# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.003 0.003 0.039 0.016 0.020 0.166 0.002 0.001 0.037 0.678 2 A 0.008 0.001 0.001 0.084 0.042 0.037 0.173 0.001 0.001 0.027 0.625 3 M 0.002 0.001 0.001 0.315 0.051 0.060 0.105 0.001 0.001 0.045 0.418 4 L 0.001 0.001 0.001 0.640 0.053 0.059 0.037 0.001 0.001 0.063 0.147 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.862 0.041 0.034 0.006 0.001 0.001 0.034 0.024 6 L 0.001 0.001 0.001 0.898 0.029 0.029 0.004 0.001 0.001 0.017 0.023 7 I 0.001 0.001 0.001 0.899 0.032 0.036 0.004 0.001 0.001 0.010 0.019 8 F 0.001 0.001 0.001 0.749 0.041 0.096 0.019 0.001 0.001 0.038 0.055 9 Y 0.003 0.001 0.001 0.452 0.051 0.175 0.077 0.001 0.001 0.058 0.183 10 D 0.042 0.004 0.001 0.136 0.032 0.058 0.165 0.001 0.004 0.047 0.509 11 I 0.060 0.009 0.003 0.023 0.023 0.021 0.195 0.006 0.003 0.063 0.595 12 T 0.081 0.141 0.001 0.003 0.003 0.003 0.100 0.009 0.001 0.044 0.614 13 D 0.126 0.594 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.010 0.001 0.027 0.212 14 D 0.052 0.549 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.004 0.001 0.146 0.199 15 N 0.010 0.773 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.002 0.001 0.125 0.062 16 L 0.006 0.879 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 0.070 0.031 17 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 18 N 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 19 R 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.006 20 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 E 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.012 23 F 0.011 0.744 0.027 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.017 0.158 0.026 24 L 0.023 0.012 0.476 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.395 0.067 0.013 25 K 0.746 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.004 0.026 0.179 26 K 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.009 0.925 27 K 0.006 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.010 0.876 28 G 0.008 0.020 0.001 0.010 0.008 0.014 0.121 0.005 0.001 0.039 0.775 29 L 0.035 0.150 0.001 0.015 0.011 0.013 0.070 0.003 0.001 0.028 0.674 30 D 0.049 0.383 0.002 0.100 0.019 0.045 0.051 0.005 0.001 0.071 0.275 31 R 0.052 0.077 0.008 0.128 0.031 0.060 0.072 0.003 0.003 0.230 0.335 32 I 0.029 0.153 0.004 0.252 0.083 0.095 0.072 0.006 0.001 0.063 0.241 33 Q 0.044 0.060 0.003 0.189 0.101 0.143 0.066 0.003 0.001 0.101 0.288 34 Y 0.008 0.048 0.003 0.245 0.116 0.177 0.073 0.003 0.001 0.059 0.268 35 S 0.022 0.022 0.004 0.110 0.179 0.282 0.065 0.006 0.002 0.108 0.202 36 V 0.020 0.025 0.008 0.094 0.170 0.185 0.068 0.004 0.003 0.058 0.366 37 F 0.040 0.023 0.003 0.125 0.168 0.253 0.061 0.006 0.001 0.091 0.230 38 M 0.038 0.017 0.002 0.102 0.075 0.146 0.095 0.003 0.001 0.085 0.437 39 G 0.012 0.005 0.001 0.168 0.100 0.160 0.116 0.002 0.001 0.051 0.384 40 D 0.066 0.016 0.002 0.098 0.087 0.130 0.139 0.002 0.001 0.117 0.340 41 L 0.010 0.034 0.002 0.051 0.022 0.030 0.133 0.003 0.001 0.079 0.634 42 N 0.067 0.770 0.001 0.003 0.003 0.005 0.021 0.008 0.001 0.024 0.098 43 S 0.025 0.804 0.002 0.005 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.043 0.100 44 S 0.010 0.922 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.014 0.037 45 R 0.010 0.915 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.031 0.033 46 L 0.007 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.022 0.016 47 K 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.019 48 D 0.013 0.526 0.113 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.049 0.200 0.075 49 V 0.094 0.811 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.001 0.033 0.038 50 E 0.027 0.719 0.009 0.004 0.001 0.002 0.016 0.003 0.007 0.054 0.159 51 A 0.022 0.709 0.002 0.003 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.029 0.186 52 G 0.003 0.886 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.020 0.070 53 L 0.022 0.908 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.022 0.031 54 K 0.013 0.438 0.002 0.017 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.470 0.044 55 I 0.008 0.831 0.007 0.004 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.068 0.062 56 I 0.104 0.700 0.020 0.009 0.003 0.004 0.014 0.025 0.004 0.049 0.068 57 G 0.049 0.639 0.018 0.012 0.003 0.005 0.025 0.008 0.013 0.055 0.172 58 N 0.132 0.409 0.007 0.005 0.003 0.006 0.058 0.008 0.006 0.028 0.337 59 R 0.118 0.422 0.017 0.013 0.003 0.008 0.049 0.041 0.008 0.050 0.270 60 K 0.191 0.143 0.005 0.010 0.009 0.017 0.100 0.011 0.003 0.059 0.451 61 K 0.047 0.076 0.005 0.044 0.013 0.027 0.106 0.002 0.002 0.039 0.638 62 L 0.021 0.032 0.006 0.022 0.015 0.024 0.131 0.003 0.002 0.042 0.702 63 Q 0.105 0.040 0.009 0.037 0.026 0.027 0.129 0.015 0.006 0.074 0.531 64 E 0.344 0.029 0.005 0.018 0.006 0.011 0.075 0.011 0.004 0.059 0.439 65 D 0.138 0.003 0.005 0.018 0.004 0.012 0.084 0.003 0.003 0.061 0.669 66 E 0.036 0.002 0.002 0.030 0.013 0.028 0.106 0.001 0.001 0.031 0.750 67 R 0.009 0.001 0.001 0.045 0.034 0.045 0.140 0.001 0.001 0.032 0.692 68 F 0.002 0.001 0.001 0.113 0.123 0.117 0.140 0.002 0.001 0.075 0.428 69 F 0.001 0.001 0.001 0.286 0.152 0.227 0.060 0.001 0.001 0.090 0.182 70 I 0.001 0.001 0.001 0.320 0.145 0.221 0.035 0.001 0.001 0.040 0.237 71 L 0.001 0.001 0.001 0.397 0.209 0.276 0.013 0.001 0.001 0.036 0.069 72 I 0.002 0.001 0.001 0.309 0.141 0.230 0.029 0.001 0.001 0.126 0.161 73 V 0.006 0.002 0.001 0.285 0.192 0.221 0.045 0.001 0.001 0.103 0.144 74 P 0.115 0.011 0.003 0.099 0.080 0.120 0.111 0.002 0.004 0.114 0.342 75 I 0.029 0.024 0.003 0.044 0.053 0.063 0.124 0.008 0.003 0.046 0.602 76 T 0.308 0.274 0.002 0.004 0.011 0.016 0.050 0.018 0.002 0.015 0.299 77 E 0.190 0.277 0.007 0.008 0.011 0.017 0.055 0.023 0.003 0.050 0.359 78 N 0.095 0.130 0.012 0.006 0.027 0.048 0.106 0.009 0.006 0.073 0.487 79 Q 0.211 0.144 0.008 0.013 0.044 0.065 0.078 0.015 0.002 0.060 0.360 80 F 0.118 0.095 0.006 0.021 0.049 0.069 0.119 0.011 0.002 0.051 0.460 81 R 0.023 0.062 0.002 0.042 0.097 0.213 0.102 0.003 0.001 0.038 0.416 82 E 0.008 0.028 0.004 0.087 0.129 0.321 0.061 0.003 0.001 0.074 0.285 83 R 0.015 0.010 0.009 0.072 0.161 0.198 0.074 0.003 0.002 0.074 0.382 84 I 0.036 0.007 0.002 0.178 0.180 0.252 0.041 0.005 0.001 0.111 0.187 85 V 0.061 0.004 0.001 0.074 0.060 0.088 0.070 0.001 0.001 0.078 0.562 86 I 0.005 0.001 0.001 0.115 0.058 0.116 0.115 0.003 0.001 0.030 0.555 87 G 0.083 0.004 0.001 0.051 0.035 0.061 0.112 0.005 0.001 0.050 0.596 88 Y 0.099 0.004 0.001 0.038 0.028 0.034 0.111 0.004 0.001 0.051 0.630 89 S 0.029 0.005 0.001 0.011 0.017 0.028 0.114 0.003 0.001 0.021 0.771 90 G 0.037 0.016 0.001 0.011 0.021 0.035 0.123 0.006 0.001 0.028 0.722 91 S 0.110 0.045 0.002 0.009 0.029 0.033 0.120 0.008 0.001 0.046 0.598 92 E 0.083 0.026 0.005 0.007 0.022 0.033 0.094 0.008 0.003 0.046 0.674 93 R 0.161 0.007 0.004 0.006 0.012 0.022 0.079 0.004 0.002 0.048 0.654 94 E 0.140 0.005 0.002 0.013 0.013 0.024 0.104 0.004 0.001 0.070 0.624 95 E 0.041 0.003 0.001 0.015 0.010 0.020 0.120 0.001 0.001 0.040 0.749 96 K 0.007 0.004 0.001 0.037 0.040 0.051 0.147 0.002 0.001 0.038 0.674 97 S 0.003 0.001 0.001 0.056 0.130 0.146 0.128 0.002 0.001 0.069 0.465 98 N 0.002 0.002 0.001 0.257 0.150 0.189 0.058 0.001 0.001 0.071 0.270 99 V 0.002 0.001 0.001 0.297 0.177 0.200 0.043 0.001 0.001 0.056 0.224 100 V 0.002 0.001 0.001 0.341 0.180 0.159 0.043 0.001 0.001 0.039 0.232 101 W 0.030 0.003 0.001 0.322 0.091 0.120 0.066 0.003 0.001 0.073 0.289