# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.542 0.008 0.010 0.011 0.046 0.038 0.299 2 D 0.014 0.895 0.002 0.004 0.005 0.012 0.014 0.054 3 E 0.011 0.911 0.003 0.002 0.003 0.006 0.034 0.030 4 L 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 5 E 0.006 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.008 6 L 0.004 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.010 7 R 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 8 I 0.012 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 9 R 0.004 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.018 10 K 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.015 11 A 0.032 0.911 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.008 12 E 0.055 0.803 0.005 0.001 0.001 0.005 0.087 0.044 13 K 0.016 0.750 0.006 0.001 0.001 0.012 0.075 0.141 14 L 0.013 0.917 0.003 0.001 0.001 0.006 0.028 0.033 15 V 0.027 0.896 0.005 0.001 0.001 0.005 0.037 0.029 16 Q 0.018 0.868 0.004 0.001 0.001 0.008 0.028 0.074 17 D 0.042 0.867 0.006 0.001 0.001 0.006 0.046 0.031 18 A 0.021 0.925 0.004 0.001 0.001 0.005 0.022 0.022 19 K 0.039 0.814 0.010 0.001 0.001 0.010 0.031 0.094 20 K 0.041 0.645 0.020 0.002 0.001 0.026 0.101 0.165 21 E 0.100 0.344 0.061 0.004 0.004 0.050 0.266 0.171 22 F 0.343 0.244 0.019 0.003 0.002 0.048 0.097 0.244 23 E 0.075 0.239 0.009 0.002 0.003 0.049 0.038 0.585 24 M 0.014 0.255 0.012 0.002 0.004 0.071 0.019 0.623 25 G 0.018 0.523 0.029 0.010 0.010 0.088 0.067 0.255 26 L 0.021 0.841 0.007 0.004 0.003 0.016 0.037 0.069 27 Y 0.018 0.912 0.003 0.001 0.002 0.005 0.035 0.024 28 E 0.011 0.398 0.007 0.003 0.005 0.014 0.515 0.047 29 R 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 30 C 0.003 0.867 0.002 0.002 0.002 0.006 0.105 0.013 31 C 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.008 32 S 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 33 T 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 34 A 0.001 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 35 Y 0.001 0.380 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.001 36 Y 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.001 37 A 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 38 M 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 39 F 0.002 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.006 40 H 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 41 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 42 A 0.005 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 43 K 0.006 0.923 0.011 0.001 0.001 0.003 0.045 0.010 44 A 0.015 0.656 0.210 0.001 0.001 0.009 0.075 0.033 45 M 0.077 0.449 0.296 0.005 0.004 0.031 0.069 0.068 46 L 0.110 0.029 0.471 0.006 0.005 0.047 0.126 0.206 47 L 0.187 0.017 0.067 0.006 0.005 0.085 0.032 0.601 48 G 0.162 0.003 0.016 0.003 0.004 0.059 0.017 0.736 49 Y 0.009 0.002 0.006 0.003 0.007 0.144 0.009 0.819 50 G 0.013 0.003 0.009 0.006 0.018 0.122 0.018 0.812 51 R 0.028 0.003 0.010 0.016 0.011 0.109 0.043 0.781 52 D 0.146 0.029 0.020 0.025 0.019 0.102 0.160 0.498 53 S 0.209 0.039 0.015 0.008 0.014 0.096 0.056 0.563 54 K 0.047 0.021 0.019 0.013 0.025 0.121 0.030 0.725 55 T 0.041 0.047 0.019 0.012 0.024 0.093 0.109 0.656 56 H 0.045 0.312 0.019 0.027 0.045 0.105 0.129 0.319 57 R 0.023 0.310 0.042 0.042 0.088 0.081 0.073 0.341 58 G 0.014 0.459 0.039 0.082 0.128 0.040 0.082 0.157 59 T 0.019 0.718 0.025 0.031 0.064 0.020 0.063 0.060 60 I 0.020 0.665 0.035 0.060 0.063 0.016 0.083 0.059 61 Y 0.012 0.632 0.054 0.072 0.082 0.019 0.062 0.067 62 L 0.039 0.584 0.055 0.040 0.061 0.027 0.109 0.086 63 I 0.075 0.554 0.049 0.046 0.051 0.024 0.126 0.074 64 W 0.092 0.561 0.016 0.020 0.028 0.028 0.055 0.200 65 E 0.034 0.364 0.029 0.022 0.027 0.052 0.059 0.414 66 C 0.080 0.362 0.029 0.026 0.028 0.069 0.060 0.346 67 R 0.223 0.088 0.064 0.029 0.026 0.067 0.193 0.309 68 E 0.302 0.037 0.013 0.011 0.010 0.069 0.028 0.529 69 E 0.215 0.011 0.012 0.006 0.009 0.056 0.051 0.639 70 L 0.012 0.007 0.007 0.004 0.006 0.112 0.014 0.838 71 G 0.016 0.015 0.011 0.008 0.013 0.131 0.013 0.793 72 L 0.026 0.040 0.010 0.008 0.005 0.104 0.016 0.791 73 S 0.292 0.448 0.006 0.003 0.003 0.033 0.053 0.162 74 D 0.231 0.257 0.011 0.003 0.003 0.045 0.253 0.198 75 D 0.042 0.419 0.018 0.007 0.008 0.060 0.135 0.311 76 D 0.149 0.497 0.013 0.003 0.008 0.041 0.077 0.211 77 C 0.068 0.225 0.020 0.009 0.013 0.090 0.289 0.285 78 S 0.027 0.295 0.026 0.012 0.021 0.076 0.176 0.367 79 K 0.043 0.540 0.012 0.005 0.009 0.060 0.062 0.269 80 L 0.091 0.579 0.024 0.008 0.009 0.048 0.090 0.152 81 S 0.141 0.488 0.029 0.008 0.012 0.046 0.090 0.187 82 R 0.062 0.477 0.027 0.006 0.009 0.052 0.081 0.286 83 A 0.097 0.329 0.095 0.010 0.015 0.069 0.096 0.290 84 F 0.130 0.246 0.054 0.025 0.025 0.086 0.078 0.357 85 D 0.058 0.121 0.038 0.007 0.013 0.079 0.048 0.636 86 L 0.045 0.095 0.065 0.017 0.023 0.123 0.127 0.506 87 R 0.050 0.073 0.055 0.028 0.024 0.124 0.117 0.528 88 E 0.203 0.115 0.020 0.011 0.015 0.083 0.064 0.490 89 E 0.166 0.059 0.030 0.011 0.013 0.097 0.072 0.554 90 S 0.157 0.048 0.014 0.009 0.012 0.108 0.043 0.608 91 D 0.085 0.041 0.016 0.008 0.013 0.093 0.050 0.694 92 Y 0.053 0.042 0.017 0.012 0.022 0.138 0.026 0.690 93 G 0.090 0.037 0.039 0.033 0.057 0.099 0.081 0.564 94 I 0.078 0.032 0.022 0.037 0.046 0.107 0.038 0.641 95 Y 0.043 0.019 0.047 0.037 0.065 0.096 0.093 0.601 96 K 0.039 0.054 0.022 0.034 0.040 0.119 0.054 0.638 97 E 0.030 0.104 0.023 0.022 0.030 0.109 0.032 0.649 98 V 0.027 0.229 0.013 0.015 0.012 0.083 0.029 0.592 99 S 0.031 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 100 K 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 101 D 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 102 L 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 103 A 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 104 I 0.007 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.077 0.006 105 K 0.006 0.865 0.003 0.001 0.001 0.003 0.095 0.027 106 I 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.010 107 L 0.017 0.919 0.002 0.001 0.001 0.003 0.044 0.015 108 K 0.006 0.908 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.047 109 D 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.008 110 A 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 111 E 0.002 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 112 I 0.002 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 113 F 0.005 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 114 V 0.011 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 115 Q 0.004 0.763 0.008 0.001 0.001 0.008 0.161 0.055 116 K 0.006 0.922 0.006 0.001 0.001 0.005 0.042 0.018 117 A 0.050 0.898 0.005 0.001 0.001 0.004 0.030 0.013 118 K 0.098 0.488 0.031 0.004 0.003 0.026 0.178 0.172 119 N 0.065 0.324 0.020 0.003 0.004 0.043 0.095 0.445 120 A 0.147 0.073 0.065 0.013 0.011 0.093 0.172 0.427 121 V 0.105 0.015 0.037 0.014 0.012 0.124 0.088 0.604 122 N 0.094 0.004 0.007 0.004 0.005 0.065 0.024 0.797 123 K 0.025 0.002 0.004 0.002 0.003 0.081 0.011 0.871 124 N 0.046 0.005 0.011 0.008 0.012 0.135 0.030 0.753 125 R 0.043 0.006 0.011 0.011 0.020 0.123 0.027 0.760