# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.019 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.014 0.110 0.692 2 A 0.052 0.012 0.008 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.011 0.097 0.672 3 M 0.041 0.006 0.007 0.003 0.009 0.009 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.454 0.008 0.067 0.381 4 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.680 0.002 0.065 0.203 5 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.001 0.031 0.086 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.008 0.026 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.004 0.011 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.941 0.001 0.006 0.030 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.007 0.931 0.001 0.010 0.032 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.011 0.034 0.007 0.008 0.462 0.009 0.081 0.364 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.539 0.012 0.131 0.306 12 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.010 0.600 0.328 13 D 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 0.190 0.692 14 D 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.188 0.758 15 N 0.034 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.423 0.487 16 L 0.034 0.105 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.501 0.344 17 R 0.008 0.725 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.069 0.189 18 N 0.004 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.105 19 R 0.003 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.074 20 V 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 21 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 22 E 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 23 F 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 24 L 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 25 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 26 K 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.011 27 K 0.103 0.731 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.001 0.026 28 G 0.693 0.067 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.001 0.042 29 L 0.001 0.002 0.957 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 30 D 0.006 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.002 0.107 0.509 31 R 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.002 0.099 0.772 32 I 0.042 0.047 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.004 0.074 0.384 33 Q 0.023 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.005 0.021 0.131 34 Y 0.021 0.128 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.015 0.035 0.309 35 S 0.033 0.065 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.661 0.012 0.023 0.191 36 V 0.020 0.082 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.546 0.005 0.049 0.286 37 F 0.010 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.786 0.003 0.030 0.128 38 M 0.012 0.032 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.725 0.004 0.028 0.184 39 G 0.010 0.016 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.728 0.004 0.022 0.201 40 D 0.027 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.383 0.007 0.052 0.497 41 L 0.017 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.552 0.003 0.075 0.334 42 N 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.003 0.378 0.541 43 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.024 0.918 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.487 0.496 45 R 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.780 0.160 46 L 0.034 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.086 47 K 0.006 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.074 48 D 0.008 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.106 49 V 0.008 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.054 50 E 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 51 A 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 52 G 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 53 L 0.009 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 54 K 0.016 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.034 55 I 0.055 0.823 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.071 56 I 0.090 0.782 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.084 57 G 0.034 0.797 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.005 0.131 58 N 0.026 0.595 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.015 0.244 59 R 0.111 0.469 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.035 0.025 0.262 60 K 0.154 0.480 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.032 0.026 0.233 61 K 0.071 0.325 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.066 0.027 0.067 0.394 62 L 0.127 0.225 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.022 0.028 0.005 0.063 0.027 0.046 0.407 63 Q 0.128 0.187 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.176 0.013 0.069 0.386 64 E 0.121 0.138 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 0.028 0.057 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.133 0.014 0.057 0.365 65 D 0.035 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.011 0.040 0.824 66 E 0.062 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.023 0.283 0.504 67 R 0.383 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.060 0.128 0.370 68 F 0.055 0.042 0.011 0.007 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.019 0.100 0.382 69 F 0.030 0.003 0.015 0.001 0.042 0.014 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.009 0.138 0.302 70 I 0.020 0.003 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.002 0.053 0.430 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.001 0.004 0.017 72 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.258 0.002 0.056 0.675 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.962 0.001 0.005 0.021 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.676 0.004 0.060 0.250 76 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.002 0.229 0.693 77 E 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.007 0.035 0.864 78 N 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.227 0.706 79 Q 0.172 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.444 0.329 80 F 0.075 0.440 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.060 0.366 81 R 0.023 0.328 0.008 0.001 0.010 0.011 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.017 0.048 0.328 82 E 0.065 0.269 0.004 0.001 0.004 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.031 0.034 0.402 83 R 0.113 0.283 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.027 0.021 0.239 84 I 0.026 0.221 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.525 0.008 0.026 0.155 85 V 0.015 0.138 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.004 0.004 0.534 0.006 0.029 0.238 86 I 0.009 0.082 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.014 0.014 0.018 0.014 0.665 0.006 0.020 0.141 87 G 0.014 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.002 0.004 0.006 0.009 0.004 0.006 0.481 0.015 0.040 0.369 88 Y 0.046 0.013 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.006 0.003 0.004 0.004 0.004 0.004 0.333 0.007 0.053 0.466 89 S 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.007 0.005 0.116 0.004 0.107 0.705 90 G 0.043 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.076 0.008 0.073 0.777 91 S 0.125 0.011 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.004 0.002 0.053 0.010 0.154 0.607 92 E 0.051 0.009 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.099 0.788 93 R 0.079 0.021 0.002 0.001 0.011 0.007 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 0.228 0.588 94 E 0.071 0.025 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.134 0.706 95 E 0.065 0.080 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.014 0.184 0.586 96 K 0.151 0.074 0.007 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.033 0.136 0.521 97 S 0.121 0.080 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.029 0.066 0.595 98 N 0.089 0.029 0.010 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.379 0.031 0.091 0.348 99 V 0.030 0.010 0.008 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.483 0.005 0.115 0.331 100 V 0.006 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.003 0.700 0.002 0.043 0.210 101 W 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.010 0.007 0.004 0.723 0.002 0.030 0.187