# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.091 0.098 0.118 0.127 0.118 0.093 0.069 0.047 0.034 0.020 0.010 0.005 0.002 2 G 0.226 0.134 0.125 0.130 0.123 0.090 0.066 0.041 0.029 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 3 L 0.086 0.063 0.070 0.105 0.145 0.145 0.119 0.109 0.069 0.047 0.022 0.011 0.006 0.002 4 G 0.184 0.122 0.125 0.139 0.138 0.101 0.076 0.047 0.031 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 5 R 0.167 0.134 0.137 0.144 0.130 0.099 0.069 0.046 0.031 0.021 0.013 0.006 0.002 0.001 6 Q 0.192 0.109 0.112 0.124 0.124 0.112 0.085 0.058 0.037 0.022 0.014 0.007 0.003 0.002 7 S 0.092 0.096 0.097 0.146 0.159 0.125 0.086 0.076 0.056 0.036 0.018 0.009 0.004 0.002 8 L 0.053 0.041 0.050 0.076 0.108 0.137 0.137 0.148 0.101 0.073 0.037 0.023 0.012 0.005 9 N 0.099 0.085 0.091 0.127 0.132 0.114 0.097 0.089 0.068 0.042 0.028 0.016 0.007 0.004 10 I 0.025 0.026 0.038 0.060 0.098 0.118 0.130 0.142 0.131 0.101 0.065 0.039 0.018 0.009 11 M 0.047 0.033 0.046 0.069 0.105 0.135 0.139 0.139 0.108 0.077 0.048 0.031 0.016 0.007 12 T 0.094 0.091 0.100 0.134 0.143 0.120 0.100 0.074 0.060 0.037 0.023 0.014 0.005 0.004 13 F 0.065 0.043 0.055 0.083 0.126 0.159 0.136 0.119 0.089 0.064 0.032 0.018 0.008 0.003 14 S 0.175 0.137 0.139 0.159 0.144 0.096 0.062 0.034 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 15 G 0.218 0.143 0.137 0.150 0.121 0.090 0.059 0.033 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.316 0.185 0.140 0.119 0.088 0.069 0.040 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 17 E 0.196 0.180 0.143 0.148 0.131 0.087 0.050 0.030 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 18 L 0.054 0.043 0.068 0.103 0.155 0.167 0.149 0.133 0.064 0.035 0.016 0.007 0.004 0.002 19 T 0.149 0.122 0.135 0.137 0.136 0.126 0.080 0.049 0.032 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 20 A 0.092 0.065 0.069 0.107 0.144 0.136 0.104 0.100 0.079 0.056 0.022 0.015 0.008 0.004 21 I 0.030 0.030 0.044 0.087 0.138 0.151 0.174 0.149 0.100 0.052 0.022 0.014 0.006 0.003 22 I 0.046 0.039 0.070 0.074 0.113 0.166 0.171 0.117 0.089 0.049 0.038 0.017 0.010 0.003 23 K 0.193 0.190 0.175 0.146 0.124 0.072 0.043 0.025 0.015 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 24 M 0.057 0.058 0.083 0.134 0.156 0.167 0.140 0.106 0.048 0.028 0.012 0.006 0.002 0.002 25 A 0.047 0.049 0.079 0.111 0.161 0.183 0.145 0.117 0.064 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 26 K 0.157 0.155 0.141 0.149 0.140 0.085 0.064 0.055 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 27 S 0.165 0.133 0.140 0.144 0.132 0.106 0.071 0.042 0.032 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 28 M 0.079 0.061 0.087 0.122 0.162 0.158 0.115 0.085 0.063 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 29 V 0.093 0.059 0.071 0.109 0.142 0.142 0.130 0.107 0.068 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 30 M 0.109 0.085 0.084 0.116 0.134 0.149 0.109 0.085 0.059 0.033 0.017 0.010 0.005 0.002 31 A 0.166 0.089 0.091 0.118 0.135 0.121 0.097 0.062 0.050 0.031 0.022 0.010 0.005 0.002 32 D 0.268 0.164 0.162 0.140 0.104 0.064 0.044 0.020 0.016 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 33 G 0.361 0.141 0.120 0.109 0.089 0.076 0.049 0.023 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 34 K 0.264 0.180 0.150 0.147 0.115 0.065 0.039 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 35 I 0.118 0.080 0.096 0.126 0.153 0.144 0.119 0.083 0.040 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 36 K 0.245 0.144 0.163 0.137 0.118 0.083 0.051 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 37 P 0.174 0.113 0.111 0.124 0.148 0.113 0.073 0.060 0.039 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 38 A 0.121 0.067 0.064 0.094 0.144 0.128 0.108 0.114 0.071 0.048 0.019 0.013 0.006 0.002 39 E 0.117 0.114 0.108 0.149 0.158 0.106 0.076 0.065 0.049 0.028 0.015 0.008 0.003 0.002 40 I 0.052 0.035 0.051 0.079 0.112 0.143 0.139 0.129 0.104 0.072 0.044 0.023 0.012 0.005 41 A 0.074 0.055 0.081 0.112 0.147 0.156 0.125 0.093 0.069 0.040 0.023 0.014 0.006 0.004 42 V 0.076 0.051 0.057 0.083 0.125 0.135 0.118 0.120 0.096 0.067 0.037 0.021 0.010 0.004 43 M 0.078 0.062 0.076 0.117 0.145 0.157 0.124 0.099 0.065 0.040 0.019 0.013 0.005 0.003 44 T 0.113 0.092 0.097 0.143 0.156 0.134 0.093 0.061 0.056 0.029 0.016 0.007 0.002 0.001 45 R 0.192 0.153 0.144 0.154 0.128 0.090 0.058 0.037 0.021 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 46 E 0.290 0.196 0.149 0.136 0.088 0.067 0.034 0.017 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 47 F 0.094 0.083 0.104 0.146 0.172 0.148 0.099 0.078 0.042 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 48 M 0.115 0.083 0.108 0.133 0.151 0.141 0.111 0.082 0.038 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 49 R 0.234 0.170 0.141 0.128 0.116 0.079 0.051 0.031 0.024 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 50 F 0.090 0.066 0.091 0.124 0.148 0.138 0.118 0.087 0.057 0.039 0.022 0.011 0.005 0.003 51 G 0.220 0.127 0.116 0.131 0.126 0.106 0.069 0.042 0.031 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 52 I 0.081 0.070 0.072 0.120 0.164 0.154 0.106 0.096 0.066 0.039 0.017 0.009 0.005 0.002 53 L 0.078 0.063 0.076 0.131 0.162 0.161 0.128 0.083 0.060 0.032 0.015 0.008 0.003 0.002 54 Q 0.238 0.170 0.186 0.140 0.103 0.070 0.043 0.020 0.014 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 55 D 0.322 0.194 0.148 0.127 0.083 0.056 0.034 0.016 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.136 0.134 0.119 0.145 0.164 0.128 0.076 0.047 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 57 V 0.052 0.049 0.075 0.125 0.167 0.157 0.136 0.116 0.058 0.036 0.017 0.006 0.004 0.001 58 D 0.266 0.163 0.158 0.126 0.092 0.080 0.052 0.026 0.018 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 59 L 0.054 0.042 0.054 0.094 0.149 0.149 0.109 0.120 0.096 0.069 0.030 0.017 0.011 0.004 60 L 0.034 0.037 0.044 0.097 0.145 0.143 0.146 0.151 0.104 0.055 0.021 0.015 0.006 0.003 61 L 0.067 0.054 0.066 0.092 0.121 0.153 0.135 0.109 0.084 0.054 0.036 0.018 0.009 0.003 62 K 0.217 0.176 0.168 0.135 0.108 0.075 0.052 0.028 0.020 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 63 A 0.079 0.058 0.083 0.133 0.155 0.163 0.131 0.082 0.053 0.033 0.019 0.007 0.003 0.002 64 S 0.170 0.153 0.165 0.150 0.137 0.098 0.059 0.031 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 65 D 0.334 0.165 0.118 0.137 0.100 0.061 0.038 0.023 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 66 S 0.236 0.165 0.151 0.148 0.120 0.084 0.050 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 67 I 0.143 0.074 0.090 0.120 0.168 0.150 0.104 0.070 0.040 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 68 E 0.302 0.199 0.175 0.136 0.088 0.048 0.028 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 69 A 0.116 0.067 0.084 0.121 0.154 0.171 0.112 0.077 0.050 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 70 S 0.153 0.141 0.129 0.149 0.168 0.104 0.065 0.047 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 71 Q 0.161 0.151 0.131 0.145 0.137 0.097 0.061 0.052 0.032 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 72 A 0.055 0.050 0.071 0.115 0.162 0.164 0.146 0.124 0.059 0.030 0.012 0.007 0.003 0.002 73 V 0.030 0.026 0.051 0.068 0.113 0.147 0.163 0.150 0.115 0.066 0.039 0.020 0.010 0.004 74 A 0.076 0.066 0.079 0.099 0.127 0.137 0.123 0.114 0.078 0.048 0.023 0.017 0.008 0.004 75 L 0.037 0.035 0.046 0.082 0.133 0.143 0.128 0.128 0.103 0.080 0.042 0.024 0.012 0.006 76 I 0.022 0.024 0.039 0.077 0.122 0.165 0.161 0.139 0.117 0.075 0.031 0.017 0.007 0.004 77 A 0.089 0.073 0.093 0.119 0.161 0.159 0.114 0.087 0.049 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 78 R 0.205 0.195 0.165 0.174 0.119 0.065 0.036 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 79 M 0.090 0.082 0.089 0.201 0.179 0.174 0.096 0.045 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 80 D 0.361 0.242 0.149 0.134 0.067 0.026 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.696 0.194 0.068 0.032 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.650 0.199 0.103 0.031 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.330 0.171 0.167 0.137 0.108 0.055 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.487 0.194 0.123 0.092 0.056 0.030 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.477 0.209 0.123 0.090 0.052 0.029 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.101 0.084 0.109 0.157 0.189 0.141 0.099 0.072 0.028 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 87 V 0.052 0.049 0.067 0.109 0.198 0.182 0.121 0.107 0.065 0.030 0.009 0.007 0.003 0.001 88 A 0.098 0.087 0.094 0.132 0.150 0.138 0.107 0.077 0.054 0.031 0.015 0.010 0.004 0.002 89 S 0.153 0.113 0.132 0.124 0.115 0.114 0.091 0.050 0.047 0.023 0.020 0.010 0.004 0.003 90 Y 0.034 0.031 0.054 0.083 0.127 0.153 0.143 0.130 0.100 0.062 0.044 0.023 0.010 0.007 91 L 0.033 0.026 0.040 0.056 0.090 0.125 0.151 0.154 0.122 0.086 0.056 0.036 0.017 0.008 92 G 0.045 0.035 0.045 0.064 0.101 0.104 0.122 0.142 0.119 0.093 0.060 0.039 0.021 0.011 93 V 0.026 0.020 0.030 0.045 0.076 0.101 0.117 0.124 0.131 0.125 0.097 0.059 0.031 0.017 94 I 0.048 0.026 0.038 0.055 0.089 0.116 0.129 0.110 0.122 0.099 0.074 0.055 0.024 0.016 95 M 0.044 0.036 0.044 0.082 0.107 0.128 0.144 0.127 0.107 0.075 0.056 0.029 0.012 0.007 96 A 0.066 0.058 0.071 0.095 0.114 0.156 0.133 0.112 0.081 0.048 0.036 0.018 0.008 0.004 97 S 0.134 0.104 0.104 0.142 0.141 0.117 0.094 0.066 0.043 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 98 D 0.198 0.159 0.156 0.144 0.128 0.083 0.055 0.030 0.023 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 99 G 0.336 0.159 0.127 0.126 0.098 0.068 0.041 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 100 D 0.389 0.219 0.156 0.113 0.056 0.036 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.157 0.096 0.116 0.146 0.178 0.138 0.085 0.046 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 102 D 0.399 0.209 0.160 0.111 0.062 0.031 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.522 0.195 0.123 0.070 0.040 0.027 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.268 0.171 0.126 0.145 0.132 0.072 0.042 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 105 E 0.208 0.166 0.135 0.146 0.131 0.099 0.052 0.030 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 106 L 0.092 0.074 0.081 0.128 0.167 0.161 0.107 0.089 0.051 0.028 0.011 0.006 0.004 0.002 107 A 0.072 0.061 0.087 0.125 0.155 0.166 0.130 0.089 0.057 0.028 0.014 0.010 0.004 0.003 108 L 0.036 0.024 0.041 0.057 0.115 0.146 0.149 0.142 0.136 0.075 0.039 0.024 0.011 0.005 109 W 0.056 0.056 0.074 0.099 0.142 0.150 0.134 0.111 0.077 0.044 0.025 0.017 0.008 0.004 110 T 0.111 0.104 0.114 0.135 0.152 0.121 0.081 0.066 0.052 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 111 L 0.035 0.032 0.054 0.101 0.138 0.171 0.163 0.154 0.073 0.043 0.018 0.011 0.004 0.003 112 I 0.042 0.032 0.054 0.075 0.131 0.170 0.159 0.134 0.105 0.056 0.023 0.012 0.005 0.002 113 S 0.140 0.135 0.133 0.153 0.142 0.099 0.072 0.058 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 114 T 0.144 0.117 0.131 0.145 0.140 0.124 0.079 0.048 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 115 L 0.066 0.046 0.064 0.104 0.153 0.159 0.135 0.116 0.080 0.043 0.019 0.009 0.004 0.002 116 C 0.102 0.075 0.094 0.117 0.135 0.149 0.126 0.092 0.054 0.028 0.015 0.008 0.004 0.001 117 G 0.224 0.133 0.121 0.122 0.121 0.098 0.066 0.046 0.032 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 118 L 0.146 0.105 0.109 0.124 0.138 0.124 0.093 0.062 0.045 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 119 P 0.179 0.103 0.114 0.120 0.132 0.116 0.089 0.059 0.041 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 120 T 0.119 0.097 0.118 0.134 0.158 0.127 0.094 0.063 0.042 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 121 M 0.161 0.087 0.091 0.106 0.123 0.130 0.101 0.075 0.051 0.035 0.021 0.010 0.005 0.002 122 T 0.171 0.126 0.131 0.147 0.133 0.107 0.077 0.046 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 123 V 0.036 0.028 0.042 0.072 0.120 0.156 0.166 0.151 0.113 0.062 0.032 0.014 0.007 0.003 124 M 0.074 0.077 0.098 0.121 0.156 0.157 0.122 0.087 0.050 0.026 0.017 0.008 0.004 0.001 125 E 0.330 0.234 0.158 0.112 0.068 0.041 0.025 0.013 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 126 A 0.069 0.076 0.100 0.164 0.173 0.159 0.123 0.076 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 127 I 0.041 0.046 0.081 0.124 0.181 0.180 0.153 0.100 0.055 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 128 N 0.364 0.219 0.168 0.110 0.061 0.038 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 N 0.300 0.188 0.159 0.134 0.098 0.061 0.032 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 M 0.096 0.073 0.092 0.154 0.201 0.151 0.103 0.068 0.036 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 131 K 0.279 0.164 0.159 0.143 0.106 0.071 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 132 N 0.365 0.171 0.128 0.117 0.092 0.057 0.033 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 133 L 0.128 0.083 0.096 0.138 0.170 0.140 0.099 0.068 0.038 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001