 0.139 0.138 0.105 0.070 0.040 0.031 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 136 L 0.193 0.139 0.119 0.148 0.140 0.096 0.062 0.047 0.025 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 137 G 0.261 0.203 0.177 0.129 0.089 0.067 0.039 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 138 F 0.051 0.043 0.066 0.105 0.159 0.177 0.147 0.122 0.075 0.033 0.014 0.005 0.003 0.001 139 W 0.058 0.090 0.123 0.160 0.199 0.147 0.101 0.066 0.029 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 140 A 0.386 0.235 0.137 0.094 0.059 0.040 0.021 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.048 0.070 0.092 0.194 0.183 0.151 0.129 0.083 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 142 L 0.015 0.016 0.038 0.061 0.126 0.201 0.208 0.146 0.117 0.049 0.015 0.005 0.002 0.001 143 Q 0.225 0.212 0.169 0.159 0.113 0.062 0.032 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 144 K 0.416 0.235 0.156 0.092 0.047 0.028 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.042 0.040 0.070 0.159 0.218 0.190 0.140 0.087 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 146 E 0.141 0.144 0.195 0.183 0.151 0.091 0.056 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.583 0.202 0.088 0.065 0.031 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 T 0.399 0.210 0.159 0.114 0.056 0.035 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.109 0.070 0.113 0.162 0.228 0.148 0.087 0.048 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.386 0.184 0.148 0.122 0.086 0.039 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.625 0.171 0.083 0.061 0.028 0.016 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.406 0.195 0.150 0.114 0.066 0.035 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.236 0.132 0.151 0.145 0.135 0.096 0.057 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 154 I 0.240 0.126 0.113 0.143 0.151 0.101 0.061 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 155 L 0.179 0.110 0.101 0.150 0.156 0.115 0.075 0.054 0.029 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 156 P 0.253 0.139 0.113 0.147 0.133 0.081 0.055 0.035 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 157 R 0.227 0.138 0.141 0.153 0.130 0.080 0.056 0.034 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 158 E 0.269 0.140 0.134 0.138 0.122 0.088 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 159 P 0.346 0.164 0.150 0.128 0.101 0.055 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 160 I 0.313 0.140 0.115 0.157 0.124 0.072 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 161 D 0.455 0.185 0.113 0.109 0.071 0.037 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 162 P 0.432 0.185 0.125 0.124 0.068 0.033 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 163 E 0.643 0.177 0.103 0.043 0.015 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001