# TARGET T0374 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.004 0.002 0.004 0.154 0.785 2 Q 0.209 0.019 0.002 0.005 0.060 0.705 3 L 0.606 0.019 0.002 0.006 0.035 0.332 4 S 0.774 0.007 0.004 0.005 0.033 0.177 5 H 0.840 0.009 0.002 0.003 0.016 0.130 6 R 0.651 0.004 0.006 0.005 0.059 0.274 7 P 0.419 0.012 0.011 0.004 0.118 0.436 8 A 0.118 0.013 0.005 0.003 0.211 0.650 9 E 0.031 0.008 0.007 0.006 0.251 0.697 10 T 0.008 0.001 0.385 0.145 0.337 0.124 11 G 0.003 0.003 0.399 0.210 0.292 0.093 12 D 0.002 0.002 0.310 0.507 0.115 0.064 13 L 0.001 0.001 0.045 0.856 0.045 0.052 14 E 0.001 0.001 0.024 0.938 0.023 0.015 15 T 0.001 0.001 0.026 0.958 0.010 0.005 16 V 0.002 0.001 0.013 0.971 0.010 0.004 17 A 0.001 0.001 0.007 0.977 0.010 0.005 18 G 0.002 0.001 0.006 0.962 0.016 0.014 19 F 0.002 0.001 0.005 0.947 0.022 0.024 20 P 0.003 0.001 0.006 0.934 0.026 0.030 21 Q 0.002 0.001 0.010 0.910 0.040 0.037 22 D 0.002 0.001 0.013 0.889 0.049 0.046 23 R 0.003 0.001 0.019 0.814 0.086 0.076 24 D 0.006 0.003 0.038 0.699 0.149 0.104 25 E 0.007 0.002 0.045 0.679 0.164 0.102 26 L 0.010 0.002 0.047 0.628 0.171 0.143 27 F 0.019 0.005 0.047 0.548 0.193 0.187 28 Y 0.038 0.010 0.052 0.458 0.211 0.231 29 C 0.044 0.010 0.058 0.453 0.210 0.226 30 Y 0.042 0.007 0.046 0.382 0.227 0.295 31 P 0.031 0.008 0.042 0.329 0.232 0.358 32 K 0.022 0.008 0.043 0.309 0.248 0.370 33 A 0.017 0.005 0.049 0.358 0.235 0.336 34 I 0.019 0.007 0.053 0.385 0.246 0.289 35 W 0.018 0.006 0.045 0.394 0.235 0.302 36 P 0.014 0.005 0.037 0.447 0.179 0.319 37 F 0.011 0.004 0.029 0.527 0.146 0.282 38 S 0.007 0.003 0.027 0.681 0.115 0.167 39 V 0.007 0.002 0.030 0.775 0.096 0.089 40 A 0.008 0.002 0.030 0.800 0.097 0.063 41 Q 0.009 0.002 0.029 0.810 0.096 0.054 42 L 0.007 0.001 0.029 0.804 0.101 0.058 43 A 0.006 0.002 0.030 0.766 0.113 0.082 44 A 0.008 0.003 0.036 0.672 0.152 0.128 45 A 0.014 0.008 0.043 0.478 0.244 0.213 46 I 0.017 0.006 0.047 0.304 0.325 0.301 47 A 0.022 0.005 0.056 0.133 0.517 0.267 48 E 0.027 0.006 0.067 0.082 0.556 0.262 49 R 0.065 0.009 0.063 0.048 0.540 0.275 50 R 0.277 0.008 0.026 0.016 0.376 0.297 51 G 0.724 0.003 0.008 0.007 0.093 0.165 52 S 0.951 0.004 0.002 0.002 0.012 0.029 53 T 0.979 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 54 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 55 A 0.976 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 56 V 0.867 0.004 0.002 0.002 0.113 0.012 57 H 0.360 0.003 0.007 0.006 0.600 0.024 58 D 0.048 0.001 0.005 0.002 0.934 0.011 59 G 0.088 0.003 0.007 0.001 0.874 0.027 60 Q 0.849 0.006 0.001 0.001 0.075 0.069 61 V 0.975 0.003 0.001 0.001 0.008 0.014 62 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 63 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 66 N 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 67 F 0.966 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 68 Y 0.944 0.004 0.002 0.001 0.024 0.026 69 Q 0.858 0.007 0.007 0.002 0.063 0.063 70 W 0.570 0.011 0.021 0.005 0.265 0.128 71 Q 0.183 0.008 0.037 0.011 0.600 0.161 72 H 0.095 0.007 0.042 0.009 0.723 0.124 73 G 0.069 0.005 0.034 0.008 0.790 0.095 74 D 0.148 0.006 0.036 0.010 0.591 0.210 75 F 0.691 0.012 0.010 0.006 0.153 0.127 76 C 0.911 0.005 0.003 0.003 0.030 0.048 77 A 0.955 0.003 0.001 0.002 0.011 0.027 78 L 0.949 0.003 0.004 0.005 0.017 0.022 79 G 0.866 0.002 0.011 0.012 0.054 0.056 80 N 0.849 0.003 0.014 0.015 0.063 0.055 81 M 0.851 0.006 0.010 0.011 0.067 0.056 82 M 0.855 0.020 0.008 0.013 0.051 0.053 83 V 0.583 0.052 0.019 0.026 0.124 0.195 84 A 0.063 0.009 0.015 0.024 0.341 0.549 85 P 0.002 0.001 0.578 0.190 0.196 0.034 86 A 0.001 0.001 0.639 0.154 0.196 0.009 87 A 0.001 0.001 0.570 0.210 0.212 0.007 88 R 0.002 0.002 0.222 0.354 0.335 0.085 89 G 0.004 0.002 0.033 0.414 0.335 0.212 90 L 0.012 0.003 0.012 0.358 0.251 0.364 91 G 0.019 0.013 0.004 0.158 0.131 0.675 92 V 0.015 0.011 0.008 0.819 0.039 0.108 93 A 0.008 0.001 0.010 0.913 0.013 0.056 94 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.003 0.006 95 Y 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.003 96 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 97 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 101 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 102 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.009 0.005 103 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.011 0.006 104 A 0.001 0.001 0.005 0.964 0.023 0.007 105 R 0.001 0.001 0.016 0.917 0.051 0.016 106 E 0.001 0.001 0.015 0.832 0.103 0.049 107 Q 0.003 0.001 0.011 0.635 0.164 0.186 108 Y 0.009 0.004 0.007 0.071 0.244 0.665 109 K 0.074 0.013 0.017 0.031 0.297 0.569 110 A 0.322 0.011 0.058 0.044 0.277 0.288 111 R 0.501 0.009 0.069 0.040 0.197 0.184 112 L 0.744 0.007 0.019 0.014 0.080 0.136 113 M 0.828 0.003 0.006 0.013 0.046 0.105 114 K 0.871 0.002 0.004 0.021 0.031 0.070 115 I 0.908 0.003 0.002 0.025 0.016 0.045 116 S 0.855 0.003 0.004 0.041 0.040 0.056 117 C 0.784 0.008 0.004 0.039 0.066 0.098 118 F 0.542 0.013 0.009 0.057 0.202 0.178 119 N 0.211 0.017 0.018 0.109 0.342 0.303 120 A 0.042 0.006 0.020 0.142 0.381 0.410 121 N 0.018 0.007 0.022 0.405 0.234 0.313 122 A 0.004 0.001 0.019 0.893 0.057 0.027 123 A 0.001 0.001 0.016 0.953 0.021 0.008 124 G 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 125 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 126 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 127 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 128 Y 0.002 0.001 0.004 0.986 0.006 0.002 129 T 0.002 0.001 0.010 0.978 0.007 0.003 130 Q 0.002 0.001 0.009 0.971 0.009 0.009 131 L 0.004 0.001 0.005 0.891 0.020 0.081 132 G 0.011 0.001 0.001 0.020 0.048 0.919 133 Y 0.149 0.007 0.002 0.016 0.074 0.753 134 Q 0.526 0.018 0.004 0.020 0.083 0.349 135 P 0.586 0.022 0.009 0.029 0.097 0.257 136 R 0.411 0.008 0.019 0.040 0.149 0.373 137 A 0.300 0.008 0.014 0.026 0.170 0.482 138 I 0.357 0.029 0.019 0.042 0.154 0.400 139 A 0.307 0.025 0.028 0.045 0.176 0.420 140 E 0.350 0.022 0.080 0.066 0.199 0.282 141 R 0.244 0.012 0.099 0.063 0.296 0.286 142 H 0.225 0.026 0.074 0.069 0.296 0.310 143 D 0.167 0.049 0.029 0.060 0.376 0.320 144 P 0.085 0.017 0.020 0.064 0.523 0.291 145 D 0.033 0.008 0.011 0.093 0.530 0.323 146 G 0.013 0.007 0.015 0.222 0.536 0.208 147 R 0.008 0.004 0.015 0.558 0.265 0.150 148 R 0.027 0.015 0.015 0.695 0.094 0.154 149 V 0.012 0.003 0.009 0.937 0.017 0.022 150 A 0.015 0.001 0.006 0.958 0.009 0.010 151 L 0.020 0.002 0.010 0.952 0.011 0.005 152 I 0.033 0.002 0.025 0.907 0.026 0.007 153 Q 0.022 0.001 0.024 0.891 0.042 0.021 154 M 0.028 0.004 0.019 0.860 0.048 0.040 155 D 0.023 0.008 0.012 0.618 0.140 0.199 156 K 0.042 0.016 0.008 0.178 0.294 0.463 157 P 0.029 0.009 0.022 0.069 0.329 0.542 158 L 0.016 0.027 0.019 0.050 0.318 0.571 159 E 0.012 0.005 0.013 0.032 0.157 0.781 160 P 0.002 0.002 0.002 0.007 0.045 0.942