# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.003 0.001 0.001 0.008 0.085 0.901 2 E 0.014 0.004 0.013 0.055 0.238 0.677 3 N 0.018 0.004 0.027 0.059 0.380 0.512 4 L 0.095 0.022 0.113 0.119 0.447 0.205 5 Y 0.176 0.021 0.092 0.195 0.171 0.345 6 F 0.273 0.016 0.141 0.175 0.161 0.233 7 Q 0.230 0.013 0.151 0.167 0.156 0.283 8 S 0.241 0.032 0.085 0.091 0.212 0.340 9 M 0.117 0.004 0.044 0.036 0.262 0.537 10 G 0.066 0.002 0.003 0.001 0.132 0.795 11 L 0.595 0.006 0.001 0.001 0.071 0.326 12 R 0.820 0.002 0.001 0.001 0.032 0.146 13 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 14 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 16 M 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 17 K 0.916 0.001 0.001 0.001 0.020 0.063 18 K 0.718 0.013 0.001 0.001 0.054 0.214 19 G 0.219 0.033 0.004 0.001 0.595 0.149 20 P 0.035 0.008 0.028 0.001 0.839 0.088 21 T 0.017 0.004 0.044 0.001 0.874 0.060 22 D 0.042 0.009 0.081 0.001 0.824 0.043 23 S 0.121 0.012 0.033 0.002 0.453 0.380 24 L 0.387 0.026 0.015 0.002 0.281 0.289 25 G 0.632 0.009 0.003 0.001 0.113 0.242 26 I 0.884 0.004 0.001 0.001 0.023 0.088 27 S 0.958 0.003 0.001 0.001 0.009 0.029 28 I 0.960 0.003 0.001 0.001 0.011 0.025 29 A 0.877 0.007 0.001 0.001 0.037 0.077 30 G 0.513 0.007 0.003 0.002 0.182 0.293 31 G 0.242 0.011 0.007 0.003 0.459 0.278 32 V 0.177 0.042 0.012 0.005 0.392 0.372 33 G 0.084 0.038 0.016 0.006 0.581 0.275 34 S 0.050 0.031 0.018 0.006 0.585 0.310 35 P 0.037 0.035 0.028 0.005 0.648 0.247 36 L 0.024 0.017 0.088 0.012 0.690 0.169 37 G 0.027 0.010 0.046 0.006 0.673 0.238 38 D 0.070 0.013 0.016 0.002 0.557 0.343 39 V 0.161 0.013 0.005 0.001 0.259 0.560 40 P 0.576 0.020 0.002 0.001 0.091 0.309 41 I 0.900 0.003 0.001 0.001 0.020 0.077 42 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 43 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 44 A 0.966 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 45 M 0.921 0.001 0.001 0.002 0.017 0.059 46 M 0.668 0.017 0.002 0.003 0.056 0.255 47 H 0.304 0.016 0.005 0.003 0.530 0.142 48 P 0.069 0.006 0.013 0.016 0.766 0.130 49 T 0.023 0.008 0.018 0.037 0.761 0.153 50 G 0.103 0.089 0.022 0.087 0.581 0.117 51 V 0.059 0.026 0.090 0.419 0.198 0.207 52 A 0.048 0.015 0.171 0.517 0.168 0.081 53 A 0.040 0.004 0.293 0.423 0.185 0.055 54 Q 0.042 0.010 0.231 0.425 0.196 0.097 55 T 0.035 0.009 0.174 0.380 0.279 0.123 56 Q 0.031 0.007 0.148 0.293 0.265 0.256 57 K 0.119 0.018 0.108 0.045 0.177 0.533 58 L 0.192 0.155 0.054 0.032 0.119 0.448 59 R 0.114 0.040 0.023 0.013 0.788 0.021 60 V 0.025 0.003 0.011 0.018 0.930 0.013 61 G 0.007 0.001 0.008 0.018 0.949 0.016 62 D 0.547 0.050 0.004 0.010 0.378 0.011 63 R 0.916 0.014 0.001 0.008 0.018 0.043 64 I 0.975 0.003 0.001 0.009 0.006 0.006 65 V 0.973 0.001 0.002 0.014 0.006 0.005 66 T 0.964 0.001 0.002 0.021 0.009 0.003 67 I 0.834 0.004 0.004 0.073 0.075 0.010 68 C 0.266 0.004 0.007 0.170 0.472 0.081 69 G 0.100 0.003 0.003 0.025 0.634 0.235 70 T 0.633 0.060 0.004 0.007 0.126 0.170 71 S 0.524 0.060 0.005 0.012 0.087 0.311 72 T 0.120 0.012 0.200 0.018 0.624 0.026 73 E 0.037 0.001 0.095 0.008 0.823 0.036 74 G 0.008 0.001 0.068 0.008 0.864 0.051 75 M 0.101 0.092 0.004 0.005 0.623 0.175 76 T 0.048 0.038 0.001 0.005 0.027 0.883 77 H 0.002 0.001 0.022 0.948 0.012 0.015 78 T 0.001 0.001 0.011 0.982 0.004 0.002 79 Q 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 83 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 84 L 0.002 0.001 0.005 0.984 0.007 0.001 85 K 0.003 0.001 0.007 0.966 0.020 0.004 86 N 0.005 0.001 0.013 0.840 0.078 0.063 87 A 0.009 0.012 0.022 0.365 0.188 0.405 88 S 0.011 0.002 0.013 0.019 0.297 0.659 89 G 0.036 0.002 0.004 0.001 0.288 0.670 90 S 0.387 0.004 0.002 0.001 0.131 0.475 91 I 0.882 0.002 0.001 0.001 0.021 0.095 92 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 93 M 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 95 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 96 V 0.860 0.002 0.001 0.001 0.022 0.115 97 A 0.512 0.007 0.002 0.002 0.115 0.362 98 G 0.132 0.012 0.009 0.003 0.303 0.540 99 G 0.058 0.012 0.017 0.004 0.395 0.514 100 D 0.082 0.031 0.024 0.006 0.403 0.454 101 V 0.064 0.037 0.030 0.012 0.347 0.510 102 S 0.039 0.020 0.021 0.011 0.361 0.548 103 E 0.026 0.009 0.040 0.021 0.340 0.563 104 T 0.038 0.012 0.029 0.021 0.240 0.660 105 S 0.051 0.029 0.016 0.024 0.199 0.681 106 V 0.015 0.005 0.003 0.020 0.078 0.878