# TARGET T0367 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.812 0.127 0.040 0.015 0.004 0.001 0.001 2 D 0.833 0.124 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 3 E 0.524 0.277 0.127 0.054 0.016 0.003 0.001 4 L 0.177 0.147 0.200 0.251 0.168 0.054 0.003 5 E 0.231 0.306 0.270 0.135 0.045 0.013 0.001 6 L 0.307 0.292 0.195 0.119 0.060 0.024 0.002 7 R 0.084 0.156 0.219 0.250 0.193 0.092 0.005 8 I 0.029 0.040 0.088 0.254 0.374 0.203 0.011 9 R 0.143 0.430 0.283 0.112 0.027 0.005 0.001 10 K 0.066 0.251 0.325 0.261 0.082 0.014 0.001 11 A 0.006 0.014 0.037 0.181 0.456 0.293 0.013 12 E 0.072 0.267 0.370 0.234 0.051 0.005 0.001 13 K 0.332 0.503 0.133 0.027 0.004 0.001 0.001 14 L 0.026 0.101 0.218 0.346 0.239 0.068 0.002 15 V 0.020 0.050 0.154 0.342 0.320 0.109 0.004 16 Q 0.297 0.489 0.168 0.038 0.006 0.001 0.001 17 D 0.142 0.325 0.321 0.168 0.038 0.005 0.001 18 A 0.028 0.030 0.064 0.242 0.435 0.196 0.005 19 K 0.115 0.295 0.330 0.189 0.059 0.012 0.001 20 K 0.531 0.367 0.081 0.018 0.002 0.001 0.001 21 E 0.205 0.296 0.257 0.181 0.052 0.009 0.001 22 F 0.099 0.131 0.214 0.315 0.193 0.047 0.002 23 E 0.427 0.334 0.141 0.059 0.024 0.012 0.002 24 M 0.216 0.248 0.204 0.178 0.103 0.044 0.007 25 G 0.099 0.179 0.213 0.222 0.172 0.100 0.015 26 L 0.035 0.091 0.145 0.247 0.280 0.179 0.023 27 Y 0.014 0.029 0.058 0.130 0.240 0.383 0.147 28 E 0.029 0.074 0.103 0.168 0.237 0.281 0.109 29 R 0.016 0.046 0.139 0.247 0.262 0.208 0.081 30 C 0.005 0.009 0.015 0.050 0.179 0.460 0.283 31 C 0.002 0.006 0.008 0.023 0.095 0.356 0.510 32 S 0.002 0.007 0.029 0.115 0.256 0.394 0.197 33 T 0.001 0.005 0.032 0.147 0.304 0.350 0.161 34 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.273 0.698 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.064 0.385 0.541 36 Y 0.001 0.004 0.033 0.160 0.308 0.357 0.137 37 A 0.001 0.001 0.005 0.028 0.148 0.484 0.334 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.260 0.723 39 F 0.001 0.002 0.012 0.081 0.301 0.453 0.151 40 H 0.001 0.004 0.031 0.168 0.381 0.320 0.095 41 A 0.001 0.002 0.004 0.022 0.102 0.408 0.462 42 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.326 0.628 43 K 0.001 0.007 0.033 0.103 0.238 0.393 0.224 44 A 0.003 0.009 0.031 0.133 0.277 0.379 0.168 45 M 0.001 0.003 0.011 0.047 0.155 0.490 0.294 46 L 0.002 0.004 0.011 0.052 0.190 0.521 0.220 47 L 0.012 0.050 0.118 0.244 0.346 0.196 0.034 48 G 0.032 0.096 0.173 0.311 0.270 0.106 0.013 49 Y 0.058 0.174 0.272 0.302 0.149 0.041 0.004 50 G 0.225 0.319 0.242 0.147 0.052 0.014 0.001 51 R 0.398 0.293 0.160 0.096 0.042 0.010 0.001 52 D 0.527 0.269 0.116 0.062 0.021 0.005 0.001 53 S 0.420 0.287 0.152 0.090 0.038 0.012 0.001 54 K 0.119 0.244 0.273 0.224 0.108 0.029 0.002 55 T 0.094 0.284 0.313 0.208 0.083 0.017 0.001 56 H 0.018 0.042 0.098 0.239 0.378 0.202 0.022 57 R 0.083 0.301 0.297 0.193 0.086 0.035 0.005 58 G 0.008 0.051 0.167 0.310 0.294 0.149 0.021 59 T 0.002 0.006 0.011 0.042 0.172 0.539 0.228 60 I 0.002 0.013 0.047 0.145 0.314 0.398 0.080 61 Y 0.014 0.097 0.209 0.256 0.207 0.167 0.050 62 L 0.002 0.012 0.044 0.134 0.294 0.405 0.109 63 I 0.002 0.004 0.010 0.042 0.184 0.558 0.201 64 W 0.010 0.084 0.207 0.317 0.270 0.103 0.009 65 E 0.053 0.250 0.295 0.235 0.115 0.045 0.006 66 C 0.017 0.065 0.150 0.320 0.306 0.134 0.008 67 R 0.046 0.139 0.253 0.316 0.188 0.055 0.003 68 E 0.386 0.319 0.171 0.088 0.030 0.006 0.001 69 E 0.498 0.339 0.112 0.038 0.010 0.003 0.001 70 L 0.136 0.217 0.283 0.240 0.100 0.023 0.001 71 G 0.390 0.300 0.155 0.091 0.047 0.016 0.002 72 L 0.108 0.148 0.224 0.274 0.186 0.057 0.004 73 S 0.225 0.238 0.223 0.189 0.093 0.029 0.002 74 D 0.435 0.330 0.156 0.060 0.016 0.003 0.001 75 D 0.581 0.274 0.094 0.035 0.012 0.003 0.001 76 D 0.101 0.198 0.254 0.262 0.147 0.036 0.001 77 C 0.042 0.093 0.197 0.336 0.250 0.079 0.004 78 S 0.181 0.460 0.246 0.089 0.021 0.003 0.001 79 K 0.029 0.150 0.320 0.328 0.141 0.031 0.001 80 L 0.005 0.010 0.024 0.113 0.399 0.420 0.029 81 S 0.040 0.214 0.345 0.271 0.102 0.025 0.002 82 R 0.035 0.235 0.359 0.251 0.092 0.026 0.002 83 A 0.008 0.026 0.048 0.146 0.337 0.386 0.051 84 F 0.009 0.053 0.167 0.318 0.288 0.147 0.017 85 D 0.073 0.259 0.269 0.198 0.119 0.069 0.013 86 L 0.023 0.083 0.168 0.281 0.269 0.154 0.021 87 R 0.025 0.047 0.094 0.223 0.331 0.245 0.034 88 E 0.117 0.276 0.266 0.203 0.101 0.033 0.004 89 E 0.356 0.309 0.170 0.104 0.043 0.015 0.003 90 S 0.224 0.244 0.231 0.183 0.086 0.030 0.004 91 D 0.236 0.290 0.238 0.153 0.064 0.018 0.001 92 Y 0.192 0.198 0.194 0.218 0.143 0.050 0.004 93 G 0.374 0.273 0.164 0.110 0.054 0.022 0.003 94 I 0.182 0.187 0.210 0.225 0.137 0.055 0.004 95 Y 0.192 0.207 0.211 0.212 0.129 0.046 0.003 96 K 0.311 0.274 0.217 0.137 0.050 0.010 0.001 97 E 0.432 0.343 0.140 0.061 0.019 0.004 0.001 98 V 0.029 0.065 0.203 0.379 0.257 0.064 0.003 99 S 0.282 0.417 0.200 0.078 0.019 0.004 0.001 100 K 0.177 0.425 0.280 0.097 0.018 0.003 0.001 101 D 0.595 0.275 0.070 0.033 0.019 0.007 0.001 102 L 0.023 0.195 0.348 0.306 0.111 0.016 0.001 103 A 0.002 0.006 0.036 0.244 0.498 0.204 0.009 104 I 0.023 0.321 0.460 0.172 0.023 0.001 0.001 105 K 0.040 0.326 0.412 0.184 0.034 0.004 0.001 106 I 0.001 0.002 0.007 0.059 0.383 0.531 0.017 107 L 0.001 0.008 0.079 0.368 0.418 0.124 0.002 108 K 0.025 0.488 0.379 0.090 0.016 0.003 0.001 109 D 0.001 0.015 0.126 0.445 0.341 0.070 0.002 110 A 0.001 0.001 0.001 0.014 0.192 0.685 0.108 111 E 0.005 0.110 0.431 0.354 0.089 0.010 0.001 112 I 0.009 0.119 0.348 0.394 0.117 0.013 0.001 113 F 0.001 0.003 0.004 0.028 0.221 0.667 0.077 114 V 0.001 0.003 0.034 0.219 0.479 0.259 0.005 115 Q 0.025 0.388 0.429 0.131 0.023 0.004 0.001 116 K 0.009 0.041 0.226 0.488 0.214 0.021 0.001 117 A 0.003 0.004 0.007 0.054 0.331 0.579 0.022 118 K 0.031 0.165 0.389 0.314 0.091 0.009 0.001 119 N 0.345 0.499 0.123 0.028 0.004 0.001 0.001 120 A 0.059 0.141 0.319 0.372 0.097 0.012 0.001 121 V 0.080 0.086 0.196 0.380 0.228 0.030 0.001 122 N 0.434 0.387 0.142 0.032 0.005 0.001 0.001 123 K 0.788 0.170 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 124 N 0.802 0.140 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 125 R 0.828 0.130 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001