# TARGET T0384 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0384.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2261 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.004 0.005 0.002 0.101 0.833 2 L 0.314 0.008 0.002 0.001 0.076 0.599 3 K 0.595 0.003 0.001 0.001 0.047 0.354 4 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 5 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 6 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 I 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 8 G 0.587 0.003 0.001 0.011 0.055 0.343 9 T 0.158 0.006 0.006 0.056 0.164 0.610 10 G 0.043 0.008 0.045 0.161 0.324 0.421 11 A 0.019 0.007 0.081 0.665 0.151 0.077 12 I 0.008 0.005 0.069 0.808 0.075 0.036 13 S 0.006 0.003 0.040 0.886 0.038 0.027 14 H 0.003 0.001 0.023 0.934 0.027 0.013 15 H 0.003 0.001 0.013 0.958 0.014 0.010 16 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.004 17 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 18 E 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 19 A 0.001 0.001 0.011 0.977 0.008 0.003 20 A 0.001 0.001 0.012 0.966 0.013 0.007 21 H 0.003 0.001 0.022 0.920 0.030 0.023 22 T 0.005 0.002 0.023 0.767 0.062 0.141 23 S 0.011 0.011 0.025 0.072 0.795 0.086 24 G 0.003 0.001 0.047 0.010 0.888 0.051 25 E 0.006 0.001 0.021 0.001 0.894 0.077 26 Y 0.417 0.024 0.005 0.001 0.489 0.066 27 Q 0.759 0.002 0.001 0.001 0.031 0.208 28 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 29 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 Y 0.967 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 33 S 0.527 0.002 0.001 0.005 0.128 0.336 34 R 0.040 0.006 0.006 0.014 0.290 0.644 35 K 0.007 0.004 0.003 0.021 0.180 0.784 36 L 0.001 0.001 0.026 0.943 0.023 0.007 37 E 0.001 0.001 0.028 0.947 0.019 0.005 38 T 0.001 0.001 0.017 0.960 0.017 0.005 39 A 0.002 0.001 0.005 0.974 0.008 0.011 40 A 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 41 T 0.002 0.001 0.006 0.977 0.008 0.006 42 F 0.001 0.001 0.005 0.977 0.009 0.007 43 A 0.002 0.001 0.009 0.971 0.011 0.007 44 S 0.002 0.001 0.017 0.937 0.025 0.018 45 R 0.002 0.001 0.018 0.813 0.057 0.109 46 Y 0.004 0.003 0.022 0.595 0.154 0.222 47 Q 0.010 0.006 0.027 0.331 0.222 0.406 48 N 0.023 0.003 0.045 0.215 0.254 0.460 49 I 0.078 0.006 0.099 0.379 0.186 0.252 50 Q 0.210 0.019 0.084 0.439 0.085 0.164 51 L 0.248 0.011 0.054 0.510 0.079 0.098 52 F 0.226 0.015 0.022 0.476 0.085 0.175 53 D 0.162 0.010 0.027 0.444 0.156 0.201 54 Q 0.048 0.009 0.042 0.645 0.126 0.131 55 L 0.010 0.002 0.080 0.814 0.060 0.035 56 E 0.013 0.004 0.161 0.740 0.060 0.023 57 V 0.013 0.002 0.115 0.773 0.073 0.024 58 F 0.018 0.006 0.059 0.753 0.112 0.051 59 F 0.014 0.008 0.038 0.653 0.167 0.121 60 K 0.016 0.009 0.050 0.152 0.568 0.205 61 S 0.007 0.002 0.084 0.052 0.721 0.134 62 S 0.019 0.003 0.044 0.006 0.681 0.246 63 F 0.199 0.014 0.008 0.001 0.511 0.267 64 D 0.638 0.002 0.001 0.001 0.100 0.259 65 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 66 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 69 A 0.425 0.006 0.001 0.001 0.045 0.523 70 S 0.059 0.009 0.003 0.001 0.237 0.692 71 P 0.013 0.010 0.004 0.005 0.397 0.570 72 N 0.005 0.006 0.008 0.043 0.408 0.531 73 S 0.010 0.009 0.022 0.561 0.252 0.145 74 L 0.011 0.008 0.015 0.757 0.117 0.092 75 H 0.009 0.006 0.005 0.861 0.039 0.080 76 F 0.003 0.001 0.002 0.978 0.007 0.010 77 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 78 Q 0.002 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 79 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 80 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 82 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 83 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.011 0.004 84 S 0.001 0.001 0.018 0.950 0.021 0.011 85 A 0.001 0.001 0.019 0.854 0.041 0.085 86 G 0.004 0.002 0.005 0.023 0.178 0.787 87 K 0.028 0.002 0.001 0.001 0.128 0.839 88 H 0.688 0.005 0.002 0.001 0.067 0.237 89 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.007 0.016 90 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 91 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 92 E 0.738 0.002 0.001 0.002 0.057 0.200 93 K 0.297 0.007 0.005 0.002 0.164 0.525 94 P 0.146 0.016 0.023 0.004 0.328 0.483 95 A 0.129 0.015 0.037 0.004 0.368 0.446 96 V 0.267 0.041 0.030 0.005 0.275 0.383 97 S 0.189 0.062 0.004 0.004 0.189 0.552 98 Q 0.061 0.010 0.001 0.005 0.070 0.853 99 P 0.001 0.001 0.024 0.960 0.007 0.008 100 Q 0.001 0.001 0.020 0.977 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.027 0.969 0.003 0.001 102 W 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.003 103 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 104 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 106 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 108 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 110 E 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 111 K 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.003 112 N 0.001 0.001 0.004 0.924 0.024 0.048 113 N 0.001 0.001 0.001 0.016 0.072 0.910 114 C 0.060 0.003 0.001 0.007 0.067 0.862 115 F 0.870 0.004 0.001 0.011 0.022 0.092 116 I 0.959 0.001 0.001 0.016 0.006 0.017 117 F 0.938 0.001 0.001 0.037 0.005 0.017 118 E 0.890 0.001 0.004 0.044 0.023 0.038 119 A 0.680 0.003 0.012 0.094 0.081 0.130 120 A 0.343 0.009 0.052 0.186 0.166 0.244 121 R 0.139 0.014 0.089 0.230 0.216 0.312 122 N 0.047 0.006 0.110 0.256 0.321 0.260 123 Y 0.035 0.010 0.103 0.262 0.306 0.283 124 H 0.025 0.018 0.031 0.322 0.233 0.371 125 E 0.006 0.004 0.010 0.264 0.268 0.449 126 K 0.001 0.001 0.019 0.900 0.045 0.036 127 A 0.001 0.001 0.012 0.928 0.037 0.021 128 F 0.001 0.001 0.006 0.970 0.015 0.007 129 T 0.002 0.001 0.004 0.979 0.008 0.006 130 T 0.008 0.002 0.006 0.963 0.011 0.010 131 I 0.005 0.001 0.004 0.975 0.007 0.009 132 K 0.003 0.001 0.004 0.982 0.004 0.007 133 N 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 134 F 0.001 0.001 0.005 0.980 0.006 0.007 135 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.010 0.007 136 A 0.001 0.001 0.006 0.948 0.027 0.017 137 D 0.002 0.001 0.011 0.875 0.060 0.052 138 K 0.011 0.004 0.033 0.290 0.286 0.375 139 Q 0.073 0.007 0.040 0.061 0.279 0.540 140 V 0.382 0.059 0.048 0.058 0.250 0.203 141 L 0.372 0.021 0.034 0.041 0.323 0.208 142 G 0.195 0.009 0.022 0.013 0.406 0.354 143 A 0.243 0.011 0.019 0.006 0.369 0.352 144 D 0.419 0.017 0.013 0.004 0.160 0.387 145 F 0.704 0.007 0.027 0.008 0.098 0.157 146 N 0.793 0.003 0.014 0.005 0.074 0.111 147 Y 0.937 0.002 0.006 0.007 0.019 0.029 148 A 0.953 0.003 0.001 0.008 0.010 0.025 149 K 0.947 0.002 0.001 0.007 0.012 0.031 150 Y 0.911 0.004 0.002 0.008 0.018 0.056 151 S 0.771 0.010 0.009 0.011 0.089 0.111 152 S 0.475 0.015 0.026 0.019 0.235 0.229 153 K 0.198 0.016 0.032 0.025 0.374 0.356 154 M 0.128 0.026 0.031 0.015 0.379 0.422 155 P 0.113 0.030 0.064 0.030 0.333 0.431 156 D 0.079 0.045 0.160 0.049 0.378 0.288 157 L 0.050 0.039 0.227 0.060 0.403 0.222 158 L 0.053 0.044 0.141 0.060 0.462 0.240 159 A 0.039 0.020 0.097 0.055 0.573 0.216 160 G 0.028 0.019 0.049 0.041 0.566 0.298 161 Q 0.031 0.030 0.023 0.021 0.494 0.402 162 T 0.033 0.028 0.020 0.018 0.460 0.441 163 P 0.037 0.021 0.048 0.034 0.463 0.396 164 N 0.089 0.029 0.080 0.066 0.435 0.301 165 V 0.162 0.043 0.080 0.106 0.357 0.252 166 F 0.191 0.083 0.044 0.098 0.281 0.303 167 S 0.144 0.051 0.052 0.077 0.381 0.294 168 D 0.067 0.013 0.259 0.120 0.410 0.131 169 R 0.065 0.017 0.305 0.100 0.404 0.108 170 F 0.062 0.027 0.198 0.095 0.505 0.112 171 A 0.062 0.022 0.038 0.087 0.512 0.280 172 G 0.138 0.019 0.027 0.084 0.411 0.320 173 G 0.296 0.024 0.041 0.100 0.295 0.244 174 A 0.460 0.042 0.064 0.180 0.141 0.112 175 L 0.375 0.043 0.105 0.217 0.151 0.109 176 M 0.329 0.020 0.137 0.176 0.161 0.178 177 D 0.212 0.016 0.146 0.210 0.227 0.189 178 L 0.085 0.017 0.103 0.363 0.219 0.214 179 G 0.044 0.012 0.034 0.107 0.220 0.584 180 I 0.045 0.033 0.050 0.456 0.147 0.269 181 Y 0.025 0.019 0.059 0.599 0.097 0.200 182 P 0.005 0.003 0.030 0.909 0.019 0.034 183 L 0.004 0.002 0.015 0.946 0.011 0.023 184 Y 0.002 0.001 0.007 0.978 0.006 0.007 185 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.001 186 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 187 V 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 188 R 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 189 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.010 0.003 190 F 0.001 0.001 0.003 0.894 0.046 0.056 191 G 0.001 0.002 0.004 0.056 0.252 0.686 192 K 0.003 0.004 0.011 0.008 0.358 0.618 193 A 0.042 0.007 0.094 0.018 0.388 0.452 194 N 0.152 0.008 0.155 0.022 0.379 0.283 195 D 0.517 0.005 0.072 0.025 0.190 0.191 196 A 0.860 0.005 0.007 0.013 0.037 0.079 197 T 0.933 0.002 0.001 0.006 0.019 0.039 198 Y 0.928 0.003 0.002 0.008 0.015 0.045 199 H 0.879 0.004 0.003 0.011 0.027 0.075 200 A 0.818 0.006 0.012 0.013 0.049 0.103 201 Q 0.718 0.006 0.017 0.014 0.088 0.156 202 Q 0.597 0.016 0.025 0.018 0.136 0.208 203 L 0.395 0.032 0.014 0.021 0.210 0.328 204 D 0.145 0.021 0.014 0.022 0.551 0.246 205 N 0.061 0.011 0.015 0.025 0.682 0.206 206 S 0.068 0.010 0.024 0.029 0.648 0.221 207 I 0.277 0.058 0.041 0.023 0.434 0.167 208 D 0.433 0.040 0.039 0.012 0.272 0.204 209 L 0.504 0.015 0.056 0.012 0.273 0.140 210 N 0.562 0.011 0.017 0.006 0.240 0.165 211 G 0.628 0.005 0.005 0.002 0.175 0.186 212 D 0.801 0.002 0.002 0.001 0.058 0.137 213 G 0.971 0.002 0.001 0.001 0.009 0.017 214 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 215 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 216 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 217 Y 0.750 0.010 0.001 0.001 0.215 0.023 218 P 0.181 0.004 0.003 0.001 0.779 0.032 219 D 0.025 0.001 0.008 0.001 0.938 0.027 220 Y 0.198 0.011 0.002 0.001 0.762 0.026 221 Q 0.562 0.004 0.001 0.001 0.092 0.340 222 V 0.940 0.007 0.001 0.001 0.012 0.041 223 H 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 224 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 225 K 0.961 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 226 A 0.864 0.004 0.002 0.002 0.032 0.097 227 G 0.685 0.005 0.015 0.004 0.141 0.150 228 K 0.531 0.017 0.053 0.010 0.214 0.175 229 N 0.371 0.022 0.064 0.019 0.296 0.228 230 I 0.318 0.033 0.059 0.014 0.323 0.253 231 T 0.196 0.022 0.043 0.011 0.477 0.251 232 S 0.093 0.011 0.039 0.013 0.523 0.321 233 N 0.063 0.009 0.009 0.002 0.441 0.476 234 L 0.155 0.011 0.003 0.001 0.266 0.564 235 P 0.357 0.005 0.001 0.001 0.108 0.528 236 C 0.880 0.004 0.001 0.001 0.027 0.088 237 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 238 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 239 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 240 T 0.918 0.002 0.001 0.001 0.041 0.039 241 T 0.632 0.004 0.002 0.001 0.255 0.107 242 D 0.233 0.004 0.011 0.001 0.580 0.172 243 G 0.392 0.005 0.008 0.001 0.456 0.138 244 T 0.795 0.007 0.003 0.001 0.068 0.126 245 L 0.928 0.010 0.002 0.001 0.016 0.043 246 T 0.909 0.008 0.001 0.002 0.027 0.052 247 L 0.779 0.009 0.003 0.003 0.068 0.137 248 N 0.398 0.009 0.006 0.006 0.262 0.320 249 T 0.177 0.009 0.019 0.021 0.410 0.364 250 I 0.166 0.010 0.052 0.089 0.368 0.315 251 E 0.231 0.012 0.063 0.193 0.277 0.224 252 H 0.238 0.010 0.060 0.255 0.279 0.158 253 I 0.338 0.013 0.036 0.228 0.201 0.184 254 R 0.514 0.007 0.032 0.224 0.110 0.112 255 S 0.599 0.003 0.029 0.228 0.063 0.079 256 A 0.665 0.003 0.017 0.208 0.040 0.065 257 I 0.645 0.009 0.011 0.202 0.042 0.092 258 F 0.605 0.014 0.009 0.116 0.077 0.180 259 T 0.420 0.016 0.012 0.067 0.167 0.318 260 D 0.263 0.015 0.030 0.044 0.354 0.295 261 H 0.149 0.016 0.055 0.039 0.478 0.263 262 Q 0.094 0.013 0.041 0.030 0.567 0.255 263 G 0.110 0.010 0.033 0.020 0.508 0.319 264 N 0.232 0.017 0.027 0.019 0.277 0.428 265 Q 0.470 0.035 0.030 0.022 0.154 0.290 266 V 0.555 0.023 0.021 0.021 0.116 0.263 267 Q 0.506 0.026 0.013 0.019 0.108 0.327 268 L 0.369 0.021 0.011 0.017 0.129 0.453 269 P 0.302 0.018 0.021 0.020 0.207 0.431 270 I 0.245 0.026 0.070 0.029 0.276 0.355 271 Q 0.188 0.031 0.062 0.028 0.331 0.360 272 Q 0.106 0.042 0.047 0.043 0.362 0.400 273 A 0.034 0.021 0.022 0.037 0.499 0.387 274 P 0.013 0.010 0.096 0.137 0.494 0.250 275 H 0.013 0.007 0.091 0.163 0.527 0.198 276 T 0.014 0.010 0.070 0.422 0.296 0.188 277 M 0.008 0.005 0.009 0.865 0.033 0.079 278 T 0.002 0.001 0.002 0.980 0.005 0.009 279 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 280 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 281 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 282 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 283 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 284 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 285 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 286 H 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 287 M 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.005 288 I 0.001 0.001 0.004 0.964 0.010 0.021 289 Q 0.001 0.002 0.004 0.911 0.032 0.051 290 Q 0.001 0.002 0.007 0.317 0.295 0.377 291 P 0.001 0.001 0.020 0.089 0.486 0.403 292 D 0.006 0.006 0.044 0.027 0.561 0.356 293 L 0.020 0.018 0.084 0.061 0.442 0.375 294 N 0.022 0.015 0.050 0.093 0.301 0.520 295 L 0.025 0.017 0.047 0.128 0.254 0.529 296 Y 0.039 0.016 0.026 0.107 0.200 0.611 297 Q 0.061 0.015 0.036 0.200 0.241 0.445 298 T 0.059 0.024 0.029 0.245 0.223 0.419 299 W 0.055 0.022 0.023 0.270 0.131 0.499 300 L 0.005 0.001 0.029 0.921 0.022 0.022 301 Y 0.003 0.001 0.029 0.944 0.013 0.010 302 D 0.003 0.001 0.036 0.935 0.015 0.011 303 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.004 0.005 304 G 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 305 S 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 306 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 307 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 308 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 309 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 310 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 311 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 312 T 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 313 M 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 314 R 0.001 0.001 0.007 0.984 0.004 0.005 315 Q 0.001 0.001 0.007 0.967 0.011 0.015 316 T 0.001 0.002 0.011 0.865 0.039 0.082 317 A 0.002 0.001 0.024 0.695 0.095 0.183 318 G 0.007 0.003 0.031 0.112 0.354 0.495 319 I 0.028 0.006 0.038 0.107 0.417 0.405 320 R 0.093 0.009 0.016 0.066 0.302 0.514 321 F 0.256 0.014 0.017 0.044 0.220 0.450 322 E 0.444 0.020 0.010 0.026 0.114 0.385 323 A 0.348 0.023 0.009 0.022 0.096 0.503 324 E 0.186 0.017 0.004 0.015 0.097 0.681 325 K 0.074 0.005 0.003 0.009 0.066 0.843