# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.294 0.024 0.032 0.037 0.088 0.067 0.421 2 I 0.050 0.826 0.004 0.007 0.006 0.014 0.030 0.063 3 D 0.018 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 4 E 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.029 5 K 0.011 0.942 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 0.022 6 F 0.044 0.510 0.003 0.001 0.001 0.009 0.399 0.033 7 L 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.004 8 I 0.006 0.834 0.001 0.001 0.001 0.007 0.102 0.048 9 E 0.010 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.045 10 S 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.018 11 N 0.071 0.824 0.003 0.001 0.001 0.008 0.049 0.043 12 E 0.053 0.318 0.017 0.004 0.002 0.033 0.409 0.164 13 L 0.077 0.103 0.041 0.003 0.003 0.052 0.607 0.113 14 V 0.207 0.079 0.051 0.003 0.004 0.083 0.231 0.343 15 E 0.090 0.038 0.023 0.002 0.003 0.057 0.024 0.763 16 S 0.029 0.029 0.018 0.001 0.003 0.077 0.027 0.816 17 S 0.015 0.035 0.070 0.009 0.020 0.262 0.058 0.530 18 K 0.019 0.032 0.238 0.040 0.095 0.116 0.135 0.325 19 I 0.012 0.017 0.292 0.061 0.076 0.092 0.105 0.345 20 V 0.004 0.004 0.557 0.105 0.127 0.036 0.092 0.075 21 M 0.005 0.003 0.333 0.106 0.221 0.040 0.180 0.111 22 V 0.007 0.004 0.343 0.163 0.241 0.053 0.057 0.131 23 G 0.025 0.004 0.177 0.144 0.253 0.096 0.041 0.261 24 T 0.041 0.006 0.078 0.118 0.201 0.108 0.180 0.267 25 N 0.032 0.004 0.054 0.039 0.086 0.153 0.058 0.573 26 G 0.424 0.003 0.015 0.018 0.032 0.097 0.044 0.366 27 E 0.200 0.004 0.006 0.014 0.013 0.111 0.041 0.613 28 N 0.004 0.001 0.008 0.005 0.024 0.150 0.009 0.798 29 G 0.025 0.003 0.010 0.013 0.040 0.090 0.025 0.795 30 Y 0.183 0.020 0.020 0.153 0.068 0.100 0.077 0.378 31 P 0.026 0.017 0.032 0.040 0.070 0.086 0.020 0.710 32 N 0.020 0.046 0.055 0.104 0.284 0.071 0.033 0.387 33 I 0.029 0.057 0.074 0.101 0.144 0.069 0.031 0.495 34 K 0.061 0.156 0.082 0.222 0.156 0.047 0.069 0.207 35 A 0.051 0.234 0.052 0.093 0.132 0.054 0.052 0.332 36 M 0.128 0.187 0.071 0.072 0.108 0.054 0.061 0.320 37 M 0.103 0.094 0.034 0.171 0.164 0.052 0.067 0.316 38 R 0.066 0.033 0.021 0.067 0.113 0.072 0.081 0.546 39 L 0.029 0.009 0.023 0.175 0.159 0.080 0.082 0.443 40 K 0.098 0.003 0.012 0.051 0.064 0.081 0.045 0.644 41 H 0.271 0.002 0.005 0.013 0.020 0.058 0.032 0.599 42 D 0.073 0.001 0.007 0.006 0.013 0.101 0.013 0.786 43 G 0.041 0.001 0.010 0.006 0.017 0.088 0.018 0.819 44 L 0.008 0.001 0.045 0.026 0.057 0.194 0.027 0.643 45 K 0.001 0.001 0.218 0.072 0.205 0.075 0.053 0.375 46 K 0.001 0.001 0.353 0.234 0.249 0.018 0.077 0.069 47 F 0.001 0.001 0.513 0.188 0.162 0.011 0.068 0.056 48 W 0.001 0.001 0.538 0.175 0.217 0.008 0.029 0.031 49 L 0.004 0.001 0.477 0.160 0.239 0.021 0.037 0.061 50 S 0.018 0.005 0.316 0.121 0.183 0.069 0.131 0.157 51 T 0.040 0.015 0.089 0.041 0.086 0.127 0.231 0.371 52 N 0.090 0.060 0.030 0.017 0.032 0.202 0.132 0.438 53 T 0.046 0.134 0.012 0.009 0.014 0.147 0.042 0.596 54 S 0.031 0.740 0.003 0.003 0.006 0.026 0.032 0.160 55 T 0.025 0.908 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.036 56 R 0.008 0.887 0.009 0.010 0.007 0.011 0.027 0.042 57 M 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 58 V 0.058 0.905 0.009 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 59 E 0.035 0.815 0.021 0.011 0.007 0.008 0.041 0.062 60 R 0.105 0.158 0.046 0.011 0.011 0.023 0.348 0.298 61 L 0.199 0.043 0.030 0.011 0.008 0.062 0.433 0.213 62 K 0.124 0.013 0.011 0.009 0.008 0.060 0.065 0.711 63 K 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.936 64 N 0.047 0.007 0.008 0.003 0.005 0.139 0.033 0.758 65 N 0.041 0.011 0.048 0.015 0.032 0.201 0.037 0.615 66 K 0.010 0.004 0.109 0.019 0.048 0.117 0.048 0.644 67 I 0.004 0.003 0.337 0.097 0.125 0.081 0.076 0.277 68 C 0.005 0.002 0.425 0.147 0.206 0.031 0.068 0.115 69 L 0.004 0.002 0.308 0.243 0.254 0.023 0.038 0.129 70 Y 0.004 0.002 0.340 0.206 0.277 0.027 0.024 0.120 71 F 0.004 0.002 0.148 0.281 0.357 0.037 0.042 0.129 72 V 0.032 0.008 0.093 0.099 0.132 0.125 0.075 0.437 73 D 0.474 0.020 0.017 0.051 0.044 0.058 0.056 0.279 74 D 0.122 0.014 0.006 0.009 0.022 0.090 0.030 0.708 75 N 0.046 0.010 0.015 0.013 0.033 0.105 0.077 0.701 76 K 0.109 0.010 0.017 0.069 0.110 0.140 0.091 0.455 77 F 0.018 0.004 0.012 0.054 0.075 0.082 0.050 0.706 78 A 0.003 0.002 0.077 0.121 0.459 0.069 0.024 0.246 79 G 0.001 0.001 0.063 0.160 0.604 0.018 0.035 0.118 80 L 0.001 0.001 0.088 0.453 0.377 0.011 0.012 0.057 81 M 0.002 0.001 0.239 0.264 0.408 0.013 0.020 0.053 82 L 0.007 0.004 0.075 0.383 0.382 0.024 0.025 0.102 83 V 0.012 0.010 0.206 0.141 0.240 0.048 0.028 0.316 84 G 0.019 0.021 0.104 0.248 0.391 0.039 0.027 0.151 85 T 0.026 0.039 0.087 0.203 0.368 0.034 0.053 0.190 86 I 0.019 0.028 0.077 0.263 0.281 0.036 0.040 0.256 87 E 0.008 0.028 0.061 0.370 0.372 0.027 0.025 0.108 88 I 0.033 0.092 0.056 0.117 0.190 0.065 0.036 0.410 89 L 0.066 0.143 0.097 0.178 0.159 0.058 0.075 0.225 90 H 0.041 0.058 0.033 0.041 0.035 0.047 0.365 0.379 91 D 0.148 0.459 0.008 0.007 0.006 0.024 0.225 0.123 92 R 0.095 0.612 0.006 0.005 0.004 0.036 0.022 0.220 93 A 0.024 0.679 0.002 0.003 0.003 0.022 0.008 0.260 94 S 0.035 0.842 0.001 0.001 0.002 0.011 0.024 0.083 95 K 0.091 0.679 0.003 0.002 0.003 0.023 0.127 0.072 96 E 0.020 0.136 0.007 0.008 0.007 0.021 0.720 0.081 97 M 0.035 0.215 0.015 0.008 0.014 0.077 0.404 0.232 98 L 0.045 0.302 0.043 0.017 0.034 0.120 0.118 0.321 99 W 0.069 0.217 0.022 0.011 0.017 0.087 0.049 0.528 100 T 0.177 0.379 0.013 0.006 0.007 0.052 0.089 0.277 101 D 0.072 0.368 0.011 0.007 0.010 0.100 0.035 0.395 102 G 0.080 0.208 0.053 0.011 0.022 0.101 0.151 0.375 103 C 0.087 0.319 0.033 0.036 0.034 0.099 0.111 0.281 104 E 0.095 0.092 0.067 0.035 0.055 0.067 0.091 0.499 105 I 0.019 0.056 0.154 0.080 0.099 0.106 0.115 0.371 106 Y 0.014 0.012 0.205 0.052 0.089 0.092 0.089 0.446 107 Y 0.462 0.008 0.050 0.058 0.048 0.071 0.073 0.231 108 P 0.194 0.004 0.017 0.017 0.018 0.069 0.032 0.649 109 L 0.013 0.001 0.017 0.009 0.034 0.123 0.010 0.793 110 G 0.020 0.001 0.010 0.010 0.021 0.107 0.023 0.807 111 I 0.007 0.001 0.018 0.047 0.025 0.162 0.016 0.724 112 D 0.023 0.002 0.007 0.004 0.006 0.059 0.016 0.882 113 D 0.627 0.024 0.005 0.007 0.005 0.050 0.152 0.130 114 P 0.066 0.031 0.020 0.006 0.011 0.125 0.037 0.704 115 D 0.054 0.060 0.036 0.019 0.096 0.124 0.046 0.566 116 Y 0.011 0.018 0.056 0.073 0.288 0.091 0.065 0.399 117 T 0.011 0.005 0.062 0.246 0.517 0.036 0.035 0.088 118 A 0.006 0.002 0.056 0.217 0.491 0.026 0.049 0.154 119 L 0.002 0.002 0.076 0.349 0.390 0.031 0.017 0.133 120 C 0.002 0.002 0.068 0.255 0.512 0.036 0.010 0.114 121 F 0.005 0.005 0.080 0.177 0.196 0.064 0.029 0.444 122 T 0.292 0.122 0.037 0.160 0.121 0.032 0.097 0.140 123 A 0.196 0.090 0.048 0.041 0.047 0.081 0.102 0.396 124 E 0.024 0.148 0.038 0.059 0.116 0.076 0.040 0.499 125 W 0.038 0.175 0.043 0.034 0.091 0.063 0.080 0.475 126 G 0.032 0.188 0.045 0.136 0.142 0.080 0.085 0.292 127 N 0.030 0.119 0.094 0.157 0.223 0.048 0.113 0.215 128 Y 0.051 0.123 0.062 0.147 0.154 0.061 0.104 0.298 129 Y 0.068 0.104 0.092 0.122 0.159 0.066 0.074 0.315 130 R 0.062 0.039 0.035 0.061 0.073 0.081 0.093 0.556 131 H 0.177 0.129 0.010 0.017 0.022 0.075 0.070 0.500 132 L 0.066 0.084 0.009 0.014 0.019 0.071 0.155 0.583 133 K 0.028 0.168 0.013 0.018 0.040 0.115 0.118 0.499 134 N 0.034 0.403 0.010 0.026 0.040 0.049 0.097 0.340 135 I 0.020 0.619 0.010 0.044 0.047 0.036 0.048 0.176 136 T 0.015 0.609 0.021 0.029 0.075 0.029 0.089 0.132 137 F 0.010 0.425 0.031 0.114 0.089 0.040 0.180 0.110 138 K 0.013 0.672 0.044 0.038 0.055 0.016 0.114 0.047 139 I 0.061 0.630 0.024 0.035 0.052 0.021 0.115 0.062 140 D 0.042 0.175 0.065 0.093 0.106 0.034 0.334 0.151 141 E 0.052 0.161 0.063 0.087 0.141 0.056 0.149 0.290 142 I 0.085 0.030 0.066 0.062 0.111 0.096 0.112 0.438 143 Y 0.051 0.009 0.050 0.106 0.097 0.107 0.072 0.508 144 N 0.027 0.006 0.016 0.018 0.043 0.093 0.038 0.759 145 Y 0.025 0.006 0.022 0.025 0.044 0.133 0.038 0.706