# TARGET T0379 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 926 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.367 0.406 0.165 0.050 0.011 0.001 0.001 2 I 0.019 0.087 0.181 0.351 0.282 0.077 0.002 3 R 0.002 0.021 0.070 0.220 0.373 0.293 0.022 4 N 0.001 0.001 0.003 0.021 0.110 0.529 0.336 5 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.229 0.740 6 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.099 0.892 7 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.165 0.814 8 D 0.001 0.002 0.007 0.024 0.081 0.349 0.537 9 L 0.001 0.002 0.005 0.023 0.099 0.371 0.500 10 G 0.003 0.025 0.062 0.137 0.210 0.323 0.239 11 G 0.008 0.028 0.068 0.146 0.246 0.338 0.167 12 V 0.005 0.010 0.027 0.075 0.167 0.404 0.311 13 L 0.004 0.006 0.014 0.044 0.128 0.413 0.390 14 I 0.004 0.005 0.010 0.028 0.100 0.397 0.455 15 H 0.009 0.027 0.063 0.136 0.213 0.338 0.213 16 L 0.015 0.036 0.064 0.131 0.252 0.342 0.161 17 N 0.051 0.127 0.169 0.224 0.209 0.164 0.057 18 R 0.136 0.188 0.188 0.192 0.153 0.110 0.032 19 E 0.081 0.136 0.171 0.201 0.204 0.159 0.048 20 E 0.056 0.082 0.108 0.181 0.246 0.259 0.068 21 S 0.091 0.149 0.191 0.208 0.189 0.141 0.029 22 I 0.110 0.246 0.253 0.196 0.113 0.069 0.013 23 R 0.027 0.061 0.103 0.200 0.307 0.255 0.047 24 R 0.025 0.043 0.073 0.166 0.295 0.332 0.066 25 F 0.101 0.223 0.250 0.228 0.128 0.063 0.008 26 K 0.140 0.272 0.250 0.188 0.104 0.041 0.005 27 A 0.058 0.079 0.118 0.219 0.291 0.212 0.024 28 I 0.089 0.104 0.168 0.264 0.238 0.123 0.012 29 G 0.392 0.320 0.156 0.081 0.035 0.014 0.002 30 V 0.341 0.274 0.176 0.123 0.060 0.022 0.003 31 A 0.197 0.157 0.181 0.210 0.166 0.079 0.010 32 D 0.359 0.243 0.159 0.116 0.078 0.039 0.006 33 I 0.284 0.200 0.165 0.175 0.117 0.050 0.008 34 E 0.387 0.257 0.153 0.110 0.062 0.027 0.004 35 E 0.233 0.178 0.166 0.177 0.148 0.084 0.014 36 M 0.246 0.184 0.158 0.171 0.140 0.083 0.017 37 L 0.308 0.222 0.164 0.144 0.098 0.053 0.011 38 D 0.335 0.228 0.155 0.134 0.088 0.049 0.011 39 P 0.289 0.213 0.163 0.144 0.107 0.068 0.015 40 Y 0.205 0.168 0.158 0.177 0.157 0.110 0.025 41 L 0.218 0.165 0.155 0.173 0.157 0.109 0.023 42 Q 0.278 0.198 0.157 0.148 0.116 0.083 0.020 43 K 0.252 0.172 0.145 0.157 0.142 0.108 0.025 44 G 0.250 0.172 0.148 0.157 0.139 0.106 0.027 45 L 0.252 0.156 0.143 0.160 0.149 0.113 0.027 46 F 0.298 0.180 0.139 0.143 0.125 0.092 0.022 47 L 0.321 0.190 0.143 0.140 0.113 0.075 0.018 48 D 0.318 0.206 0.150 0.136 0.103 0.068 0.017 49 L 0.263 0.171 0.149 0.161 0.137 0.095 0.023 50 E 0.313 0.196 0.145 0.138 0.111 0.078 0.020 51 S 0.279 0.198 0.160 0.146 0.117 0.081 0.018 52 G 0.236 0.168 0.147 0.168 0.150 0.108 0.023 53 R 0.232 0.179 0.155 0.163 0.141 0.105 0.025 54 K 0.247 0.184 0.158 0.159 0.135 0.096 0.022 55 S 0.195 0.162 0.150 0.172 0.166 0.126 0.028 56 E 0.219 0.165 0.155 0.173 0.151 0.111 0.025 57 E 0.315 0.203 0.153 0.139 0.106 0.069 0.014 58 E 0.322 0.208 0.157 0.137 0.101 0.063 0.012 59 F 0.252 0.168 0.149 0.166 0.149 0.098 0.018 60 R 0.267 0.181 0.158 0.160 0.133 0.086 0.015 61 T 0.328 0.202 0.150 0.140 0.105 0.065 0.011 62 E 0.339 0.219 0.153 0.136 0.093 0.052 0.008 63 L 0.316 0.195 0.157 0.152 0.110 0.061 0.009 64 S 0.385 0.205 0.142 0.126 0.089 0.046 0.007 65 R 0.459 0.222 0.134 0.097 0.057 0.027 0.005 66 Y 0.447 0.221 0.138 0.106 0.059 0.025 0.004 67 I 0.463 0.232 0.134 0.095 0.051 0.021 0.003 68 G 0.425 0.238 0.149 0.105 0.056 0.024 0.004 69 K 0.348 0.220 0.160 0.138 0.087 0.040 0.006 70 E 0.330 0.219 0.161 0.140 0.094 0.047 0.008 71 L 0.406 0.235 0.140 0.109 0.069 0.035 0.007 72 T 0.308 0.233 0.169 0.143 0.092 0.045 0.009 73 Y 0.212 0.180 0.167 0.188 0.152 0.085 0.016 74 Q 0.213 0.194 0.178 0.182 0.138 0.080 0.015 75 Q 0.294 0.239 0.169 0.138 0.095 0.055 0.009 76 V 0.168 0.179 0.170 0.186 0.162 0.113 0.022 77 Y 0.102 0.107 0.135 0.207 0.234 0.182 0.033 78 D 0.163 0.182 0.174 0.187 0.162 0.111 0.021 79 A 0.241 0.218 0.169 0.159 0.121 0.077 0.014 80 L 0.165 0.167 0.171 0.201 0.174 0.105 0.017 81 L 0.122 0.127 0.160 0.227 0.216 0.130 0.019 82 G 0.229 0.196 0.176 0.182 0.139 0.068 0.010 83 F 0.314 0.274 0.181 0.127 0.070 0.030 0.004 84 L 0.197 0.231 0.206 0.186 0.117 0.055 0.007 85 E 0.089 0.094 0.124 0.233 0.265 0.179 0.017 86 E 0.159 0.260 0.231 0.179 0.113 0.051 0.007 87 I 0.049 0.115 0.171 0.299 0.260 0.099 0.007 88 S 0.025 0.140 0.293 0.314 0.181 0.045 0.002 89 A 0.367 0.404 0.160 0.052 0.013 0.004 0.001 90 E 0.036 0.230 0.339 0.270 0.103 0.020 0.003 91 K 0.002 0.007 0.025 0.113 0.428 0.393 0.032 92 F 0.012 0.166 0.372 0.310 0.116 0.024 0.001 93 D 0.038 0.439 0.366 0.129 0.024 0.005 0.001 94 Y 0.002 0.009 0.036 0.166 0.463 0.311 0.014 95 I 0.001 0.004 0.019 0.145 0.443 0.367 0.021 96 D 0.054 0.502 0.334 0.092 0.015 0.002 0.001 97 S 0.066 0.359 0.382 0.157 0.031 0.004 0.001 98 L 0.001 0.010 0.044 0.257 0.536 0.149 0.003 99 R 0.053 0.222 0.349 0.287 0.082 0.007 0.001 100 P 0.531 0.402 0.056 0.009 0.001 0.001 0.001 101 D 0.072 0.466 0.359 0.094 0.009 0.001 0.001 102 Y 0.002 0.039 0.169 0.417 0.337 0.036 0.001 103 R 0.001 0.012 0.085 0.303 0.401 0.195 0.004 104 L 0.001 0.001 0.001 0.014 0.131 0.650 0.205 105 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.372 0.599 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.121 0.873 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.098 0.897 108 S 0.001 0.001 0.004 0.016 0.076 0.367 0.537 109 N 0.001 0.010 0.036 0.108 0.278 0.389 0.178 110 T 0.009 0.044 0.096 0.188 0.287 0.273 0.103 111 N 0.076 0.186 0.222 0.220 0.174 0.097 0.024 112 P 0.137 0.176 0.211 0.213 0.149 0.090 0.024 113 Y 0.246 0.228 0.196 0.156 0.097 0.062 0.015 114 V 0.103 0.152 0.209 0.213 0.190 0.112 0.021 115 L 0.068 0.085 0.136 0.221 0.265 0.195 0.030 116 D 0.219 0.232 0.219 0.167 0.099 0.055 0.010 117 L 0.217 0.220 0.206 0.175 0.111 0.060 0.010 118 A 0.162 0.154 0.174 0.225 0.191 0.085 0.009 119 M 0.150 0.174 0.186 0.211 0.181 0.088 0.011 120 S 0.381 0.289 0.165 0.105 0.043 0.016 0.002 121 P 0.488 0.223 0.118 0.084 0.053 0.031 0.005 122 R 0.372 0.176 0.146 0.139 0.103 0.054 0.009 123 F 0.413 0.212 0.145 0.111 0.075 0.037 0.007 124 L 0.441 0.185 0.130 0.120 0.079 0.038 0.007 125 P 0.442 0.247 0.143 0.089 0.048 0.025 0.006 126 S 0.289 0.194 0.156 0.174 0.122 0.057 0.009 127 G 0.190 0.215 0.222 0.198 0.118 0.051 0.007 128 R 0.300 0.217 0.159 0.151 0.113 0.054 0.006 129 T 0.202 0.259 0.222 0.192 0.091 0.030 0.005 130 L 0.067 0.072 0.109 0.218 0.295 0.205 0.034 131 D 0.089 0.192 0.257 0.261 0.148 0.047 0.007 132 S 0.184 0.271 0.211 0.170 0.111 0.046 0.006 133 F 0.057 0.118 0.169 0.245 0.234 0.152 0.024 134 F 0.025 0.030 0.049 0.121 0.273 0.411 0.091 135 D 0.051 0.139 0.201 0.254 0.202 0.127 0.027 136 K 0.048 0.085 0.124 0.196 0.244 0.242 0.061 137 V 0.025 0.029 0.045 0.104 0.217 0.395 0.185 138 Y 0.027 0.033 0.053 0.122 0.217 0.365 0.184 139 A 0.069 0.113 0.138 0.179 0.211 0.209 0.082 140 S 0.096 0.130 0.135 0.178 0.197 0.186 0.078 141 C 0.108 0.145 0.159 0.199 0.183 0.154 0.053 142 Q 0.159 0.196 0.208 0.201 0.142 0.076 0.019 143 M 0.108 0.137 0.164 0.212 0.213 0.134 0.032 144 G 0.219 0.239 0.195 0.170 0.110 0.054 0.013 145 K 0.212 0.229 0.229 0.181 0.100 0.042 0.007 146 Y 0.157 0.194 0.172 0.222 0.162 0.083 0.010 147 K 0.050 0.096 0.138 0.211 0.257 0.209 0.038 148 P 0.069 0.131 0.166 0.229 0.224 0.150 0.030 149 N 0.096 0.318 0.286 0.183 0.082 0.031 0.004 150 E 0.072 0.230 0.328 0.241 0.103 0.023 0.002 151 D 0.192 0.450 0.257 0.081 0.017 0.003 0.001 152 I 0.008 0.039 0.102 0.251 0.406 0.175 0.021 153 F 0.003 0.013 0.038 0.147 0.382 0.380 0.037 154 L 0.017 0.247 0.396 0.265 0.065 0.009 0.001 155 E 0.037 0.221 0.356 0.279 0.092 0.014 0.001 156 M 0.007 0.016 0.025 0.103 0.373 0.448 0.027 157 I 0.009 0.032 0.161 0.442 0.279 0.072 0.004 158 A 0.253 0.561 0.158 0.025 0.003 0.001 0.001 159 D 0.141 0.361 0.289 0.159 0.045 0.006 0.001 160 S 0.010 0.064 0.225 0.396 0.247 0.055 0.003 161 G 0.253 0.468 0.192 0.065 0.019 0.003 0.001 162 M 0.021 0.076 0.147 0.366 0.317 0.068 0.005 163 K 0.118 0.362 0.314 0.157 0.042 0.006 0.001 164 P 0.031 0.096 0.157 0.277 0.314 0.115 0.010 165 E 0.036 0.197 0.265 0.294 0.153 0.049 0.005 166 E 0.006 0.052 0.134 0.275 0.314 0.195 0.024 167 T 0.001 0.001 0.006 0.029 0.141 0.537 0.286 168 L 0.001 0.001 0.003 0.015 0.067 0.390 0.524 169 F 0.001 0.002 0.005 0.017 0.053 0.288 0.634 170 I 0.001 0.002 0.005 0.020 0.070 0.337 0.565 171 D 0.003 0.015 0.037 0.089 0.173 0.351 0.331 172 D 0.004 0.016 0.038 0.103 0.256 0.379 0.205 173 G 0.012 0.072 0.146 0.222 0.273 0.216 0.059 174 P 0.043 0.145 0.229 0.268 0.191 0.104 0.020 175 A 0.140 0.300 0.237 0.166 0.105 0.042 0.009 176 N 0.025 0.092 0.185 0.261 0.251 0.154 0.031 177 V 0.005 0.027 0.088 0.235 0.382 0.233 0.030 178 A 0.050 0.285 0.313 0.222 0.094 0.030 0.005 179 T 0.025 0.081 0.178 0.288 0.251 0.156 0.022 180 A 0.005 0.009 0.017 0.062 0.262 0.517 0.129 181 E 0.034 0.131 0.244 0.336 0.178 0.068 0.010 182 R 0.067 0.200 0.253 0.242 0.159 0.070 0.010 183 L 0.010 0.039 0.069 0.166 0.317 0.327 0.073 184 G 0.005 0.034 0.090 0.182 0.254 0.351 0.084 185 F 0.001 0.002 0.012 0.054 0.178 0.502 0.251 186 H 0.001 0.009 0.028 0.112 0.287 0.406 0.158 187 T 0.001 0.001 0.004 0.013 0.064 0.391 0.528 188 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.037 0.319 0.634 189 C 0.001 0.007 0.020 0.072 0.192 0.429 0.279 190 P 0.003 0.007 0.018 0.060 0.224 0.468 0.221 191 D 0.029 0.100 0.180 0.258 0.262 0.144 0.027 192 N 0.134 0.267 0.284 0.207 0.081 0.024 0.003 193 G 0.281 0.318 0.187 0.129 0.065 0.019 0.002 194 E 0.449 0.264 0.150 0.090 0.037 0.010 0.001 195 N 0.453 0.310 0.152 0.061 0.018 0.005 0.001 196 W 0.365 0.241 0.168 0.135 0.071 0.018 0.001 197 I 0.282 0.275 0.213 0.151 0.064 0.013 0.001 198 P 0.590 0.279 0.091 0.031 0.007 0.001 0.001 199 A 0.394 0.313 0.176 0.088 0.024 0.004 0.001 200 I 0.162 0.132 0.188 0.253 0.201 0.061 0.004 201 T 0.417 0.283 0.173 0.092 0.029 0.005 0.001 202 R 0.544 0.274 0.115 0.047 0.016 0.004 0.001 203 L 0.195 0.166 0.201 0.239 0.151 0.043 0.004 204 L 0.402 0.273 0.179 0.100 0.038 0.009 0.001 205 R 0.662 0.213 0.079 0.034 0.010 0.002 0.001 206 E 0.683 0.168 0.075 0.049 0.019 0.005 0.001 207 Q 0.662 0.132 0.082 0.068 0.042 0.013 0.001 208 K 0.745 0.149 0.060 0.031 0.011 0.003 0.001