# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.201 0.138 0.043 0.106 0.077 0.070 0.089 0.075 0.080 0.068 0.054 2 A 0.134 0.064 0.029 0.076 0.071 0.076 0.108 0.109 0.127 0.114 0.093 3 N 0.167 0.092 0.037 0.099 0.090 0.095 0.124 0.091 0.087 0.065 0.052 4 S 0.070 0.065 0.028 0.078 0.083 0.091 0.117 0.124 0.142 0.121 0.080 5 G 0.154 0.107 0.039 0.120 0.128 0.106 0.114 0.083 0.067 0.049 0.033 6 C 0.057 0.042 0.028 0.075 0.073 0.074 0.136 0.123 0.143 0.132 0.115 7 K 0.065 0.060 0.064 0.136 0.150 0.143 0.170 0.092 0.064 0.038 0.019 8 D 0.060 0.087 0.055 0.191 0.162 0.122 0.145 0.080 0.054 0.029 0.014 9 V 0.033 0.028 0.020 0.048 0.064 0.083 0.161 0.147 0.170 0.151 0.096 10 T 0.226 0.158 0.052 0.140 0.109 0.082 0.100 0.054 0.041 0.025 0.013 11 G 0.128 0.076 0.024 0.090 0.093 0.112 0.165 0.116 0.098 0.064 0.035 12 P 0.400 0.199 0.050 0.113 0.065 0.052 0.046 0.026 0.020 0.016 0.013 13 D 0.409 0.304 0.060 0.114 0.053 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 14 E 0.536 0.142 0.048 0.101 0.069 0.047 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 15 E 0.321 0.217 0.084 0.193 0.103 0.043 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 16 S 0.016 0.051 0.053 0.181 0.210 0.171 0.172 0.076 0.043 0.019 0.007 17 F 0.002 0.010 0.014 0.080 0.165 0.215 0.261 0.139 0.068 0.033 0.013 18 L 0.001 0.002 0.006 0.016 0.034 0.081 0.225 0.219 0.193 0.142 0.082 19 Y 0.001 0.001 0.004 0.010 0.015 0.026 0.126 0.213 0.246 0.227 0.130 20 F 0.001 0.001 0.003 0.008 0.010 0.016 0.076 0.172 0.247 0.272 0.194 21 A 0.002 0.002 0.008 0.010 0.012 0.022 0.084 0.148 0.268 0.254 0.189 22 Y 0.005 0.007 0.026 0.038 0.038 0.057 0.186 0.198 0.218 0.152 0.074 23 G 0.003 0.009 0.013 0.028 0.031 0.051 0.173 0.204 0.219 0.182 0.088 24 S 0.011 0.023 0.034 0.050 0.054 0.076 0.168 0.161 0.178 0.145 0.101 25 N 0.045 0.050 0.075 0.085 0.089 0.099 0.158 0.136 0.124 0.084 0.053 26 L 0.015 0.025 0.026 0.055 0.068 0.090 0.175 0.175 0.164 0.128 0.081 27 L 0.005 0.018 0.024 0.046 0.046 0.056 0.133 0.146 0.210 0.190 0.125 28 T 0.025 0.025 0.050 0.112 0.146 0.171 0.222 0.103 0.085 0.039 0.022 29 E 0.104 0.064 0.195 0.222 0.125 0.100 0.097 0.043 0.028 0.014 0.007 30 R 0.003 0.008 0.021 0.050 0.066 0.122 0.259 0.187 0.149 0.092 0.045 31 I 0.002 0.003 0.017 0.014 0.013 0.022 0.082 0.139 0.227 0.265 0.217 32 H 0.006 0.019 0.098 0.178 0.241 0.193 0.158 0.061 0.028 0.012 0.004 33 L 0.018 0.053 0.178 0.170 0.149 0.137 0.128 0.072 0.053 0.030 0.012 34 R 0.018 0.028 0.020 0.070 0.104 0.136 0.224 0.160 0.124 0.078 0.038 35 N 0.072 0.091 0.036 0.089 0.086 0.106 0.180 0.136 0.104 0.066 0.034 36 P 0.258 0.158 0.094 0.148 0.117 0.079 0.062 0.035 0.025 0.015 0.007 37 S 0.420 0.232 0.067 0.116 0.066 0.039 0.032 0.013 0.008 0.005 0.002 38 A 0.135 0.065 0.032 0.078 0.067 0.077 0.130 0.116 0.126 0.101 0.072 39 A 0.183 0.175 0.099 0.197 0.137 0.096 0.060 0.024 0.016 0.007 0.004 40 F 0.061 0.067 0.082 0.127 0.100 0.119 0.161 0.111 0.090 0.052 0.029 41 F 0.022 0.032 0.039 0.113 0.147 0.174 0.186 0.114 0.085 0.053 0.034 42 C 0.025 0.025 0.034 0.049 0.045 0.060 0.140 0.153 0.188 0.169 0.111 43 V 0.012 0.027 0.052 0.205 0.222 0.188 0.136 0.072 0.047 0.027 0.014 44 A 0.013 0.010 0.048 0.022 0.022 0.031 0.094 0.124 0.211 0.225 0.199 45 R 0.009 0.029 0.047 0.183 0.202 0.187 0.190 0.077 0.044 0.021 0.010 46 L 0.003 0.006 0.016 0.012 0.013 0.021 0.075 0.118 0.235 0.267 0.234 47 Q 0.095 0.095 0.127 0.261 0.190 0.118 0.067 0.024 0.013 0.006 0.004 48 D 0.187 0.182 0.123 0.187 0.114 0.074 0.072 0.031 0.017 0.009 0.005 49 F 0.004 0.006 0.006 0.019 0.028 0.058 0.153 0.182 0.202 0.198 0.143 50 K 0.050 0.104 0.076 0.261 0.205 0.139 0.094 0.033 0.018 0.011 0.009 51 L 0.003 0.005 0.010 0.014 0.021 0.035 0.093 0.132 0.211 0.242 0.234 52 D 0.026 0.076 0.066 0.214 0.175 0.142 0.146 0.066 0.041 0.027 0.020 53 F 0.009 0.009 0.005 0.017 0.026 0.041 0.119 0.147 0.200 0.234 0.194 54 G 0.068 0.118 0.067 0.211 0.156 0.122 0.104 0.056 0.041 0.031 0.025 55 N 0.089 0.084 0.068 0.163 0.132 0.110 0.129 0.073 0.064 0.054 0.033 56 S 0.226 0.137 0.062 0.164 0.097 0.071 0.084 0.051 0.046 0.037 0.024 57 Q 0.268 0.164 0.077 0.160 0.104 0.069 0.066 0.034 0.030 0.019 0.010 58 G 0.377 0.126 0.049 0.103 0.060 0.054 0.064 0.042 0.045 0.040 0.039 59 K 0.233 0.192 0.062 0.161 0.111 0.082 0.066 0.035 0.030 0.019 0.010 60 T 0.186 0.146 0.046 0.116 0.101 0.094 0.095 0.068 0.067 0.046 0.034 61 S 0.136 0.089 0.036 0.109 0.098 0.085 0.117 0.097 0.099 0.077 0.057 62 Q 0.227 0.119 0.082 0.169 0.139 0.099 0.073 0.038 0.027 0.017 0.009 63 T 0.091 0.121 0.076 0.212 0.163 0.111 0.096 0.055 0.040 0.022 0.014 64 W 0.015 0.014 0.015 0.040 0.056 0.091 0.157 0.173 0.174 0.150 0.116 65 H 0.097 0.124 0.070 0.162 0.142 0.108 0.121 0.074 0.054 0.031 0.017 66 G 0.073 0.055 0.042 0.093 0.096 0.108 0.142 0.119 0.115 0.091 0.067 67 G 0.025 0.024 0.011 0.048 0.064 0.085 0.159 0.153 0.152 0.150 0.129 68 I 0.016 0.025 0.019 0.078 0.088 0.110 0.175 0.140 0.142 0.114 0.091 69 A 0.006 0.006 0.008 0.017 0.027 0.051 0.117 0.142 0.215 0.214 0.197 70 T 0.040 0.072 0.045 0.149 0.140 0.114 0.151 0.100 0.081 0.061 0.048 71 I 0.005 0.007 0.004 0.016 0.027 0.041 0.115 0.141 0.191 0.227 0.225 72 F 0.017 0.043 0.029 0.104 0.130 0.140 0.185 0.111 0.100 0.076 0.066 73 Q 0.124 0.111 0.053 0.185 0.152 0.119 0.112 0.057 0.037 0.025 0.024 74 S 0.126 0.108 0.048 0.131 0.116 0.109 0.134 0.079 0.063 0.049 0.036 75 P 0.313 0.196 0.069 0.176 0.097 0.064 0.047 0.017 0.010 0.006 0.004 76 G 0.665 0.181 0.040 0.072 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.049 0.085 0.040 0.161 0.142 0.153 0.171 0.085 0.058 0.035 0.022 78 E 0.031 0.133 0.082 0.311 0.219 0.147 0.061 0.011 0.005 0.002 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.042 0.107 0.263 0.319 0.255 80 W 0.001 0.006 0.008 0.126 0.234 0.252 0.236 0.084 0.032 0.014 0.007 81 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.043 0.129 0.202 0.260 0.217 0.123 82 V 0.001 0.001 0.002 0.021 0.039 0.072 0.200 0.231 0.203 0.146 0.083 83 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.046 0.141 0.246 0.319 0.231 84 W 0.001 0.001 0.003 0.021 0.039 0.056 0.166 0.197 0.273 0.162 0.081 85 K 0.006 0.032 0.032 0.142 0.146 0.156 0.255 0.125 0.071 0.027 0.007 86 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.020 0.079 0.169 0.275 0.282 0.158 87 N 0.043 0.492 0.112 0.227 0.082 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 88 K 0.472 0.149 0.055 0.177 0.093 0.033 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 89 S 0.853 0.084 0.019 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 N 0.005 0.031 0.015 0.072 0.090 0.206 0.304 0.142 0.086 0.035 0.013 91 L 0.003 0.007 0.010 0.030 0.071 0.169 0.278 0.189 0.128 0.073 0.042 92 N 0.125 0.138 0.556 0.114 0.038 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 S 0.010 0.035 0.079 0.310 0.283 0.168 0.081 0.020 0.008 0.003 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.065 0.197 0.312 0.393 95 D 0.001 0.003 0.015 0.078 0.191 0.287 0.269 0.095 0.043 0.014 0.005 96 E 0.008 0.040 0.670 0.176 0.065 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.006 0.014 0.024 0.065 0.106 0.220 0.327 0.134 0.063 0.029 0.013 98 E 0.008 0.005 0.004 0.008 0.011 0.025 0.129 0.200 0.257 0.223 0.130 99 G 0.162 0.218 0.099 0.185 0.114 0.076 0.060 0.029 0.023 0.018 0.015 100 V 0.016 0.034 0.043 0.073 0.078 0.090 0.148 0.144 0.163 0.121 0.090 101 K 0.263 0.200 0.108 0.183 0.114 0.064 0.039 0.015 0.007 0.004 0.003 102 S 0.184 0.131 0.046 0.141 0.111 0.110 0.127 0.067 0.046 0.026 0.012 103 G 0.358 0.153 0.049 0.127 0.095 0.078 0.059 0.032 0.026 0.016 0.009 104 M 0.017 0.027 0.017 0.054 0.063 0.084 0.157 0.149 0.179 0.142 0.111 105 Y 0.016 0.043 0.041 0.101 0.109 0.127 0.196 0.135 0.112 0.074 0.046 106 V 0.072 0.097 0.061 0.193 0.160 0.123 0.125 0.074 0.050 0.029 0.016 107 V 0.053 0.049 0.030 0.120 0.139 0.133 0.163 0.125 0.098 0.059 0.031 108 I 0.033 0.031 0.023 0.083 0.098 0.127 0.182 0.144 0.135 0.090 0.053 109 E 0.043 0.092 0.056 0.208 0.180 0.138 0.141 0.066 0.042 0.022 0.011 110 V 0.011 0.015 0.014 0.036 0.052 0.086 0.182 0.189 0.179 0.152 0.085 111 K 0.089 0.178 0.105 0.264 0.170 0.085 0.060 0.024 0.014 0.008 0.004 112 V 0.013 0.022 0.019 0.054 0.073 0.083 0.177 0.161 0.170 0.145 0.083 113 A 0.070 0.120 0.074 0.230 0.174 0.114 0.107 0.051 0.031 0.018 0.011 114 T 0.068 0.088 0.045 0.141 0.142 0.136 0.167 0.090 0.067 0.037 0.018 115 Q 0.340 0.186 0.082 0.138 0.078 0.061 0.051 0.026 0.019 0.012 0.006 116 E 0.540 0.207 0.059 0.095 0.042 0.023 0.018 0.007 0.005 0.003 0.002 117 G 0.556 0.170 0.043 0.083 0.046 0.031 0.029 0.015 0.012 0.008 0.005 118 K 0.166 0.187 0.073 0.199 0.136 0.099 0.073 0.031 0.020 0.011 0.005 119 E 0.030 0.078 0.058 0.199 0.184 0.161 0.139 0.067 0.047 0.024 0.013 120 I 0.020 0.028 0.032 0.095 0.120 0.144 0.195 0.157 0.116 0.065 0.028 121 T 0.016 0.030 0.030 0.118 0.150 0.157 0.202 0.131 0.093 0.049 0.025 122 C 0.002 0.003 0.003 0.010 0.012 0.024 0.083 0.158 0.260 0.265 0.180 123 R 0.004 0.012 0.016 0.093 0.129 0.167 0.216 0.147 0.119 0.065 0.031 124 S 0.006 0.012 0.021 0.035 0.034 0.048 0.120 0.165 0.238 0.195 0.127 125 Y 0.011 0.017 0.020 0.070 0.090 0.128 0.215 0.177 0.147 0.087 0.039 126 L 0.024 0.045 0.039 0.096 0.093 0.104 0.178 0.155 0.139 0.088 0.039 127 M 0.031 0.049 0.054 0.119 0.124 0.121 0.164 0.130 0.115 0.064 0.028 128 T 0.146 0.125 0.113 0.187 0.145 0.104 0.086 0.046 0.030 0.014 0.005 129 N 0.196 0.204 0.068 0.157 0.118 0.082 0.080 0.045 0.029 0.015 0.006 130 Y 0.097 0.062 0.030 0.074 0.085 0.110 0.163 0.145 0.121 0.077 0.036 131 E 0.386 0.184 0.061 0.112 0.087 0.054 0.054 0.028 0.019 0.010 0.006 132 S 0.301 0.150 0.053 0.114 0.084 0.064 0.088 0.060 0.046 0.028 0.012 133 A 0.266 0.085 0.020 0.084 0.085 0.081 0.115 0.091 0.080 0.059 0.032 134 P 0.259 0.152 0.043 0.114 0.096 0.080 0.099 0.065 0.050 0.029 0.013 135 P 0.049 0.061 0.025 0.072 0.083 0.112 0.158 0.141 0.133 0.104 0.062 136 S 0.072 0.191 0.054 0.180 0.160 0.115 0.108 0.058 0.036 0.017 0.009 137 P 0.432 0.150 0.071 0.138 0.096 0.056 0.033 0.013 0.007 0.002 0.001 138 Q 0.192 0.185 0.105 0.217 0.138 0.079 0.054 0.018 0.008 0.003 0.002 139 Y 0.001 0.002 0.003 0.010 0.017 0.045 0.177 0.218 0.244 0.179 0.105 140 K 0.003 0.006 0.017 0.062 0.119 0.182 0.282 0.163 0.095 0.049 0.023 141 K 0.034 0.081 0.400 0.305 0.112 0.045 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 142 I 0.001 0.002 0.012 0.032 0.054 0.106 0.250 0.234 0.166 0.103 0.040 143 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 0.069 0.184 0.313 0.404 144 C 0.001 0.001 0.026 0.052 0.128 0.237 0.301 0.120 0.078 0.036 0.020 145 M 0.003 0.021 0.339 0.203 0.156 0.130 0.090 0.030 0.018 0.008 0.003 146 G 0.002 0.005 0.005 0.020 0.033 0.068 0.247 0.222 0.185 0.137 0.078 147 A 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.027 0.079 0.204 0.305 0.366 148 K 0.009 0.029 0.094 0.196 0.288 0.203 0.119 0.037 0.016 0.006 0.004 149 E 0.018 0.054 0.225 0.137 0.124 0.133 0.154 0.071 0.048 0.023 0.014 150 N 0.027 0.015 0.009 0.040 0.067 0.123 0.297 0.167 0.118 0.089 0.049 151 G 0.801 0.127 0.022 0.029 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.001 0.009 0.003 0.012 0.019 0.038 0.096 0.139 0.201 0.251 0.231 153 P 0.052 0.218 0.054 0.161 0.156 0.130 0.110 0.048 0.034 0.020 0.017 154 L 0.454 0.149 0.059 0.124 0.094 0.057 0.043 0.011 0.005 0.001 0.001 155 E 0.378 0.169 0.130 0.195 0.078 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.001 0.002 0.003 0.010 0.015 0.039 0.142 0.188 0.244 0.209 0.148 157 Q 0.001 0.002 0.009 0.035 0.086 0.191 0.291 0.173 0.114 0.064 0.032 158 E 0.015 0.034 0.681 0.179 0.055 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 159 K 0.001 0.005 0.041 0.083 0.145 0.255 0.306 0.100 0.040 0.018 0.006 160 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.025 0.073 0.200 0.315 0.374 161 K 0.005 0.018 0.156 0.245 0.291 0.166 0.088 0.020 0.006 0.002 0.001 162 A 0.015 0.055 0.615 0.146 0.079 0.045 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 163 I 0.003 0.008 0.012 0.030 0.059 0.128 0.323 0.194 0.129 0.080 0.035 164 E 0.410 0.290 0.059 0.089 0.050 0.031 0.035 0.016 0.010 0.005 0.004 165 P 0.165 0.099 0.087 0.123 0.114 0.098 0.110 0.071 0.060 0.046 0.028 166 N 0.198 0.137 0.041 0.106 0.110 0.103 0.135 0.068 0.052 0.032 0.018 167 D 0.362 0.232 0.085 0.151 0.080 0.039 0.027 0.011 0.007 0.003 0.002 168 Y 0.071 0.039 0.020 0.053 0.071 0.101 0.175 0.137 0.131 0.119 0.084 169 T 0.298 0.303 0.105 0.158 0.068 0.030 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 170 G 0.480 0.138 0.042 0.093 0.075 0.058 0.058 0.027 0.017 0.008 0.003 171 K 0.429 0.261 0.101 0.115 0.048 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 172 V 0.061 0.078 0.046 0.092 0.106 0.138 0.185 0.112 0.093 0.061 0.028 173 S 0.242 0.286 0.127 0.178 0.089 0.040 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 174 E 0.455 0.157 0.157 0.131 0.055 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 175 E 0.117 0.116 0.173 0.174 0.119 0.109 0.105 0.041 0.025 0.013 0.007 176 I 0.014 0.016 0.054 0.074 0.087 0.164 0.283 0.146 0.098 0.047 0.017 177 E 0.039 0.054 0.443 0.234 0.105 0.063 0.040 0.013 0.006 0.002 0.001 178 D 0.016 0.054 0.584 0.163 0.086 0.048 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 179 I 0.031 0.022 0.216 0.074 0.064 0.089 0.175 0.115 0.112 0.069 0.033 180 I 0.008 0.015 0.123 0.098 0.135 0.157 0.241 0.105 0.069 0.036 0.014 181 K 0.020 0.068 0.631 0.120 0.075 0.043 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 182 K 0.058 0.086 0.179 0.186 0.175 0.137 0.111 0.039 0.019 0.008 0.002 183 G 0.578 0.160 0.110 0.057 0.034 0.024 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 184 E 0.094 0.164 0.181 0.215 0.144 0.082 0.069 0.027 0.014 0.007 0.003 185 T 0.224 0.134 0.169 0.135 0.099 0.072 0.076 0.040 0.027 0.016 0.008 186 Q 0.060 0.104 0.130 0.182 0.154 0.136 0.117 0.057 0.034 0.017 0.009 187 T 0.130 0.195 0.137 0.139 0.113 0.075 0.080 0.051 0.039 0.026 0.015 188 L 0.199 0.082 0.044 0.092 0.102 0.092 0.111 0.087 0.082 0.064 0.044