# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0380/T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.034 0.108 0.082 0.012 0.032 0.030 0.004 0.021 0.017 0.039 0.068 0.314 0.022 0.006 0.157 2 I 0.044 0.019 0.089 0.042 0.003 0.135 0.007 0.021 0.001 0.003 0.035 0.111 0.463 0.002 0.020 0.006 3 D 0.001 0.004 0.008 0.004 0.001 0.226 0.001 0.004 0.002 0.006 0.162 0.045 0.524 0.002 0.002 0.006 4 E 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 0.169 0.440 0.001 0.001 0.001 5 K 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.327 0.653 0.001 0.001 0.003 6 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.978 0.003 0.001 0.003 10 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.003 0.002 13 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.028 0.003 0.060 14 V 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.885 0.014 0.014 0.006 15 E 0.003 0.020 0.045 0.006 0.001 0.008 0.019 0.008 0.001 0.001 0.007 0.006 0.738 0.014 0.049 0.075 16 S 0.032 0.045 0.046 0.043 0.001 0.011 0.016 0.003 0.016 0.003 0.019 0.012 0.388 0.021 0.028 0.317 17 S 0.075 0.018 0.266 0.028 0.001 0.092 0.011 0.002 0.002 0.001 0.023 0.020 0.421 0.002 0.011 0.026 18 K 0.006 0.694 0.146 0.077 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.039 0.001 0.001 0.010 19 I 0.015 0.012 0.118 0.813 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.021 0.001 0.001 0.003 20 V 0.001 0.007 0.733 0.248 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 21 M 0.001 0.001 0.009 0.978 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.008 0.009 0.957 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.007 0.004 0.967 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 24 T 0.005 0.034 0.013 0.633 0.156 0.136 0.007 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 25 N 0.002 0.133 0.023 0.551 0.017 0.131 0.001 0.104 0.002 0.003 0.022 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 26 G 0.002 0.030 0.006 0.036 0.198 0.499 0.007 0.010 0.026 0.065 0.078 0.027 0.011 0.002 0.001 0.003 27 E 0.007 0.034 0.004 0.005 0.166 0.006 0.080 0.023 0.001 0.001 0.461 0.023 0.007 0.177 0.003 0.001 28 N 0.001 0.013 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.156 0.009 0.002 0.002 0.044 0.003 0.001 0.753 0.003 29 G 0.012 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.192 0.043 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.713 30 Y 0.924 0.005 0.027 0.013 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 31 P 0.025 0.033 0.507 0.120 0.004 0.190 0.010 0.029 0.002 0.004 0.028 0.011 0.024 0.001 0.006 0.005 32 N 0.007 0.363 0.045 0.502 0.001 0.014 0.001 0.003 0.023 0.003 0.004 0.016 0.006 0.001 0.001 0.010 33 I 0.025 0.007 0.097 0.840 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 34 K 0.007 0.013 0.493 0.403 0.009 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 35 A 0.002 0.014 0.017 0.774 0.007 0.120 0.001 0.008 0.001 0.001 0.038 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 36 M 0.001 0.155 0.018 0.721 0.008 0.044 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.022 0.013 0.001 0.001 0.002 37 M 0.006 0.021 0.028 0.821 0.005 0.052 0.001 0.007 0.002 0.001 0.016 0.005 0.030 0.001 0.001 0.003 38 R 0.010 0.064 0.214 0.565 0.018 0.045 0.008 0.005 0.005 0.002 0.017 0.009 0.024 0.003 0.001 0.011 39 L 0.011 0.043 0.065 0.749 0.019 0.046 0.007 0.010 0.002 0.002 0.011 0.008 0.019 0.002 0.003 0.006 40 K 0.010 0.078 0.107 0.440 0.066 0.172 0.009 0.017 0.009 0.009 0.022 0.009 0.030 0.003 0.003 0.016 41 H 0.013 0.024 0.021 0.077 0.559 0.086 0.075 0.016 0.003 0.006 0.055 0.009 0.011 0.040 0.002 0.003 42 D 0.004 0.053 0.012 0.024 0.010 0.042 0.002 0.679 0.004 0.003 0.052 0.019 0.010 0.001 0.085 0.002 43 G 0.008 0.040 0.014 0.019 0.016 0.021 0.015 0.016 0.346 0.157 0.093 0.030 0.022 0.023 0.006 0.175 44 L 0.551 0.039 0.047 0.040 0.001 0.042 0.010 0.033 0.013 0.003 0.030 0.062 0.030 0.001 0.090 0.008 45 K 0.026 0.318 0.394 0.045 0.001 0.004 0.002 0.001 0.043 0.004 0.001 0.010 0.007 0.001 0.004 0.140 46 K 0.191 0.005 0.233 0.555 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 47 F 0.005 0.002 0.848 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 W 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.004 0.961 0.018 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.001 0.026 0.004 0.786 0.092 0.076 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.003 0.150 0.006 0.626 0.015 0.128 0.001 0.037 0.007 0.006 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 52 N 0.005 0.046 0.014 0.076 0.034 0.672 0.005 0.009 0.012 0.033 0.061 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 53 T 0.009 0.124 0.016 0.038 0.007 0.066 0.002 0.038 0.002 0.002 0.610 0.069 0.010 0.001 0.004 0.001 54 S 0.006 0.080 0.024 0.028 0.005 0.057 0.005 0.012 0.023 0.011 0.112 0.573 0.038 0.006 0.007 0.013 55 T 0.032 0.031 0.059 0.024 0.002 0.089 0.013 0.005 0.006 0.003 0.129 0.153 0.401 0.002 0.035 0.015 56 R 0.015 0.074 0.086 0.029 0.001 0.017 0.002 0.005 0.004 0.004 0.109 0.179 0.433 0.001 0.007 0.035 57 M 0.011 0.006 0.007 0.009 0.001 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.154 0.664 0.001 0.001 0.005 58 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.024 0.788 0.001 0.001 0.001 59 E 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.189 0.785 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.001 0.002 61 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.973 0.002 0.002 0.001 62 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.011 0.007 0.015 63 K 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.148 0.726 0.012 0.061 64 N 0.004 0.005 0.028 0.001 0.001 0.009 0.060 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.173 0.017 0.672 0.016 65 N 0.014 0.041 0.040 0.003 0.001 0.004 0.008 0.004 0.010 0.003 0.019 0.003 0.069 0.005 0.028 0.749 66 K 0.599 0.140 0.065 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.010 0.007 0.002 0.002 0.107 67 I 0.049 0.004 0.880 0.049 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 68 C 0.002 0.070 0.531 0.371 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.004 0.008 0.978 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.004 0.092 0.897 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.001 0.003 0.015 0.849 0.041 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.088 0.008 0.766 0.025 0.078 0.001 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.024 0.001 0.038 0.024 0.861 0.001 0.014 0.003 0.009 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.001 0.031 0.003 0.007 0.004 0.026 0.001 0.024 0.003 0.002 0.878 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 75 N 0.005 0.059 0.012 0.015 0.003 0.016 0.005 0.015 0.024 0.004 0.075 0.703 0.021 0.005 0.030 0.007 76 K 0.057 0.039 0.129 0.026 0.005 0.018 0.013 0.010 0.027 0.006 0.055 0.066 0.219 0.009 0.083 0.238 77 F 0.113 0.024 0.210 0.018 0.024 0.032 0.181 0.004 0.015 0.003 0.015 0.019 0.075 0.134 0.006 0.126 78 A 0.045 0.275 0.340 0.083 0.001 0.013 0.012 0.063 0.003 0.001 0.005 0.010 0.043 0.001 0.095 0.011 79 G 0.016 0.022 0.262 0.429 0.001 0.005 0.001 0.001 0.086 0.006 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.158 80 L 0.215 0.003 0.293 0.481 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 81 M 0.001 0.004 0.142 0.842 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.002 0.004 0.889 0.041 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.161 0.008 0.806 0.002 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.007 0.005 0.955 0.001 0.019 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.012 0.050 0.140 0.787 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.002 0.023 0.964 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.001 0.009 0.025 0.942 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 I 0.001 0.007 0.002 0.584 0.065 0.328 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.334 0.011 0.476 0.034 0.059 0.002 0.034 0.002 0.001 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 90 H 0.005 0.124 0.017 0.484 0.010 0.158 0.003 0.048 0.022 0.032 0.021 0.042 0.020 0.001 0.004 0.009 91 D 0.010 0.017 0.022 0.021 0.002 0.698 0.002 0.012 0.003 0.012 0.109 0.029 0.055 0.001 0.003 0.003 92 R 0.003 0.015 0.005 0.005 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.821 0.062 0.058 0.001 0.001 0.002 93 A 0.004 0.023 0.007 0.011 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.811 0.097 0.002 0.004 0.002 94 S 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.904 0.002 0.004 0.008 95 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.017 0.898 0.002 0.001 0.002 96 E 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.084 0.885 0.002 0.003 0.003 97 M 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.912 0.022 0.005 0.028 98 L 0.002 0.003 0.102 0.007 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.775 0.005 0.022 0.047 99 W 0.006 0.017 0.122 0.023 0.002 0.014 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.677 0.011 0.009 0.085 100 T 0.031 0.010 0.045 0.017 0.032 0.091 0.166 0.004 0.001 0.003 0.032 0.012 0.362 0.167 0.009 0.018 101 D 0.005 0.063 0.023 0.009 0.001 0.048 0.004 0.115 0.001 0.001 0.260 0.033 0.267 0.003 0.158 0.010 102 G 0.007 0.044 0.018 0.015 0.001 0.022 0.006 0.002 0.065 0.011 0.129 0.220 0.285 0.010 0.005 0.160 103 C 0.106 0.026 0.044 0.021 0.001 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 0.207 0.526 0.002 0.010 0.006 104 E 0.005 0.052 0.296 0.055 0.001 0.017 0.016 0.002 0.002 0.001 0.013 0.032 0.452 0.006 0.007 0.044 105 I 0.014 0.020 0.130 0.349 0.004 0.033 0.013 0.004 0.002 0.001 0.026 0.013 0.351 0.008 0.010 0.022 106 Y 0.008 0.049 0.382 0.345 0.005 0.009 0.016 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.116 0.007 0.006 0.043 107 Y 0.019 0.011 0.121 0.395 0.031 0.211 0.029 0.004 0.002 0.005 0.006 0.009 0.131 0.005 0.004 0.017 108 P 0.010 0.062 0.049 0.081 0.275 0.141 0.095 0.016 0.002 0.003 0.105 0.006 0.054 0.085 0.003 0.012 109 L 0.008 0.292 0.026 0.192 0.004 0.026 0.004 0.221 0.014 0.004 0.035 0.054 0.020 0.003 0.089 0.010 110 G 0.021 0.034 0.086 0.067 0.009 0.124 0.028 0.007 0.125 0.162 0.041 0.067 0.094 0.004 0.008 0.123 111 I 0.300 0.050 0.071 0.037 0.009 0.094 0.020 0.011 0.003 0.002 0.257 0.044 0.081 0.005 0.006 0.011 112 D 0.018 0.252 0.158 0.137 0.002 0.017 0.005 0.030 0.010 0.005 0.058 0.239 0.035 0.004 0.015 0.016 113 D 0.024 0.041 0.102 0.116 0.011 0.283 0.023 0.004 0.018 0.012 0.020 0.080 0.223 0.003 0.012 0.030 114 P 0.021 0.038 0.130 0.058 0.002 0.113 0.012 0.008 0.002 0.002 0.352 0.022 0.224 0.002 0.003 0.011 115 D 0.008 0.522 0.049 0.122 0.001 0.017 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 0.224 0.032 0.001 0.005 0.006 116 Y 0.033 0.011 0.216 0.474 0.001 0.035 0.003 0.002 0.006 0.001 0.024 0.005 0.136 0.002 0.004 0.046 117 T 0.009 0.076 0.643 0.172 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.049 0.001 0.001 0.004 118 A 0.008 0.032 0.072 0.695 0.009 0.091 0.007 0.002 0.001 0.001 0.020 0.005 0.045 0.009 0.001 0.003 119 L 0.002 0.123 0.174 0.634 0.002 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 0.007 0.018 0.001 0.007 0.003 120 C 0.002 0.011 0.051 0.894 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 121 F 0.013 0.016 0.160 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.001 0.006 0.001 0.004 0.002 0.208 0.001 0.002 0.001 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 E 0.001 0.281 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.009 0.034 0.155 0.208 0.001 0.008 0.005 0.013 0.018 0.001 0.022 0.058 0.314 0.001 0.087 0.064 126 G 0.009 0.001 0.819 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.096 0.001 0.001 0.026 127 N 0.053 0.028 0.103 0.316 0.006 0.070 0.006 0.004 0.001 0.001 0.028 0.021 0.354 0.003 0.001 0.005 128 Y 0.003 0.039 0.028 0.477 0.024 0.124 0.017 0.003 0.002 0.001 0.021 0.022 0.215 0.012 0.003 0.010 129 Y 0.003 0.054 0.054 0.386 0.053 0.084 0.030 0.019 0.005 0.002 0.020 0.023 0.222 0.011 0.014 0.019 130 R 0.013 0.098 0.086 0.254 0.030 0.064 0.028 0.053 0.013 0.015 0.049 0.025 0.185 0.017 0.018 0.054 131 H 0.031 0.042 0.044 0.055 0.027 0.257 0.032 0.032 0.012 0.026 0.083 0.072 0.218 0.018 0.023 0.027 132 L 0.016 0.045 0.042 0.012 0.012 0.061 0.029 0.025 0.005 0.006 0.386 0.055 0.232 0.027 0.024 0.024 133 K 0.025 0.091 0.044 0.035 0.001 0.021 0.005 0.025 0.015 0.006 0.078 0.373 0.175 0.005 0.075 0.026 134 N 0.051 0.020 0.072 0.027 0.001 0.039 0.007 0.002 0.022 0.011 0.032 0.123 0.467 0.003 0.009 0.114 135 I 0.039 0.009 0.057 0.012 0.001 0.060 0.003 0.002 0.001 0.001 0.184 0.064 0.558 0.001 0.002 0.008 136 T 0.005 0.046 0.047 0.025 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.044 0.190 0.601 0.002 0.002 0.004 137 F 0.001 0.012 0.017 0.078 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.810 0.001 0.003 0.003 138 K 0.001 0.005 0.016 0.035 0.001 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.855 0.001 0.001 0.010 139 I 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.017 0.870 0.001 0.001 0.001 140 D 0.001 0.034 0.005 0.021 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.077 0.833 0.002 0.002 0.003 141 E 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.957 0.002 0.002 0.003 142 I 0.002 0.006 0.069 0.011 0.003 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.698 0.087 0.005 0.059 143 Y 0.005 0.020 0.084 0.064 0.004 0.008 0.053 0.007 0.001 0.001 0.003 0.009 0.608 0.021 0.088 0.026 144 N 0.007 0.014 0.080 0.040 0.032 0.055 0.112 0.007 0.007 0.008 0.008 0.004 0.340 0.096 0.016 0.176 145 Y 0.068 0.074 0.069 0.073 0.020 0.041 0.051 0.069 0.007 0.006 0.128 0.017 0.206 0.042 0.077 0.051