# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.272 0.103 0.126 0.102 0.072 0.078 0.094 0.063 0.042 0.030 0.017 2 I 0.102 0.105 0.077 0.078 0.086 0.111 0.150 0.095 0.082 0.074 0.041 3 D 0.081 0.276 0.317 0.174 0.074 0.038 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 4 E 0.536 0.105 0.169 0.124 0.044 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.454 0.102 0.324 0.084 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.003 0.008 0.077 0.037 0.037 0.138 0.361 0.170 0.106 0.050 0.015 7 L 0.001 0.006 0.157 0.080 0.130 0.225 0.274 0.087 0.028 0.009 0.002 8 I 0.009 0.019 0.925 0.033 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.007 0.031 0.327 0.233 0.226 0.118 0.046 0.008 0.003 0.001 0.001 10 S 0.001 0.002 0.028 0.003 0.004 0.009 0.081 0.114 0.255 0.280 0.223 11 N 0.002 0.004 0.128 0.208 0.301 0.222 0.109 0.018 0.006 0.002 0.001 12 E 0.011 0.020 0.920 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.002 0.013 0.019 0.048 0.186 0.436 0.161 0.085 0.036 0.014 14 V 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.010 0.080 0.136 0.247 0.267 0.245 15 E 0.028 0.076 0.553 0.193 0.096 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 16 S 0.106 0.171 0.466 0.161 0.060 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 17 S 0.003 0.004 0.004 0.011 0.020 0.035 0.129 0.168 0.229 0.213 0.183 18 K 0.139 0.156 0.089 0.208 0.157 0.126 0.087 0.022 0.010 0.004 0.003 19 I 0.001 0.002 0.007 0.012 0.025 0.051 0.162 0.183 0.234 0.190 0.132 20 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.025 0.104 0.174 0.225 0.241 0.211 21 M 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.030 0.110 0.163 0.225 0.230 0.224 22 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.038 0.097 0.198 0.309 0.341 23 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.023 0.090 0.160 0.231 0.245 0.232 24 T 0.001 0.003 0.004 0.017 0.028 0.045 0.125 0.169 0.219 0.217 0.174 25 N 0.010 0.037 0.021 0.138 0.199 0.191 0.196 0.106 0.060 0.029 0.014 26 G 0.078 0.090 0.059 0.178 0.159 0.138 0.135 0.077 0.045 0.027 0.014 27 E 0.581 0.154 0.063 0.102 0.050 0.022 0.015 0.006 0.003 0.002 0.002 28 N 0.296 0.189 0.050 0.142 0.095 0.074 0.074 0.034 0.024 0.014 0.008 29 G 0.246 0.158 0.034 0.114 0.101 0.088 0.080 0.055 0.051 0.040 0.032 30 Y 0.030 0.099 0.028 0.136 0.159 0.166 0.171 0.087 0.063 0.037 0.024 31 P 0.025 0.018 0.010 0.031 0.043 0.060 0.116 0.145 0.203 0.197 0.153 32 N 0.036 0.035 0.016 0.098 0.139 0.147 0.194 0.127 0.101 0.066 0.042 33 I 0.016 0.013 0.009 0.028 0.030 0.044 0.110 0.153 0.216 0.220 0.161 34 K 0.024 0.035 0.027 0.121 0.146 0.163 0.169 0.116 0.099 0.063 0.035 35 A 0.012 0.011 0.012 0.024 0.020 0.031 0.093 0.143 0.227 0.242 0.184 36 M 0.007 0.010 0.020 0.053 0.074 0.110 0.192 0.170 0.166 0.119 0.080 37 M 0.015 0.017 0.048 0.063 0.055 0.070 0.154 0.157 0.176 0.145 0.100 38 R 0.012 0.025 0.059 0.132 0.153 0.159 0.200 0.114 0.081 0.044 0.020 39 L 0.008 0.011 0.029 0.040 0.043 0.066 0.141 0.155 0.202 0.183 0.121 40 K 0.071 0.102 0.072 0.192 0.157 0.134 0.128 0.064 0.044 0.025 0.012 41 H 0.080 0.066 0.065 0.101 0.084 0.116 0.163 0.117 0.098 0.065 0.044 42 D 0.297 0.214 0.069 0.130 0.083 0.064 0.066 0.032 0.022 0.015 0.008 43 G 0.444 0.229 0.063 0.116 0.055 0.037 0.029 0.011 0.008 0.005 0.003 44 L 0.082 0.077 0.036 0.126 0.125 0.096 0.125 0.094 0.100 0.075 0.063 45 K 0.054 0.107 0.080 0.230 0.196 0.139 0.118 0.044 0.020 0.007 0.003 46 K 0.004 0.027 0.036 0.209 0.272 0.218 0.145 0.057 0.021 0.008 0.003 47 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.077 0.206 0.274 0.259 0.163 48 W 0.001 0.001 0.002 0.017 0.045 0.095 0.211 0.236 0.198 0.119 0.076 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.094 0.222 0.334 0.308 50 S 0.001 0.002 0.002 0.018 0.028 0.048 0.162 0.210 0.237 0.177 0.114 51 T 0.001 0.004 0.003 0.011 0.014 0.026 0.107 0.176 0.245 0.240 0.173 52 N 0.066 0.089 0.043 0.178 0.183 0.138 0.137 0.079 0.047 0.027 0.014 53 T 0.104 0.148 0.064 0.166 0.167 0.130 0.119 0.055 0.028 0.013 0.005 54 S 0.283 0.185 0.059 0.144 0.108 0.073 0.068 0.034 0.024 0.015 0.007 55 T 0.206 0.145 0.078 0.173 0.122 0.092 0.095 0.042 0.029 0.012 0.006 56 R 0.302 0.212 0.111 0.148 0.086 0.063 0.045 0.017 0.009 0.004 0.003 57 M 0.009 0.037 0.033 0.086 0.098 0.163 0.231 0.147 0.102 0.064 0.031 58 V 0.009 0.006 0.019 0.037 0.081 0.157 0.287 0.168 0.130 0.072 0.035 59 E 0.096 0.080 0.484 0.220 0.074 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 60 R 0.004 0.024 0.116 0.213 0.210 0.185 0.156 0.054 0.023 0.010 0.004 61 L 0.001 0.002 0.016 0.007 0.009 0.016 0.066 0.109 0.201 0.257 0.316 62 K 0.010 0.027 0.230 0.228 0.223 0.145 0.101 0.023 0.009 0.003 0.001 63 K 0.040 0.086 0.685 0.129 0.039 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.017 0.039 0.037 0.100 0.131 0.158 0.251 0.126 0.070 0.046 0.027 65 N 0.297 0.138 0.044 0.099 0.088 0.086 0.124 0.063 0.036 0.016 0.008 66 K 0.019 0.083 0.087 0.268 0.246 0.173 0.088 0.021 0.009 0.004 0.002 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.103 0.240 0.337 0.278 68 C 0.001 0.006 0.006 0.060 0.098 0.163 0.275 0.170 0.119 0.061 0.041 69 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.054 0.123 0.237 0.311 0.254 70 Y 0.001 0.002 0.002 0.019 0.037 0.077 0.181 0.224 0.219 0.150 0.089 71 F 0.001 0.002 0.002 0.011 0.019 0.031 0.109 0.184 0.242 0.243 0.156 72 V 0.002 0.008 0.006 0.071 0.113 0.124 0.190 0.181 0.165 0.095 0.043 73 D 0.029 0.065 0.030 0.173 0.170 0.178 0.173 0.099 0.056 0.021 0.007 74 D 0.301 0.196 0.076 0.217 0.099 0.053 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 75 N 0.475 0.180 0.065 0.116 0.060 0.040 0.033 0.014 0.009 0.005 0.002 76 K 0.157 0.189 0.057 0.228 0.141 0.096 0.075 0.030 0.017 0.007 0.003 77 F 0.028 0.051 0.029 0.105 0.147 0.175 0.171 0.116 0.096 0.055 0.026 78 A 0.010 0.033 0.041 0.151 0.170 0.189 0.216 0.102 0.053 0.025 0.010 79 G 0.008 0.015 0.025 0.084 0.121 0.165 0.211 0.151 0.113 0.073 0.034 80 L 0.002 0.003 0.007 0.016 0.017 0.023 0.090 0.164 0.234 0.254 0.189 81 M 0.004 0.018 0.038 0.170 0.211 0.181 0.155 0.103 0.067 0.036 0.016 82 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.012 0.053 0.106 0.237 0.277 0.292 83 V 0.023 0.074 0.083 0.359 0.245 0.102 0.074 0.025 0.010 0.003 0.001 84 G 0.018 0.025 0.015 0.042 0.050 0.087 0.248 0.191 0.173 0.103 0.048 85 T 0.060 0.184 0.175 0.365 0.149 0.048 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 86 I 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.010 0.054 0.108 0.254 0.285 0.275 87 E 0.027 0.097 0.083 0.347 0.251 0.110 0.058 0.016 0.007 0.002 0.001 88 I 0.017 0.055 0.028 0.076 0.089 0.109 0.208 0.155 0.145 0.085 0.035 89 L 0.022 0.034 0.061 0.142 0.140 0.148 0.165 0.109 0.088 0.057 0.036 90 H 0.130 0.179 0.136 0.191 0.149 0.085 0.073 0.029 0.017 0.008 0.004 91 D 0.055 0.144 0.097 0.199 0.143 0.110 0.121 0.064 0.039 0.021 0.007 92 R 0.363 0.172 0.147 0.155 0.082 0.040 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 93 A 0.492 0.124 0.138 0.094 0.050 0.035 0.034 0.014 0.010 0.005 0.003 94 S 0.042 0.087 0.106 0.150 0.127 0.146 0.178 0.083 0.049 0.023 0.009 95 K 0.056 0.053 0.101 0.145 0.136 0.171 0.180 0.082 0.047 0.020 0.007 96 E 0.084 0.100 0.483 0.175 0.083 0.041 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 97 M 0.033 0.076 0.243 0.210 0.156 0.112 0.096 0.038 0.021 0.010 0.004 98 L 0.019 0.018 0.032 0.041 0.054 0.079 0.172 0.158 0.176 0.158 0.093 99 W 0.005 0.014 0.038 0.053 0.087 0.147 0.259 0.155 0.127 0.071 0.043 100 T 0.038 0.108 0.331 0.215 0.146 0.079 0.048 0.017 0.011 0.005 0.002 101 D 0.328 0.174 0.113 0.173 0.097 0.055 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 102 G 0.225 0.131 0.059 0.101 0.080 0.080 0.116 0.072 0.069 0.043 0.025 103 C 0.010 0.016 0.020 0.050 0.079 0.141 0.238 0.164 0.138 0.089 0.054 104 E 0.063 0.129 0.220 0.291 0.147 0.075 0.045 0.016 0.008 0.004 0.002 105 I 0.021 0.046 0.123 0.123 0.140 0.159 0.195 0.094 0.058 0.028 0.013 106 Y 0.011 0.017 0.016 0.049 0.066 0.092 0.174 0.166 0.176 0.138 0.095 107 Y 0.005 0.009 0.007 0.028 0.057 0.091 0.195 0.177 0.189 0.139 0.103 108 P 0.356 0.225 0.163 0.139 0.059 0.029 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 109 L 0.188 0.089 0.043 0.124 0.135 0.132 0.161 0.067 0.036 0.019 0.007 110 G 0.390 0.187 0.037 0.105 0.067 0.053 0.056 0.034 0.030 0.023 0.019 111 I 0.044 0.067 0.038 0.123 0.134 0.158 0.175 0.102 0.081 0.051 0.027 112 D 0.408 0.254 0.102 0.125 0.052 0.031 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 113 D 0.030 0.052 0.029 0.113 0.130 0.154 0.204 0.139 0.079 0.045 0.023 114 P 0.173 0.095 0.032 0.113 0.126 0.124 0.134 0.079 0.060 0.039 0.026 115 D 0.092 0.178 0.100 0.305 0.181 0.081 0.042 0.012 0.006 0.003 0.002 116 Y 0.002 0.002 0.002 0.012 0.021 0.041 0.134 0.194 0.244 0.230 0.119 117 T 0.004 0.020 0.030 0.154 0.205 0.219 0.200 0.081 0.047 0.023 0.016 118 A 0.001 0.002 0.003 0.013 0.015 0.027 0.098 0.185 0.243 0.253 0.159 119 L 0.001 0.002 0.004 0.023 0.040 0.066 0.188 0.219 0.207 0.154 0.094 120 C 0.005 0.020 0.028 0.084 0.081 0.089 0.172 0.157 0.164 0.116 0.084 121 F 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 0.031 0.094 0.153 0.251 0.256 0.183 122 T 0.023 0.185 0.074 0.320 0.204 0.094 0.064 0.021 0.010 0.003 0.001 123 A 0.008 0.010 0.007 0.027 0.036 0.047 0.126 0.164 0.242 0.197 0.137 124 E 0.357 0.198 0.079 0.197 0.094 0.043 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 125 W 0.036 0.118 0.035 0.210 0.179 0.156 0.152 0.062 0.033 0.014 0.005 126 G 0.012 0.009 0.008 0.020 0.024 0.042 0.086 0.129 0.224 0.235 0.210 127 N 0.138 0.179 0.088 0.260 0.166 0.090 0.051 0.016 0.008 0.003 0.002 128 Y 0.007 0.021 0.025 0.063 0.083 0.103 0.194 0.178 0.164 0.110 0.051 129 Y 0.010 0.018 0.015 0.064 0.084 0.116 0.192 0.154 0.153 0.110 0.082 130 R 0.150 0.127 0.088 0.197 0.150 0.105 0.096 0.042 0.026 0.013 0.006 131 H 0.074 0.114 0.075 0.156 0.132 0.115 0.128 0.084 0.065 0.040 0.017 132 L 0.155 0.149 0.064 0.132 0.107 0.107 0.117 0.070 0.052 0.031 0.016 133 K 0.282 0.131 0.071 0.158 0.117 0.088 0.081 0.034 0.021 0.011 0.006 134 N 0.200 0.193 0.121 0.192 0.118 0.075 0.051 0.023 0.015 0.008 0.004 135 I 0.020 0.028 0.024 0.069 0.075 0.113 0.204 0.166 0.151 0.099 0.049 136 T 0.039 0.040 0.058 0.117 0.123 0.141 0.184 0.115 0.091 0.057 0.034 137 F 0.022 0.036 0.161 0.149 0.132 0.130 0.154 0.088 0.067 0.039 0.022 138 K 0.007 0.041 0.099 0.200 0.188 0.165 0.156 0.069 0.044 0.022 0.010 139 I 0.002 0.002 0.006 0.007 0.009 0.017 0.076 0.126 0.234 0.268 0.253 140 D 0.036 0.038 0.101 0.204 0.191 0.177 0.138 0.057 0.036 0.016 0.007 141 E 0.007 0.033 0.113 0.155 0.155 0.168 0.196 0.090 0.051 0.023 0.009 142 I 0.005 0.007 0.025 0.023 0.020 0.029 0.097 0.141 0.212 0.236 0.204 143 Y 0.006 0.008 0.021 0.043 0.059 0.091 0.202 0.179 0.180 0.135 0.075 144 N 0.040 0.113 0.240 0.233 0.159 0.090 0.063 0.030 0.019 0.009 0.004 145 Y 0.032 0.038 0.031 0.069 0.089 0.130 0.210 0.151 0.128 0.083 0.040