# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.652 0.190 0.081 0.048 0.022 0.007 0.001 2 I 0.532 0.214 0.140 0.077 0.029 0.007 0.001 3 P 0.711 0.214 0.054 0.017 0.003 0.001 0.001 4 F 0.418 0.230 0.168 0.122 0.049 0.012 0.001 5 K 0.514 0.261 0.139 0.064 0.018 0.004 0.001 6 D 0.434 0.329 0.156 0.062 0.016 0.003 0.001 7 I 0.121 0.120 0.202 0.291 0.205 0.058 0.003 8 T 0.271 0.389 0.219 0.091 0.024 0.005 0.001 9 L 0.186 0.175 0.204 0.241 0.148 0.043 0.003 10 A 0.459 0.302 0.139 0.072 0.022 0.005 0.001 11 D 0.415 0.294 0.166 0.091 0.027 0.006 0.001 12 R 0.306 0.328 0.237 0.101 0.024 0.004 0.001 13 D 0.594 0.291 0.079 0.026 0.009 0.002 0.001 14 T 0.086 0.212 0.299 0.253 0.120 0.029 0.001 15 I 0.016 0.040 0.114 0.322 0.376 0.126 0.006 16 T 0.125 0.404 0.303 0.128 0.034 0.006 0.001 17 A 0.085 0.255 0.305 0.232 0.094 0.028 0.002 18 F 0.016 0.029 0.066 0.202 0.377 0.287 0.023 19 T 0.041 0.122 0.229 0.311 0.215 0.076 0.006 20 M 0.226 0.344 0.223 0.135 0.053 0.017 0.002 21 K 0.185 0.270 0.238 0.188 0.086 0.030 0.004 22 S 0.171 0.197 0.220 0.215 0.130 0.059 0.009 23 D 0.404 0.304 0.147 0.080 0.040 0.019 0.005 24 R 0.234 0.209 0.176 0.173 0.128 0.066 0.014 25 R 0.226 0.220 0.172 0.147 0.116 0.090 0.028 26 N 0.113 0.128 0.140 0.178 0.187 0.177 0.077 27 C 0.060 0.075 0.097 0.152 0.211 0.261 0.145 28 D 0.047 0.064 0.078 0.115 0.179 0.274 0.243 29 L 0.029 0.038 0.057 0.099 0.147 0.261 0.368 30 S 0.010 0.016 0.026 0.053 0.105 0.255 0.535 31 F 0.006 0.008 0.014 0.031 0.071 0.224 0.646 32 S 0.005 0.007 0.013 0.027 0.058 0.205 0.685 33 N 0.007 0.008 0.012 0.022 0.047 0.190 0.714 34 L 0.005 0.008 0.012 0.026 0.062 0.219 0.670 35 C 0.014 0.018 0.027 0.051 0.097 0.265 0.528 36 S 0.014 0.019 0.027 0.053 0.113 0.315 0.459 37 W 0.013 0.020 0.029 0.072 0.164 0.363 0.340 38 R 0.030 0.073 0.112 0.187 0.248 0.252 0.099 39 F 0.053 0.101 0.149 0.222 0.228 0.180 0.067 40 L 0.078 0.121 0.121 0.152 0.183 0.231 0.114 41 Y 0.039 0.065 0.106 0.191 0.248 0.263 0.089 42 D 0.085 0.191 0.209 0.192 0.154 0.118 0.051 43 T 0.038 0.070 0.103 0.176 0.241 0.267 0.105 44 Q 0.013 0.030 0.074 0.167 0.263 0.342 0.110 45 F 0.009 0.014 0.024 0.053 0.141 0.444 0.316 46 A 0.017 0.031 0.054 0.116 0.217 0.386 0.179 47 V 0.023 0.065 0.112 0.198 0.273 0.264 0.064 48 I 0.054 0.105 0.155 0.269 0.276 0.121 0.020 49 D 0.212 0.373 0.220 0.119 0.049 0.020 0.006 50 D 0.097 0.247 0.259 0.221 0.120 0.048 0.008 51 F 0.013 0.049 0.138 0.285 0.323 0.175 0.017 52 L 0.004 0.012 0.025 0.060 0.184 0.531 0.183 53 V 0.002 0.007 0.023 0.061 0.152 0.445 0.310 54 F 0.001 0.003 0.007 0.022 0.092 0.405 0.470 55 K 0.003 0.016 0.045 0.129 0.253 0.356 0.198 56 F 0.004 0.014 0.032 0.091 0.227 0.427 0.205 57 W 0.013 0.052 0.122 0.216 0.262 0.264 0.071 58 A 0.037 0.067 0.101 0.194 0.285 0.260 0.057 59 G 0.161 0.262 0.229 0.171 0.103 0.056 0.018 60 E 0.178 0.242 0.204 0.172 0.112 0.067 0.025 61 Q 0.043 0.073 0.102 0.165 0.237 0.269 0.110 62 L 0.021 0.030 0.053 0.113 0.202 0.332 0.249 63 A 0.020 0.022 0.036 0.061 0.113 0.302 0.446 64 Y 0.009 0.010 0.015 0.029 0.073 0.271 0.595 65 M 0.008 0.012 0.019 0.043 0.104 0.294 0.520 66 M 0.006 0.014 0.026 0.058 0.129 0.336 0.431 67 P 0.003 0.007 0.016 0.049 0.140 0.408 0.376 68 V 0.007 0.014 0.029 0.083 0.212 0.447 0.208 69 G 0.018 0.046 0.109 0.256 0.340 0.212 0.019 70 N 0.077 0.319 0.334 0.199 0.060 0.010 0.001 71 G 0.212 0.303 0.216 0.152 0.083 0.028 0.006 72 D 0.380 0.390 0.141 0.061 0.020 0.007 0.001 73 L 0.013 0.039 0.135 0.343 0.335 0.129 0.006 74 K 0.059 0.215 0.300 0.261 0.126 0.036 0.002 75 A 0.068 0.422 0.326 0.130 0.043 0.011 0.001 76 V 0.001 0.005 0.022 0.133 0.398 0.404 0.037 77 L 0.001 0.005 0.017 0.072 0.290 0.542 0.073 78 R 0.016 0.128 0.363 0.336 0.123 0.032 0.002 79 K 0.004 0.055 0.274 0.445 0.187 0.033 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.011 0.155 0.720 0.112 81 I 0.001 0.007 0.057 0.278 0.444 0.207 0.007 82 E 0.050 0.499 0.348 0.088 0.013 0.002 0.001 83 D 0.011 0.087 0.312 0.437 0.138 0.015 0.001 84 A 0.003 0.012 0.044 0.252 0.499 0.186 0.005 85 D 0.155 0.514 0.258 0.065 0.008 0.001 0.001 86 K 0.649 0.288 0.051 0.011 0.001 0.001 0.001 87 E 0.192 0.364 0.280 0.137 0.025 0.002 0.001 88 K 0.428 0.389 0.132 0.042 0.008 0.001 0.001 89 H 0.016 0.101 0.226 0.370 0.237 0.048 0.002 90 N 0.018 0.090 0.198 0.309 0.277 0.099 0.009 91 F 0.001 0.005 0.017 0.064 0.227 0.555 0.132 92 C 0.001 0.003 0.013 0.040 0.129 0.505 0.309 93 M 0.001 0.003 0.006 0.017 0.071 0.381 0.522 94 L 0.002 0.008 0.019 0.060 0.164 0.406 0.340 95 G 0.002 0.018 0.058 0.140 0.258 0.373 0.150 96 V 0.001 0.005 0.017 0.085 0.278 0.489 0.125 97 C 0.017 0.102 0.200 0.271 0.239 0.150 0.020 98 S 0.206 0.331 0.235 0.140 0.063 0.021 0.004 99 N 0.174 0.389 0.256 0.127 0.042 0.011 0.001 100 M 0.034 0.070 0.131 0.266 0.309 0.179 0.011 101 R 0.085 0.190 0.276 0.263 0.143 0.042 0.002 102 A 0.332 0.467 0.151 0.040 0.009 0.002 0.001 103 D 0.054 0.165 0.327 0.309 0.119 0.024 0.001 104 L 0.030 0.032 0.052 0.188 0.427 0.260 0.011 105 E 0.110 0.320 0.332 0.183 0.048 0.008 0.001 106 A 0.434 0.374 0.131 0.048 0.011 0.003 0.001 107 I 0.104 0.177 0.269 0.263 0.137 0.047 0.003 108 L 0.165 0.175 0.229 0.239 0.140 0.048 0.003 109 P 0.477 0.299 0.124 0.062 0.027 0.010 0.002 110 E 0.322 0.265 0.177 0.135 0.070 0.028 0.004 111 R 0.213 0.280 0.239 0.163 0.073 0.028 0.003 112 F 0.074 0.086 0.131 0.235 0.271 0.173 0.029 113 I 0.098 0.173 0.202 0.209 0.164 0.125 0.029 114 F 0.084 0.157 0.209 0.233 0.185 0.111 0.021 115 T 0.096 0.125 0.138 0.201 0.234 0.167 0.039 116 E 0.127 0.210 0.213 0.204 0.143 0.081 0.021 117 D 0.137 0.178 0.185 0.203 0.159 0.107 0.031 118 R 0.166 0.256 0.233 0.177 0.105 0.050 0.012 119 A 0.146 0.163 0.179 0.201 0.168 0.116 0.026 120 Y 0.050 0.104 0.174 0.243 0.238 0.163 0.028 121 A 0.050 0.061 0.083 0.165 0.274 0.285 0.082 122 D 0.090 0.176 0.203 0.241 0.171 0.100 0.019 123 Y 0.027 0.061 0.129 0.228 0.275 0.240 0.040 124 I 0.033 0.040 0.061 0.151 0.297 0.371 0.048 125 Y 0.037 0.086 0.207 0.332 0.250 0.084 0.004 126 L 0.258 0.367 0.226 0.110 0.032 0.006 0.001 127 R 0.242 0.325 0.236 0.144 0.045 0.008 0.001 128 S 0.708 0.221 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 129 D 0.323 0.352 0.204 0.094 0.023 0.004 0.001 130 L 0.103 0.092 0.170 0.315 0.255 0.063 0.001 131 A 0.244 0.358 0.264 0.108 0.022 0.002 0.001 132 T 0.418 0.399 0.142 0.035 0.006 0.001 0.001 133 L 0.240 0.167 0.198 0.231 0.129 0.035 0.001 134 K 0.640 0.226 0.086 0.036 0.010 0.003 0.001 135 G 0.653 0.181 0.090 0.052 0.019 0.005 0.001 136 K 0.685 0.226 0.065 0.021 0.004 0.001 0.001 137 K 0.626 0.247 0.090 0.030 0.006 0.001 0.001 138 F 0.553 0.212 0.124 0.077 0.028 0.005 0.001 139 Q 0.625 0.207 0.103 0.049 0.014 0.002 0.001 140 A 0.776 0.160 0.046 0.015 0.003 0.001 0.001 141 K 0.610 0.239 0.098 0.039 0.011 0.003 0.001 142 R 0.455 0.214 0.152 0.106 0.053 0.018 0.001 143 N 0.441 0.263 0.144 0.087 0.046 0.017 0.002 144 H 0.255 0.295 0.223 0.143 0.059 0.022 0.003 145 I 0.131 0.146 0.205 0.247 0.180 0.080 0.011 146 N 0.293 0.318 0.200 0.111 0.053 0.022 0.004 147 R 0.175 0.271 0.262 0.190 0.077 0.022 0.002 148 F 0.089 0.086 0.120 0.252 0.304 0.138 0.011 149 R 0.163 0.304 0.259 0.185 0.071 0.017 0.001 150 N 0.301 0.327 0.206 0.116 0.039 0.009 0.001 151 T 0.352 0.380 0.186 0.067 0.013 0.002 0.001 152 Y 0.158 0.218 0.264 0.242 0.100 0.018 0.001 153 P 0.472 0.292 0.137 0.068 0.025 0.006 0.001 154 D 0.458 0.376 0.124 0.035 0.006 0.001 0.001 155 Y 0.060 0.105 0.216 0.332 0.232 0.054 0.002 156 E 0.155 0.356 0.289 0.153 0.042 0.006 0.001 157 Y 0.066 0.103 0.172 0.295 0.269 0.092 0.003 158 T 0.105 0.204 0.252 0.263 0.139 0.036 0.002 159 P 0.251 0.326 0.211 0.133 0.057 0.019 0.002 160 I 0.047 0.102 0.249 0.355 0.194 0.051 0.002 161 T 0.298 0.399 0.201 0.080 0.018 0.003 0.001 162 P 0.558 0.281 0.104 0.040 0.013 0.004 0.001 163 D 0.610 0.283 0.074 0.023 0.007 0.002 0.001 164 R 0.034 0.116 0.269 0.364 0.185 0.031 0.001 165 I 0.039 0.167 0.334 0.329 0.117 0.014 0.001 166 Q 0.224 0.558 0.177 0.034 0.005 0.001 0.001 167 E 0.014 0.100 0.324 0.398 0.143 0.020 0.001 168 C 0.001 0.002 0.007 0.065 0.423 0.481 0.020 169 L 0.011 0.107 0.339 0.402 0.124 0.017 0.001 170 D 0.074 0.570 0.286 0.061 0.008 0.001 0.001 171 L 0.002 0.011 0.066 0.308 0.442 0.168 0.003 172 E 0.009 0.045 0.126 0.302 0.359 0.151 0.008 173 A 0.227 0.476 0.218 0.066 0.012 0.001 0.001 174 E 0.206 0.458 0.249 0.078 0.008 0.001 0.001 175 W 0.005 0.035 0.126 0.373 0.367 0.093 0.001 176 C 0.016 0.074 0.219 0.400 0.258 0.034 0.001 177 K 0.514 0.405 0.070 0.010 0.001 0.001 0.001 178 V 0.317 0.319 0.217 0.123 0.023 0.002 0.001 179 N 0.119 0.278 0.358 0.199 0.042 0.004 0.001 180 N 0.629 0.314 0.048 0.008 0.001 0.001 0.001 181 C 0.090 0.160 0.295 0.314 0.122 0.019 0.001 182 D 0.519 0.264 0.111 0.060 0.033 0.012 0.001 183 Q 0.460 0.291 0.144 0.073 0.026 0.005 0.001 184 Q 0.308 0.279 0.210 0.143 0.048 0.011 0.001 185 E 0.270 0.286 0.214 0.143 0.070 0.016 0.002 186 G 0.196 0.215 0.210 0.183 0.120 0.065 0.011 187 T 0.176 0.169 0.190 0.214 0.165 0.075 0.011 188 G 0.186 0.226 0.202 0.171 0.121 0.074 0.019 189 N 0.143 0.158 0.173 0.196 0.171 0.123 0.036 190 E 0.118 0.105 0.105 0.143 0.191 0.244 0.093 191 R 0.195 0.187 0.171 0.175 0.135 0.097 0.040 192 R 0.183 0.206 0.201 0.188 0.126 0.073 0.023 193 A 0.058 0.073 0.101 0.158 0.212 0.261 0.136 194 L 0.048 0.067 0.078 0.115 0.180 0.308 0.203 195 I 0.050 0.075 0.112 0.180 0.229 0.252 0.102 196 Y 0.035 0.082 0.161 0.263 0.242 0.166 0.051 197 A 0.016 0.040 0.057 0.109 0.219 0.398 0.160 198 L 0.011 0.026 0.063 0.176 0.320 0.329 0.075 199 H 0.061 0.268 0.281 0.210 0.107 0.056 0.016 200 N 0.031 0.095 0.174 0.273 0.244 0.156 0.028 201 F 0.019 0.038 0.070 0.192 0.351 0.293 0.036 202 E 0.240 0.327 0.226 0.139 0.050 0.014 0.004 203 A 0.253 0.319 0.221 0.121 0.054 0.025 0.006 204 L 0.043 0.086 0.136 0.228 0.275 0.206 0.026 205 G 0.087 0.171 0.219 0.235 0.172 0.096 0.020 206 L 0.019 0.027 0.046 0.117 0.252 0.399 0.141 207 T 0.022 0.063 0.116 0.188 0.228 0.265 0.118 208 G 0.038 0.046 0.074 0.124 0.193 0.310 0.214 209 G 0.019 0.027 0.049 0.084 0.141 0.335 0.345 210 I 0.010 0.017 0.024 0.051 0.129 0.376 0.394 211 L 0.008 0.026 0.053 0.128 0.234 0.367 0.184 212 H 0.018 0.086 0.161 0.276 0.292 0.153 0.014 213 V 0.043 0.157 0.255 0.313 0.183 0.044 0.005 214 N 0.523 0.346 0.090 0.030 0.009 0.002 0.001 215 G 0.136 0.376 0.278 0.158 0.044 0.007 0.001 216 K 0.036 0.175 0.325 0.313 0.128 0.021 0.001 217 I 0.001 0.005 0.016 0.061 0.270 0.568 0.079 218 V 0.001 0.003 0.032 0.172 0.350 0.337 0.105 219 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.055 0.445 0.491 220 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.262 0.692 221 T 0.001 0.001 0.003 0.008 0.035 0.258 0.694 222 F 0.001 0.003 0.009 0.033 0.110 0.336 0.508 223 G 0.001 0.003 0.008 0.034 0.135 0.422 0.397 224 M 0.004 0.016 0.044 0.116 0.234 0.430 0.156 225 P 0.020 0.097 0.172 0.259 0.251 0.167 0.033 226 I 0.051 0.120 0.185 0.264 0.243 0.119 0.018 227 N 0.147 0.225 0.220 0.210 0.133 0.058 0.007 228 H 0.340 0.323 0.172 0.104 0.044 0.013 0.003 229 E 0.274 0.379 0.208 0.102 0.030 0.007 0.001 230 T 0.031 0.145 0.219 0.266 0.218 0.109 0.012 231 F 0.001 0.006 0.029 0.133 0.340 0.421 0.068 232 G 0.001 0.008 0.034 0.084 0.196 0.457 0.220 233 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.292 0.664 234 H 0.001 0.005 0.018 0.057 0.139 0.337 0.443 235 V 0.001 0.002 0.005 0.019 0.091 0.398 0.486 236 E 0.003 0.018 0.049 0.154 0.277 0.369 0.130 237 K 0.009 0.059 0.115 0.222 0.273 0.268 0.053 238 A 0.026 0.106 0.223 0.319 0.239 0.082 0.005 239 D 0.053 0.216 0.303 0.286 0.116 0.024 0.001 240 T 0.202 0.356 0.243 0.128 0.053 0.015 0.003 241 S 0.260 0.435 0.195 0.082 0.023 0.005 0.001 242 I 0.008 0.028 0.107 0.299 0.370 0.176 0.013 243 D 0.077 0.252 0.299 0.214 0.109 0.044 0.004 244 G 0.028 0.085 0.160 0.231 0.266 0.194 0.035 245 A 0.011 0.020 0.029 0.076 0.200 0.451 0.213 246 Y 0.002 0.007 0.020 0.072 0.229 0.457 0.214 247 A 0.003 0.022 0.080 0.196 0.273 0.291 0.134 248 M 0.002 0.006 0.031 0.139 0.342 0.376 0.105 249 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.042 0.363 0.584 250 N 0.001 0.004 0.007 0.020 0.089 0.407 0.472 251 Y 0.003 0.013 0.069 0.223 0.322 0.303 0.067 252 E 0.004 0.015 0.066 0.227 0.353 0.288 0.046 253 F 0.002 0.003 0.009 0.043 0.194 0.545 0.204 254 A 0.006 0.013 0.032 0.116 0.310 0.439 0.084 255 N 0.021 0.153 0.273 0.331 0.177 0.040 0.004 256 R 0.017 0.106 0.220 0.357 0.222 0.070 0.009 257 I 0.015 0.074 0.169 0.325 0.285 0.125 0.007 258 P 0.214 0.307 0.270 0.155 0.045 0.008 0.001 259 E 0.655 0.240 0.070 0.026 0.008 0.002 0.001 260 Q 0.376 0.380 0.166 0.060 0.015 0.003 0.001 261 Y 0.038 0.088 0.178 0.320 0.275 0.095 0.005 262 I 0.103 0.208 0.245 0.238 0.147 0.051 0.008 263 Y 0.063 0.100 0.142 0.198 0.231 0.221 0.045 264 I 0.033 0.043 0.075 0.154 0.265 0.336 0.094 265 N 0.042 0.094 0.141 0.201 0.214 0.213 0.095 266 R 0.046 0.104 0.151 0.221 0.225 0.184 0.069 267 E 0.074 0.142 0.170 0.226 0.200 0.133 0.054 268 E 0.131 0.180 0.171 0.170 0.139 0.135 0.074 269 D 0.057 0.102 0.155 0.197 0.202 0.215 0.073 270 L 0.048 0.060 0.079 0.144 0.232 0.304 0.133 271 G 0.040 0.064 0.087 0.145 0.197 0.288 0.179 272 I 0.028 0.052 0.070 0.116 0.182 0.320 0.231 273 E 0.059 0.084 0.112 0.162 0.190 0.221 0.173 274 G 0.045 0.078 0.115 0.163 0.191 0.233 0.176 275 L 0.030 0.035 0.048 0.097 0.198 0.349 0.244 276 R 0.074 0.155 0.192 0.230 0.189 0.124 0.036 277 K 0.128 0.254 0.256 0.201 0.103 0.046 0.013 278 A 0.088 0.094 0.111 0.195 0.242 0.214 0.058 279 K 0.133 0.212 0.213 0.214 0.135 0.076 0.017 280 L 0.190 0.204 0.177 0.186 0.137 0.085 0.022 281 S 0.219 0.269 0.201 0.164 0.090 0.047 0.010 282 Y 0.130 0.149 0.190 0.236 0.172 0.101 0.023 283 Q 0.236 0.258 0.199 0.156 0.092 0.049 0.011 284 P 0.144 0.162 0.162 0.188 0.166 0.140 0.039 285 V 0.197 0.204 0.193 0.186 0.127 0.077 0.016 286 T 0.143 0.238 0.233 0.193 0.117 0.062 0.014 287 I 0.057 0.063 0.081 0.170 0.265 0.297 0.068 288 L 0.061 0.105 0.143 0.211 0.231 0.205 0.044 289 E 0.174 0.241 0.245 0.191 0.094 0.044 0.011 290 K 0.112 0.154 0.179 0.203 0.185 0.136 0.030 291 Y 0.095 0.084 0.089 0.141 0.220 0.302 0.070 292 M 0.103 0.132 0.175 0.225 0.203 0.143 0.019 293 A 0.235 0.242 0.181 0.160 0.107 0.065 0.011 294 C 0.115 0.117 0.174 0.248 0.212 0.120 0.014 295 L 0.079 0.081 0.110 0.195 0.273 0.233 0.029 296 K 0.420 0.295 0.174 0.085 0.022 0.004 0.001 297 D 0.597 0.294 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 298 H 0.374 0.220 0.186 0.150 0.057 0.013 0.001 299 P 0.591 0.209 0.102 0.055 0.030 0.012 0.001 300 M 0.555 0.241 0.116 0.062 0.020 0.005 0.001 301 D 0.393 0.260 0.182 0.107 0.045 0.012 0.001 302 M 0.280 0.161 0.155 0.188 0.141 0.072 0.003 303 V 0.302 0.207 0.195 0.160 0.089 0.042 0.005 304 R 0.525 0.277 0.114 0.058 0.020 0.006 0.001 305 W 0.504 0.193 0.137 0.111 0.042 0.011 0.001