# TARGET T0343 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.194 0.107 0.050 0.198 0.029 0.020 0.087 0.041 0.092 0.064 2 T 0.077 0.327 0.134 0.014 0.147 0.006 0.010 0.186 0.035 0.032 0.031 3 W 0.045 0.051 0.021 0.004 0.042 0.003 0.003 0.596 0.167 0.049 0.019 4 R 0.004 0.009 0.004 0.003 0.009 0.004 0.007 0.819 0.134 0.007 0.002 5 E 0.009 0.009 0.005 0.002 0.015 0.002 0.010 0.856 0.080 0.009 0.003 6 I 0.003 0.008 0.004 0.001 0.010 0.003 0.011 0.848 0.082 0.028 0.002 7 L 0.015 0.025 0.003 0.002 0.033 0.003 0.009 0.782 0.089 0.033 0.006 8 R 0.017 0.037 0.027 0.009 0.017 0.011 0.030 0.625 0.179 0.038 0.012 9 K 0.008 0.031 0.043 0.019 0.018 0.025 0.140 0.601 0.091 0.019 0.004 10 E 0.015 0.478 0.254 0.049 0.054 0.009 0.013 0.037 0.026 0.051 0.014 11 G 0.042 0.072 0.058 0.069 0.049 0.030 0.017 0.069 0.044 0.392 0.160 12 F 0.126 0.238 0.042 0.009 0.323 0.014 0.017 0.091 0.054 0.056 0.031 13 L 0.179 0.200 0.029 0.010 0.399 0.017 0.027 0.053 0.027 0.020 0.038 14 D 0.380 0.066 0.028 0.008 0.292 0.010 0.015 0.020 0.017 0.046 0.118 15 L 0.162 0.100 0.039 0.078 0.193 0.065 0.043 0.081 0.107 0.069 0.064 16 G 0.007 0.033 0.065 0.268 0.020 0.193 0.177 0.077 0.067 0.088 0.006 17 E 0.206 0.095 0.030 0.009 0.291 0.008 0.031 0.037 0.044 0.187 0.062 18 F 0.152 0.172 0.018 0.001 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 19 I 0.279 0.060 0.005 0.001 0.620 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 20 V 0.394 0.040 0.001 0.001 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 21 E 0.147 0.127 0.005 0.004 0.703 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 22 L 0.434 0.015 0.001 0.001 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 23 V 0.219 0.100 0.005 0.003 0.606 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.054 24 Y 0.321 0.121 0.033 0.004 0.421 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.084 25 I 0.098 0.110 0.046 0.045 0.163 0.077 0.115 0.146 0.099 0.056 0.043 26 D 0.165 0.073 0.042 0.050 0.135 0.018 0.024 0.026 0.058 0.295 0.115 27 C 0.054 0.326 0.256 0.052 0.205 0.011 0.009 0.019 0.023 0.030 0.015 28 P 0.072 0.357 0.137 0.016 0.209 0.008 0.020 0.063 0.047 0.042 0.029 29 C 0.142 0.105 0.043 0.012 0.202 0.016 0.037 0.125 0.157 0.106 0.056 30 E 0.035 0.184 0.163 0.046 0.107 0.036 0.082 0.179 0.101 0.050 0.017 31 P 0.090 0.168 0.092 0.022 0.138 0.021 0.069 0.109 0.103 0.147 0.040 32 I 0.058 0.340 0.281 0.031 0.150 0.012 0.020 0.030 0.024 0.034 0.020 33 P 0.094 0.340 0.175 0.015 0.241 0.014 0.028 0.030 0.018 0.018 0.027 34 P 0.159 0.266 0.075 0.017 0.331 0.014 0.016 0.027 0.022 0.026 0.048 35 T 0.189 0.159 0.032 0.011 0.463 0.010 0.020 0.029 0.018 0.030 0.039 36 L 0.281 0.094 0.009 0.003 0.557 0.006 0.006 0.008 0.004 0.007 0.025 37 A 0.240 0.096 0.008 0.001 0.616 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.028 38 I 0.371 0.074 0.014 0.004 0.412 0.007 0.007 0.013 0.005 0.012 0.082 39 Y 0.156 0.262 0.078 0.019 0.362 0.010 0.008 0.015 0.008 0.022 0.061 40 D 0.199 0.182 0.072 0.021 0.369 0.012 0.014 0.035 0.021 0.023 0.052 41 K 0.053 0.083 0.073 0.067 0.067 0.051 0.086 0.222 0.168 0.101 0.030 42 K 0.022 0.142 0.126 0.107 0.061 0.089 0.151 0.160 0.081 0.051 0.011 43 G 0.086 0.180 0.063 0.048 0.145 0.035 0.065 0.106 0.099 0.114 0.059 44 D 0.115 0.113 0.056 0.035 0.168 0.034 0.041 0.071 0.082 0.184 0.103 45 E 0.149 0.185 0.049 0.015 0.350 0.014 0.023 0.064 0.048 0.060 0.043 46 W 0.369 0.092 0.018 0.006 0.389 0.004 0.006 0.015 0.013 0.021 0.067 47 Y 0.125 0.314 0.069 0.010 0.417 0.006 0.006 0.012 0.007 0.011 0.023 48 K 0.252 0.210 0.044 0.002 0.415 0.002 0.003 0.012 0.006 0.011 0.043 49 V 0.225 0.183 0.069 0.029 0.285 0.015 0.013 0.042 0.031 0.034 0.073 50 E 0.038 0.127 0.063 0.063 0.103 0.086 0.146 0.216 0.110 0.035 0.014 51 E 0.119 0.110 0.070 0.024 0.140 0.012 0.024 0.073 0.083 0.259 0.086 52 A 0.091 0.321 0.188 0.031 0.219 0.010 0.011 0.042 0.027 0.028 0.033 53 P 0.067 0.238 0.101 0.030 0.151 0.041 0.061 0.157 0.088 0.038 0.028 54 N 0.105 0.125 0.079 0.031 0.148 0.021 0.039 0.135 0.114 0.143 0.060 55 V 0.140 0.136 0.043 0.022 0.172 0.024 0.026 0.149 0.074 0.136 0.078 56 Q 0.052 0.101 0.051 0.046 0.102 0.070 0.076 0.258 0.094 0.103 0.046 57 N 0.107 0.160 0.098 0.028 0.133 0.008 0.012 0.208 0.078 0.105 0.065 58 Y 0.036 0.049 0.026 0.014 0.044 0.009 0.009 0.580 0.151 0.063 0.018 59 R 0.013 0.035 0.013 0.005 0.024 0.008 0.016 0.743 0.123 0.015 0.006 60 E 0.008 0.017 0.008 0.004 0.016 0.004 0.017 0.805 0.095 0.018 0.007 61 A 0.006 0.011 0.006 0.003 0.008 0.002 0.009 0.815 0.098 0.039 0.004 62 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.866 0.108 0.009 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.928 0.053 0.002 0.001 64 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.927 0.053 0.011 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.070 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.052 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.032 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.039 0.002 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.086 0.003 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.893 0.092 0.002 0.001 71 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.032 0.878 0.056 0.017 0.001 72 I 0.017 0.008 0.002 0.001 0.015 0.005 0.060 0.743 0.118 0.025 0.006 73 R 0.015 0.028 0.017 0.014 0.025 0.041 0.126 0.562 0.123 0.043 0.006 74 D 0.014 0.191 0.101 0.178 0.044 0.081 0.096 0.147 0.051 0.088 0.011 75 G 0.023 0.049 0.062 0.089 0.029 0.040 0.027 0.108 0.109 0.396 0.068 76 E 0.029 0.193 0.062 0.023 0.101 0.049 0.129 0.218 0.130 0.055 0.012 77 N 0.213 0.056 0.017 0.018 0.219 0.014 0.024 0.035 0.051 0.206 0.147 78 V 0.280 0.174 0.021 0.006 0.430 0.002 0.002 0.004 0.004 0.014 0.063 79 K 0.064 0.327 0.063 0.006 0.498 0.007 0.009 0.011 0.004 0.006 0.006 80 L 0.549 0.018 0.001 0.001 0.388 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 81 V 0.123 0.166 0.015 0.024 0.564 0.044 0.027 0.011 0.003 0.007 0.016 82 S 0.202 0.203 0.084 0.004 0.452 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.040 83 L 0.232 0.120 0.051 0.022 0.218 0.030 0.048 0.088 0.043 0.042 0.106 84 D 0.025 0.139 0.088 0.208 0.057 0.095 0.097 0.045 0.046 0.167 0.034 85 G 0.017 0.125 0.261 0.349 0.041 0.045 0.027 0.035 0.032 0.048 0.020 86 P 0.039 0.145 0.191 0.060 0.079 0.032 0.050 0.117 0.097 0.148 0.042 87 A 0.027 0.267 0.367 0.054 0.062 0.020 0.038 0.071 0.035 0.040 0.018 88 P 0.028 0.349 0.267 0.036 0.075 0.019 0.019 0.108 0.039 0.043 0.017 89 P 0.022 0.152 0.076 0.017 0.080 0.020 0.031 0.417 0.153 0.019 0.011 90 K 0.024 0.037 0.022 0.002 0.039 0.003 0.016 0.668 0.135 0.035 0.019 91 V 0.007 0.013 0.004 0.001 0.008 0.003 0.017 0.777 0.119 0.044 0.005 92 M 0.006 0.014 0.004 0.003 0.009 0.003 0.008 0.784 0.145 0.020 0.003 93 K 0.002 0.009 0.005 0.004 0.004 0.005 0.014 0.859 0.091 0.005 0.002 94 R 0.005 0.006 0.004 0.001 0.007 0.002 0.012 0.839 0.084 0.035 0.005 95 L 0.004 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.812 0.130 0.023 0.003 96 S 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.824 0.140 0.010 0.001 97 L 0.001 0.007 0.003 0.002 0.004 0.006 0.041 0.837 0.088 0.009 0.001 98 A 0.010 0.007 0.004 0.002 0.010 0.004 0.030 0.740 0.115 0.069 0.008 99 L 0.014 0.009 0.002 0.001 0.017 0.002 0.008 0.624 0.242 0.067 0.013 100 Q 0.004 0.019 0.006 0.004 0.010 0.008 0.027 0.719 0.187 0.013 0.002 101 K 0.010 0.019 0.010 0.006 0.021 0.010 0.067 0.586 0.145 0.116 0.009 102 L 0.042 0.059 0.034 0.016 0.076 0.023 0.072 0.372 0.136 0.145 0.026 103 T 0.046 0.122 0.044 0.018 0.099 0.016 0.048 0.358 0.147 0.076 0.026 104 E 0.035 0.071 0.044 0.021 0.071 0.027 0.049 0.321 0.160 0.171 0.030