# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.018 0.002 0.088 0.058 0.092 0.133 0.004 0.001 0.081 0.502 2 T 0.055 0.013 0.001 0.060 0.061 0.082 0.124 0.003 0.001 0.136 0.463 3 S 0.019 0.014 0.002 0.083 0.059 0.097 0.141 0.005 0.001 0.086 0.495 4 S 0.064 0.044 0.003 0.067 0.031 0.060 0.151 0.006 0.002 0.081 0.492 5 E 0.164 0.028 0.009 0.055 0.041 0.060 0.135 0.012 0.005 0.136 0.354 6 P 0.107 0.024 0.003 0.043 0.019 0.041 0.147 0.009 0.002 0.072 0.534 7 A 0.156 0.022 0.003 0.037 0.014 0.033 0.122 0.008 0.002 0.083 0.522 8 H 0.062 0.011 0.002 0.044 0.024 0.044 0.150 0.004 0.001 0.088 0.570 9 G 0.022 0.014 0.002 0.030 0.027 0.058 0.178 0.002 0.001 0.048 0.618 10 A 0.023 0.009 0.004 0.037 0.040 0.055 0.151 0.008 0.002 0.052 0.618 11 T 0.283 0.029 0.001 0.023 0.021 0.027 0.115 0.016 0.001 0.117 0.367 12 P 0.114 0.007 0.001 0.029 0.012 0.026 0.134 0.006 0.001 0.119 0.553 13 K 0.017 0.003 0.001 0.039 0.010 0.034 0.140 0.001 0.001 0.042 0.712 14 R 0.017 0.003 0.001 0.045 0.029 0.047 0.158 0.002 0.001 0.058 0.639 15 S 0.136 0.008 0.001 0.033 0.025 0.022 0.153 0.006 0.001 0.093 0.522 16 P 0.067 0.004 0.001 0.018 0.008 0.013 0.166 0.009 0.001 0.061 0.654 17 S 0.097 0.009 0.001 0.011 0.005 0.008 0.153 0.002 0.001 0.034 0.680 18 E 0.023 0.014 0.001 0.014 0.005 0.012 0.203 0.003 0.001 0.046 0.680 19 G 0.029 0.098 0.001 0.009 0.004 0.007 0.129 0.003 0.001 0.110 0.609 20 S 0.037 0.774 0.001 0.003 0.002 0.003 0.025 0.004 0.001 0.046 0.105 21 A 0.026 0.861 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.035 0.060 22 D 0.006 0.881 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.063 0.034 23 N 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.016 24 A 0.005 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.146 0.014 25 A 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.008 26 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 27 C 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 28 D 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 29 A 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 30 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 31 A 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 32 V 0.003 0.263 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.711 0.011 33 E 0.004 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.056 0.011 34 H 0.015 0.866 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.070 0.032 35 A 0.015 0.739 0.009 0.006 0.002 0.004 0.014 0.004 0.002 0.151 0.054 36 T 0.058 0.750 0.003 0.003 0.002 0.003 0.020 0.005 0.002 0.043 0.112 37 I 0.056 0.319 0.104 0.018 0.007 0.009 0.059 0.019 0.044 0.132 0.234 38 Y 0.176 0.363 0.005 0.015 0.007 0.010 0.086 0.010 0.003 0.054 0.272 39 G 0.068 0.207 0.006 0.018 0.005 0.012 0.107 0.008 0.003 0.066 0.499 40 Y 0.094 0.104 0.007 0.044 0.016 0.023 0.168 0.012 0.002 0.146 0.383 41 G 0.044 0.056 0.019 0.094 0.016 0.052 0.162 0.008 0.009 0.204 0.336 42 I 0.099 0.025 0.012 0.056 0.031 0.047 0.141 0.009 0.005 0.105 0.470 43 V 0.198 0.034 0.003 0.061 0.021 0.051 0.106 0.015 0.002 0.113 0.396 44 S 0.079 0.010 0.001 0.048 0.013 0.044 0.136 0.004 0.001 0.063 0.602 45 A 0.021 0.003 0.001 0.043 0.019 0.051 0.120 0.001 0.001 0.042 0.698 46 L 0.003 0.002 0.001 0.034 0.029 0.043 0.175 0.001 0.001 0.034 0.678 47 S 0.115 0.106 0.002 0.016 0.012 0.015 0.114 0.010 0.002 0.062 0.546 48 P 0.365 0.338 0.002 0.004 0.001 0.001 0.032 0.006 0.001 0.086 0.163 49 P 0.021 0.401 0.001 0.005 0.002 0.004 0.059 0.004 0.001 0.056 0.449 50 G 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.014 0.057 51 V 0.006 0.951 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 0.020 52 N 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.013 53 F 0.005 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.043 0.015 54 L 0.003 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.012 55 V 0.010 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.009 56 A 0.016 0.807 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.095 0.062 57 D 0.013 0.809 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.004 0.066 0.078 58 A 0.040 0.757 0.029 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.011 0.054 0.079 59 L 0.132 0.616 0.016 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.008 0.055 0.136 60 K 0.070 0.500 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 0.048 0.340 61 Q 0.017 0.634 0.012 0.002 0.001 0.001 0.026 0.003 0.003 0.087 0.215 62 H 0.030 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.021 0.057 63 R 0.027 0.724 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.116 0.112 64 H 0.008 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.074 0.056 65 R 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.030 0.018 66 R 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 67 D 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 68 D 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 69 V 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 70 I 0.003 0.648 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.322 0.019 71 V 0.004 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.044 0.019 72 M 0.016 0.865 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.004 0.056 0.027 73 L 0.009 0.014 0.509 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.402 0.043 0.016 74 S 0.854 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.010 0.107 75 A 0.038 0.008 0.001 0.003 0.001 0.003 0.032 0.005 0.002 0.028 0.880 76 R 0.023 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.007 0.856 77 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.027 0.100 0.001 0.001 0.018 0.829 78 V 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.066 0.001 0.001 0.005 0.918 79 T 0.157 0.062 0.001 0.046 0.031 0.027 0.118 0.043 0.001 0.056 0.458 80 A 0.233 0.186 0.002 0.006 0.001 0.002 0.051 0.007 0.001 0.032 0.480 81 P 0.026 0.139 0.005 0.015 0.006 0.014 0.084 0.012 0.003 0.029 0.666 82 I 0.257 0.127 0.064 0.012 0.005 0.011 0.045 0.008 0.022 0.068 0.380 83 A 0.561 0.032 0.005 0.006 0.009 0.011 0.028 0.019 0.003 0.059 0.268 84 A 0.151 0.010 0.002 0.009 0.005 0.016 0.055 0.003 0.001 0.029 0.721 85 A 0.012 0.005 0.001 0.022 0.020 0.053 0.066 0.001 0.001 0.020 0.799 86 G 0.008 0.002 0.001 0.017 0.040 0.057 0.092 0.001 0.001 0.032 0.751 87 Y 0.004 0.001 0.001 0.017 0.219 0.112 0.078 0.002 0.001 0.031 0.535 88 Q 0.017 0.002 0.001 0.032 0.021 0.028 0.099 0.001 0.001 0.028 0.772 89 L 0.035 0.001 0.001 0.028 0.085 0.067 0.132 0.020 0.001 0.072 0.559 90 P 0.052 0.003 0.001 0.042 0.008 0.013 0.127 0.002 0.001 0.030 0.723 91 M 0.016 0.001 0.001 0.042 0.032 0.060 0.140 0.008 0.001 0.028 0.671 92 Q 0.040 0.010 0.001 0.042 0.012 0.015 0.116 0.001 0.001 0.027 0.737 93 V 0.020 0.017 0.001 0.030 0.016 0.021 0.140 0.003 0.001 0.035 0.716 94 S 0.018 0.132 0.001 0.022 0.007 0.009 0.109 0.004 0.001 0.125 0.574 95 S 0.020 0.858 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.050 0.052 96 A 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.016 97 A 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 0.020 98 D 0.005 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.078 0.015 99 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 100 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 101 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.011 102 L 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 0.012 103 A 0.020 0.798 0.014 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.004 0.113 0.030 104 V 0.109 0.357 0.007 0.005 0.001 0.002 0.034 0.004 0.002 0.382 0.097 105 R 0.029 0.486 0.016 0.009 0.001 0.002 0.051 0.004 0.008 0.156 0.239 106 M 0.113 0.519 0.013 0.004 0.001 0.002 0.060 0.010 0.004 0.068 0.206 107 E 0.060 0.657 0.002 0.008 0.001 0.002 0.027 0.005 0.001 0.054 0.183 108 N 0.024 0.225 0.002 0.004 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.454 0.239 109 D 0.009 0.677 0.004 0.004 0.001 0.002 0.020 0.003 0.001 0.188 0.090 110 G 0.008 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.022 0.035 111 A 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.019 112 T 0.009 0.928 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 0.028 113 A 0.009 0.886 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.051 0.026 114 W 0.021 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.012 0.023 115 R 0.039 0.752 0.006 0.003 0.002 0.002 0.021 0.004 0.002 0.054 0.115 116 A 0.042 0.663 0.010 0.005 0.003 0.004 0.047 0.008 0.004 0.057 0.156 117 V 0.087 0.474 0.040 0.012 0.003 0.006 0.061 0.033 0.018 0.098 0.168 118 V 0.313 0.122 0.035 0.013 0.005 0.007 0.069 0.031 0.023 0.107 0.277 119 E 0.178 0.074 0.002 0.016 0.005 0.015 0.107 0.010 0.002 0.059 0.532 120 H 0.040 0.014 0.001 0.016 0.003 0.011 0.095 0.001 0.001 0.034 0.784 121 A 0.015 0.017 0.005 0.040 0.017 0.028 0.161 0.001 0.002 0.044 0.671 122 E 0.010 0.031 0.002 0.010 0.007 0.013 0.105 0.003 0.001 0.029 0.788 123 T 0.334 0.506 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.008 0.001 0.027 0.100 124 A 0.088 0.619 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.040 0.216 125 D 0.013 0.711 0.002 0.004 0.002 0.004 0.035 0.002 0.001 0.037 0.191 126 D 0.014 0.916 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.004 0.001 0.014 0.036 127 R 0.042 0.499 0.001 0.005 0.006 0.006 0.014 0.003 0.001 0.352 0.070 128 V 0.007 0.426 0.003 0.006 0.007 0.008 0.019 0.001 0.001 0.460 0.061 129 F 0.016 0.890 0.003 0.003 0.002 0.004 0.010 0.006 0.001 0.024 0.042 130 A 0.040 0.820 0.014 0.007 0.002 0.003 0.011 0.016 0.003 0.027 0.057 131 S 0.048 0.255 0.004 0.012 0.008 0.013 0.050 0.005 0.002 0.437 0.167 132 T 0.044 0.481 0.004 0.006 0.002 0.004 0.049 0.005 0.002 0.114 0.289 133 A 0.055 0.115 0.021 0.007 0.003 0.003 0.058 0.008 0.004 0.545 0.180 134 L 0.010 0.704 0.004 0.006 0.001 0.002 0.033 0.004 0.002 0.045 0.189 135 T 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.042 136 E 0.003 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 0.015 137 S 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 138 A 0.006 0.283 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.691 0.012 139 V 0.003 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.220 0.015 140 M 0.009 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.103 0.021 141 A 0.005 0.259 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.707 0.018 142 T 0.008 0.725 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.186 0.059 143 R 0.021 0.875 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.002 0.014 0.045 144 W 0.049 0.805 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.006 0.023 0.078 145 N 0.083 0.368 0.029 0.001 0.001 0.001 0.062 0.007 0.035 0.056 0.358 146 R 0.293 0.094 0.044 0.003 0.001 0.001 0.092 0.034 0.027 0.082 0.329 147 V 0.274 0.035 0.014 0.011 0.001 0.002 0.121 0.047 0.011 0.096 0.389 148 L 0.107 0.006 0.002 0.013 0.001 0.002 0.151 0.002 0.001 0.030 0.684 149 G 0.008 0.003 0.001 0.025 0.004 0.009 0.169 0.002 0.001 0.032 0.747 150 A 0.016 0.001 0.001 0.014 0.005 0.008 0.157 0.002 0.001 0.049 0.747 151 W 0.041 0.002 0.001 0.057 0.029 0.033 0.172 0.010 0.001 0.105 0.550 152 P 0.076 0.005 0.001 0.029 0.004 0.008 0.124 0.002 0.001 0.031 0.719 153 I 0.055 0.004 0.001 0.042 0.022 0.043 0.144 0.029 0.001 0.061 0.598 154 T 0.100 0.006 0.001 0.036 0.009 0.017 0.115 0.002 0.001 0.052 0.661 155 A 0.013 0.002 0.001 0.081 0.041 0.112 0.150 0.005 0.001 0.058 0.538 156 A 0.033 0.005 0.001 0.071 0.019 0.036 0.123 0.001 0.001 0.040 0.670 157 F 0.068 0.004 0.002 0.053 0.074 0.079 0.132 0.005 0.001 0.082 0.502 158 P 0.043 0.007 0.001 0.019 0.014 0.020 0.132 0.002 0.001 0.037 0.726 159 G 0.054 0.004 0.001 0.011 0.015 0.026 0.134 0.009 0.001 0.031 0.714 160 G 0.135 0.017 0.001 0.009 0.009 0.013 0.122 0.008 0.001 0.052 0.634 161 D 0.091 0.016 0.001 0.010 0.011 0.022 0.129 0.006 0.001 0.037 0.675 162 E 0.057 0.018 0.002 0.017 0.023 0.041 0.120 0.005 0.001 0.034 0.681