# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2240 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.006 0.005 0.002 0.114 0.831 2 I 0.267 0.013 0.002 0.003 0.097 0.617 3 R 0.476 0.004 0.001 0.001 0.077 0.440 4 N 0.949 0.003 0.001 0.001 0.010 0.037 5 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 6 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 8 D 0.870 0.003 0.001 0.001 0.079 0.045 9 L 0.269 0.004 0.009 0.005 0.584 0.129 10 G 0.051 0.004 0.023 0.005 0.819 0.099 11 G 0.182 0.009 0.029 0.010 0.683 0.087 12 V 0.563 0.017 0.027 0.025 0.208 0.160 13 L 0.821 0.014 0.017 0.024 0.066 0.059 14 I 0.789 0.023 0.013 0.046 0.050 0.078 15 H 0.506 0.019 0.007 0.069 0.169 0.230 16 L 0.087 0.009 0.009 0.141 0.249 0.506 17 N 0.024 0.006 0.013 0.253 0.272 0.432 18 R 0.003 0.001 0.018 0.887 0.066 0.025 19 E 0.002 0.001 0.017 0.911 0.044 0.025 20 E 0.003 0.001 0.011 0.955 0.018 0.011 21 S 0.004 0.001 0.008 0.955 0.016 0.015 22 I 0.005 0.001 0.008 0.959 0.015 0.013 23 R 0.002 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 24 R 0.002 0.001 0.004 0.987 0.003 0.004 25 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 26 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 27 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 28 I 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.006 29 G 0.001 0.001 0.009 0.971 0.010 0.010 30 V 0.001 0.001 0.011 0.959 0.015 0.014 31 A 0.001 0.001 0.009 0.909 0.027 0.053 32 D 0.001 0.002 0.008 0.085 0.101 0.802 33 I 0.007 0.006 0.017 0.037 0.171 0.762 34 E 0.036 0.014 0.084 0.071 0.207 0.588 35 E 0.034 0.019 0.187 0.120 0.284 0.357 36 M 0.033 0.021 0.126 0.150 0.225 0.445 37 L 0.026 0.008 0.049 0.619 0.091 0.207 38 D 0.016 0.002 0.035 0.852 0.047 0.049 39 P 0.007 0.001 0.029 0.903 0.041 0.018 40 Y 0.011 0.003 0.037 0.884 0.050 0.016 41 L 0.009 0.002 0.024 0.912 0.036 0.017 42 Q 0.009 0.001 0.027 0.876 0.044 0.042 43 K 0.008 0.001 0.027 0.778 0.069 0.117 44 G 0.023 0.005 0.044 0.396 0.165 0.367 45 L 0.059 0.017 0.047 0.216 0.239 0.423 46 F 0.078 0.016 0.051 0.253 0.227 0.375 47 L 0.063 0.016 0.041 0.301 0.221 0.359 48 D 0.051 0.014 0.042 0.287 0.244 0.362 49 L 0.016 0.003 0.121 0.639 0.137 0.084 50 E 0.019 0.003 0.101 0.705 0.119 0.054 51 S 0.018 0.005 0.090 0.738 0.103 0.046 52 G 0.045 0.008 0.075 0.572 0.150 0.151 53 R 0.053 0.007 0.082 0.619 0.116 0.123 54 K 0.050 0.009 0.060 0.641 0.106 0.135 55 S 0.028 0.010 0.032 0.668 0.087 0.175 56 E 0.008 0.002 0.036 0.780 0.070 0.104 57 E 0.003 0.001 0.061 0.870 0.039 0.026 58 E 0.003 0.001 0.047 0.893 0.041 0.016 59 F 0.006 0.002 0.047 0.827 0.074 0.044 60 R 0.007 0.002 0.038 0.820 0.064 0.069 61 T 0.012 0.003 0.045 0.766 0.081 0.093 62 E 0.011 0.003 0.041 0.785 0.073 0.087 63 L 0.017 0.004 0.043 0.778 0.066 0.093 64 S 0.015 0.004 0.040 0.759 0.074 0.107 65 R 0.015 0.003 0.048 0.746 0.080 0.108 66 Y 0.019 0.004 0.050 0.707 0.094 0.127 67 I 0.015 0.004 0.035 0.738 0.095 0.114 68 G 0.013 0.003 0.035 0.690 0.102 0.158 69 K 0.011 0.003 0.027 0.726 0.079 0.153 70 E 0.012 0.003 0.021 0.788 0.058 0.117 71 L 0.006 0.002 0.012 0.892 0.035 0.053 72 T 0.007 0.002 0.010 0.891 0.028 0.062 73 Y 0.003 0.001 0.004 0.966 0.009 0.017 74 Q 0.004 0.001 0.003 0.969 0.009 0.013 75 Q 0.003 0.001 0.003 0.980 0.007 0.007 76 V 0.002 0.001 0.002 0.983 0.005 0.007 77 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 78 D 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 79 A 0.002 0.001 0.007 0.969 0.011 0.011 80 L 0.004 0.001 0.012 0.916 0.024 0.041 81 L 0.007 0.002 0.024 0.874 0.042 0.051 82 G 0.010 0.001 0.035 0.785 0.066 0.102 83 F 0.019 0.003 0.039 0.660 0.094 0.184 84 L 0.045 0.008 0.042 0.452 0.168 0.284 85 E 0.100 0.014 0.039 0.308 0.164 0.375 86 E 0.109 0.013 0.041 0.229 0.179 0.430 87 I 0.069 0.028 0.029 0.149 0.150 0.574 88 S 0.033 0.018 0.015 0.100 0.310 0.525 89 A 0.012 0.007 0.085 0.384 0.298 0.213 90 E 0.008 0.003 0.084 0.476 0.289 0.140 91 K 0.023 0.011 0.069 0.734 0.109 0.055 92 F 0.029 0.012 0.038 0.688 0.083 0.149 93 D 0.024 0.012 0.048 0.698 0.109 0.109 94 Y 0.003 0.002 0.119 0.811 0.045 0.020 95 I 0.006 0.003 0.170 0.741 0.057 0.023 96 D 0.002 0.001 0.167 0.743 0.066 0.021 97 S 0.003 0.002 0.134 0.660 0.093 0.107 98 L 0.006 0.018 0.058 0.357 0.187 0.375 99 R 0.004 0.007 0.021 0.013 0.923 0.033 100 P 0.001 0.001 0.075 0.005 0.904 0.015 101 D 0.001 0.001 0.039 0.001 0.938 0.020 102 Y 0.289 0.034 0.008 0.001 0.633 0.035 103 R 0.832 0.003 0.001 0.001 0.021 0.144 104 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 108 S 0.484 0.003 0.001 0.001 0.130 0.381 109 N 0.041 0.004 0.005 0.001 0.391 0.558 110 T 0.012 0.018 0.004 0.004 0.418 0.543 111 N 0.011 0.014 0.009 0.025 0.374 0.569 112 P 0.005 0.003 0.157 0.554 0.196 0.085 113 Y 0.008 0.002 0.151 0.700 0.107 0.031 114 V 0.012 0.003 0.137 0.767 0.063 0.017 115 L 0.040 0.008 0.043 0.837 0.037 0.036 116 D 0.045 0.003 0.053 0.822 0.044 0.034 117 L 0.040 0.002 0.051 0.829 0.048 0.030 118 A 0.042 0.008 0.026 0.807 0.057 0.059 119 M 0.033 0.015 0.045 0.706 0.094 0.107 120 S 0.036 0.009 0.142 0.312 0.192 0.309 121 P 0.027 0.010 0.353 0.191 0.211 0.208 122 R 0.040 0.026 0.304 0.152 0.235 0.242 123 F 0.025 0.024 0.024 0.016 0.424 0.487 124 L 0.010 0.012 0.039 0.038 0.853 0.048 125 P 0.009 0.007 0.018 0.016 0.906 0.043 126 S 0.005 0.005 0.021 0.020 0.919 0.031 127 G 0.026 0.021 0.019 0.019 0.770 0.144 128 R 0.096 0.087 0.034 0.058 0.238 0.488 129 T 0.156 0.092 0.050 0.111 0.209 0.382 130 L 0.097 0.015 0.284 0.325 0.133 0.146 131 D 0.091 0.009 0.243 0.267 0.219 0.170 132 S 0.045 0.002 0.483 0.189 0.211 0.071 133 F 0.074 0.014 0.290 0.322 0.201 0.100 134 F 0.221 0.021 0.107 0.142 0.364 0.145 135 D 0.178 0.002 0.045 0.054 0.393 0.327 136 K 0.790 0.005 0.011 0.030 0.073 0.090 137 V 0.949 0.005 0.002 0.017 0.012 0.016 138 Y 0.953 0.007 0.001 0.014 0.005 0.019 139 A 0.774 0.008 0.004 0.044 0.033 0.136 140 S 0.254 0.004 0.124 0.130 0.190 0.297 141 C 0.102 0.006 0.288 0.082 0.322 0.199 142 Q 0.052 0.017 0.416 0.095 0.314 0.106 143 M 0.046 0.029 0.181 0.184 0.354 0.205 144 G 0.045 0.025 0.130 0.134 0.373 0.292 145 K 0.032 0.014 0.122 0.077 0.347 0.407 146 Y 0.054 0.047 0.032 0.020 0.224 0.623 147 K 0.025 0.037 0.007 0.006 0.174 0.751 148 P 0.013 0.036 0.002 0.010 0.144 0.796 149 N 0.003 0.007 0.001 0.017 0.102 0.871 150 E 0.001 0.001 0.007 0.964 0.016 0.012 151 D 0.001 0.001 0.010 0.981 0.007 0.002 152 I 0.001 0.001 0.012 0.983 0.003 0.001 153 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 154 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 160 S 0.001 0.001 0.006 0.961 0.004 0.028 161 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.988 162 M 0.002 0.006 0.001 0.001 0.030 0.961 163 K 0.025 0.008 0.003 0.001 0.121 0.842 164 P 0.013 0.002 0.739 0.010 0.168 0.068 165 E 0.031 0.001 0.708 0.007 0.193 0.061 166 E 0.237 0.002 0.534 0.011 0.171 0.045 167 T 0.848 0.006 0.007 0.013 0.032 0.095 168 L 0.946 0.005 0.001 0.008 0.008 0.031 169 F 0.960 0.002 0.001 0.008 0.008 0.021 170 I 0.930 0.004 0.001 0.005 0.018 0.043 171 D 0.609 0.012 0.002 0.006 0.148 0.223 172 D 0.147 0.012 0.002 0.005 0.317 0.517 173 G 0.015 0.005 0.002 0.008 0.232 0.738 174 P 0.008 0.005 0.041 0.603 0.219 0.124 175 A 0.002 0.002 0.034 0.880 0.065 0.017 176 N 0.005 0.003 0.033 0.877 0.047 0.036 177 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 178 A 0.002 0.001 0.003 0.987 0.004 0.004 179 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 180 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 181 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.002 182 R 0.002 0.001 0.018 0.957 0.013 0.010 183 L 0.004 0.002 0.026 0.792 0.052 0.124 184 G 0.004 0.001 0.004 0.012 0.057 0.922 185 F 0.032 0.002 0.003 0.001 0.068 0.895 186 H 0.485 0.004 0.004 0.001 0.079 0.427 187 T 0.834 0.007 0.003 0.001 0.028 0.128 188 Y 0.890 0.009 0.002 0.001 0.019 0.079 189 C 0.873 0.004 0.001 0.001 0.032 0.089 190 P 0.700 0.010 0.002 0.001 0.064 0.223 191 D 0.330 0.019 0.005 0.002 0.293 0.351 192 N 0.085 0.019 0.011 0.005 0.505 0.375 193 G 0.022 0.011 0.049 0.007 0.635 0.277 194 E 0.032 0.031 0.122 0.022 0.573 0.220 195 N 0.027 0.022 0.111 0.052 0.503 0.285 196 W 0.014 0.016 0.095 0.168 0.386 0.320 197 I 0.019 0.014 0.049 0.251 0.295 0.372 198 P 0.012 0.007 0.067 0.494 0.233 0.186 199 A 0.016 0.010 0.069 0.684 0.124 0.097 200 I 0.026 0.013 0.057 0.743 0.097 0.063 201 T 0.039 0.006 0.053 0.635 0.127 0.139 202 R 0.027 0.003 0.045 0.693 0.110 0.122 203 L 0.034 0.006 0.032 0.801 0.071 0.057 204 L 0.037 0.003 0.044 0.774 0.077 0.065 205 R 0.042 0.003 0.057 0.750 0.074 0.074 206 E 0.032 0.004 0.029 0.799 0.045 0.092 207 Q 0.032 0.008 0.012 0.578 0.053 0.317 208 K 0.011 0.002 0.002 0.057 0.039 0.888