# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.087 0.096 0.120 0.148 0.134 0.101 0.080 0.055 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 2 A 0.099 0.066 0.085 0.111 0.151 0.142 0.119 0.089 0.061 0.040 0.019 0.011 0.005 0.002 3 S 0.134 0.113 0.128 0.152 0.145 0.116 0.081 0.048 0.035 0.022 0.014 0.007 0.002 0.002 4 K 0.193 0.129 0.117 0.135 0.120 0.098 0.072 0.055 0.036 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 5 K 0.121 0.111 0.107 0.156 0.138 0.113 0.087 0.072 0.044 0.025 0.014 0.007 0.003 0.002 6 V 0.031 0.039 0.045 0.071 0.126 0.137 0.137 0.170 0.115 0.074 0.028 0.017 0.008 0.003 7 H 0.063 0.047 0.069 0.109 0.131 0.143 0.128 0.118 0.074 0.059 0.029 0.016 0.009 0.004 8 Q 0.135 0.098 0.121 0.127 0.142 0.114 0.081 0.048 0.050 0.035 0.024 0.015 0.005 0.005 9 I 0.064 0.026 0.034 0.047 0.088 0.108 0.115 0.127 0.131 0.112 0.069 0.043 0.028 0.010 10 N 0.078 0.094 0.093 0.158 0.151 0.120 0.100 0.085 0.056 0.031 0.017 0.011 0.004 0.003 11 V 0.029 0.025 0.034 0.063 0.092 0.140 0.134 0.142 0.122 0.103 0.068 0.029 0.014 0.006 12 K 0.094 0.089 0.104 0.119 0.139 0.124 0.097 0.088 0.063 0.035 0.022 0.014 0.006 0.004 13 G 0.082 0.058 0.068 0.098 0.123 0.117 0.108 0.104 0.090 0.070 0.041 0.022 0.011 0.006 14 F 0.038 0.043 0.050 0.080 0.130 0.146 0.131 0.144 0.109 0.069 0.030 0.018 0.008 0.004 15 F 0.055 0.040 0.057 0.081 0.100 0.137 0.139 0.120 0.098 0.072 0.052 0.028 0.013 0.007 16 D 0.082 0.083 0.101 0.123 0.145 0.121 0.103 0.079 0.066 0.041 0.030 0.015 0.006 0.005 17 M 0.059 0.041 0.054 0.068 0.098 0.123 0.125 0.119 0.105 0.082 0.065 0.034 0.019 0.009 18 D 0.072 0.060 0.074 0.123 0.141 0.128 0.119 0.102 0.075 0.050 0.029 0.015 0.007 0.006 19 V 0.023 0.020 0.026 0.042 0.087 0.111 0.129 0.140 0.146 0.117 0.082 0.044 0.023 0.010 20 M 0.068 0.039 0.049 0.071 0.095 0.131 0.140 0.120 0.097 0.071 0.057 0.034 0.020 0.008 21 E 0.129 0.113 0.124 0.143 0.131 0.100 0.091 0.056 0.044 0.027 0.022 0.011 0.005 0.003 22 V 0.034 0.024 0.038 0.061 0.111 0.160 0.156 0.160 0.109 0.075 0.040 0.020 0.010 0.004 23 T 0.094 0.092 0.098 0.155 0.175 0.142 0.092 0.066 0.044 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 24 E 0.228 0.152 0.122 0.149 0.130 0.076 0.056 0.038 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 25 Q 0.220 0.150 0.159 0.150 0.116 0.087 0.058 0.028 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 26 T 0.196 0.139 0.161 0.146 0.121 0.100 0.065 0.034 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 27 K 0.220 0.126 0.127 0.147 0.148 0.097 0.060 0.039 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 28 E 0.213 0.155 0.125 0.144 0.148 0.091 0.049 0.034 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 29 A 0.101 0.053 0.065 0.102 0.143 0.142 0.128 0.114 0.069 0.046 0.019 0.010 0.006 0.002 30 E 0.183 0.163 0.145 0.156 0.139 0.085 0.051 0.036 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 31 Y 0.069 0.051 0.062 0.119 0.154 0.159 0.117 0.108 0.072 0.049 0.022 0.011 0.006 0.002 32 T 0.065 0.074 0.091 0.148 0.182 0.160 0.109 0.076 0.054 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 33 Y 0.170 0.097 0.097 0.128 0.138 0.126 0.086 0.071 0.040 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 34 D 0.195 0.201 0.166 0.168 0.122 0.073 0.038 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 F 0.035 0.024 0.041 0.090 0.147 0.208 0.175 0.112 0.095 0.045 0.020 0.005 0.003 0.001 36 K 0.237 0.247 0.203 0.151 0.083 0.043 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.429 0.274 0.146 0.077 0.036 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.029 0.040 0.068 0.161 0.204 0.189 0.152 0.117 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 39 L 0.033 0.046 0.093 0.143 0.212 0.191 0.127 0.081 0.047 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 40 S 0.429 0.221 0.113 0.098 0.064 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.228 0.205 0.178 0.158 0.104 0.063 0.037 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 42 F 0.075 0.051 0.100 0.137 0.189 0.181 0.130 0.074 0.038 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 43 N 0.252 0.158 0.187 0.151 0.120 0.069 0.034 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.304 0.151 0.102 0.129 0.113 0.081 0.051 0.030 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 45 K 0.228 0.161 0.122 0.146 0.128 0.080 0.053 0.033 0.023 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 46 N 0.111 0.118 0.118 0.138 0.147 0.122 0.089 0.064 0.044 0.022 0.015 0.007 0.003 0.002 47 V 0.040 0.024 0.037 0.066 0.112 0.146 0.151 0.144 0.107 0.077 0.050 0.024 0.015 0.007 48 S 0.040 0.044 0.063 0.106 0.151 0.141 0.119 0.097 0.090 0.064 0.040 0.027 0.011 0.007 49 I 0.041 0.019 0.021 0.035 0.055 0.088 0.103 0.122 0.145 0.140 0.103 0.073 0.040 0.014 50 T 0.042 0.055 0.063 0.127 0.148 0.125 0.127 0.116 0.088 0.051 0.027 0.020 0.008 0.005 51 V 0.022 0.020 0.029 0.056 0.088 0.142 0.147 0.143 0.134 0.101 0.069 0.029 0.014 0.005 52 K 0.163 0.150 0.164 0.160 0.141 0.092 0.055 0.031 0.020 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 53 E 0.284 0.178 0.131 0.143 0.098 0.064 0.044 0.022 0.016 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 54 E 0.184 0.158 0.153 0.160 0.139 0.100 0.049 0.027 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 55 N 0.211 0.148 0.134 0.170 0.128 0.092 0.051 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 56 E 0.216 0.151 0.134 0.160 0.143 0.086 0.045 0.028 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 57 L 0.086 0.066 0.076 0.123 0.158 0.151 0.106 0.103 0.062 0.038 0.016 0.008 0.005 0.002 58 P 0.091 0.078 0.092 0.134 0.151 0.127 0.103 0.082 0.062 0.037 0.020 0.014 0.005 0.003 59 V 0.040 0.035 0.044 0.072 0.102 0.135 0.133 0.137 0.116 0.085 0.052 0.029 0.013 0.006 60 K 0.077 0.062 0.070 0.101 0.109 0.117 0.110 0.103 0.090 0.063 0.048 0.030 0.013 0.007 61 G 0.034 0.035 0.046 0.065 0.093 0.111 0.123 0.135 0.126 0.093 0.073 0.040 0.017 0.009 62 V 0.028 0.025 0.032 0.046 0.082 0.110 0.123 0.154 0.136 0.112 0.074 0.044 0.026 0.009 63 E 0.084 0.086 0.096 0.134 0.133 0.117 0.099 0.081 0.065 0.046 0.029 0.017 0.007 0.005 64 M 0.053 0.045 0.061 0.083 0.114 0.144 0.131 0.121 0.097 0.072 0.042 0.022 0.010 0.005 65 A 0.073 0.063 0.079 0.110 0.144 0.143 0.121 0.100 0.074 0.044 0.025 0.014 0.006 0.004 66 G 0.131 0.118 0.133 0.143 0.135 0.101 0.087 0.062 0.039 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 67 D 0.239 0.140 0.130 0.132 0.117 0.087 0.061 0.038 0.024 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 68 P 0.181 0.132 0.128 0.137 0.126 0.104 0.078 0.046 0.032 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 69 L 0.106 0.073 0.082 0.116 0.155 0.142 0.117 0.094 0.052 0.035 0.016 0.007 0.004 0.001 70 E 0.316 0.177 0.148 0.126 0.087 0.058 0.040 0.021 0.012 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 71 H 0.203 0.115 0.121 0.129 0.129 0.106 0.077 0.050 0.032 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 72 H 0.191 0.120 0.117 0.133 0.149 0.103 0.072 0.053 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 73 H 0.217 0.131 0.125 0.141 0.136 0.091 0.060 0.045 0.024 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 74 H 0.240 0.127 0.117 0.136 0.129 0.093 0.065 0.041 0.025 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 75 H 0.208 0.129 0.133 0.139 0.132 0.098 0.064 0.041 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 76 H 0.231 0.136 0.132 0.135 0.123 0.089 0.063 0.041 0.023 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001