# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.647 0.002 0.004 0.003 0.005 0.034 0.014 0.001 0.029 0.227 2 T 0.017 0.761 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.002 0.001 0.024 0.168 3 D 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 0.017 4 W 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 5 Q 0.009 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.012 6 Q 0.007 0.841 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.104 0.033 7 A 0.021 0.683 0.057 0.003 0.001 0.001 0.018 0.023 0.013 0.124 0.056 8 L 0.090 0.724 0.008 0.004 0.001 0.001 0.017 0.017 0.003 0.059 0.076 9 D 0.053 0.385 0.025 0.005 0.002 0.004 0.047 0.005 0.017 0.122 0.336 10 R 0.063 0.548 0.002 0.003 0.001 0.003 0.046 0.004 0.001 0.041 0.287 11 H 0.057 0.396 0.024 0.009 0.002 0.006 0.053 0.011 0.011 0.116 0.314 12 V 0.065 0.532 0.004 0.010 0.005 0.009 0.065 0.006 0.001 0.036 0.265 13 G 0.054 0.549 0.003 0.013 0.002 0.009 0.037 0.004 0.001 0.050 0.279 14 V 0.035 0.104 0.002 0.015 0.005 0.007 0.060 0.003 0.001 0.538 0.231 15 G 0.004 0.054 0.002 0.009 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.830 0.073 16 V 0.032 0.608 0.006 0.007 0.003 0.005 0.023 0.008 0.001 0.141 0.167 17 R 0.038 0.534 0.012 0.014 0.003 0.006 0.022 0.010 0.003 0.183 0.177 18 T 0.011 0.758 0.002 0.003 0.002 0.003 0.016 0.003 0.001 0.077 0.123 19 T 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.024 20 R 0.025 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.021 0.040 21 D 0.017 0.683 0.054 0.002 0.001 0.001 0.025 0.005 0.048 0.069 0.096 22 L 0.301 0.435 0.022 0.001 0.001 0.001 0.033 0.052 0.010 0.046 0.100 23 I 0.376 0.127 0.012 0.010 0.001 0.003 0.064 0.071 0.012 0.099 0.226 24 R 0.054 0.009 0.001 0.011 0.002 0.005 0.138 0.001 0.001 0.018 0.762 25 L 0.001 0.009 0.001 0.022 0.002 0.006 0.091 0.001 0.001 0.010 0.858 26 I 0.010 0.027 0.003 0.007 0.016 0.013 0.182 0.015 0.001 0.033 0.694 27 Q 0.419 0.363 0.005 0.005 0.001 0.001 0.023 0.017 0.004 0.049 0.113 28 P 0.382 0.248 0.014 0.003 0.001 0.001 0.027 0.006 0.004 0.070 0.245 29 E 0.225 0.152 0.007 0.007 0.003 0.011 0.063 0.007 0.003 0.052 0.471 30 D 0.245 0.086 0.004 0.013 0.010 0.026 0.078 0.015 0.002 0.075 0.444 31 W 0.169 0.029 0.002 0.021 0.018 0.027 0.097 0.006 0.001 0.056 0.575 32 D 0.017 0.010 0.001 0.019 0.038 0.075 0.112 0.002 0.001 0.023 0.705 33 K 0.011 0.005 0.001 0.013 0.032 0.042 0.110 0.001 0.001 0.022 0.763 34 R 0.018 0.007 0.002 0.037 0.064 0.069 0.187 0.009 0.001 0.084 0.523 35 P 0.190 0.023 0.003 0.022 0.010 0.015 0.102 0.006 0.002 0.077 0.548 36 I 0.363 0.033 0.003 0.017 0.006 0.009 0.077 0.007 0.001 0.077 0.408 37 S 0.038 0.017 0.001 0.013 0.004 0.008 0.110 0.002 0.001 0.050 0.756 38 G 0.039 0.130 0.001 0.017 0.008 0.018 0.125 0.007 0.001 0.058 0.596 39 K 0.072 0.294 0.002 0.018 0.018 0.016 0.086 0.006 0.001 0.097 0.389 40 R 0.021 0.585 0.002 0.013 0.012 0.018 0.053 0.004 0.001 0.055 0.238 41 S 0.018 0.854 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.002 0.001 0.042 0.055 42 V 0.009 0.912 0.002 0.003 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.032 0.030 43 Y 0.011 0.884 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.064 0.023 44 E 0.006 0.890 0.002 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.062 0.024 45 V 0.009 0.920 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.029 0.022 46 A 0.011 0.934 0.002 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.020 0.018 47 V 0.014 0.885 0.003 0.004 0.003 0.005 0.011 0.002 0.001 0.030 0.043 48 H 0.017 0.875 0.004 0.005 0.004 0.005 0.014 0.004 0.001 0.025 0.045 49 L 0.028 0.841 0.004 0.007 0.005 0.006 0.018 0.005 0.001 0.024 0.062 50 A 0.042 0.746 0.009 0.010 0.009 0.012 0.029 0.007 0.003 0.030 0.104 51 V 0.045 0.703 0.004 0.010 0.006 0.008 0.033 0.006 0.002 0.037 0.146 52 L 0.058 0.514 0.023 0.014 0.008 0.010 0.047 0.009 0.009 0.130 0.178 53 L 0.064 0.670 0.006 0.010 0.008 0.011 0.036 0.008 0.002 0.058 0.126 54 E 0.031 0.754 0.006 0.007 0.006 0.010 0.022 0.006 0.002 0.019 0.136 55 A 0.026 0.783 0.004 0.007 0.008 0.012 0.021 0.006 0.001 0.010 0.122 56 D 0.039 0.713 0.005 0.011 0.011 0.023 0.022 0.012 0.001 0.039 0.122 57 L 0.099 0.250 0.010 0.020 0.021 0.031 0.049 0.010 0.003 0.280 0.226 58 R 0.059 0.134 0.064 0.060 0.024 0.053 0.082 0.009 0.028 0.274 0.212 59 I 0.198 0.031 0.032 0.037 0.017 0.037 0.096 0.011 0.014 0.099 0.429 60 A 0.203 0.016 0.004 0.043 0.019 0.031 0.089 0.008 0.003 0.069 0.515 61 T 0.044 0.005 0.001 0.011 0.007 0.020 0.103 0.002 0.001 0.024 0.784 62 G 0.017 0.005 0.001 0.011 0.005 0.014 0.103 0.001 0.001 0.015 0.827 63 A 0.012 0.008 0.001 0.007 0.016 0.021 0.139 0.007 0.001 0.020 0.768 64 T 0.201 0.199 0.001 0.007 0.007 0.011 0.062 0.008 0.001 0.020 0.482 65 A 0.139 0.379 0.003 0.007 0.010 0.016 0.053 0.011 0.001 0.039 0.341 66 D 0.068 0.410 0.015 0.005 0.011 0.020 0.055 0.004 0.006 0.031 0.376 67 E 0.165 0.425 0.012 0.003 0.015 0.024 0.041 0.014 0.004 0.027 0.268 68 M 0.316 0.183 0.005 0.002 0.015 0.018 0.036 0.015 0.003 0.035 0.371 69 A 0.156 0.056 0.006 0.005 0.009 0.019 0.054 0.004 0.002 0.028 0.661 70 Q 0.031 0.020 0.003 0.007 0.015 0.038 0.054 0.003 0.001 0.026 0.803 71 F 0.053 0.008 0.001 0.005 0.019 0.024 0.061 0.002 0.001 0.034 0.794 72 Y 0.029 0.008 0.001 0.013 0.043 0.033 0.094 0.003 0.001 0.042 0.734 73 A 0.014 0.009 0.001 0.006 0.011 0.014 0.107 0.003 0.001 0.015 0.821 74 V 0.063 0.005 0.001 0.007 0.020 0.013 0.152 0.007 0.001 0.030 0.703 75 P 0.015 0.010 0.001 0.020 0.009 0.011 0.170 0.001 0.001 0.043 0.722 76 V 0.007 0.068 0.001 0.023 0.005 0.008 0.112 0.003 0.001 0.038 0.736 77 L 0.042 0.868 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.019 0.048 78 P 0.025 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.030 79 E 0.016 0.831 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.064 0.074 80 Q 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.020 0.022 81 L 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.008 0.014 82 V 0.009 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.029 0.027 83 D 0.018 0.869 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.056 0.045 84 R 0.010 0.217 0.013 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.003 0.698 0.040 85 L 0.016 0.767 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.137 0.053 86 D 0.020 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.044 0.087 87 Q 0.007 0.855 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.045 0.075 88 S 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.021 89 W 0.040 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.011 0.025 90 Q 0.028 0.786 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.005 0.066 0.088 91 Y 0.067 0.564 0.035 0.002 0.001 0.001 0.048 0.008 0.018 0.080 0.175 92 Y 0.175 0.496 0.021 0.004 0.001 0.001 0.038 0.047 0.008 0.066 0.144 93 Q 0.168 0.317 0.004 0.004 0.001 0.003 0.063 0.013 0.003 0.040 0.384 94 D 0.041 0.227 0.005 0.009 0.002 0.006 0.073 0.002 0.002 0.026 0.607 95 R 0.028 0.280 0.012 0.007 0.004 0.009 0.074 0.007 0.004 0.035 0.540 96 L 0.172 0.439 0.005 0.003 0.004 0.006 0.042 0.019 0.002 0.037 0.272 97 M 0.234 0.305 0.008 0.007 0.001 0.003 0.040 0.009 0.003 0.076 0.314 98 A 0.093 0.099 0.010 0.012 0.003 0.007 0.080 0.005 0.003 0.189 0.498 99 D 0.103 0.138 0.009 0.017 0.007 0.018 0.086 0.010 0.003 0.143 0.466 100 F 0.188 0.035 0.007 0.023 0.008 0.013 0.086 0.007 0.002 0.133 0.499 101 S 0.058 0.034 0.002 0.030 0.019 0.031 0.106 0.005 0.001 0.106 0.607 102 T 0.044 0.050 0.001 0.013 0.016 0.034 0.112 0.004 0.001 0.035 0.691 103 E 0.039 0.019 0.007 0.027 0.038 0.064 0.140 0.022 0.003 0.066 0.576 104 T 0.126 0.032 0.006 0.029 0.021 0.037 0.142 0.010 0.004 0.058 0.536 105 T 0.239 0.009 0.003 0.026 0.015 0.032 0.074 0.013 0.002 0.075 0.512 106 Y 0.141 0.004 0.001 0.025 0.006 0.010 0.098 0.002 0.001 0.044 0.669 107 W 0.007 0.001 0.001 0.023 0.010 0.024 0.135 0.002 0.001 0.019 0.779 108 G 0.035 0.007 0.001 0.025 0.008 0.010 0.115 0.001 0.001 0.029 0.769 109 V 0.024 0.004 0.001 0.020 0.025 0.028 0.188 0.009 0.001 0.131 0.572 110 T 0.026 0.017 0.001 0.019 0.006 0.009 0.129 0.001 0.001 0.314 0.478 111 D 0.022 0.203 0.002 0.019 0.011 0.018 0.101 0.007 0.001 0.223 0.393 112 S 0.032 0.632 0.002 0.005 0.003 0.004 0.032 0.004 0.001 0.104 0.182 113 T 0.012 0.858 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.004 0.001 0.051 0.054 114 T 0.013 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.030 115 G 0.006 0.921 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.039 0.020 116 W 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.014 117 L 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.013 118 L 0.011 0.916 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.040 0.018 119 E 0.012 0.886 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.053 0.026 120 A 0.047 0.776 0.022 0.005 0.002 0.002 0.021 0.015 0.007 0.039 0.063 121 A 0.129 0.586 0.009 0.010 0.005 0.006 0.036 0.014 0.004 0.071 0.130 122 V 0.078 0.343 0.008 0.015 0.005 0.008 0.079 0.007 0.004 0.091 0.361 123 H 0.085 0.239 0.011 0.026 0.008 0.014 0.120 0.013 0.005 0.110 0.369 124 L 0.106 0.237 0.016 0.028 0.009 0.019 0.110 0.011 0.008 0.089 0.367 125 Y 0.165 0.130 0.008 0.017 0.010 0.018 0.105 0.006 0.004 0.067 0.470 126 H 0.036 0.277 0.003 0.016 0.004 0.011 0.080 0.004 0.002 0.075 0.492 127 H 0.038 0.830 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.033 0.074 128 R 0.008 0.936 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.032 129 S 0.004 0.917 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.034 0.032 130 Q 0.002 0.951 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 0.010 131 L 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.006 132 L 0.002 0.502 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.468 0.013 133 D 0.004 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.012 134 Y 0.007 0.925 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.022 0.020 135 L 0.014 0.039 0.433 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.429 0.041 0.031 136 N 0.820 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.002 0.010 0.113 137 L 0.086 0.011 0.003 0.002 0.001 0.003 0.046 0.010 0.005 0.035 0.798 138 L 0.027 0.005 0.002 0.012 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.012 0.829 139 G 0.002 0.001 0.001 0.014 0.010 0.027 0.109 0.001 0.001 0.028 0.809 140 Y 0.007 0.001 0.001 0.009 0.014 0.007 0.082 0.001 0.001 0.027 0.854 141 D 0.086 0.004 0.001 0.050 0.018 0.020 0.122 0.006 0.001 0.048 0.645 142 I 0.077 0.002 0.001 0.006 0.004 0.005 0.100 0.016 0.001 0.029 0.760 143 K 0.073 0.009 0.001 0.018 0.004 0.007 0.109 0.015 0.001 0.019 0.747 144 L 0.059 0.002 0.001 0.021 0.011 0.025 0.096 0.008 0.001 0.024 0.754 145 D 0.026 0.002 0.001 0.076 0.036 0.069 0.099 0.001 0.001 0.031 0.657 146 L 0.011 0.004 0.002 0.062 0.028 0.057 0.090 0.001 0.001 0.019 0.726 147 F 0.114 0.010 0.002 0.031 0.078 0.052 0.113 0.005 0.001 0.051 0.541 148 E 0.085 0.011 0.001 0.015 0.016 0.017 0.134 0.005 0.001 0.034 0.680