# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.353 0.273 0.159 0.110 0.061 0.033 0.010 2 K 0.157 0.173 0.181 0.197 0.164 0.099 0.031 3 P 0.143 0.224 0.190 0.178 0.132 0.102 0.030 4 L 0.064 0.084 0.129 0.247 0.274 0.166 0.036 5 K 0.231 0.339 0.238 0.120 0.048 0.019 0.004 6 E 0.137 0.252 0.293 0.200 0.085 0.028 0.005 7 V 0.067 0.047 0.070 0.160 0.301 0.308 0.046 8 V 0.100 0.111 0.172 0.254 0.241 0.113 0.010 9 G 0.225 0.325 0.237 0.147 0.048 0.016 0.002 10 A 0.168 0.100 0.144 0.241 0.210 0.123 0.013 11 Y 0.258 0.155 0.101 0.120 0.164 0.174 0.028 12 L 0.370 0.195 0.143 0.125 0.089 0.065 0.013 13 A 0.296 0.230 0.189 0.164 0.080 0.036 0.005 14 L 0.178 0.120 0.131 0.171 0.207 0.158 0.035 15 S 0.342 0.239 0.171 0.140 0.075 0.029 0.003 16 D 0.379 0.362 0.165 0.068 0.020 0.005 0.001 17 A 0.219 0.141 0.183 0.238 0.179 0.038 0.002 18 Q 0.339 0.238 0.196 0.145 0.067 0.015 0.001 19 R 0.594 0.297 0.082 0.022 0.004 0.001 0.001 20 Q 0.491 0.327 0.135 0.040 0.006 0.001 0.001 21 L 0.155 0.138 0.195 0.320 0.168 0.025 0.001 22 V 0.433 0.360 0.148 0.049 0.009 0.001 0.001 23 A 0.673 0.240 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 24 G 0.641 0.231 0.085 0.032 0.010 0.002 0.001 25 E 0.370 0.338 0.169 0.092 0.026 0.005 0.001 26 Y 0.115 0.127 0.200 0.324 0.203 0.031 0.001 27 D 0.412 0.381 0.158 0.041 0.007 0.001 0.001 28 E 0.398 0.427 0.135 0.034 0.005 0.001 0.001 29 A 0.087 0.082 0.158 0.341 0.273 0.057 0.002 30 A 0.133 0.197 0.258 0.270 0.119 0.022 0.001 31 A 0.489 0.365 0.108 0.031 0.006 0.001 0.001 32 N 0.232 0.302 0.263 0.155 0.041 0.007 0.001 33 C 0.082 0.075 0.118 0.213 0.309 0.190 0.014 34 R 0.202 0.248 0.248 0.195 0.082 0.023 0.002 35 R 0.308 0.361 0.198 0.094 0.030 0.008 0.001 36 A 0.130 0.099 0.137 0.248 0.258 0.116 0.012 37 M 0.178 0.153 0.169 0.214 0.174 0.097 0.016 38 E 0.395 0.323 0.158 0.079 0.031 0.011 0.002 39 I 0.276 0.188 0.181 0.175 0.116 0.052 0.011 40 S 0.218 0.184 0.167 0.175 0.147 0.087 0.021 41 H 0.335 0.240 0.164 0.131 0.077 0.041 0.012 42 T 0.365 0.239 0.148 0.120 0.079 0.039 0.011 43 M 0.191 0.145 0.160 0.206 0.174 0.099 0.024 44 P 0.419 0.279 0.144 0.087 0.042 0.022 0.007 45 P 0.424 0.244 0.160 0.102 0.046 0.018 0.006 46 E 0.495 0.264 0.115 0.068 0.035 0.017 0.005 47 E 0.182 0.201 0.203 0.198 0.133 0.068 0.015 48 A 0.131 0.155 0.169 0.208 0.182 0.123 0.032 49 F 0.067 0.089 0.126 0.202 0.244 0.206 0.065 50 D 0.152 0.210 0.184 0.173 0.133 0.104 0.043 51 H 0.087 0.096 0.130 0.198 0.243 0.193 0.053 52 A 0.157 0.238 0.235 0.175 0.109 0.063 0.023 53 G 0.097 0.119 0.153 0.201 0.207 0.159 0.065 54 F 0.040 0.041 0.051 0.102 0.211 0.358 0.197 55 D 0.036 0.063 0.111 0.194 0.228 0.230 0.138 56 A 0.032 0.048 0.084 0.115 0.154 0.284 0.284 57 F 0.026 0.040 0.047 0.090 0.154 0.285 0.358 58 C 0.019 0.020 0.034 0.069 0.123 0.276 0.460 59 H 0.023 0.043 0.046 0.085 0.124 0.306 0.374 60 A 0.030 0.050 0.092 0.153 0.195 0.245 0.236 61 G 0.029 0.052 0.087 0.167 0.199 0.295 0.172 62 L 0.040 0.034 0.037 0.065 0.116 0.317 0.392 63 A 0.140 0.151 0.135 0.173 0.153 0.191 0.056 64 E 0.074 0.207 0.268 0.250 0.137 0.052 0.012 65 A 0.026 0.035 0.074 0.213 0.327 0.286 0.038 66 L 0.034 0.100 0.156 0.222 0.255 0.202 0.031 67 A 0.120 0.189 0.181 0.194 0.189 0.114 0.014 68 G 0.069 0.221 0.317 0.258 0.105 0.026 0.003 69 L 0.031 0.065 0.138 0.248 0.316 0.183 0.020 70 R 0.302 0.368 0.179 0.096 0.040 0.014 0.002 71 S 0.105 0.313 0.295 0.184 0.077 0.022 0.003 72 F 0.021 0.032 0.079 0.262 0.417 0.174 0.014 73 D 0.154 0.342 0.280 0.168 0.047 0.009 0.001 74 E 0.113 0.325 0.318 0.176 0.058 0.010 0.001 75 A 0.023 0.031 0.064 0.180 0.356 0.316 0.029 76 L 0.044 0.076 0.145 0.305 0.305 0.119 0.005 77 H 0.130 0.384 0.282 0.140 0.050 0.013 0.001 78 S 0.032 0.093 0.239 0.372 0.206 0.055 0.003 79 A 0.015 0.017 0.026 0.071 0.252 0.533 0.087 80 D 0.047 0.126 0.198 0.314 0.240 0.071 0.004 81 K 0.069 0.196 0.317 0.282 0.109 0.024 0.002 82 A 0.036 0.040 0.065 0.128 0.292 0.386 0.053 83 L 0.106 0.068 0.064 0.130 0.240 0.317 0.075 84 H 0.204 0.324 0.228 0.145 0.063 0.030 0.007 85 Y 0.268 0.183 0.226 0.197 0.097 0.026 0.004 86 F 0.301 0.135 0.106 0.173 0.172 0.105 0.008 87 N 0.393 0.274 0.166 0.107 0.046 0.013 0.001 88 R 0.472 0.267 0.138 0.083 0.032 0.007 0.001 89 R 0.512 0.229 0.147 0.079 0.028 0.005 0.001 90 G 0.637 0.214 0.078 0.046 0.019 0.006 0.001 91 E 0.583 0.253 0.103 0.043 0.014 0.004 0.001 92 L 0.358 0.185 0.177 0.169 0.091 0.019 0.001 93 N 0.611 0.261 0.087 0.034 0.007 0.001 0.001 94 Q 0.792 0.169 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 95 D 0.836 0.115 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 96 E 0.750 0.173 0.054 0.019 0.003 0.001 0.001 97 G 0.581 0.234 0.112 0.055 0.016 0.002 0.001 98 K 0.516 0.306 0.128 0.041 0.007 0.001 0.001 99 L 0.140 0.185 0.243 0.267 0.131 0.033 0.002 100 W 0.037 0.092 0.176 0.249 0.283 0.151 0.012 101 I 0.018 0.025 0.050 0.131 0.305 0.398 0.073 102 S 0.061 0.150 0.250 0.320 0.155 0.055 0.008 103 A 0.109 0.114 0.132 0.180 0.212 0.197 0.056 104 V 0.083 0.081 0.082 0.170 0.208 0.273 0.102 105 Y 0.097 0.121 0.175 0.269 0.184 0.118 0.036 106 S 0.181 0.217 0.178 0.177 0.129 0.092 0.027 107 R 0.094 0.128 0.144 0.191 0.191 0.185 0.068 108 A 0.087 0.102 0.118 0.198 0.238 0.217 0.039 109 L 0.151 0.239 0.231 0.209 0.115 0.046 0.009 110 A 0.192 0.145 0.141 0.185 0.179 0.138 0.020 111 L 0.142 0.145 0.173 0.213 0.193 0.113 0.020 112 D 0.321 0.302 0.188 0.117 0.052 0.017 0.003 113 G 0.309 0.301 0.202 0.120 0.050 0.015 0.003 114 L 0.190 0.219 0.218 0.194 0.128 0.047 0.005 115 G 0.355 0.209 0.149 0.136 0.099 0.045 0.006 116 R 0.349 0.343 0.176 0.091 0.033 0.007 0.001 117 G 0.294 0.282 0.214 0.140 0.056 0.013 0.002 118 A 0.674 0.226 0.065 0.025 0.007 0.002 0.001 119 E 0.342 0.416 0.177 0.051 0.011 0.002 0.001 120 A 0.060 0.059 0.123 0.335 0.329 0.091 0.004 121 M 0.070 0.141 0.245 0.314 0.182 0.046 0.003 122 P 0.370 0.452 0.138 0.033 0.005 0.001 0.001 123 E 0.117 0.234 0.311 0.247 0.077 0.013 0.001 124 F 0.028 0.028 0.068 0.199 0.435 0.229 0.013 125 K 0.169 0.312 0.308 0.164 0.039 0.008 0.001 126 K 0.334 0.364 0.183 0.083 0.028 0.007 0.001 127 V 0.094 0.091 0.146 0.261 0.274 0.123 0.012 128 V 0.276 0.253 0.191 0.167 0.078 0.029 0.005 129 E 0.261 0.222 0.162 0.163 0.116 0.064 0.012 130 M 0.156 0.177 0.179 0.192 0.164 0.107 0.025 131 I 0.172 0.160 0.202 0.229 0.161 0.066 0.010 132 E 0.497 0.333 0.110 0.041 0.014 0.004 0.001 133 E 0.198 0.233 0.255 0.201 0.092 0.020 0.002 134 R 0.284 0.238 0.199 0.159 0.089 0.029 0.002 135 K 0.575 0.269 0.101 0.041 0.012 0.003 0.001 136 G 0.598 0.207 0.097 0.064 0.028 0.006 0.001 137 E 0.441 0.309 0.153 0.071 0.022 0.005 0.001 138 T 0.360 0.249 0.198 0.134 0.049 0.011 0.001 139 P 0.773 0.166 0.040 0.014 0.005 0.001 0.001 140 G 0.664 0.228 0.075 0.026 0.006 0.001 0.001 141 K 0.312 0.308 0.232 0.116 0.028 0.003 0.001 142 E 0.703 0.225 0.053 0.015 0.004 0.001 0.001 143 R 0.307 0.404 0.207 0.065 0.014 0.002 0.001 144 M 0.078 0.057 0.108 0.326 0.348 0.081 0.003 145 M 0.092 0.229 0.300 0.279 0.086 0.014 0.001 146 E 0.268 0.512 0.174 0.039 0.006 0.001 0.001 147 V 0.065 0.106 0.233 0.340 0.208 0.045 0.002 148 A 0.032 0.029 0.056 0.137 0.340 0.374 0.034 149 I 0.102 0.196 0.292 0.267 0.113 0.029 0.001 150 D 0.227 0.423 0.230 0.089 0.025 0.005 0.001 151 R 0.035 0.082 0.166 0.299 0.287 0.125 0.007 152 I 0.040 0.051 0.095 0.214 0.332 0.246 0.023 153 A 0.211 0.316 0.241 0.150 0.064 0.016 0.001 154 Q 0.150 0.276 0.275 0.204 0.078 0.016 0.001 155 L 0.035 0.060 0.127 0.299 0.346 0.127 0.007 156 G 0.282 0.317 0.231 0.123 0.040 0.007 0.001 157 A 0.485 0.337 0.124 0.042 0.010 0.002 0.001 158 S 0.356 0.257 0.196 0.135 0.048 0.007 0.001 159 N 0.527 0.285 0.118 0.055 0.013 0.002 0.001 160 Q 0.649 0.226 0.082 0.035 0.008 0.001 0.001 161 Q 0.673 0.225 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 162 K 0.561 0.279 0.112 0.039 0.007 0.001 0.001 163 K 0.525 0.261 0.129 0.064 0.018 0.002 0.001 164 P 0.644 0.232 0.082 0.032 0.008 0.001 0.001 165 G 0.355 0.313 0.194 0.100 0.031 0.006 0.001 166 Y 0.045 0.097 0.192 0.324 0.252 0.084 0.006 167 K 0.057 0.138 0.238 0.294 0.191 0.073 0.009 168 A 0.030 0.054 0.081 0.148 0.253 0.351 0.083 169 W 0.020 0.041 0.080 0.181 0.294 0.293 0.091 170 W 0.015 0.024 0.042 0.101 0.186 0.422 0.210 171 E 0.054 0.088 0.141 0.241 0.234 0.191 0.051 172 F 0.069 0.117 0.119 0.146 0.186 0.287 0.076 173 W 0.099 0.112 0.155 0.234 0.221 0.142 0.036 174 S 0.305 0.224 0.179 0.145 0.086 0.050 0.010