# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.976 2 A 0.244 0.009 0.003 0.001 0.016 0.009 0.719 3 M 0.734 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.245 4 L 0.958 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.031 5 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 6 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 9 Y 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 10 D 0.804 0.006 0.001 0.001 0.015 0.008 0.167 11 I 0.166 0.009 0.008 0.006 0.205 0.256 0.352 12 T 0.054 0.017 0.008 0.011 0.442 0.177 0.291 13 D 0.008 0.005 0.026 0.206 0.408 0.104 0.244 14 D 0.001 0.001 0.022 0.784 0.026 0.155 0.011 15 N 0.001 0.001 0.019 0.904 0.009 0.056 0.010 16 L 0.001 0.001 0.009 0.965 0.002 0.012 0.010 17 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.004 18 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.933 0.001 0.064 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.517 0.005 0.470 0.004 28 G 0.001 0.001 0.005 0.154 0.019 0.752 0.068 29 L 0.008 0.005 0.022 0.082 0.069 0.036 0.778 30 D 0.075 0.012 0.165 0.181 0.162 0.048 0.358 31 R 0.209 0.011 0.123 0.342 0.113 0.097 0.104 32 I 0.456 0.028 0.080 0.200 0.052 0.069 0.114 33 Q 0.568 0.020 0.036 0.087 0.072 0.071 0.147 34 Y 0.512 0.004 0.025 0.032 0.128 0.090 0.208 35 S 0.649 0.007 0.008 0.011 0.089 0.023 0.214 36 V 0.737 0.005 0.012 0.014 0.060 0.038 0.135 37 F 0.876 0.004 0.004 0.011 0.025 0.016 0.064 38 M 0.914 0.005 0.004 0.012 0.011 0.009 0.046 39 G 0.909 0.003 0.002 0.011 0.016 0.016 0.043 40 D 0.821 0.008 0.001 0.010 0.021 0.025 0.114 41 L 0.462 0.038 0.001 0.008 0.061 0.013 0.418 42 N 0.062 0.009 0.001 0.006 0.052 0.007 0.863 43 S 0.001 0.001 0.024 0.920 0.008 0.043 0.004 44 S 0.001 0.001 0.031 0.928 0.003 0.036 0.002 45 R 0.001 0.001 0.047 0.923 0.002 0.021 0.007 46 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.005 0.003 47 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 48 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 49 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 50 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.001 51 A 0.001 0.001 0.007 0.961 0.002 0.027 0.002 52 G 0.001 0.001 0.009 0.894 0.002 0.092 0.003 53 L 0.010 0.002 0.014 0.895 0.011 0.051 0.018 54 K 0.040 0.004 0.044 0.798 0.013 0.064 0.037 55 I 0.060 0.003 0.054 0.748 0.019 0.086 0.029 56 I 0.056 0.006 0.081 0.697 0.020 0.095 0.046 57 G 0.062 0.008 0.106 0.391 0.089 0.234 0.110 58 N 0.059 0.009 0.140 0.199 0.097 0.311 0.184 59 R 0.049 0.010 0.163 0.308 0.071 0.175 0.224 60 K 0.050 0.008 0.219 0.306 0.042 0.150 0.224 61 K 0.070 0.005 0.240 0.191 0.076 0.158 0.259 62 L 0.151 0.021 0.194 0.257 0.063 0.146 0.168 63 Q 0.194 0.058 0.089 0.158 0.142 0.113 0.247 64 E 0.101 0.009 0.061 0.043 0.225 0.138 0.422 65 D 0.032 0.001 0.093 0.036 0.259 0.393 0.186 66 E 0.069 0.006 0.055 0.005 0.291 0.422 0.153 67 R 0.330 0.007 0.014 0.001 0.098 0.049 0.501 68 F 0.590 0.006 0.001 0.001 0.108 0.006 0.289 69 F 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 70 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 71 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 74 P 0.891 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.097 75 I 0.270 0.010 0.001 0.001 0.121 0.018 0.578 76 T 0.102 0.008 0.002 0.003 0.098 0.018 0.769 77 E 0.007 0.003 0.156 0.270 0.068 0.464 0.032 78 N 0.007 0.001 0.122 0.392 0.029 0.428 0.021 79 Q 0.042 0.007 0.214 0.376 0.050 0.194 0.116 80 F 0.193 0.029 0.066 0.312 0.052 0.135 0.214 81 R 0.345 0.006 0.036 0.213 0.108 0.107 0.184 82 E 0.600 0.007 0.022 0.181 0.055 0.034 0.101 83 R 0.728 0.004 0.007 0.168 0.022 0.013 0.058 84 I 0.856 0.007 0.002 0.094 0.007 0.007 0.028 85 V 0.823 0.007 0.002 0.126 0.005 0.015 0.022 86 I 0.468 0.007 0.008 0.173 0.028 0.194 0.122 87 G 0.162 0.010 0.010 0.037 0.121 0.332 0.328 88 Y 0.077 0.017 0.016 0.015 0.207 0.163 0.504 89 S 0.050 0.018 0.026 0.010 0.238 0.260 0.399 90 G 0.024 0.009 0.034 0.015 0.273 0.159 0.486 91 S 0.033 0.015 0.044 0.033 0.185 0.090 0.600 92 E 0.040 0.026 0.102 0.091 0.173 0.180 0.389 93 R 0.053 0.017 0.130 0.105 0.143 0.142 0.411 94 E 0.062 0.010 0.175 0.116 0.136 0.171 0.330 95 E 0.080 0.013 0.159 0.094 0.132 0.217 0.306 96 K 0.136 0.010 0.119 0.068 0.182 0.148 0.336 97 S 0.188 0.009 0.059 0.052 0.142 0.064 0.487 98 N 0.603 0.014 0.037 0.034 0.064 0.052 0.196 99 V 0.796 0.024 0.013 0.018 0.021 0.024 0.103 100 V 0.552 0.023 0.005 0.007 0.006 0.009 0.398 101 W 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956