# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.681 0.055 0.089 0.039 0.060 0.004 0.013 0.034 0.003 0.023 0.001 2 M 0.845 0.053 0.043 0.030 0.008 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 3 I 0.870 0.058 0.036 0.018 0.004 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 4 N 0.860 0.032 0.033 0.032 0.006 0.017 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 5 L 0.917 0.016 0.015 0.039 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 6 R 0.847 0.045 0.035 0.051 0.006 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 7 E 0.807 0.050 0.041 0.070 0.008 0.010 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 8 E 0.694 0.068 0.084 0.103 0.027 0.006 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 9 S 0.441 0.030 0.067 0.382 0.007 0.024 0.030 0.004 0.012 0.001 0.001 10 L 0.098 0.231 0.375 0.009 0.032 0.027 0.021 0.001 0.202 0.003 0.001 11 P 0.467 0.003 0.375 0.054 0.001 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 12 E 0.346 0.159 0.264 0.089 0.054 0.017 0.035 0.018 0.015 0.004 0.001 13 Y 0.256 0.191 0.232 0.186 0.032 0.049 0.022 0.008 0.018 0.003 0.003 14 F 0.042 0.380 0.350 0.085 0.069 0.048 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 15 D 0.007 0.141 0.608 0.003 0.085 0.099 0.001 0.001 0.049 0.008 0.001 16 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Y 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.933 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.768 0.017 0.034 0.151 0.003 0.007 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 28 K 0.783 0.007 0.064 0.107 0.004 0.006 0.020 0.004 0.001 0.004 0.001 29 N 0.242 0.012 0.046 0.367 0.013 0.042 0.219 0.039 0.018 0.002 0.001 30 T 0.389 0.135 0.156 0.233 0.015 0.040 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 31 F 0.256 0.171 0.257 0.119 0.033 0.094 0.025 0.006 0.032 0.006 0.001 32 E 0.444 0.104 0.168 0.190 0.024 0.029 0.016 0.008 0.013 0.004 0.001 33 W 0.389 0.164 0.162 0.128 0.056 0.021 0.026 0.006 0.043 0.005 0.001 34 A 0.314 0.053 0.288 0.247 0.022 0.016 0.033 0.010 0.008 0.008 0.002 35 G 0.081 0.012 0.046 0.030 0.086 0.002 0.055 0.501 0.001 0.186 0.001 36 Y 0.158 0.308 0.332 0.093 0.058 0.022 0.007 0.002 0.016 0.002 0.001 37 L 0.075 0.376 0.438 0.022 0.014 0.044 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 38 R 0.095 0.574 0.179 0.062 0.037 0.028 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 39 H 0.047 0.373 0.377 0.046 0.062 0.044 0.018 0.003 0.025 0.003 0.002 40 I 0.003 0.561 0.199 0.001 0.030 0.011 0.004 0.001 0.190 0.001 0.001 41 P 0.057 0.013 0.840 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 42 F 0.052 0.504 0.162 0.067 0.134 0.041 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 43 T 0.031 0.622 0.150 0.022 0.130 0.024 0.003 0.001 0.014 0.002 0.001 44 F 0.049 0.586 0.189 0.060 0.054 0.031 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 45 A 0.112 0.401 0.137 0.092 0.155 0.028 0.016 0.009 0.029 0.020 0.001 46 D 0.063 0.154 0.187 0.161 0.075 0.054 0.212 0.015 0.068 0.009 0.002 47 G 0.057 0.026 0.107 0.038 0.115 0.005 0.074 0.409 0.003 0.164 0.001 48 T 0.137 0.276 0.356 0.087 0.068 0.030 0.013 0.004 0.023 0.005 0.001 49 T 0.263 0.197 0.304 0.126 0.037 0.032 0.012 0.005 0.015 0.005 0.002 50 A 0.276 0.217 0.182 0.139 0.113 0.015 0.017 0.009 0.016 0.016 0.001 51 A 0.177 0.139 0.314 0.160 0.073 0.052 0.039 0.014 0.021 0.008 0.003 52 M 0.096 0.407 0.309 0.027 0.039 0.025 0.007 0.001 0.089 0.001 0.001 53 P 0.308 0.041 0.572 0.030 0.007 0.025 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 54 E 0.221 0.301 0.148 0.147 0.118 0.016 0.013 0.011 0.019 0.005 0.001 55 M 0.189 0.194 0.260 0.086 0.149 0.017 0.028 0.024 0.025 0.027 0.001 56 K 0.239 0.233 0.351 0.050 0.050 0.035 0.011 0.004 0.019 0.006 0.002 57 R 0.272 0.199 0.222 0.122 0.025 0.080 0.027 0.004 0.043 0.003 0.002 58 T 0.175 0.131 0.238 0.260 0.060 0.028 0.063 0.011 0.026 0.006 0.003 59 G 0.083 0.029 0.092 0.038 0.122 0.005 0.081 0.320 0.007 0.223 0.001 60 W 0.192 0.154 0.483 0.065 0.044 0.030 0.007 0.005 0.008 0.005 0.007 61 K 0.178 0.422 0.159 0.109 0.061 0.024 0.013 0.004 0.026 0.003 0.001 62 N 0.065 0.386 0.310 0.051 0.057 0.062 0.015 0.002 0.049 0.002 0.001 63 A 0.169 0.443 0.163 0.080 0.042 0.046 0.009 0.002 0.043 0.002 0.001 64 F 0.173 0.203 0.219 0.112 0.062 0.095 0.047 0.007 0.072 0.006 0.002 65 A 0.170 0.181 0.381 0.083 0.068 0.040 0.024 0.013 0.024 0.012 0.004 66 I 0.188 0.128 0.450 0.098 0.021 0.053 0.018 0.006 0.024 0.011 0.003 67 G 0.274 0.030 0.219 0.022 0.088 0.009 0.018 0.039 0.005 0.296 0.001 68 D 0.912 0.003 0.016 0.044 0.004 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 69 E 0.791 0.011 0.025 0.131 0.006 0.019 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 70 I 0.953 0.002 0.005 0.031 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 Q 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.968 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.964 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.919 0.009 0.011 0.054 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.806 0.014 0.021 0.139 0.003 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 85 N 0.224 0.038 0.041 0.472 0.010 0.032 0.132 0.012 0.040 0.001 0.001 86 N 0.360 0.034 0.057 0.132 0.010 0.058 0.318 0.006 0.021 0.003 0.001 87 L 0.426 0.076 0.086 0.312 0.013 0.048 0.020 0.004 0.013 0.002 0.001 88 Q 0.421 0.064 0.202 0.245 0.014 0.016 0.024 0.003 0.009 0.002 0.001 89 G 0.256 0.018 0.077 0.123 0.048 0.007 0.099 0.296 0.006 0.068 0.001 90 L 0.344 0.127 0.344 0.099 0.016 0.034 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 91 T 0.222 0.111 0.395 0.107 0.032 0.074 0.025 0.007 0.019 0.007 0.002 92 R 0.562 0.093 0.156 0.118 0.015 0.022 0.008 0.003 0.017 0.004 0.001 93 E 0.606 0.048 0.263 0.028 0.017 0.016 0.004 0.004 0.008 0.006 0.001 94 E 0.915 0.005 0.036 0.021 0.004 0.007 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 95 F 0.949 0.002 0.004 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 N 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.962 0.002 0.003 0.024 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 104 N 0.957 0.003 0.005 0.025 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.859 0.009 0.004 0.113 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.777 0.046 0.086 0.054 0.006 0.019 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 107 N 0.927 0.002 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.301 0.414 0.037 0.096 0.126 0.005 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 109 L 0.272 0.377 0.188 0.079 0.010 0.031 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 110 H 0.014 0.258 0.131 0.003 0.037 0.036 0.008 0.001 0.513 0.001 0.001 111 P 0.512 0.004 0.332 0.049 0.001 0.078 0.002 0.001 0.002 0.001 0.020 112 F 0.315 0.047 0.318 0.172 0.024 0.068 0.013 0.014 0.019 0.009 0.001 113 R 0.731 0.042 0.073 0.084 0.010 0.017 0.026 0.003 0.009 0.004 0.001 114 E 0.349 0.016 0.178 0.390 0.005 0.014 0.035 0.002 0.007 0.001 0.002 115 G 0.041 0.002 0.016 0.039 0.023 0.001 0.064 0.573 0.001 0.241 0.001 116 N 0.222 0.047 0.220 0.250 0.031 0.060 0.130 0.008 0.019 0.011 0.002 117 G 0.425 0.011 0.103 0.031 0.042 0.005 0.019 0.182 0.002 0.178 0.001 118 R 0.981 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 A 0.139 0.001 0.003 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.310 0.673 0.001 0.008 0.001 133 H 0.011 0.211 0.646 0.013 0.018 0.077 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 134 Q 0.032 0.163 0.611 0.035 0.009 0.117 0.008 0.001 0.018 0.001 0.005 135 L 0.026 0.581 0.247 0.014 0.080 0.026 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 136 N 0.029 0.312 0.332 0.014 0.013 0.227 0.006 0.001 0.066 0.001 0.001 137 F 0.115 0.395 0.231 0.100 0.073 0.045 0.005 0.002 0.033 0.001 0.001 138 S 0.144 0.240 0.443 0.024 0.082 0.029 0.007 0.006 0.016 0.010 0.001 139 L 0.469 0.162 0.131 0.129 0.041 0.029 0.014 0.009 0.011 0.004 0.002 140 I 0.330 0.208 0.233 0.106 0.058 0.034 0.014 0.002 0.012 0.002 0.001 141 T 0.050 0.134 0.459 0.017 0.057 0.128 0.005 0.001 0.145 0.005 0.001 142 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 S 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.987 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.978 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 V 0.901 0.008 0.012 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 153 A 0.875 0.023 0.032 0.044 0.006 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 154 E 0.632 0.080 0.035 0.208 0.013 0.011 0.006 0.001 0.010 0.002 0.001 155 N 0.218 0.029 0.070 0.532 0.010 0.013 0.085 0.002 0.038 0.002 0.001 156 G 0.020 0.001 0.012 0.009 0.021 0.001 0.087 0.687 0.001 0.163 0.001 157 D 0.094 0.056 0.382 0.170 0.024 0.212 0.015 0.001 0.037 0.005 0.003 158 L 0.662 0.036 0.152 0.122 0.005 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 159 E 0.873 0.012 0.060 0.003 0.011 0.001 0.004 0.005 0.005 0.025 0.001 160 P 0.972 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 161 M 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 H 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 F 0.969 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.894 0.001 0.003 0.095 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 168 I 0.701 0.008 0.019 0.256 0.002 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 169 S 0.478 0.042 0.109 0.317 0.007 0.026 0.010 0.003 0.006 0.002 0.001 170 N 0.233 0.106 0.422 0.011 0.039 0.046 0.011 0.002 0.112 0.018 0.001 171 P 0.990 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 E 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 F 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 M 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 182 H 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 T 0.969 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 M 0.942 0.005 0.008 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 185 K 0.949 0.008 0.013 0.021 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 186 N 0.787 0.005 0.015 0.126 0.002 0.011 0.047 0.004 0.005 0.001 0.001 187 T 0.504 0.019 0.060 0.409 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 188 G 0.177 0.013 0.055 0.031 0.035 0.005 0.119 0.441 0.007 0.117 0.001 189 R 0.418 0.129 0.263 0.124 0.024 0.018 0.009 0.003 0.006 0.006 0.001 190 N 0.273 0.168 0.303 0.119 0.027 0.055 0.024 0.007 0.022 0.002 0.001 191 V 0.521 0.216 0.103 0.108 0.015 0.018 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 192 N 0.328 0.092 0.162 0.205 0.028 0.052 0.095 0.008 0.025 0.005 0.001 193 D 0.241 0.130 0.168 0.239 0.028 0.054 0.089 0.012 0.035 0.003 0.001 194 R 0.080 0.386 0.407 0.004 0.017 0.020 0.006 0.001 0.080 0.001 0.001 195 P 0.320 0.009 0.605 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 196 V 0.305 0.367 0.176 0.036 0.075 0.015 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 197 M 0.396 0.210 0.289 0.025 0.012 0.048 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 198 V 0.399 0.301 0.112 0.095 0.038 0.022 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 199 A 0.316 0.131 0.343 0.074 0.039 0.053 0.022 0.005 0.014 0.002 0.001 200 K 0.286 0.192 0.210 0.179 0.036 0.028 0.024 0.011 0.032 0.002 0.001 201 E 0.309 0.175 0.269 0.064 0.053 0.021 0.048 0.017 0.020 0.023 0.001