# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.010 0.010 0.005 0.002 0.011 0.002 0.012 0.813 0.078 0.048 0.010 2 M 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.921 0.047 0.010 0.002 3 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.927 0.050 0.005 0.001 4 N 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.942 0.034 0.004 0.001 5 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.919 0.051 0.012 0.001 6 R 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.804 0.135 0.033 0.003 7 E 0.007 0.017 0.004 0.004 0.010 0.015 0.068 0.650 0.204 0.021 0.003 8 E 0.008 0.018 0.015 0.009 0.015 0.015 0.192 0.537 0.133 0.049 0.008 9 S 0.041 0.044 0.036 0.010 0.047 0.023 0.127 0.232 0.156 0.250 0.034 10 L 0.058 0.344 0.160 0.014 0.137 0.005 0.015 0.135 0.072 0.036 0.023 11 P 0.014 0.141 0.102 0.032 0.048 0.033 0.052 0.275 0.244 0.050 0.009 12 E 0.024 0.160 0.109 0.014 0.092 0.018 0.084 0.273 0.145 0.061 0.020 13 Y 0.096 0.122 0.029 0.004 0.112 0.006 0.030 0.137 0.084 0.285 0.095 14 F 0.080 0.320 0.099 0.013 0.279 0.014 0.017 0.024 0.015 0.084 0.053 15 D 0.030 0.548 0.274 0.002 0.128 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.006 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.150 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.046 0.002 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.006 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.066 0.006 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.905 0.086 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.900 0.053 0.008 0.001 26 L 0.001 0.004 0.005 0.004 0.002 0.008 0.070 0.710 0.147 0.047 0.002 27 F 0.018 0.015 0.005 0.003 0.014 0.005 0.026 0.553 0.205 0.133 0.023 28 K 0.006 0.095 0.024 0.022 0.027 0.067 0.179 0.425 0.120 0.030 0.004 29 N 0.048 0.022 0.014 0.010 0.039 0.009 0.040 0.121 0.094 0.463 0.141 30 T 0.076 0.193 0.064 0.018 0.164 0.014 0.050 0.189 0.109 0.083 0.040 31 F 0.091 0.128 0.038 0.013 0.169 0.016 0.029 0.202 0.167 0.093 0.054 32 E 0.091 0.102 0.051 0.023 0.120 0.038 0.116 0.258 0.110 0.057 0.034 33 W 0.083 0.125 0.139 0.047 0.104 0.025 0.037 0.165 0.079 0.145 0.052 34 A 0.057 0.089 0.046 0.060 0.069 0.083 0.186 0.200 0.116 0.065 0.031 35 G 0.047 0.098 0.080 0.157 0.073 0.106 0.030 0.062 0.073 0.211 0.063 36 Y 0.177 0.161 0.033 0.004 0.420 0.005 0.020 0.069 0.040 0.047 0.024 37 L 0.345 0.087 0.016 0.010 0.292 0.016 0.014 0.047 0.030 0.043 0.099 38 R 0.085 0.287 0.069 0.020 0.440 0.012 0.019 0.032 0.013 0.011 0.011 39 H 0.384 0.053 0.018 0.012 0.231 0.012 0.020 0.028 0.018 0.082 0.141 40 I 0.034 0.439 0.267 0.026 0.201 0.005 0.005 0.010 0.004 0.003 0.005 41 P 0.285 0.142 0.023 0.006 0.350 0.012 0.035 0.037 0.022 0.027 0.061 42 F 0.208 0.174 0.025 0.013 0.386 0.019 0.018 0.021 0.028 0.041 0.067 43 T 0.253 0.144 0.027 0.005 0.453 0.005 0.013 0.023 0.013 0.020 0.044 44 F 0.297 0.085 0.034 0.046 0.199 0.052 0.036 0.056 0.037 0.064 0.095 45 A 0.041 0.130 0.100 0.260 0.098 0.121 0.076 0.088 0.038 0.035 0.014 46 D 0.053 0.060 0.073 0.159 0.055 0.072 0.048 0.088 0.079 0.245 0.068 47 G 0.055 0.199 0.222 0.083 0.111 0.024 0.024 0.055 0.048 0.134 0.045 48 T 0.091 0.303 0.113 0.021 0.242 0.015 0.026 0.072 0.040 0.047 0.029 49 T 0.270 0.097 0.029 0.008 0.217 0.012 0.022 0.057 0.085 0.095 0.107 50 A 0.040 0.352 0.169 0.027 0.200 0.019 0.026 0.058 0.053 0.040 0.014 51 A 0.209 0.212 0.095 0.004 0.329 0.003 0.015 0.028 0.019 0.041 0.045 52 M 0.104 0.400 0.191 0.013 0.228 0.004 0.008 0.025 0.008 0.004 0.015 53 P 0.035 0.288 0.101 0.030 0.137 0.046 0.059 0.181 0.093 0.020 0.010 54 E 0.103 0.109 0.051 0.018 0.143 0.022 0.054 0.159 0.122 0.153 0.066 55 M 0.102 0.174 0.082 0.037 0.186 0.017 0.021 0.107 0.081 0.136 0.058 56 K 0.104 0.171 0.107 0.031 0.148 0.030 0.047 0.170 0.081 0.067 0.044 57 R 0.138 0.060 0.030 0.030 0.133 0.050 0.092 0.238 0.086 0.087 0.056 58 T 0.020 0.175 0.150 0.185 0.062 0.069 0.074 0.100 0.050 0.090 0.023 59 G 0.068 0.082 0.128 0.189 0.063 0.043 0.014 0.046 0.035 0.217 0.116 60 W 0.268 0.122 0.019 0.004 0.400 0.005 0.006 0.035 0.032 0.045 0.064 61 K 0.124 0.093 0.019 0.021 0.280 0.041 0.091 0.156 0.074 0.052 0.049 62 N 0.263 0.119 0.036 0.009 0.328 0.004 0.012 0.036 0.036 0.080 0.078 63 A 0.117 0.237 0.093 0.021 0.289 0.014 0.032 0.075 0.048 0.045 0.030 64 F 0.086 0.307 0.169 0.030 0.162 0.014 0.033 0.053 0.039 0.061 0.047 65 A 0.035 0.394 0.268 0.041 0.127 0.016 0.037 0.044 0.017 0.011 0.011 66 I 0.014 0.566 0.245 0.009 0.061 0.003 0.007 0.042 0.024 0.023 0.007 67 G 0.012 0.030 0.015 0.004 0.022 0.005 0.008 0.574 0.309 0.014 0.007 68 D 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.006 0.018 0.756 0.194 0.014 0.001 69 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.637 0.152 0.191 0.005 70 I 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.791 0.143 0.046 0.002 71 Q 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.912 0.065 0.002 0.001 72 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.963 0.028 0.001 0.001 73 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.026 0.010 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.051 0.009 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.030 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.021 0.012 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.045 0.007 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.031 0.001 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.031 0.005 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.914 0.068 0.012 0.001 82 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.820 0.120 0.030 0.002 83 E 0.005 0.024 0.015 0.004 0.013 0.007 0.044 0.752 0.092 0.040 0.003 84 K 0.011 0.055 0.026 0.010 0.030 0.013 0.054 0.607 0.131 0.053 0.009 85 N 0.041 0.057 0.019 0.012 0.051 0.012 0.043 0.435 0.155 0.140 0.035 86 N 0.036 0.034 0.019 0.012 0.030 0.016 0.049 0.491 0.168 0.109 0.036 87 L 0.053 0.076 0.037 0.017 0.080 0.015 0.028 0.344 0.192 0.111 0.046 88 Q 0.006 0.058 0.039 0.063 0.018 0.120 0.219 0.341 0.111 0.021 0.004 89 G 0.041 0.026 0.021 0.013 0.030 0.006 0.017 0.131 0.117 0.501 0.097 90 L 0.146 0.164 0.030 0.007 0.254 0.011 0.026 0.111 0.082 0.096 0.073 91 T 0.049 0.190 0.113 0.031 0.110 0.024 0.040 0.204 0.094 0.103 0.043 92 R 0.083 0.083 0.058 0.021 0.109 0.010 0.017 0.286 0.135 0.143 0.054 93 E 0.016 0.184 0.091 0.024 0.058 0.019 0.028 0.443 0.084 0.042 0.011 94 E 0.046 0.045 0.019 0.002 0.062 0.002 0.012 0.659 0.086 0.036 0.030 95 F 0.003 0.010 0.008 0.001 0.005 0.002 0.005 0.870 0.083 0.012 0.002 96 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.897 0.066 0.019 0.001 97 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.029 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.023 0.005 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.003 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.056 0.003 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.027 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.955 0.031 0.002 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.927 0.058 0.005 0.001 104 N 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.910 0.064 0.006 0.001 105 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.873 0.080 0.025 0.002 106 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.013 0.818 0.123 0.023 0.005 107 N 0.011 0.016 0.002 0.007 0.016 0.036 0.103 0.573 0.207 0.023 0.005 108 Q 0.052 0.049 0.009 0.003 0.114 0.003 0.071 0.569 0.080 0.043 0.009 109 L 0.076 0.065 0.026 0.025 0.132 0.053 0.104 0.226 0.130 0.122 0.040 110 H 0.122 0.185 0.115 0.019 0.286 0.005 0.019 0.139 0.050 0.023 0.039 111 P 0.023 0.086 0.035 0.010 0.048 0.016 0.059 0.323 0.258 0.121 0.021 112 F 0.050 0.228 0.075 0.017 0.170 0.014 0.042 0.115 0.099 0.152 0.039 113 R 0.079 0.079 0.041 0.023 0.093 0.059 0.119 0.236 0.142 0.077 0.052 114 E 0.042 0.085 0.116 0.056 0.055 0.054 0.152 0.156 0.095 0.131 0.058 115 G 0.023 0.093 0.079 0.112 0.039 0.060 0.057 0.149 0.084 0.264 0.040 116 N 0.019 0.188 0.155 0.067 0.051 0.044 0.039 0.230 0.073 0.109 0.026 117 G 0.004 0.019 0.031 0.053 0.008 0.036 0.021 0.615 0.128 0.073 0.013 118 R 0.003 0.007 0.004 0.002 0.006 0.002 0.009 0.882 0.073 0.010 0.002 119 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.071 0.005 0.001 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.025 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.025 0.001 0.001 129 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.906 0.077 0.002 0.001 130 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.122 0.781 0.078 0.007 0.001 131 A 0.001 0.780 0.186 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.023 0.003 0.003 0.006 0.002 0.003 0.002 0.004 0.011 0.541 0.403 133 H 0.031 0.517 0.169 0.008 0.209 0.005 0.008 0.014 0.011 0.016 0.011 134 Q 0.173 0.186 0.028 0.004 0.475 0.003 0.007 0.027 0.025 0.034 0.038 135 L 0.200 0.251 0.070 0.007 0.367 0.009 0.011 0.011 0.012 0.015 0.047 136 N 0.278 0.104 0.026 0.002 0.474 0.001 0.005 0.006 0.004 0.018 0.082 137 F 0.148 0.154 0.042 0.006 0.228 0.003 0.006 0.065 0.125 0.141 0.083 138 S 0.044 0.262 0.122 0.017 0.134 0.022 0.059 0.179 0.093 0.051 0.016 139 L 0.115 0.116 0.037 0.008 0.160 0.011 0.031 0.258 0.106 0.109 0.049 140 I 0.062 0.187 0.071 0.034 0.165 0.056 0.069 0.212 0.048 0.057 0.040 141 T 0.075 0.323 0.257 0.014 0.120 0.004 0.004 0.091 0.013 0.054 0.045 142 K 0.006 0.009 0.005 0.002 0.011 0.002 0.002 0.814 0.123 0.020 0.005 143 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.920 0.053 0.006 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.028 0.010 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.021 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.031 0.009 0.001 149 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.888 0.090 0.014 0.001 150 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.864 0.095 0.007 0.001 151 A 0.006 0.005 0.002 0.001 0.009 0.003 0.044 0.803 0.087 0.034 0.004 152 V 0.011 0.077 0.021 0.005 0.054 0.007 0.033 0.596 0.146 0.047 0.003 153 A 0.031 0.034 0.039 0.003 0.017 0.003 0.024 0.638 0.156 0.034 0.021 154 E 0.005 0.021 0.015 0.016 0.010 0.043 0.130 0.526 0.162 0.067 0.005 155 N 0.004 0.669 0.187 0.031 0.075 0.004 0.005 0.009 0.003 0.008 0.003 156 G 0.016 0.014 0.027 0.040 0.007 0.040 0.018 0.025 0.043 0.581 0.189 157 D 0.160 0.147 0.029 0.007 0.371 0.005 0.025 0.070 0.031 0.072 0.084 158 L 0.068 0.048 0.019 0.004 0.076 0.003 0.003 0.184 0.285 0.260 0.052 159 E 0.002 0.060 0.049 0.008 0.011 0.008 0.023 0.750 0.084 0.004 0.001 160 P 0.008 0.018 0.008 0.001 0.012 0.001 0.004 0.862 0.074 0.009 0.003 161 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.915 0.067 0.009 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.053 0.002 0.001 163 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.034 0.002 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.943 0.037 0.009 0.001 165 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.828 0.142 0.022 0.001 166 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.027 0.812 0.136 0.006 0.001 167 D 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.108 0.606 0.148 0.111 0.008 168 I 0.014 0.028 0.013 0.006 0.027 0.014 0.128 0.520 0.133 0.106 0.011 169 S 0.045 0.086 0.027 0.009 0.066 0.015 0.034 0.210 0.115 0.347 0.046 170 N 0.084 0.177 0.084 0.009 0.254 0.004 0.008 0.277 0.050 0.025 0.029 171 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.794 0.187 0.009 0.001 172 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.900 0.071 0.015 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.059 0.013 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.048 0.002 0.001 175 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.956 0.029 0.005 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.043 0.012 0.001 177 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.051 0.003 0.001 178 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.037 0.001 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.026 0.007 0.001 180 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.056 0.013 0.001 181 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.927 0.062 0.003 0.001 182 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.937 0.038 0.008 0.001 183 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.015 0.905 0.053 0.014 0.001 184 M 0.011 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.840 0.095 0.020 0.005 185 K 0.010 0.016 0.006 0.004 0.010 0.012 0.056 0.738 0.121 0.021 0.006 186 N 0.027 0.015 0.009 0.005 0.029 0.012 0.085 0.593 0.101 0.105 0.020 187 T 0.036 0.381 0.186 0.036 0.122 0.017 0.025 0.101 0.038 0.043 0.015 188 G 0.062 0.038 0.045 0.079 0.040 0.044 0.026 0.152 0.106 0.302 0.106 189 R 0.078 0.217 0.068 0.021 0.164 0.032 0.060 0.185 0.089 0.058 0.027 190 N 0.128 0.148 0.060 0.014 0.208 0.007 0.018 0.168 0.067 0.112 0.070 191 V 0.091 0.086 0.022 0.022 0.120 0.056 0.073 0.290 0.152 0.055 0.033 192 N 0.045 0.088 0.045 0.038 0.105 0.037 0.079 0.339 0.102 0.089 0.032 193 D 0.135 0.073 0.035 0.010 0.143 0.008 0.019 0.125 0.077 0.289 0.086 194 R 0.051 0.417 0.129 0.007 0.220 0.002 0.006 0.124 0.024 0.010 0.009 195 P 0.159 0.128 0.018 0.004 0.270 0.009 0.027 0.266 0.058 0.026 0.036 196 V 0.115 0.144 0.025 0.007 0.269 0.011 0.032 0.301 0.052 0.024 0.020 197 M 0.195 0.074 0.015 0.005 0.229 0.009 0.026 0.326 0.043 0.036 0.044 198 V 0.105 0.130 0.035 0.016 0.179 0.017 0.033 0.335 0.065 0.054 0.031 199 A 0.115 0.113 0.032 0.013 0.157 0.013 0.037 0.308 0.085 0.083 0.043 200 K 0.061 0.137 0.066 0.030 0.114 0.031 0.062 0.304 0.109 0.059 0.028 201 E 0.061 0.164 0.088 0.027 0.119 0.026 0.063 0.279 0.093 0.053 0.026