# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.016 0.010 0.019 0.007 0.017 0.046 0.002 0.001 0.003 0.826 2 D 0.016 0.008 0.002 0.008 0.004 0.006 0.087 0.001 0.001 0.001 0.868 3 E 0.065 0.021 0.002 0.008 0.004 0.007 0.205 0.001 0.001 0.007 0.681 4 L 0.099 0.163 0.003 0.011 0.006 0.013 0.250 0.001 0.001 0.007 0.447 5 E 0.043 0.461 0.001 0.009 0.004 0.008 0.150 0.001 0.001 0.004 0.318 6 L 0.026 0.659 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.261 7 R 0.019 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.054 8 I 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 9 R 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 10 K 0.024 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 11 A 0.012 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 12 E 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.022 13 K 0.031 0.898 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.059 14 L 0.017 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 15 V 0.033 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 16 Q 0.011 0.918 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.055 17 D 0.025 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.065 18 A 0.055 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 19 K 0.013 0.906 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.050 20 K 0.032 0.850 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.098 21 E 0.033 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.058 22 F 0.033 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.031 23 E 0.028 0.897 0.013 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.044 24 M 0.043 0.858 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.033 0.001 0.001 0.048 25 G 0.385 0.424 0.009 0.002 0.002 0.001 0.008 0.054 0.001 0.003 0.113 26 L 0.143 0.308 0.380 0.002 0.002 0.002 0.042 0.006 0.001 0.005 0.110 27 Y 0.012 0.369 0.073 0.030 0.019 0.029 0.049 0.012 0.001 0.001 0.405 28 E 0.039 0.402 0.003 0.066 0.020 0.037 0.057 0.010 0.001 0.005 0.361 29 R 0.048 0.563 0.003 0.013 0.007 0.010 0.045 0.006 0.001 0.002 0.303 30 C 0.041 0.815 0.003 0.023 0.007 0.013 0.019 0.007 0.001 0.001 0.070 31 C 0.027 0.847 0.004 0.014 0.003 0.010 0.017 0.005 0.001 0.001 0.071 32 S 0.016 0.875 0.001 0.007 0.003 0.006 0.011 0.005 0.001 0.001 0.075 33 T 0.015 0.869 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.097 34 A 0.018 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.062 35 Y 0.012 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.035 36 Y 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.042 37 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 38 M 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 39 F 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 40 H 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 41 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 42 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 44 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 M 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 46 L 0.013 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 47 L 0.005 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.004 48 G 0.204 0.685 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.050 49 Y 0.194 0.272 0.126 0.007 0.003 0.003 0.010 0.133 0.001 0.001 0.251 50 G 0.187 0.016 0.051 0.013 0.004 0.003 0.046 0.115 0.001 0.007 0.557 51 R 0.029 0.001 0.755 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.188 52 D 0.010 0.002 0.002 0.044 0.014 0.015 0.145 0.001 0.001 0.001 0.766 53 S 0.025 0.001 0.001 0.022 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.002 0.928 54 K 0.041 0.004 0.001 0.041 0.008 0.015 0.452 0.001 0.001 0.012 0.428 55 T 0.268 0.006 0.001 0.032 0.009 0.013 0.398 0.001 0.001 0.042 0.230 56 H 0.351 0.043 0.003 0.060 0.006 0.010 0.181 0.002 0.001 0.021 0.323 57 R 0.054 0.027 0.005 0.022 0.004 0.006 0.165 0.001 0.001 0.011 0.703 58 G 0.066 0.023 0.002 0.014 0.007 0.010 0.361 0.002 0.001 0.013 0.501 59 T 0.163 0.108 0.015 0.016 0.011 0.029 0.209 0.002 0.001 0.012 0.436 60 I 0.032 0.386 0.003 0.030 0.043 0.095 0.102 0.002 0.001 0.003 0.304 61 Y 0.034 0.418 0.001 0.009 0.020 0.046 0.058 0.002 0.001 0.002 0.410 62 L 0.076 0.613 0.001 0.003 0.008 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.276 63 I 0.049 0.859 0.002 0.004 0.007 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.048 64 W 0.034 0.821 0.004 0.005 0.009 0.028 0.012 0.009 0.001 0.001 0.079 65 E 0.054 0.740 0.004 0.004 0.006 0.013 0.008 0.016 0.001 0.001 0.155 66 C 0.145 0.658 0.005 0.004 0.005 0.005 0.006 0.022 0.001 0.001 0.149 67 R 0.130 0.558 0.021 0.008 0.007 0.013 0.019 0.020 0.001 0.002 0.223 68 E 0.053 0.528 0.041 0.015 0.019 0.033 0.031 0.013 0.001 0.002 0.265 69 E 0.114 0.348 0.008 0.013 0.020 0.033 0.032 0.015 0.001 0.002 0.415 70 L 0.163 0.226 0.012 0.018 0.017 0.029 0.038 0.015 0.001 0.002 0.479 71 G 0.154 0.075 0.013 0.018 0.014 0.015 0.079 0.020 0.001 0.005 0.607 72 L 0.184 0.038 0.124 0.017 0.013 0.022 0.079 0.003 0.001 0.008 0.511 73 S 0.031 0.027 0.005 0.029 0.023 0.037 0.168 0.004 0.001 0.003 0.675 74 D 0.051 0.017 0.003 0.019 0.008 0.010 0.050 0.001 0.001 0.005 0.835 75 D 0.043 0.030 0.002 0.006 0.005 0.008 0.212 0.001 0.001 0.008 0.684 76 D 0.200 0.040 0.002 0.013 0.016 0.021 0.439 0.011 0.001 0.041 0.217 77 C 0.415 0.230 0.018 0.029 0.009 0.018 0.072 0.005 0.001 0.018 0.186 78 S 0.053 0.350 0.008 0.037 0.050 0.044 0.109 0.007 0.001 0.004 0.338 79 K 0.086 0.169 0.005 0.015 0.020 0.029 0.059 0.009 0.001 0.005 0.604 80 L 0.186 0.310 0.014 0.034 0.042 0.080 0.062 0.013 0.001 0.007 0.253 81 S 0.068 0.232 0.010 0.038 0.048 0.074 0.188 0.014 0.001 0.011 0.318 82 R 0.113 0.173 0.010 0.022 0.034 0.050 0.099 0.012 0.001 0.007 0.481 83 A 0.218 0.252 0.012 0.045 0.032 0.056 0.081 0.015 0.001 0.010 0.280 84 F 0.120 0.239 0.014 0.057 0.044 0.071 0.121 0.013 0.001 0.010 0.311 85 D 0.085 0.173 0.013 0.023 0.021 0.038 0.071 0.010 0.001 0.004 0.563 86 L 0.163 0.197 0.013 0.025 0.029 0.040 0.047 0.009 0.001 0.005 0.470 87 R 0.117 0.126 0.010 0.026 0.038 0.076 0.128 0.009 0.001 0.010 0.460 88 E 0.125 0.098 0.018 0.017 0.041 0.070 0.088 0.006 0.001 0.005 0.533 89 E 0.068 0.117 0.006 0.029 0.040 0.068 0.041 0.004 0.001 0.003 0.624 90 S 0.077 0.123 0.003 0.021 0.048 0.061 0.103 0.005 0.001 0.005 0.554 91 D 0.201 0.146 0.004 0.018 0.041 0.047 0.137 0.011 0.001 0.011 0.383 92 Y 0.201 0.236 0.011 0.022 0.029 0.041 0.125 0.010 0.001 0.012 0.314 93 G 0.190 0.118 0.014 0.017 0.025 0.036 0.193 0.011 0.001 0.023 0.372 94 I 0.200 0.102 0.064 0.020 0.026 0.039 0.117 0.005 0.001 0.015 0.412 95 Y 0.048 0.061 0.015 0.037 0.058 0.078 0.105 0.005 0.001 0.005 0.589 96 K 0.070 0.038 0.011 0.032 0.037 0.075 0.085 0.003 0.001 0.006 0.643 97 E 0.091 0.046 0.005 0.026 0.017 0.042 0.073 0.005 0.001 0.004 0.691 98 V 0.175 0.053 0.014 0.043 0.032 0.061 0.121 0.007 0.001 0.010 0.484 99 S 0.136 0.035 0.006 0.019 0.015 0.026 0.293 0.005 0.001 0.005 0.460 100 K 0.011 0.009 0.003 0.006 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.940 101 D 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.362 0.001 0.001 0.003 0.614 102 L 0.029 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.002 0.001 0.010 0.178 103 A 0.050 0.831 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.002 0.072 104 I 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 105 K 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 106 I 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 L 0.013 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 108 K 0.008 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 109 D 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.038 110 A 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 111 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 112 I 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 113 F 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 V 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 Q 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 K 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 117 A 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 118 K 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 119 N 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 120 A 0.027 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 121 V 0.024 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 122 N 0.032 0.877 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 0.001 0.001 0.043 123 K 0.154 0.653 0.013 0.002 0.002 0.002 0.004 0.051 0.001 0.001 0.119 124 N 0.378 0.249 0.019 0.006 0.004 0.003 0.017 0.094 0.001 0.002 0.227 125 R 0.116 0.049 0.193 0.009 0.004 0.004 0.051 0.011 0.001 0.005 0.558