# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0366/T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.057 0.296 0.109 0.179 0.003 0.108 0.010 0.003 0.011 0.004 0.030 0.112 0.060 0.002 0.003 0.015 2 E 0.031 0.068 0.226 0.457 0.002 0.039 0.003 0.006 0.004 0.001 0.065 0.031 0.052 0.001 0.004 0.012 3 N 0.015 0.031 0.373 0.323 0.008 0.094 0.008 0.002 0.004 0.002 0.014 0.038 0.073 0.002 0.002 0.011 4 L 0.011 0.084 0.098 0.575 0.007 0.051 0.006 0.005 0.001 0.001 0.036 0.012 0.103 0.002 0.002 0.006 5 Y 0.004 0.059 0.066 0.660 0.017 0.065 0.008 0.006 0.004 0.001 0.015 0.026 0.056 0.004 0.002 0.006 6 F 0.010 0.032 0.088 0.462 0.044 0.121 0.016 0.019 0.005 0.004 0.042 0.012 0.123 0.003 0.007 0.011 7 Q 0.012 0.138 0.087 0.366 0.040 0.080 0.007 0.026 0.013 0.009 0.061 0.036 0.096 0.003 0.005 0.021 8 S 0.010 0.008 0.010 0.029 0.527 0.052 0.147 0.005 0.003 0.003 0.015 0.012 0.017 0.160 0.001 0.003 9 M 0.002 0.040 0.021 0.024 0.001 0.006 0.002 0.602 0.002 0.001 0.014 0.004 0.008 0.001 0.272 0.002 10 G 0.005 0.026 0.017 0.054 0.001 0.006 0.002 0.002 0.491 0.096 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.283 11 L 0.834 0.014 0.057 0.079 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 12 R 0.006 0.054 0.664 0.261 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 T 0.002 0.006 0.050 0.936 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.004 0.052 0.939 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.011 0.982 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.004 0.007 0.945 0.018 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.018 0.003 0.451 0.411 0.101 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.002 0.188 0.008 0.575 0.012 0.026 0.001 0.169 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 19 G 0.004 0.048 0.022 0.239 0.033 0.283 0.004 0.013 0.091 0.223 0.017 0.012 0.003 0.001 0.001 0.008 20 P 0.114 0.148 0.032 0.118 0.025 0.118 0.008 0.040 0.007 0.006 0.345 0.025 0.008 0.002 0.002 0.002 21 T 0.010 0.265 0.069 0.140 0.009 0.117 0.007 0.030 0.031 0.008 0.060 0.223 0.010 0.003 0.010 0.007 22 D 0.047 0.135 0.217 0.327 0.008 0.036 0.006 0.013 0.043 0.008 0.036 0.043 0.025 0.001 0.014 0.042 23 S 0.123 0.055 0.346 0.187 0.038 0.068 0.063 0.003 0.015 0.006 0.010 0.019 0.016 0.017 0.002 0.031 24 L 0.033 0.109 0.337 0.397 0.001 0.015 0.003 0.062 0.002 0.001 0.011 0.005 0.007 0.001 0.015 0.004 25 G 0.004 0.017 0.105 0.815 0.001 0.007 0.001 0.001 0.027 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 26 I 0.073 0.005 0.097 0.816 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.001 0.003 0.073 0.860 0.013 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.001 0.004 0.002 0.152 0.725 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.125 0.003 0.164 0.337 0.018 0.005 0.309 0.004 0.002 0.016 0.006 0.001 0.006 0.003 0.001 30 G 0.003 0.059 0.015 0.211 0.007 0.029 0.001 0.190 0.310 0.104 0.007 0.011 0.006 0.001 0.030 0.016 31 G 0.133 0.016 0.041 0.052 0.170 0.065 0.112 0.005 0.064 0.228 0.048 0.014 0.010 0.014 0.001 0.028 32 V 0.113 0.144 0.065 0.105 0.007 0.047 0.003 0.334 0.004 0.001 0.067 0.052 0.010 0.001 0.044 0.002 33 G 0.005 0.072 0.090 0.243 0.017 0.023 0.007 0.009 0.247 0.138 0.020 0.047 0.012 0.004 0.002 0.063 34 S 0.247 0.037 0.070 0.214 0.050 0.220 0.016 0.011 0.008 0.007 0.014 0.047 0.048 0.001 0.007 0.004 35 P 0.009 0.034 0.082 0.044 0.208 0.085 0.055 0.030 0.005 0.013 0.318 0.021 0.037 0.046 0.002 0.010 36 L 0.018 0.151 0.030 0.168 0.017 0.024 0.009 0.215 0.026 0.005 0.034 0.152 0.018 0.010 0.115 0.007 37 G 0.031 0.031 0.094 0.149 0.007 0.045 0.017 0.021 0.199 0.117 0.023 0.031 0.069 0.003 0.026 0.138 38 D 0.346 0.159 0.178 0.172 0.001 0.012 0.008 0.004 0.019 0.004 0.007 0.017 0.018 0.001 0.004 0.048 39 V 0.079 0.025 0.346 0.494 0.001 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.005 0.007 0.001 0.001 0.006 40 P 0.014 0.021 0.393 0.551 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 41 I 0.003 0.008 0.029 0.957 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.001 0.003 0.027 0.932 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.001 0.008 0.009 0.470 0.052 0.427 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.405 0.004 0.500 0.003 0.017 0.001 0.027 0.001 0.001 0.023 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 45 M 0.003 0.020 0.015 0.848 0.008 0.027 0.001 0.004 0.024 0.003 0.013 0.006 0.015 0.001 0.001 0.010 46 M 0.022 0.036 0.484 0.402 0.008 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.002 0.005 47 H 0.005 0.014 0.050 0.265 0.143 0.455 0.016 0.005 0.001 0.008 0.006 0.007 0.018 0.003 0.001 0.004 48 P 0.005 0.085 0.012 0.102 0.176 0.206 0.012 0.071 0.003 0.003 0.277 0.006 0.021 0.013 0.004 0.003 49 T 0.005 0.367 0.015 0.167 0.002 0.020 0.001 0.133 0.052 0.022 0.034 0.135 0.012 0.001 0.027 0.007 50 G 0.043 0.009 0.031 0.053 0.003 0.332 0.005 0.010 0.042 0.085 0.054 0.133 0.169 0.001 0.004 0.026 51 V 0.024 0.010 0.020 0.013 0.001 0.047 0.002 0.004 0.001 0.001 0.654 0.056 0.164 0.001 0.001 0.002 52 A 0.002 0.018 0.010 0.036 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.035 0.652 0.220 0.003 0.003 0.002 53 A 0.001 0.003 0.010 0.016 0.003 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.889 0.003 0.006 0.011 54 Q 0.001 0.001 0.009 0.002 0.011 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.047 0.831 0.003 0.014 55 T 0.001 0.004 0.014 0.003 0.001 0.003 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.002 0.917 0.002 56 Q 0.002 0.006 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.006 0.002 0.001 0.014 0.002 0.002 0.891 57 K 0.932 0.006 0.023 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.012 58 L 0.009 0.005 0.936 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 59 R 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.011 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 61 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.816 0.163 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 62 D 0.971 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 63 R 0.009 0.040 0.828 0.023 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.011 64 I 0.018 0.018 0.175 0.469 0.008 0.088 0.002 0.003 0.001 0.001 0.154 0.011 0.045 0.003 0.001 0.003 65 V 0.002 0.088 0.212 0.572 0.011 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.023 0.064 0.001 0.002 0.003 66 T 0.006 0.010 0.040 0.579 0.121 0.046 0.026 0.003 0.004 0.004 0.003 0.005 0.111 0.020 0.001 0.020 67 I 0.003 0.005 0.027 0.038 0.557 0.032 0.221 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.085 0.003 0.002 68 C 0.001 0.071 0.008 0.057 0.002 0.025 0.002 0.702 0.007 0.006 0.010 0.004 0.006 0.001 0.093 0.005 69 G 0.012 0.024 0.007 0.043 0.001 0.003 0.002 0.001 0.680 0.076 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.134 70 T 0.792 0.017 0.087 0.062 0.002 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.001 0.002 0.002 71 S 0.005 0.041 0.377 0.054 0.012 0.437 0.004 0.004 0.002 0.005 0.015 0.017 0.018 0.001 0.001 0.005 72 T 0.003 0.023 0.005 0.034 0.538 0.043 0.068 0.002 0.001 0.001 0.187 0.013 0.005 0.075 0.001 0.001 73 E 0.002 0.066 0.013 0.026 0.002 0.005 0.002 0.553 0.003 0.001 0.009 0.082 0.005 0.001 0.231 0.001 74 G 0.002 0.007 0.016 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 0.363 0.097 0.003 0.004 0.014 0.001 0.002 0.468 75 M 0.833 0.014 0.079 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.010 0.001 0.001 0.004 76 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.001 0.004 84 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.024 0.007 0.003 85 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.022 0.032 0.038 86 N 0.009 0.004 0.016 0.004 0.001 0.003 0.020 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.500 0.065 0.032 0.341 87 A 0.020 0.002 0.042 0.001 0.025 0.005 0.414 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.159 0.273 0.019 0.021 88 S 0.009 0.062 0.041 0.008 0.001 0.011 0.008 0.217 0.003 0.001 0.013 0.009 0.048 0.005 0.541 0.022 89 G 0.034 0.059 0.029 0.049 0.001 0.003 0.002 0.002 0.296 0.022 0.005 0.005 0.012 0.001 0.004 0.475 90 S 0.673 0.021 0.209 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 91 I 0.007 0.008 0.733 0.248 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.002 0.050 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 M 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.002 0.970 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.001 0.007 0.001 0.622 0.318 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.001 0.073 0.001 0.374 0.369 0.106 0.002 0.065 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.189 0.007 0.208 0.014 0.125 0.001 0.293 0.071 0.053 0.024 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 99 G 0.061 0.146 0.027 0.205 0.005 0.041 0.004 0.017 0.219 0.130 0.089 0.033 0.003 0.001 0.002 0.019 100 D 0.250 0.160 0.176 0.192 0.004 0.067 0.006 0.005 0.013 0.004 0.023 0.083 0.006 0.001 0.003 0.008 101 V 0.019 0.079 0.477 0.314 0.008 0.039 0.009 0.003 0.003 0.002 0.015 0.015 0.006 0.001 0.002 0.008 102 S 0.013 0.089 0.123 0.382 0.007 0.310 0.003 0.011 0.004 0.004 0.011 0.026 0.011 0.001 0.002 0.003 103 E 0.013 0.098 0.065 0.247 0.022 0.235 0.010 0.006 0.013 0.009 0.229 0.018 0.024 0.003 0.001 0.009 104 T 0.022 0.316 0.077 0.318 0.003 0.031 0.003 0.015 0.006 0.001 0.034 0.150 0.014 0.001 0.006 0.003 105 S 0.012 0.041 0.229 0.253 0.025 0.197 0.019 0.005 0.021 0.011 0.027 0.050 0.069 0.005 0.003 0.033 106 V 0.038 0.080 0.237 0.259 0.036 0.061 0.027 0.021 0.003 0.002 0.129 0.024 0.062 0.007 0.006 0.010