# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.019 2 S 0.001 0.016 0.948 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.013 3 D 0.001 0.011 0.722 0.010 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.122 0.069 0.005 0.030 4 N 0.001 0.007 0.412 0.006 0.097 0.012 0.001 0.001 0.002 0.222 0.214 0.015 0.013 5 S 0.001 0.003 0.248 0.007 0.093 0.007 0.001 0.001 0.003 0.253 0.373 0.005 0.008 6 K 0.001 0.004 0.404 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.021 0.329 0.177 0.012 0.020 7 T 0.015 0.008 0.503 0.007 0.001 0.001 0.018 0.007 0.168 0.153 0.010 0.049 0.063 8 R 0.037 0.002 0.112 0.005 0.001 0.001 0.100 0.105 0.520 0.019 0.001 0.031 0.067 9 V 0.051 0.001 0.018 0.008 0.001 0.001 0.204 0.504 0.181 0.001 0.001 0.016 0.016 10 V 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.752 0.046 0.001 0.001 0.002 0.002 11 V 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.828 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.790 0.051 0.001 0.001 0.002 0.002 13 M 0.044 0.001 0.035 0.005 0.001 0.001 0.085 0.522 0.280 0.001 0.001 0.010 0.018 14 S 0.011 0.004 0.294 0.014 0.001 0.001 0.015 0.061 0.438 0.068 0.007 0.052 0.036 15 G 0.001 0.009 0.318 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.055 0.464 0.107 0.005 0.022 16 G 0.001 0.014 0.318 0.002 0.015 0.029 0.001 0.001 0.011 0.456 0.144 0.005 0.006 17 V 0.001 0.031 0.358 0.001 0.019 0.291 0.001 0.001 0.006 0.188 0.095 0.003 0.007 18 D 0.001 0.013 0.260 0.001 0.010 0.587 0.001 0.001 0.002 0.075 0.047 0.001 0.005 19 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.873 0.001 0.001 0.001 0.002 0.122 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.004 0.193 0.001 0.001 0.001 0.049 0.728 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.063 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.061 0.865 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.006 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.259 0.005 0.009 0.011 32 D 0.002 0.012 0.408 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.487 0.028 0.001 0.016 0.034 33 V 0.003 0.004 0.172 0.002 0.001 0.001 0.034 0.030 0.696 0.003 0.001 0.010 0.046 34 I 0.008 0.001 0.081 0.214 0.001 0.001 0.076 0.175 0.414 0.006 0.001 0.018 0.008 35 G 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.716 0.164 0.001 0.001 0.002 0.004 36 I 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.809 0.053 0.001 0.001 0.003 0.002 37 F 0.071 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.148 0.599 0.159 0.001 0.001 0.008 0.010 38 M 0.120 0.001 0.078 0.009 0.001 0.001 0.085 0.229 0.376 0.002 0.001 0.060 0.039 39 K 0.080 0.007 0.267 0.026 0.002 0.001 0.034 0.035 0.293 0.056 0.011 0.048 0.142 40 N 0.008 0.018 0.507 0.021 0.009 0.001 0.003 0.002 0.059 0.178 0.052 0.075 0.068 41 W 0.002 0.026 0.391 0.008 0.022 0.003 0.001 0.001 0.015 0.320 0.157 0.015 0.040 42 D 0.001 0.018 0.306 0.004 0.024 0.005 0.001 0.001 0.005 0.356 0.239 0.020 0.021 43 D 0.002 0.016 0.290 0.003 0.041 0.010 0.001 0.001 0.003 0.324 0.269 0.015 0.026 44 T 0.003 0.032 0.280 0.004 0.043 0.018 0.001 0.001 0.004 0.244 0.324 0.020 0.026 45 D 0.003 0.027 0.330 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.003 0.309 0.214 0.019 0.034 46 E 0.005 0.030 0.360 0.006 0.056 0.029 0.001 0.001 0.004 0.258 0.187 0.026 0.038 47 N 0.004 0.027 0.186 0.009 0.063 0.041 0.001 0.001 0.003 0.199 0.420 0.015 0.032 48 G 0.007 0.011 0.267 0.015 0.031 0.024 0.002 0.001 0.003 0.257 0.332 0.030 0.021 49 V 0.017 0.073 0.472 0.005 0.017 0.024 0.007 0.001 0.010 0.156 0.067 0.038 0.114 50 C 0.014 0.103 0.475 0.004 0.012 0.024 0.006 0.001 0.013 0.151 0.044 0.068 0.086 51 T 0.002 0.024 0.713 0.004 0.011 0.017 0.001 0.001 0.005 0.133 0.036 0.023 0.031 52 A 0.001 0.012 0.490 0.002 0.048 0.069 0.001 0.001 0.002 0.176 0.169 0.004 0.025 53 T 0.001 0.004 0.216 0.001 0.157 0.229 0.001 0.001 0.001 0.111 0.277 0.002 0.002 54 E 0.001 0.006 0.205 0.001 0.197 0.244 0.001 0.001 0.001 0.169 0.173 0.002 0.003 55 D 0.001 0.009 0.272 0.001 0.119 0.392 0.001 0.001 0.001 0.086 0.111 0.001 0.007 56 Y 0.001 0.001 0.039 0.001 0.033 0.854 0.001 0.001 0.001 0.021 0.051 0.001 0.001 57 K 0.001 0.002 0.021 0.001 0.011 0.920 0.001 0.001 0.001 0.016 0.028 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.467 0.001 0.001 0.001 0.026 0.493 0.001 0.001 67 G 0.001 0.002 0.059 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.892 0.001 0.001 68 I 0.001 0.003 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.067 0.001 0.005 0.001 69 P 0.001 0.005 0.677 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.017 0.001 0.003 0.009 70 Y 0.001 0.004 0.045 0.007 0.001 0.001 0.018 0.038 0.866 0.005 0.001 0.002 0.013 71 Y 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.026 0.098 0.838 0.002 0.001 0.015 0.002 72 S 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.045 0.200 0.725 0.001 0.001 0.001 0.019 73 V 0.003 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.015 0.128 0.790 0.002 0.001 0.035 0.003 74 N 0.001 0.006 0.324 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.571 0.017 0.001 0.002 0.063 75 F 0.001 0.009 0.393 0.006 0.052 0.196 0.001 0.003 0.085 0.114 0.123 0.008 0.009 76 E 0.001 0.002 0.138 0.001 0.096 0.570 0.001 0.001 0.008 0.069 0.110 0.002 0.004 77 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.099 0.825 0.001 0.001 0.001 0.024 0.032 0.001 0.001 78 E 0.001 0.003 0.014 0.001 0.055 0.894 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.002 0.007 0.001 0.051 0.885 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.001 0.001 80 W 0.001 0.001 0.008 0.001 0.024 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.002 89 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 92 R 0.001 0.003 0.012 0.001 0.008 0.899 0.001 0.001 0.001 0.005 0.069 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.211 0.001 0.001 0.001 0.008 0.771 0.001 0.001 94 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.048 0.914 0.001 0.001 95 R 0.001 0.021 0.692 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.210 0.056 0.002 0.008 96 T 0.001 0.054 0.610 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.253 0.016 0.032 0.012 97 P 0.001 0.047 0.616 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 0.212 0.029 0.004 0.059 98 N 0.001 0.027 0.748 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.158 0.017 0.024 0.005 99 P 0.001 0.017 0.241 0.002 0.060 0.108 0.001 0.001 0.005 0.229 0.317 0.001 0.018 100 D 0.002 0.019 0.381 0.001 0.056 0.188 0.001 0.001 0.003 0.205 0.123 0.009 0.011 101 V 0.002 0.007 0.101 0.001 0.149 0.428 0.001 0.001 0.001 0.098 0.203 0.004 0.006 102 M 0.002 0.012 0.093 0.001 0.074 0.395 0.001 0.001 0.001 0.065 0.340 0.003 0.013 103 C 0.002 0.014 0.057 0.001 0.035 0.602 0.001 0.001 0.001 0.054 0.224 0.005 0.003 104 N 0.001 0.005 0.179 0.001 0.033 0.588 0.001 0.001 0.001 0.085 0.103 0.001 0.004 105 K 0.001 0.001 0.030 0.001 0.011 0.890 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.001 0.002 107 I 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 108 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 109 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.305 0.001 0.001 0.001 0.007 0.686 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.960 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.195 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.720 0.002 0.002 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 0.587 0.367 0.003 0.001 0.001 0.003 124 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.912 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.887 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 126 T 0.003 0.001 0.046 0.004 0.001 0.001 0.015 0.614 0.304 0.004 0.002 0.004 0.003 127 G 0.002 0.002 0.357 0.003 0.009 0.015 0.006 0.074 0.302 0.148 0.058 0.007 0.017 128 H 0.004 0.014 0.320 0.007 0.027 0.050 0.005 0.011 0.145 0.302 0.074 0.018 0.023 129 Y 0.002 0.028 0.368 0.009 0.051 0.153 0.002 0.004 0.061 0.183 0.103 0.011 0.024 130 A 0.006 0.017 0.240 0.007 0.106 0.349 0.003 0.006 0.026 0.098 0.091 0.013 0.036 131 R 0.013 0.008 0.156 0.016 0.154 0.405 0.003 0.003 0.014 0.084 0.091 0.033 0.021 132 V 0.024 0.015 0.127 0.007 0.161 0.384 0.009 0.001 0.028 0.062 0.079 0.032 0.069 133 A 0.047 0.019 0.110 0.005 0.068 0.434 0.012 0.003 0.024 0.057 0.082 0.047 0.092 134 R 0.026 0.019 0.140 0.003 0.035 0.434 0.008 0.002 0.016 0.070 0.168 0.036 0.042 135 D 0.005 0.011 0.245 0.001 0.024 0.254 0.001 0.001 0.004 0.157 0.252 0.007 0.037 136 E 0.001 0.007 0.670 0.001 0.007 0.087 0.001 0.001 0.003 0.132 0.074 0.012 0.007 137 D 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002