# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.047 0.065 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.009 0.101 0.602 2 E 0.037 0.070 0.004 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.009 0.081 0.525 3 N 0.059 0.084 0.004 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.178 0.011 0.171 0.464 4 L 0.054 0.111 0.004 0.001 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.005 0.319 0.010 0.076 0.378 5 Y 0.033 0.120 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.062 0.004 0.002 0.139 0.006 0.206 0.383 6 F 0.045 0.143 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.056 0.004 0.040 0.010 0.008 0.003 0.218 0.009 0.061 0.382 7 Q 0.059 0.236 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.052 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.183 0.008 0.056 0.352 8 S 0.075 0.218 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.145 0.008 0.051 0.406 9 M 0.103 0.173 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.016 0.054 0.538 10 G 0.178 0.072 0.011 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.058 0.090 0.459 11 L 0.144 0.015 0.302 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.016 0.083 0.366 12 R 0.009 0.008 0.003 0.005 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.004 0.034 0.335 13 T 0.011 0.003 0.005 0.001 0.022 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.003 0.087 0.518 14 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.001 0.012 0.090 15 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.781 0.001 0.026 0.171 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.057 0.059 0.745 0.001 0.011 0.101 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.083 0.236 0.071 0.476 0.001 0.012 0.092 18 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.022 0.011 0.061 0.022 0.009 0.344 0.003 0.058 0.454 19 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.212 0.038 0.062 0.021 0.008 0.005 0.203 0.003 0.089 0.319 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 T 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.003 0.099 0.694 22 D 0.330 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.012 0.057 0.548 23 S 0.068 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.180 0.671 24 L 0.116 0.005 0.014 0.003 0.008 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.023 0.234 0.403 25 G 0.030 0.002 0.001 0.001 0.005 0.048 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.527 0.008 0.124 0.226 26 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.132 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.001 0.037 0.115 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.001 0.011 0.038 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.860 0.001 0.016 0.113 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.023 0.877 0.002 0.017 0.063 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.010 0.007 0.015 0.423 0.006 0.093 0.431 31 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.011 0.002 0.010 0.009 0.018 0.300 0.018 0.112 0.504 32 V 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.012 0.107 0.088 0.070 0.020 0.076 0.004 0.115 0.479 33 G 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 0.143 0.004 0.088 0.649 34 S 0.115 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.096 0.166 0.037 0.014 0.016 0.002 0.002 0.001 0.027 0.004 0.080 0.430 35 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.985 36 L 0.037 0.004 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.264 0.635 37 G 0.488 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.094 0.349 38 D 0.109 0.042 0.010 0.007 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.010 0.225 0.538 39 V 0.041 0.005 0.006 0.003 0.054 0.016 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.005 0.148 0.483 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.992 41 I 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.122 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.668 0.003 0.030 0.137 42 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.762 0.002 0.038 0.167 43 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.841 0.004 0.018 0.126 44 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.930 0.002 0.014 0.043 45 M 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.006 0.005 0.446 0.008 0.070 0.433 46 M 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.717 0.007 0.025 0.214 47 H 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.014 0.004 0.004 0.002 0.002 0.003 0.415 0.007 0.078 0.421 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.195 0.004 0.197 0.583 50 G 0.408 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.049 0.494 51 V 0.040 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.003 0.131 0.755 52 A 0.040 0.015 0.003 0.003 0.010 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.089 0.005 0.181 0.621 53 A 0.102 0.043 0.001 0.001 0.002 0.018 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.004 0.212 0.544 54 Q 0.197 0.218 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.011 0.046 0.432 55 T 0.241 0.247 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.031 0.026 0.386 56 Q 0.204 0.158 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.043 0.029 0.445 57 K 0.169 0.026 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.047 0.126 0.549 58 L 0.080 0.014 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.242 0.005 0.078 0.513 59 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.144 0.001 0.634 0.198 60 V 0.011 0.011 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.002 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.003 0.100 0.606 61 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.002 0.023 0.135 62 D 0.753 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.010 0.192 63 R 0.146 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.014 0.113 0.278 64 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.001 0.023 0.055 65 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.034 0.006 0.001 0.720 0.001 0.019 0.054 66 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.900 0.001 0.011 0.052 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.721 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.192 0.001 0.010 0.058 68 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.518 0.020 0.081 0.353 69 G 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.021 0.118 0.766 70 T 0.343 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.055 0.009 0.225 0.350 71 S 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.133 0.761 72 T 0.008 0.003 0.002 0.003 0.592 0.011 0.002 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.031 0.254 73 E 0.025 0.011 0.001 0.001 0.005 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.004 0.384 0.471 74 G 0.109 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.032 0.165 0.623 75 M 0.533 0.021 0.007 0.005 0.001 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.016 0.077 0.264 76 T 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.465 0.501 77 H 0.010 0.014 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.007 0.042 0.818 78 T 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.159 0.788 79 Q 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.809 0.171 80 A 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 81 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 82 N 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 L 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 84 L 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 85 K 0.018 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.015 86 N 0.094 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.041 87 A 0.111 0.652 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.002 0.123 88 S 0.158 0.201 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.040 0.549 89 G 0.037 0.025 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.026 0.128 0.575 90 S 0.170 0.005 0.030 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.008 0.215 0.457 91 I 0.013 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.002 0.085 0.413 92 E 0.004 0.001 0.002 0.001 0.032 0.073 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.507 0.001 0.114 0.248 93 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.001 0.021 0.112 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.006 0.024 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.825 0.001 0.019 0.145 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.960 0.001 0.007 0.023 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.003 0.063 0.448 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.624 0.014 0.048 0.288 99 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.005 0.114 0.714 100 D 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.074 0.826 101 V 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.169 0.005 0.070 0.677 102 S 0.011 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.003 0.192 0.654 103 E 0.024 0.005 0.001 0.001 0.020 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.007 0.063 0.751 104 T 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.006 0.153 0.691 105 S 0.119 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.014 0.121 0.639 106 V 0.071 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.096 0.007 0.130 0.622