# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4630 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.175 0.021 0.053 0.043 0.054 0.126 0.032 0.495 2 I 0.120 0.011 0.136 0.079 0.115 0.159 0.021 0.360 3 R 0.017 0.007 0.347 0.173 0.166 0.060 0.006 0.224 4 N 0.007 0.003 0.320 0.116 0.172 0.053 0.004 0.325 5 I 0.005 0.001 0.749 0.092 0.112 0.014 0.002 0.025 6 V 0.001 0.001 0.832 0.078 0.058 0.005 0.001 0.024 7 F 0.001 0.001 0.764 0.090 0.095 0.006 0.001 0.043 8 D 0.001 0.001 0.572 0.106 0.197 0.028 0.001 0.095 9 L 0.003 0.001 0.354 0.063 0.184 0.095 0.003 0.297 10 G 0.005 0.001 0.039 0.010 0.031 0.630 0.010 0.275 11 G 0.297 0.001 0.039 0.028 0.013 0.146 0.068 0.407 12 V 0.307 0.002 0.154 0.029 0.048 0.323 0.008 0.130 13 L 0.017 0.003 0.087 0.169 0.271 0.109 0.003 0.340 14 I 0.014 0.005 0.080 0.230 0.563 0.036 0.001 0.070 15 H 0.016 0.008 0.043 0.197 0.418 0.073 0.004 0.241 16 L 0.047 0.013 0.064 0.102 0.236 0.094 0.007 0.437 17 N 0.032 0.017 0.015 0.038 0.071 0.279 0.007 0.542 18 R 0.049 0.016 0.012 0.009 0.031 0.110 0.007 0.766 19 E 0.011 0.036 0.006 0.004 0.011 0.113 0.002 0.818 20 E 0.022 0.084 0.003 0.002 0.005 0.303 0.004 0.577 21 S 0.041 0.604 0.003 0.002 0.004 0.127 0.004 0.216 22 I 0.006 0.946 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.039 23 R 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 24 R 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 25 F 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 26 K 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 27 A 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 28 I 0.087 0.854 0.005 0.002 0.001 0.001 0.041 0.011 29 G 0.633 0.117 0.015 0.003 0.002 0.003 0.154 0.073 30 V 0.065 0.065 0.686 0.014 0.012 0.018 0.013 0.127 31 A 0.004 0.019 0.033 0.007 0.010 0.038 0.003 0.886 32 D 0.015 0.026 0.040 0.007 0.013 0.055 0.004 0.839 33 I 0.068 0.092 0.104 0.015 0.025 0.118 0.008 0.571 34 E 0.049 0.118 0.071 0.015 0.023 0.204 0.009 0.512 35 E 0.133 0.220 0.027 0.016 0.030 0.204 0.015 0.356 36 M 0.213 0.447 0.019 0.015 0.022 0.074 0.017 0.196 37 L 0.205 0.416 0.038 0.019 0.026 0.038 0.047 0.211 38 D 0.136 0.287 0.058 0.037 0.045 0.069 0.021 0.347 39 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 40 Y 0.064 0.091 0.017 0.026 0.066 0.295 0.014 0.426 41 L 0.339 0.162 0.030 0.017 0.021 0.119 0.027 0.285 42 Q 0.102 0.378 0.028 0.023 0.025 0.093 0.017 0.335 43 K 0.144 0.150 0.041 0.016 0.031 0.072 0.022 0.524 44 G 0.079 0.108 0.018 0.013 0.015 0.101 0.017 0.649 45 L 0.176 0.119 0.031 0.024 0.036 0.189 0.029 0.396 46 F 0.194 0.215 0.038 0.035 0.063 0.104 0.014 0.338 47 L 0.067 0.228 0.065 0.073 0.144 0.071 0.007 0.344 48 D 0.026 0.323 0.029 0.103 0.122 0.048 0.007 0.341 49 L 0.074 0.338 0.046 0.053 0.163 0.045 0.014 0.267 50 E 0.088 0.530 0.027 0.057 0.079 0.083 0.016 0.119 51 S 0.166 0.459 0.038 0.046 0.050 0.044 0.043 0.153 52 G 0.512 0.141 0.022 0.017 0.019 0.025 0.067 0.197 53 R 0.396 0.075 0.129 0.019 0.027 0.087 0.033 0.235 54 K 0.038 0.034 0.025 0.012 0.017 0.136 0.010 0.729 55 S 0.069 0.055 0.023 0.011 0.027 0.175 0.009 0.630 56 E 0.023 0.031 0.012 0.003 0.012 0.079 0.003 0.838 57 E 0.017 0.046 0.006 0.001 0.005 0.264 0.003 0.658 58 E 0.032 0.184 0.002 0.001 0.002 0.425 0.003 0.350 59 F 0.024 0.870 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.091 60 R 0.006 0.935 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.048 61 T 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 62 E 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 63 L 0.017 0.965 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 64 S 0.024 0.921 0.006 0.003 0.004 0.004 0.009 0.029 65 R 0.066 0.813 0.012 0.004 0.004 0.008 0.022 0.070 66 Y 0.172 0.636 0.026 0.005 0.005 0.016 0.043 0.097 67 I 0.162 0.547 0.044 0.010 0.009 0.028 0.048 0.154 68 G 0.126 0.283 0.086 0.016 0.017 0.038 0.039 0.396 69 K 0.142 0.115 0.099 0.015 0.021 0.121 0.028 0.460 70 E 0.074 0.057 0.030 0.007 0.010 0.078 0.013 0.732 71 L 0.134 0.080 0.060 0.014 0.020 0.130 0.010 0.552 72 T 0.046 0.063 0.024 0.011 0.014 0.326 0.008 0.508 73 Y 0.037 0.073 0.021 0.005 0.019 0.038 0.004 0.803 74 Q 0.016 0.106 0.007 0.003 0.009 0.273 0.003 0.584 75 Q 0.051 0.238 0.002 0.002 0.003 0.383 0.005 0.315 76 V 0.019 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.059 77 Y 0.003 0.958 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.031 78 D 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 79 A 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 80 L 0.026 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.014 81 L 0.023 0.918 0.007 0.002 0.003 0.004 0.008 0.036 82 G 0.091 0.751 0.007 0.003 0.002 0.009 0.028 0.110 83 F 0.187 0.604 0.034 0.003 0.003 0.012 0.044 0.114 84 L 0.096 0.614 0.045 0.008 0.009 0.022 0.024 0.182 85 E 0.056 0.292 0.075 0.012 0.015 0.058 0.027 0.465 86 E 0.095 0.171 0.058 0.017 0.015 0.071 0.024 0.549 87 I 0.128 0.196 0.081 0.010 0.013 0.087 0.015 0.471 88 S 0.070 0.193 0.081 0.014 0.031 0.178 0.014 0.419 89 A 0.016 0.060 0.013 0.003 0.007 0.034 0.003 0.864 90 E 0.032 0.071 0.004 0.002 0.004 0.314 0.005 0.569 91 K 0.252 0.197 0.005 0.001 0.003 0.177 0.014 0.351 92 F 0.022 0.834 0.008 0.002 0.002 0.011 0.003 0.117 93 D 0.009 0.753 0.005 0.002 0.004 0.031 0.003 0.193 94 Y 0.022 0.854 0.003 0.001 0.003 0.011 0.003 0.103 95 I 0.011 0.951 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.028 96 D 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 97 S 0.062 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.028 98 L 0.305 0.505 0.015 0.003 0.004 0.002 0.104 0.063 99 R 0.122 0.580 0.048 0.016 0.028 0.017 0.023 0.166 100 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 101 D 0.178 0.017 0.018 0.019 0.017 0.072 0.093 0.587 102 Y 0.721 0.002 0.110 0.008 0.002 0.010 0.056 0.090 103 R 0.002 0.001 0.948 0.018 0.008 0.008 0.001 0.015 104 L 0.001 0.001 0.635 0.047 0.083 0.018 0.001 0.216 105 F 0.001 0.001 0.966 0.016 0.015 0.001 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.964 0.012 0.010 0.002 0.001 0.012 107 L 0.001 0.001 0.986 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 108 S 0.001 0.001 0.776 0.038 0.066 0.032 0.001 0.087 109 N 0.003 0.001 0.325 0.023 0.088 0.083 0.003 0.475 110 T 0.011 0.001 0.035 0.003 0.010 0.604 0.003 0.335 111 N 0.047 0.001 0.008 0.003 0.005 0.405 0.005 0.525 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.995 113 Y 0.005 0.012 0.005 0.005 0.011 0.471 0.002 0.488 114 V 0.162 0.106 0.006 0.005 0.014 0.363 0.008 0.335 115 L 0.051 0.804 0.006 0.008 0.022 0.016 0.002 0.091 116 D 0.017 0.830 0.006 0.008 0.016 0.023 0.004 0.096 117 L 0.067 0.768 0.009 0.007 0.009 0.020 0.015 0.106 118 A 0.173 0.743 0.004 0.006 0.008 0.009 0.019 0.038 119 M 0.232 0.562 0.037 0.018 0.029 0.012 0.055 0.056 120 S 0.152 0.429 0.043 0.033 0.045 0.035 0.033 0.230 121 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 122 R 0.084 0.080 0.030 0.033 0.048 0.152 0.029 0.545 123 F 0.531 0.023 0.026 0.006 0.007 0.051 0.067 0.289 124 L 0.236 0.063 0.234 0.030 0.039 0.063 0.011 0.324 125 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 126 S 0.025 0.015 0.023 0.011 0.025 0.104 0.005 0.793 127 G 0.315 0.035 0.039 0.010 0.014 0.071 0.021 0.495 128 R 0.326 0.053 0.140 0.024 0.024 0.121 0.018 0.293 129 T 0.095 0.056 0.064 0.020 0.032 0.211 0.011 0.510 130 L 0.112 0.148 0.083 0.024 0.072 0.102 0.008 0.450 131 D 0.030 0.118 0.037 0.015 0.036 0.319 0.008 0.437 132 S 0.112 0.124 0.016 0.008 0.016 0.272 0.017 0.435 133 F 0.229 0.355 0.016 0.008 0.011 0.115 0.020 0.246 134 F 0.128 0.437 0.048 0.018 0.029 0.101 0.032 0.208 135 D 0.063 0.455 0.055 0.031 0.036 0.071 0.024 0.265 136 K 0.110 0.319 0.079 0.037 0.058 0.071 0.032 0.294 137 V 0.162 0.269 0.139 0.053 0.082 0.078 0.028 0.189 138 Y 0.046 0.257 0.289 0.126 0.103 0.040 0.018 0.121 139 A 0.025 0.144 0.189 0.111 0.129 0.049 0.014 0.339 140 S 0.032 0.088 0.187 0.092 0.158 0.048 0.012 0.383 141 C 0.036 0.074 0.088 0.084 0.133 0.104 0.016 0.465 142 Q 0.062 0.052 0.047 0.051 0.071 0.142 0.022 0.553 143 M 0.109 0.062 0.057 0.045 0.067 0.095 0.020 0.544 144 G 0.124 0.054 0.032 0.051 0.049 0.087 0.028 0.574 145 K 0.154 0.032 0.083 0.063 0.077 0.089 0.024 0.480 146 Y 0.114 0.031 0.031 0.030 0.065 0.078 0.027 0.624 147 K 0.244 0.019 0.099 0.094 0.094 0.096 0.011 0.345 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 N 0.009 0.010 0.029 0.025 0.121 0.203 0.002 0.601 150 E 0.042 0.005 0.005 0.001 0.004 0.042 0.002 0.898 151 D 0.039 0.022 0.002 0.002 0.003 0.326 0.002 0.604 152 I 0.086 0.108 0.002 0.001 0.002 0.504 0.003 0.294 153 F 0.018 0.865 0.003 0.001 0.003 0.021 0.002 0.087 154 L 0.002 0.955 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.031 155 E 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 156 M 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 157 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 158 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 159 D 0.043 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 160 S 0.293 0.523 0.006 0.002 0.001 0.001 0.158 0.016 161 G 0.770 0.010 0.013 0.001 0.001 0.002 0.152 0.052 162 M 0.024 0.007 0.919 0.007 0.006 0.006 0.008 0.024 163 K 0.003 0.002 0.023 0.010 0.014 0.057 0.001 0.891 164 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 165 E 0.004 0.001 0.075 0.017 0.032 0.436 0.002 0.433 166 E 0.632 0.001 0.065 0.007 0.006 0.145 0.014 0.130 167 T 0.472 0.014 0.192 0.051 0.068 0.044 0.005 0.154 168 L 0.016 0.007 0.654 0.122 0.118 0.020 0.002 0.061 169 F 0.012 0.008 0.310 0.125 0.191 0.043 0.003 0.308 170 I 0.009 0.007 0.475 0.136 0.262 0.021 0.003 0.088 171 D 0.007 0.007 0.109 0.053 0.132 0.136 0.006 0.549 172 D 0.053 0.006 0.097 0.022 0.054 0.123 0.019 0.626 173 G 0.049 0.003 0.011 0.004 0.007 0.304 0.005 0.617 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.989 175 A 0.010 0.006 0.009 0.004 0.010 0.436 0.002 0.523 176 N 0.103 0.044 0.010 0.004 0.008 0.354 0.006 0.471 177 V 0.048 0.505 0.016 0.007 0.019 0.034 0.002 0.370 178 A 0.021 0.347 0.008 0.004 0.013 0.252 0.003 0.351 179 T 0.044 0.695 0.002 0.003 0.006 0.131 0.003 0.115 180 A 0.019 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 181 E 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 182 R 0.021 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 183 L 0.112 0.824 0.005 0.003 0.002 0.001 0.045 0.008 184 G 0.815 0.019 0.007 0.004 0.002 0.002 0.129 0.022 185 F 0.022 0.014 0.875 0.009 0.007 0.010 0.007 0.056 186 H 0.011 0.025 0.429 0.106 0.093 0.060 0.009 0.266 187 T 0.010 0.005 0.305 0.020 0.036 0.042 0.004 0.578 188 Y 0.007 0.005 0.830 0.038 0.040 0.020 0.003 0.058 189 C 0.005 0.003 0.767 0.047 0.028 0.022 0.002 0.126 190 P 0.001 0.001 0.032 0.007 0.012 0.005 0.001 0.942 191 D 0.006 0.003 0.225 0.052 0.137 0.148 0.003 0.426 192 N 0.041 0.005 0.052 0.024 0.038 0.136 0.007 0.697 193 G 0.076 0.008 0.033 0.015 0.036 0.159 0.008 0.665 194 E 0.087 0.008 0.017 0.010 0.021 0.359 0.007 0.492 195 N 0.100 0.029 0.012 0.013 0.018 0.185 0.015 0.628 196 W 0.165 0.062 0.014 0.012 0.023 0.103 0.023 0.597 197 I 0.144 0.079 0.028 0.032 0.047 0.108 0.011 0.552 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 199 A 0.016 0.032 0.010 0.022 0.046 0.101 0.005 0.767 200 I 0.392 0.060 0.022 0.013 0.019 0.079 0.016 0.398 201 T 0.076 0.139 0.037 0.024 0.030 0.064 0.007 0.622 202 R 0.046 0.223 0.074 0.037 0.056 0.090 0.006 0.470 203 L 0.063 0.309 0.036 0.022 0.037 0.145 0.010 0.377 204 L 0.108 0.499 0.028 0.019 0.050 0.090 0.012 0.195 205 R 0.066 0.670 0.018 0.019 0.028 0.041 0.010 0.147 206 E 0.082 0.618 0.016 0.014 0.020 0.045 0.023 0.182 207 Q 0.177 0.497 0.019 0.014 0.021 0.031 0.039 0.203 208 K 0.205 0.293 0.016 0.015 0.022 0.040 0.042 0.367