# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.274 0.013 0.014 0.025 0.035 0.077 0.011 0.004 0.036 0.461 2 K 0.194 0.262 0.004 0.012 0.064 0.049 0.063 0.039 0.002 0.064 0.248 3 P 0.190 0.113 0.001 0.020 0.027 0.060 0.070 0.006 0.001 0.048 0.464 4 L 0.039 0.069 0.006 0.047 0.047 0.092 0.107 0.002 0.002 0.042 0.546 5 K 0.010 0.037 0.006 0.036 0.024 0.039 0.120 0.003 0.003 0.018 0.705 6 E 0.356 0.243 0.003 0.007 0.019 0.014 0.051 0.017 0.002 0.045 0.244 7 V 0.111 0.341 0.002 0.008 0.003 0.004 0.050 0.005 0.001 0.031 0.443 8 V 0.013 0.579 0.001 0.005 0.003 0.007 0.037 0.003 0.001 0.013 0.339 9 G 0.007 0.925 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.040 10 A 0.016 0.917 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.008 0.040 11 Y 0.021 0.327 0.001 0.007 0.011 0.008 0.011 0.002 0.001 0.560 0.052 12 L 0.011 0.694 0.007 0.006 0.003 0.004 0.023 0.004 0.002 0.165 0.082 13 A 0.036 0.805 0.011 0.003 0.002 0.002 0.014 0.011 0.002 0.056 0.059 14 L 0.030 0.821 0.005 0.003 0.001 0.002 0.011 0.004 0.002 0.043 0.078 15 S 0.021 0.749 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.061 0.139 16 D 0.002 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.029 17 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 18 Q 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.015 19 R 0.007 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.039 0.026 20 Q 0.034 0.251 0.328 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 0.157 0.156 0.040 21 L 0.527 0.221 0.023 0.002 0.001 0.001 0.022 0.043 0.018 0.049 0.094 22 V 0.187 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.002 0.021 0.640 23 A 0.023 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.014 0.801 24 G 0.012 0.188 0.003 0.009 0.002 0.007 0.082 0.003 0.001 0.081 0.613 25 E 0.020 0.560 0.002 0.003 0.003 0.003 0.041 0.005 0.001 0.098 0.265 26 Y 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.027 27 D 0.021 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.017 28 E 0.008 0.509 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.441 0.027 29 A 0.003 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.043 0.018 30 A 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.014 31 A 0.003 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.066 0.030 32 N 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.014 33 C 0.017 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.005 0.012 34 R 0.032 0.678 0.016 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.010 0.165 0.072 35 R 0.110 0.364 0.016 0.004 0.001 0.001 0.063 0.007 0.008 0.172 0.254 36 A 0.136 0.103 0.042 0.014 0.002 0.003 0.092 0.043 0.016 0.302 0.247 37 M 0.213 0.014 0.005 0.040 0.004 0.011 0.127 0.005 0.003 0.124 0.453 38 E 0.012 0.006 0.002 0.044 0.004 0.016 0.093 0.001 0.001 0.031 0.790 39 I 0.005 0.001 0.001 0.010 0.005 0.015 0.119 0.004 0.001 0.019 0.821 40 S 0.511 0.005 0.001 0.011 0.004 0.007 0.077 0.012 0.001 0.067 0.305 41 H 0.050 0.002 0.001 0.009 0.002 0.004 0.085 0.001 0.001 0.030 0.818 42 T 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.091 0.001 0.001 0.005 0.888 43 M 0.068 0.036 0.002 0.013 0.019 0.018 0.122 0.010 0.001 0.039 0.671 44 P 0.166 0.393 0.002 0.005 0.003 0.003 0.050 0.013 0.001 0.052 0.312 45 P 0.130 0.556 0.004 0.002 0.002 0.003 0.029 0.009 0.002 0.028 0.236 46 E 0.192 0.444 0.009 0.003 0.003 0.006 0.033 0.005 0.003 0.040 0.262 47 E 0.095 0.496 0.002 0.002 0.009 0.015 0.050 0.014 0.001 0.040 0.276 48 A 0.188 0.255 0.007 0.004 0.011 0.020 0.047 0.009 0.004 0.047 0.407 49 F 0.101 0.144 0.017 0.007 0.014 0.021 0.079 0.006 0.008 0.038 0.565 50 D 0.094 0.061 0.003 0.003 0.011 0.019 0.073 0.006 0.002 0.026 0.703 51 H 0.220 0.075 0.003 0.004 0.004 0.005 0.060 0.006 0.001 0.042 0.581 52 A 0.066 0.076 0.001 0.006 0.004 0.006 0.084 0.004 0.001 0.036 0.717 53 G 0.029 0.147 0.001 0.007 0.004 0.007 0.086 0.003 0.001 0.028 0.688 54 F 0.019 0.403 0.001 0.011 0.015 0.010 0.073 0.007 0.001 0.049 0.412 55 D 0.022 0.815 0.001 0.005 0.005 0.005 0.020 0.005 0.001 0.026 0.096 56 A 0.025 0.818 0.001 0.008 0.003 0.004 0.015 0.004 0.001 0.047 0.075 57 F 0.021 0.626 0.005 0.011 0.003 0.004 0.023 0.004 0.001 0.217 0.083 58 C 0.019 0.802 0.003 0.005 0.002 0.002 0.015 0.005 0.001 0.089 0.058 59 H 0.018 0.870 0.003 0.004 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.044 0.047 60 A 0.014 0.799 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.088 0.070 61 G 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.024 0.031 62 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 63 A 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.017 64 E 0.025 0.740 0.016 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.007 0.123 0.068 65 A 0.106 0.612 0.025 0.002 0.001 0.001 0.024 0.025 0.010 0.112 0.083 66 L 0.173 0.241 0.107 0.007 0.001 0.002 0.049 0.027 0.076 0.125 0.195 67 A 0.175 0.110 0.006 0.007 0.001 0.003 0.107 0.008 0.005 0.050 0.529 68 G 0.063 0.139 0.001 0.005 0.001 0.002 0.078 0.004 0.001 0.032 0.674 69 L 0.056 0.126 0.004 0.010 0.002 0.005 0.124 0.006 0.001 0.055 0.613 70 R 0.016 0.283 0.002 0.019 0.002 0.006 0.077 0.003 0.001 0.049 0.543 71 S 0.024 0.798 0.002 0.002 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.049 0.100 72 F 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.022 73 D 0.021 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.090 0.026 74 E 0.009 0.429 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.518 0.029 75 A 0.004 0.846 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.102 0.032 76 L 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.021 0.017 77 H 0.004 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.043 0.033 78 S 0.004 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.018 79 A 0.023 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.012 0.016 80 D 0.036 0.657 0.018 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.174 0.079 81 K 0.107 0.534 0.011 0.002 0.001 0.001 0.056 0.007 0.005 0.086 0.189 82 A 0.116 0.338 0.021 0.012 0.001 0.002 0.081 0.038 0.008 0.135 0.248 83 L 0.228 0.064 0.005 0.026 0.003 0.008 0.144 0.007 0.003 0.134 0.379 84 H 0.020 0.039 0.003 0.036 0.005 0.018 0.137 0.001 0.002 0.041 0.698 85 Y 0.022 0.043 0.005 0.013 0.005 0.013 0.141 0.004 0.003 0.027 0.723 86 F 0.403 0.112 0.008 0.009 0.005 0.007 0.076 0.022 0.007 0.062 0.289 87 N 0.285 0.076 0.004 0.005 0.001 0.003 0.052 0.005 0.002 0.034 0.534 88 R 0.089 0.086 0.002 0.007 0.002 0.008 0.065 0.005 0.001 0.033 0.703 89 R 0.124 0.132 0.005 0.012 0.008 0.014 0.076 0.005 0.002 0.060 0.562 90 G 0.096 0.115 0.004 0.014 0.019 0.026 0.094 0.009 0.001 0.063 0.559 91 E 0.098 0.082 0.001 0.008 0.031 0.041 0.079 0.004 0.001 0.044 0.612 92 L 0.028 0.076 0.002 0.011 0.023 0.035 0.111 0.002 0.001 0.035 0.676 93 N 0.070 0.116 0.011 0.008 0.016 0.026 0.115 0.007 0.006 0.053 0.573 94 Q 0.365 0.079 0.005 0.003 0.006 0.008 0.054 0.012 0.003 0.057 0.409 95 D 0.280 0.088 0.001 0.003 0.003 0.004 0.054 0.005 0.001 0.053 0.507 96 E 0.027 0.187 0.001 0.004 0.002 0.004 0.065 0.002 0.001 0.029 0.678 97 G 0.019 0.583 0.001 0.003 0.006 0.008 0.041 0.004 0.001 0.024 0.311 98 K 0.021 0.572 0.001 0.010 0.021 0.015 0.039 0.003 0.001 0.113 0.206 99 L 0.002 0.874 0.001 0.004 0.007 0.007 0.012 0.001 0.001 0.032 0.059 100 W 0.003 0.977 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 101 I 0.007 0.949 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.011 102 S 0.004 0.288 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.674 0.019 103 A 0.005 0.681 0.007 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.261 0.029 104 V 0.014 0.895 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.046 0.025 105 Y 0.009 0.846 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.072 0.057 106 S 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.027 107 R 0.005 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.010 108 A 0.016 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.057 0.025 109 L 0.031 0.785 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.003 0.078 0.072 110 A 0.077 0.627 0.026 0.003 0.001 0.001 0.027 0.020 0.009 0.110 0.098 111 L 0.121 0.162 0.178 0.008 0.001 0.002 0.058 0.024 0.131 0.142 0.173 112 D 0.297 0.103 0.006 0.005 0.001 0.003 0.074 0.012 0.005 0.038 0.455 113 G 0.133 0.047 0.002 0.004 0.001 0.003 0.073 0.006 0.002 0.030 0.699 114 L 0.045 0.027 0.002 0.007 0.002 0.005 0.119 0.003 0.001 0.021 0.769 115 G 0.043 0.076 0.002 0.012 0.002 0.007 0.089 0.002 0.001 0.032 0.734 116 R 0.035 0.187 0.003 0.007 0.006 0.007 0.102 0.008 0.001 0.080 0.566 117 G 0.087 0.742 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.005 0.001 0.026 0.116 118 A 0.072 0.393 0.003 0.008 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.370 0.120 119 E 0.008 0.579 0.002 0.005 0.002 0.003 0.031 0.003 0.001 0.232 0.135 120 A 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.012 0.036 121 M 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 0.018 122 P 0.009 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.046 0.034 123 E 0.003 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.017 0.018 124 F 0.014 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.010 125 K 0.013 0.788 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.113 0.065 126 K 0.024 0.783 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.003 0.060 0.089 127 V 0.091 0.683 0.012 0.003 0.001 0.001 0.021 0.070 0.004 0.056 0.060 128 V 0.318 0.262 0.007 0.008 0.002 0.004 0.051 0.009 0.006 0.095 0.238 129 E 0.012 0.235 0.005 0.010 0.002 0.006 0.104 0.001 0.004 0.013 0.608 130 M 0.024 0.318 0.011 0.005 0.002 0.006 0.063 0.015 0.004 0.011 0.541 131 I 0.568 0.275 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.024 0.002 0.044 0.064 132 E 0.128 0.119 0.023 0.007 0.001 0.004 0.071 0.002 0.011 0.073 0.561 133 E 0.083 0.146 0.012 0.009 0.001 0.006 0.053 0.004 0.002 0.027 0.657 134 R 0.361 0.072 0.002 0.006 0.010 0.011 0.051 0.019 0.001 0.142 0.324 135 K 0.095 0.052 0.002 0.015 0.005 0.009 0.092 0.003 0.001 0.093 0.633 136 G 0.025 0.043 0.004 0.026 0.012 0.028 0.118 0.003 0.001 0.060 0.680 137 E 0.046 0.087 0.003 0.012 0.023 0.024 0.114 0.006 0.001 0.053 0.631 138 T 0.324 0.295 0.001 0.008 0.007 0.009 0.065 0.010 0.001 0.054 0.227 139 P 0.040 0.339 0.002 0.018 0.004 0.009 0.084 0.006 0.001 0.078 0.419 140 G 0.015 0.857 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.013 0.089 141 K 0.005 0.955 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.023 142 E 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.017 143 R 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.013 144 M 0.006 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.019 0.015 145 M 0.031 0.818 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.104 0.024 146 E 0.014 0.694 0.016 0.006 0.001 0.001 0.018 0.003 0.008 0.156 0.084 147 V 0.024 0.832 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.035 0.080 148 A 0.013 0.898 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.022 0.053 149 I 0.009 0.718 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.137 0.113 150 D 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.017 151 R 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 152 I 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.009 153 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 154 Q 0.006 0.259 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.704 0.019 155 L 0.005 0.195 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.773 0.015 156 G 0.008 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.046 0.050 157 A 0.009 0.916 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.006 0.046 158 S 0.044 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.007 0.050 159 N 0.032 0.698 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.011 0.007 0.084 0.139 160 Q 0.207 0.138 0.074 0.003 0.001 0.001 0.049 0.018 0.038 0.283 0.189 161 Q 0.172 0.100 0.021 0.011 0.001 0.002 0.135 0.018 0.019 0.122 0.399 162 K 0.150 0.016 0.002 0.009 0.001 0.002 0.103 0.003 0.001 0.036 0.677 163 K 0.032 0.012 0.002 0.014 0.002 0.004 0.133 0.001 0.001 0.032 0.767 164 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.122 0.004 0.001 0.010 0.844 165 G 0.593 0.077 0.004 0.007 0.002 0.004 0.044 0.012 0.002 0.036 0.220 166 Y 0.299 0.094 0.004 0.015 0.003 0.005 0.067 0.008 0.001 0.064 0.441 167 K 0.049 0.043 0.002 0.018 0.005 0.017 0.108 0.003 0.001 0.031 0.723 168 A 0.043 0.073 0.003 0.102 0.068 0.112 0.122 0.006 0.001 0.072 0.399 169 W 0.040 0.038 0.002 0.096 0.074 0.103 0.121 0.006 0.001 0.122 0.396 170 W 0.037 0.019 0.003 0.122 0.124 0.153 0.101 0.003 0.001 0.078 0.358 171 E 0.022 0.012 0.002 0.121 0.081 0.177 0.100 0.002 0.001 0.082 0.400 172 F 0.050 0.015 0.004 0.078 0.076 0.122 0.124 0.003 0.002 0.096 0.432 173 W 0.043 0.018 0.003 0.079 0.066 0.114 0.140 0.006 0.002 0.070 0.460 174 S 0.160 0.041 0.003 0.028 0.028 0.049 0.124 0.008 0.003 0.072 0.484