# TARGET T0385 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.909 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 0.007 0.022 2 T 0.001 0.042 0.791 0.002 0.017 0.067 0.001 0.001 0.008 0.019 0.018 0.014 0.021 3 S 0.002 0.026 0.444 0.003 0.054 0.154 0.001 0.001 0.008 0.165 0.089 0.012 0.042 4 S 0.002 0.011 0.377 0.007 0.059 0.160 0.001 0.001 0.007 0.227 0.108 0.020 0.020 5 E 0.001 0.010 0.577 0.002 0.042 0.095 0.001 0.001 0.005 0.178 0.041 0.021 0.028 6 P 0.001 0.017 0.624 0.003 0.072 0.092 0.001 0.001 0.004 0.084 0.060 0.007 0.034 7 A 0.001 0.016 0.467 0.003 0.130 0.123 0.001 0.001 0.005 0.132 0.098 0.012 0.013 8 H 0.002 0.019 0.281 0.003 0.194 0.129 0.001 0.001 0.003 0.153 0.195 0.007 0.013 9 G 0.002 0.017 0.325 0.002 0.193 0.125 0.001 0.001 0.004 0.168 0.139 0.010 0.014 10 A 0.002 0.016 0.488 0.002 0.095 0.109 0.001 0.001 0.006 0.132 0.117 0.010 0.023 11 T 0.002 0.029 0.603 0.001 0.044 0.085 0.001 0.001 0.007 0.116 0.081 0.008 0.023 12 P 0.001 0.011 0.378 0.002 0.046 0.132 0.001 0.001 0.002 0.276 0.127 0.014 0.011 13 K 0.001 0.017 0.498 0.003 0.042 0.106 0.001 0.001 0.003 0.170 0.142 0.003 0.014 14 R 0.001 0.027 0.564 0.001 0.037 0.085 0.001 0.001 0.006 0.209 0.046 0.016 0.009 15 S 0.001 0.016 0.801 0.001 0.029 0.047 0.001 0.001 0.004 0.052 0.035 0.002 0.013 16 P 0.001 0.012 0.254 0.001 0.144 0.166 0.001 0.001 0.002 0.120 0.295 0.002 0.003 17 S 0.001 0.009 0.272 0.001 0.092 0.156 0.001 0.001 0.001 0.186 0.278 0.002 0.003 18 E 0.001 0.004 0.446 0.001 0.054 0.236 0.001 0.001 0.001 0.171 0.085 0.001 0.002 19 G 0.001 0.003 0.134 0.001 0.026 0.652 0.001 0.001 0.001 0.101 0.083 0.001 0.001 20 S 0.001 0.002 0.030 0.001 0.033 0.867 0.001 0.001 0.001 0.022 0.046 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.033 0.001 0.029 0.894 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.027 0.001 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 23 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 36 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 39 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.001 0.002 41 G 0.004 0.001 0.010 0.002 0.019 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.003 0.002 42 I 0.009 0.001 0.010 0.001 0.021 0.913 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.001 0.006 43 V 0.013 0.002 0.011 0.001 0.036 0.873 0.002 0.002 0.003 0.007 0.037 0.004 0.008 44 S 0.019 0.003 0.019 0.005 0.051 0.796 0.003 0.002 0.003 0.013 0.074 0.005 0.007 45 A 0.022 0.005 0.052 0.001 0.047 0.615 0.003 0.002 0.005 0.047 0.172 0.013 0.017 46 L 0.015 0.032 0.147 0.002 0.043 0.351 0.004 0.001 0.009 0.114 0.223 0.008 0.051 47 S 0.002 0.027 0.605 0.001 0.011 0.076 0.001 0.001 0.005 0.208 0.029 0.024 0.012 48 P 0.001 0.004 0.798 0.001 0.011 0.061 0.001 0.001 0.001 0.093 0.022 0.001 0.008 49 P 0.001 0.001 0.013 0.001 0.096 0.649 0.001 0.001 0.001 0.022 0.218 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.013 0.001 0.082 0.675 0.001 0.001 0.001 0.032 0.196 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.037 0.001 0.065 0.841 0.001 0.001 0.001 0.021 0.034 0.001 0.001 52 N 0.001 0.001 0.029 0.001 0.012 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 53 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.915 0.001 0.001 0.001 0.023 0.039 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 64 H 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 65 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.024 0.001 0.012 0.894 0.001 0.001 0.001 0.014 0.052 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.032 0.001 0.032 0.771 0.001 0.001 0.001 0.029 0.132 0.001 0.002 76 R 0.001 0.003 0.084 0.001 0.044 0.484 0.001 0.001 0.001 0.074 0.305 0.001 0.002 77 G 0.001 0.011 0.210 0.001 0.050 0.203 0.001 0.001 0.001 0.158 0.356 0.004 0.005 78 V 0.001 0.013 0.551 0.001 0.021 0.090 0.001 0.001 0.002 0.207 0.097 0.004 0.014 79 T 0.001 0.012 0.679 0.001 0.018 0.042 0.001 0.001 0.004 0.185 0.043 0.007 0.010 80 A 0.001 0.012 0.684 0.002 0.034 0.059 0.001 0.001 0.005 0.144 0.042 0.006 0.011 81 P 0.001 0.021 0.736 0.001 0.047 0.053 0.001 0.001 0.007 0.065 0.048 0.005 0.016 82 I 0.001 0.019 0.545 0.002 0.096 0.088 0.001 0.001 0.006 0.130 0.090 0.007 0.016 83 A 0.001 0.019 0.325 0.004 0.155 0.140 0.001 0.001 0.003 0.145 0.190 0.006 0.012 84 A 0.001 0.014 0.325 0.004 0.248 0.112 0.001 0.001 0.002 0.171 0.108 0.006 0.009 85 A 0.001 0.006 0.084 0.002 0.434 0.089 0.001 0.001 0.001 0.064 0.312 0.001 0.006 86 G 0.004 0.008 0.076 0.002 0.391 0.047 0.001 0.001 0.002 0.041 0.415 0.005 0.010 87 Y 0.012 0.035 0.231 0.003 0.277 0.051 0.004 0.001 0.012 0.129 0.187 0.015 0.043 88 Q 0.020 0.047 0.286 0.008 0.059 0.049 0.007 0.002 0.044 0.182 0.202 0.035 0.061 89 L 0.005 0.017 0.468 0.005 0.010 0.030 0.001 0.001 0.044 0.307 0.039 0.044 0.029 90 P 0.001 0.024 0.775 0.002 0.007 0.011 0.001 0.001 0.039 0.059 0.027 0.010 0.043 91 M 0.003 0.085 0.603 0.004 0.020 0.013 0.001 0.001 0.070 0.104 0.046 0.021 0.028 92 Q 0.001 0.029 0.781 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.036 0.077 0.026 0.008 0.023 93 V 0.001 0.028 0.660 0.003 0.015 0.011 0.001 0.001 0.021 0.131 0.105 0.006 0.018 94 S 0.001 0.023 0.427 0.001 0.012 0.015 0.001 0.001 0.003 0.394 0.116 0.005 0.003 95 S 0.001 0.013 0.587 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.003 0.343 0.018 0.001 0.009 96 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.020 0.901 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 106 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.895 0.001 0.001 0.001 0.006 0.088 0.001 0.001 110 G 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.933 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 112 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 118 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.020 0.824 0.001 0.001 0.001 0.007 0.133 0.001 0.002 120 H 0.001 0.002 0.056 0.001 0.036 0.657 0.001 0.001 0.001 0.056 0.186 0.001 0.004 121 A 0.001 0.020 0.127 0.001 0.029 0.394 0.001 0.001 0.001 0.098 0.314 0.004 0.011 122 E 0.001 0.029 0.279 0.001 0.010 0.208 0.001 0.001 0.001 0.241 0.219 0.003 0.009 123 T 0.001 0.004 0.591 0.001 0.004 0.079 0.001 0.001 0.001 0.279 0.039 0.001 0.005 124 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.022 0.778 0.001 0.001 0.001 0.035 0.151 0.001 0.001 125 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.860 0.001 0.001 0.001 0.022 0.094 0.001 0.001 126 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 127 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 135 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 136 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 137 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 144 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.054 0.001 0.001 145 N 0.001 0.001 0.024 0.001 0.018 0.818 0.001 0.001 0.001 0.017 0.118 0.001 0.001 146 R 0.001 0.004 0.067 0.001 0.055 0.618 0.001 0.001 0.001 0.055 0.191 0.002 0.005 147 V 0.001 0.011 0.144 0.001 0.077 0.457 0.001 0.001 0.003 0.089 0.200 0.007 0.010 148 L 0.001 0.017 0.164 0.002 0.074 0.261 0.001 0.001 0.007 0.129 0.324 0.004 0.014 149 G 0.001 0.009 0.297 0.005 0.041 0.081 0.001 0.001 0.006 0.232 0.307 0.009 0.010 150 A 0.001 0.026 0.454 0.007 0.036 0.037 0.001 0.001 0.010 0.234 0.163 0.006 0.024 151 W 0.001 0.013 0.486 0.010 0.018 0.017 0.001 0.001 0.015 0.324 0.050 0.051 0.014 152 P 0.001 0.027 0.528 0.018 0.034 0.026 0.003 0.005 0.048 0.124 0.102 0.006 0.079 153 I 0.006 0.040 0.411 0.010 0.024 0.032 0.011 0.027 0.131 0.113 0.056 0.100 0.040 154 T 0.007 0.057 0.437 0.015 0.026 0.033 0.018 0.025 0.122 0.075 0.043 0.018 0.124 155 A 0.008 0.055 0.412 0.012 0.020 0.034 0.017 0.016 0.152 0.103 0.053 0.070 0.048 156 A 0.005 0.042 0.386 0.019 0.032 0.033 0.008 0.008 0.072 0.182 0.115 0.019 0.080 157 F 0.002 0.027 0.471 0.004 0.039 0.019 0.002 0.001 0.034 0.263 0.065 0.047 0.025 158 P 0.001 0.016 0.292 0.005 0.118 0.025 0.001 0.001 0.007 0.195 0.300 0.005 0.035 159 G 0.002 0.028 0.269 0.004 0.122 0.021 0.001 0.001 0.006 0.213 0.311 0.012 0.010 160 G 0.002 0.048 0.336 0.001 0.086 0.018 0.001 0.001 0.004 0.251 0.225 0.008 0.021 161 D 0.001 0.039 0.578 0.001 0.043 0.022 0.001 0.001 0.006 0.126 0.161 0.006 0.017 162 E 0.001 0.003 0.893 0.001 0.013 0.023 0.001 0.001 0.001 0.043 0.021 0.001 0.004