# TARGET T0384 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0384.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3670 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.001 0.001 0.005 0.032 0.942 2 L 0.166 0.001 0.001 0.001 0.028 0.804 3 K 0.827 0.001 0.001 0.001 0.012 0.159 4 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 5 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 6 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 I 0.941 0.001 0.001 0.011 0.007 0.040 8 G 0.550 0.004 0.002 0.029 0.091 0.323 9 T 0.169 0.004 0.010 0.135 0.201 0.480 10 G 0.062 0.009 0.033 0.308 0.247 0.340 11 A 0.025 0.006 0.069 0.704 0.130 0.065 12 I 0.015 0.003 0.059 0.817 0.075 0.031 13 S 0.010 0.002 0.021 0.901 0.042 0.024 14 H 0.003 0.001 0.015 0.954 0.019 0.008 15 H 0.002 0.001 0.015 0.954 0.020 0.008 16 F 0.001 0.001 0.009 0.981 0.006 0.003 17 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 18 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.003 20 A 0.001 0.001 0.009 0.973 0.014 0.004 21 H 0.001 0.001 0.025 0.924 0.041 0.008 22 T 0.003 0.002 0.023 0.803 0.090 0.079 23 S 0.006 0.008 0.018 0.084 0.814 0.070 24 G 0.002 0.001 0.010 0.003 0.926 0.058 25 E 0.002 0.001 0.005 0.001 0.927 0.065 26 Y 0.493 0.027 0.002 0.001 0.432 0.046 27 Q 0.896 0.002 0.001 0.001 0.011 0.092 28 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 29 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 32 Y 0.894 0.001 0.001 0.002 0.015 0.086 33 S 0.398 0.003 0.003 0.006 0.142 0.448 34 R 0.071 0.009 0.019 0.024 0.270 0.608 35 K 0.023 0.006 0.011 0.045 0.258 0.657 36 L 0.001 0.001 0.054 0.867 0.057 0.022 37 E 0.001 0.001 0.051 0.885 0.045 0.017 38 T 0.001 0.001 0.036 0.920 0.033 0.009 39 A 0.001 0.001 0.014 0.962 0.013 0.010 40 A 0.001 0.001 0.012 0.967 0.012 0.008 41 T 0.001 0.001 0.011 0.965 0.016 0.007 42 F 0.001 0.001 0.013 0.961 0.016 0.010 43 A 0.001 0.001 0.019 0.953 0.018 0.007 44 S 0.002 0.001 0.032 0.920 0.033 0.014 45 R 0.002 0.001 0.025 0.866 0.050 0.056 46 Y 0.004 0.002 0.019 0.809 0.070 0.097 47 Q 0.011 0.004 0.027 0.470 0.181 0.306 48 N 0.021 0.004 0.050 0.387 0.191 0.347 49 I 0.042 0.006 0.080 0.510 0.151 0.210 50 Q 0.084 0.015 0.073 0.467 0.128 0.233 51 L 0.106 0.011 0.057 0.466 0.128 0.233 52 F 0.115 0.010 0.031 0.458 0.113 0.273 53 D 0.086 0.018 0.025 0.362 0.177 0.333 54 Q 0.027 0.014 0.034 0.594 0.122 0.209 55 L 0.001 0.001 0.038 0.939 0.014 0.008 56 E 0.001 0.001 0.072 0.915 0.009 0.003 57 V 0.001 0.001 0.070 0.907 0.017 0.004 58 F 0.001 0.002 0.041 0.928 0.020 0.008 59 F 0.001 0.002 0.027 0.912 0.038 0.020 60 K 0.002 0.003 0.031 0.797 0.100 0.067 61 S 0.003 0.002 0.039 0.393 0.311 0.252 62 S 0.006 0.003 0.020 0.016 0.462 0.493 63 F 0.022 0.002 0.008 0.001 0.626 0.341 64 D 0.214 0.002 0.004 0.001 0.400 0.380 65 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 66 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 69 A 0.740 0.003 0.001 0.002 0.034 0.221 70 S 0.162 0.006 0.003 0.004 0.191 0.633 71 P 0.043 0.010 0.012 0.012 0.333 0.591 72 N 0.014 0.006 0.026 0.056 0.380 0.519 73 S 0.013 0.009 0.081 0.381 0.321 0.195 74 L 0.013 0.007 0.080 0.560 0.218 0.122 75 H 0.009 0.008 0.029 0.713 0.112 0.129 76 F 0.002 0.001 0.009 0.935 0.025 0.028 77 A 0.001 0.001 0.009 0.971 0.012 0.007 78 Q 0.001 0.001 0.006 0.982 0.008 0.003 79 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 80 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 81 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 82 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 83 L 0.001 0.001 0.009 0.981 0.006 0.004 84 S 0.001 0.001 0.014 0.965 0.012 0.009 85 A 0.001 0.001 0.022 0.856 0.021 0.100 86 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.968 87 K 0.037 0.002 0.001 0.001 0.087 0.871 88 H 0.546 0.005 0.001 0.001 0.058 0.388 89 V 0.962 0.005 0.001 0.001 0.006 0.026 90 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 91 L 0.919 0.002 0.001 0.002 0.016 0.059 92 E 0.653 0.004 0.003 0.004 0.079 0.257 93 K 0.260 0.013 0.013 0.005 0.221 0.488 94 P 0.147 0.025 0.057 0.011 0.372 0.387 95 A 0.128 0.039 0.093 0.016 0.410 0.313 96 V 0.097 0.038 0.060 0.019 0.436 0.349 97 S 0.067 0.040 0.011 0.014 0.358 0.510 98 Q 0.018 0.009 0.001 0.008 0.132 0.833 99 P 0.001 0.001 0.028 0.952 0.014 0.007 100 Q 0.001 0.001 0.031 0.959 0.008 0.002 101 E 0.001 0.001 0.039 0.952 0.008 0.001 102 W 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 103 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 104 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 105 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 106 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 108 T 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.005 109 A 0.001 0.001 0.008 0.978 0.011 0.003 110 E 0.001 0.001 0.013 0.972 0.013 0.002 111 K 0.001 0.001 0.009 0.967 0.017 0.006 112 N 0.002 0.001 0.011 0.753 0.072 0.162 113 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.947 114 C 0.145 0.002 0.001 0.001 0.075 0.777 115 F 0.908 0.002 0.001 0.001 0.017 0.071 116 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 117 F 0.988 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 118 E 0.951 0.001 0.001 0.006 0.008 0.034 119 A 0.748 0.003 0.004 0.014 0.063 0.169 120 A 0.339 0.010 0.035 0.036 0.240 0.341 121 R 0.169 0.009 0.135 0.085 0.363 0.240 122 N 0.057 0.007 0.175 0.162 0.428 0.171 123 Y 0.063 0.015 0.149 0.201 0.355 0.217 124 H 0.055 0.023 0.049 0.277 0.273 0.323 125 E 0.020 0.007 0.027 0.384 0.226 0.336 126 K 0.002 0.001 0.029 0.882 0.056 0.030 127 A 0.003 0.001 0.021 0.918 0.039 0.018 128 F 0.003 0.001 0.006 0.962 0.019 0.010 129 T 0.003 0.001 0.006 0.973 0.011 0.007 130 T 0.005 0.001 0.008 0.958 0.019 0.010 131 I 0.004 0.001 0.011 0.961 0.014 0.010 132 K 0.003 0.001 0.018 0.958 0.012 0.008 133 N 0.004 0.001 0.015 0.960 0.013 0.007 134 F 0.004 0.001 0.012 0.948 0.015 0.021 135 L 0.006 0.004 0.009 0.919 0.024 0.038 136 A 0.009 0.004 0.021 0.845 0.086 0.035 137 D 0.007 0.002 0.040 0.752 0.150 0.049 138 K 0.004 0.002 0.049 0.622 0.227 0.096 139 Q 0.023 0.003 0.052 0.103 0.517 0.302 140 V 0.133 0.019 0.030 0.037 0.270 0.511 141 L 0.257 0.046 0.025 0.038 0.215 0.418 142 G 0.225 0.018 0.007 0.005 0.204 0.542 143 A 0.290 0.003 0.009 0.004 0.207 0.488 144 D 0.476 0.003 0.011 0.003 0.165 0.342 145 F 0.919 0.003 0.003 0.002 0.028 0.045 146 N 0.965 0.002 0.001 0.001 0.011 0.021 147 Y 0.982 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 148 A 0.967 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 149 K 0.901 0.002 0.001 0.009 0.024 0.063 150 Y 0.738 0.005 0.006 0.017 0.064 0.170 151 S 0.394 0.014 0.023 0.031 0.222 0.316 152 S 0.199 0.012 0.056 0.079 0.318 0.337 153 K 0.088 0.014 0.064 0.134 0.321 0.378 154 M 0.053 0.022 0.050 0.135 0.279 0.461 155 P 0.044 0.016 0.145 0.266 0.229 0.300 156 D 0.030 0.015 0.244 0.383 0.186 0.141 157 L 0.030 0.017 0.271 0.383 0.192 0.105 158 L 0.037 0.018 0.203 0.362 0.262 0.117 159 A 0.031 0.013 0.130 0.324 0.342 0.160 160 G 0.023 0.014 0.052 0.131 0.459 0.321 161 Q 0.021 0.018 0.019 0.043 0.405 0.494 162 T 0.019 0.016 0.013 0.020 0.467 0.466 163 P 0.012 0.006 0.101 0.083 0.540 0.256 164 N 0.037 0.010 0.148 0.095 0.516 0.194 165 V 0.095 0.028 0.145 0.156 0.415 0.161 166 F 0.118 0.052 0.062 0.168 0.300 0.301 167 S 0.101 0.034 0.070 0.128 0.384 0.283 168 D 0.040 0.007 0.315 0.155 0.347 0.136 169 R 0.054 0.012 0.343 0.163 0.309 0.120 170 F 0.072 0.026 0.265 0.165 0.386 0.086 171 A 0.066 0.020 0.048 0.157 0.469 0.241 172 G 0.080 0.013 0.024 0.136 0.421 0.325 173 G 0.190 0.023 0.029 0.137 0.350 0.271 174 A 0.299 0.040 0.040 0.233 0.185 0.203 175 L 0.360 0.033 0.091 0.239 0.161 0.115 176 M 0.289 0.013 0.174 0.263 0.138 0.123 177 D 0.197 0.013 0.214 0.324 0.143 0.110 178 L 0.063 0.008 0.178 0.460 0.167 0.125 179 G 0.083 0.007 0.109 0.328 0.204 0.269 180 I 0.066 0.023 0.061 0.619 0.083 0.148 181 Y 0.031 0.015 0.040 0.770 0.054 0.090 182 P 0.006 0.002 0.020 0.927 0.019 0.026 183 L 0.005 0.001 0.012 0.958 0.014 0.011 184 Y 0.002 0.001 0.007 0.978 0.008 0.004 185 A 0.002 0.001 0.007 0.983 0.007 0.001 186 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.001 187 V 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 188 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.001 189 L 0.001 0.001 0.005 0.963 0.025 0.005 190 F 0.001 0.001 0.007 0.851 0.077 0.063 191 G 0.001 0.001 0.004 0.054 0.239 0.702 192 K 0.004 0.006 0.008 0.007 0.394 0.580 193 A 0.026 0.005 0.109 0.027 0.459 0.373 194 N 0.132 0.007 0.166 0.038 0.410 0.247 195 D 0.498 0.005 0.091 0.043 0.204 0.158 196 A 0.728 0.007 0.013 0.032 0.073 0.147 197 T 0.860 0.004 0.003 0.019 0.034 0.080 198 Y 0.870 0.004 0.004 0.028 0.027 0.068 199 H 0.835 0.005 0.006 0.031 0.036 0.088 200 A 0.794 0.006 0.020 0.038 0.054 0.089 201 Q 0.684 0.008 0.032 0.049 0.087 0.140 202 Q 0.634 0.019 0.039 0.047 0.123 0.139 203 L 0.418 0.026 0.033 0.043 0.247 0.233 204 D 0.170 0.017 0.036 0.043 0.523 0.211 205 N 0.070 0.013 0.041 0.046 0.597 0.233 206 S 0.051 0.007 0.031 0.030 0.587 0.294 207 I 0.194 0.026 0.047 0.029 0.441 0.265 208 D 0.401 0.033 0.038 0.019 0.249 0.261 209 L 0.580 0.022 0.048 0.018 0.180 0.152 210 N 0.628 0.015 0.013 0.005 0.151 0.189 211 G 0.657 0.004 0.004 0.001 0.133 0.200 212 D 0.787 0.001 0.001 0.001 0.054 0.156 213 G 0.968 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 214 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 215 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 216 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 217 Y 0.786 0.005 0.001 0.001 0.193 0.014 218 P 0.105 0.002 0.005 0.001 0.860 0.028 219 D 0.011 0.001 0.008 0.001 0.957 0.023 220 Y 0.262 0.022 0.004 0.001 0.696 0.015 221 Q 0.668 0.007 0.001 0.001 0.058 0.266 222 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.010 0.032 223 H 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 224 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 225 K 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 226 A 0.884 0.003 0.001 0.005 0.026 0.081 227 G 0.651 0.006 0.007 0.007 0.140 0.188 228 K 0.513 0.011 0.034 0.014 0.234 0.195 229 N 0.397 0.025 0.048 0.016 0.283 0.230 230 I 0.309 0.035 0.041 0.011 0.349 0.256 231 T 0.152 0.018 0.028 0.005 0.531 0.265 232 S 0.091 0.012 0.020 0.003 0.555 0.318 233 N 0.072 0.008 0.013 0.002 0.496 0.410 234 L 0.230 0.015 0.006 0.001 0.317 0.432 235 P 0.492 0.007 0.002 0.001 0.113 0.385 236 C 0.862 0.004 0.001 0.001 0.034 0.098 237 E 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 238 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 239 Y 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 240 T 0.889 0.002 0.001 0.001 0.071 0.038 241 T 0.526 0.005 0.005 0.001 0.365 0.099 242 D 0.174 0.002 0.010 0.001 0.666 0.147 243 G 0.371 0.004 0.008 0.001 0.530 0.086 244 T 0.851 0.007 0.001 0.001 0.051 0.089 245 L 0.962 0.005 0.001 0.001 0.008 0.024 246 T 0.956 0.003 0.001 0.001 0.013 0.025 247 L 0.872 0.009 0.002 0.003 0.043 0.071 248 N 0.433 0.006 0.005 0.008 0.272 0.276 249 T 0.183 0.006 0.026 0.052 0.451 0.282 250 I 0.191 0.012 0.087 0.145 0.378 0.186 251 E 0.235 0.010 0.132 0.173 0.287 0.163 252 H 0.219 0.006 0.157 0.177 0.298 0.142 253 I 0.336 0.009 0.094 0.121 0.251 0.189 254 R 0.499 0.007 0.042 0.105 0.182 0.165 255 S 0.640 0.003 0.019 0.105 0.095 0.138 256 A 0.768 0.004 0.009 0.099 0.046 0.075 257 I 0.795 0.006 0.004 0.088 0.036 0.071 258 F 0.761 0.010 0.005 0.064 0.040 0.121 259 T 0.595 0.013 0.007 0.045 0.111 0.229 260 D 0.299 0.012 0.024 0.030 0.449 0.185 261 H 0.109 0.008 0.062 0.029 0.645 0.147 262 Q 0.057 0.007 0.067 0.029 0.704 0.136 263 G 0.119 0.010 0.043 0.016 0.623 0.189 264 N 0.293 0.017 0.027 0.017 0.215 0.429 265 Q 0.602 0.035 0.024 0.014 0.097 0.228 266 V 0.691 0.020 0.016 0.013 0.072 0.188 267 Q 0.591 0.020 0.013 0.016 0.083 0.277 268 L 0.381 0.016 0.012 0.019 0.115 0.457 269 P 0.262 0.015 0.024 0.022 0.204 0.473 270 I 0.213 0.026 0.107 0.039 0.289 0.326 271 Q 0.144 0.032 0.101 0.053 0.342 0.328 272 Q 0.109 0.038 0.098 0.068 0.342 0.345 273 A 0.036 0.019 0.030 0.048 0.490 0.379 274 P 0.012 0.006 0.106 0.187 0.457 0.232 275 H 0.007 0.007 0.116 0.297 0.412 0.162 276 T 0.007 0.008 0.087 0.525 0.259 0.114 277 M 0.001 0.001 0.013 0.930 0.028 0.027 278 T 0.001 0.001 0.004 0.972 0.011 0.012 279 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 280 E 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 281 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 282 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 283 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 284 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 285 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 286 H 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 287 M 0.001 0.001 0.006 0.979 0.006 0.008 288 I 0.001 0.002 0.009 0.957 0.016 0.016 289 Q 0.001 0.002 0.007 0.916 0.035 0.039 290 Q 0.002 0.002 0.020 0.345 0.393 0.237 291 P 0.001 0.001 0.084 0.111 0.582 0.221 292 D 0.004 0.005 0.123 0.024 0.674 0.169 293 L 0.012 0.014 0.168 0.044 0.593 0.168 294 N 0.021 0.015 0.073 0.094 0.402 0.395 295 L 0.040 0.012 0.113 0.140 0.365 0.330 296 Y 0.065 0.012 0.078 0.117 0.335 0.392 297 Q 0.102 0.020 0.041 0.108 0.250 0.479 298 T 0.086 0.036 0.018 0.086 0.203 0.572 299 W 0.058 0.028 0.009 0.091 0.124 0.690 300 L 0.002 0.001 0.055 0.886 0.029 0.027 301 Y 0.001 0.001 0.055 0.916 0.019 0.009 302 D 0.001 0.001 0.056 0.917 0.020 0.006 303 A 0.001 0.001 0.011 0.977 0.006 0.005 304 G 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 305 S 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 306 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 307 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 308 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 309 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 310 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 311 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 312 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 313 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 314 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.004 315 Q 0.001 0.001 0.005 0.970 0.015 0.009 316 T 0.001 0.001 0.006 0.921 0.032 0.039 317 A 0.002 0.001 0.020 0.799 0.070 0.108 318 G 0.007 0.002 0.043 0.244 0.302 0.401 319 I 0.026 0.005 0.047 0.239 0.297 0.385 320 R 0.064 0.008 0.016 0.101 0.195 0.617 321 F 0.172 0.009 0.013 0.089 0.135 0.581 322 E 0.320 0.013 0.012 0.052 0.073 0.529 323 A 0.288 0.014 0.013 0.053 0.061 0.571 324 E 0.152 0.013 0.009 0.051 0.055 0.721 325 K 0.010 0.001 0.001 0.003 0.017 0.969