# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.374 0.207 0.064 0.131 0.077 0.051 0.039 0.022 0.018 0.011 0.006 2 E 0.568 0.142 0.046 0.088 0.057 0.038 0.029 0.014 0.010 0.006 0.003 3 N 0.317 0.293 0.076 0.136 0.071 0.041 0.031 0.015 0.011 0.006 0.003 4 L 0.115 0.129 0.049 0.124 0.114 0.117 0.129 0.086 0.071 0.043 0.023 5 Y 0.197 0.158 0.096 0.173 0.115 0.083 0.076 0.037 0.031 0.020 0.014 6 F 0.144 0.097 0.083 0.154 0.112 0.091 0.100 0.069 0.071 0.050 0.028 7 Q 0.203 0.128 0.084 0.188 0.124 0.094 0.083 0.040 0.030 0.017 0.009 8 S 0.321 0.217 0.077 0.148 0.079 0.052 0.047 0.024 0.019 0.011 0.007 9 M 0.264 0.108 0.044 0.115 0.098 0.104 0.114 0.062 0.048 0.029 0.013 10 G 0.369 0.263 0.077 0.164 0.071 0.030 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 11 L 0.038 0.050 0.045 0.122 0.117 0.112 0.145 0.118 0.114 0.085 0.054 12 R 0.027 0.064 0.037 0.150 0.180 0.178 0.191 0.090 0.053 0.022 0.009 13 T 0.020 0.086 0.077 0.356 0.246 0.122 0.061 0.019 0.009 0.004 0.002 14 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.064 0.123 0.250 0.296 0.245 15 E 0.011 0.085 0.084 0.425 0.256 0.083 0.040 0.010 0.004 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.083 0.211 0.312 0.354 17 K 0.025 0.114 0.073 0.414 0.241 0.089 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 18 K 0.021 0.028 0.011 0.057 0.074 0.112 0.221 0.158 0.159 0.106 0.053 19 G 0.095 0.143 0.056 0.238 0.164 0.115 0.088 0.042 0.029 0.017 0.012 20 P 0.316 0.226 0.053 0.165 0.095 0.056 0.047 0.017 0.011 0.007 0.007 21 T 0.504 0.193 0.043 0.127 0.065 0.032 0.018 0.008 0.005 0.003 0.002 22 D 0.155 0.201 0.061 0.258 0.160 0.085 0.048 0.016 0.010 0.005 0.003 23 S 0.036 0.085 0.062 0.236 0.216 0.160 0.111 0.043 0.028 0.015 0.008 24 L 0.002 0.004 0.004 0.022 0.046 0.078 0.190 0.213 0.222 0.143 0.077 25 G 0.005 0.020 0.021 0.109 0.146 0.165 0.209 0.120 0.090 0.064 0.051 26 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.049 0.104 0.213 0.305 0.308 27 S 0.005 0.013 0.015 0.099 0.117 0.109 0.205 0.163 0.124 0.080 0.070 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.064 0.172 0.311 0.423 29 A 0.003 0.019 0.027 0.172 0.183 0.151 0.183 0.098 0.083 0.049 0.032 30 G 0.022 0.029 0.017 0.066 0.084 0.116 0.195 0.153 0.141 0.109 0.069 31 G 0.084 0.107 0.087 0.224 0.134 0.091 0.091 0.054 0.049 0.041 0.040 32 V 0.098 0.127 0.052 0.174 0.140 0.103 0.121 0.060 0.048 0.039 0.037 33 G 0.321 0.180 0.049 0.136 0.089 0.066 0.060 0.032 0.028 0.021 0.017 34 S 0.130 0.127 0.041 0.144 0.111 0.092 0.109 0.070 0.072 0.053 0.052 35 P 0.353 0.187 0.082 0.146 0.080 0.050 0.039 0.017 0.017 0.014 0.014 36 L 0.154 0.120 0.048 0.163 0.138 0.113 0.103 0.056 0.049 0.033 0.023 37 G 0.282 0.132 0.072 0.143 0.098 0.074 0.070 0.037 0.036 0.027 0.029 38 D 0.181 0.185 0.107 0.235 0.140 0.072 0.044 0.016 0.010 0.006 0.004 39 V 0.022 0.039 0.024 0.127 0.169 0.165 0.193 0.112 0.085 0.045 0.019 40 P 0.005 0.022 0.019 0.127 0.187 0.182 0.198 0.100 0.079 0.048 0.032 41 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.031 0.113 0.189 0.248 0.245 0.150 42 F 0.001 0.006 0.009 0.071 0.124 0.145 0.252 0.177 0.121 0.061 0.032 43 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.026 0.075 0.177 0.279 0.433 44 A 0.004 0.009 0.010 0.078 0.136 0.153 0.260 0.166 0.114 0.051 0.020 45 M 0.042 0.120 0.061 0.245 0.181 0.119 0.109 0.058 0.040 0.017 0.007 46 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.037 0.076 0.188 0.282 0.392 47 H 0.030 0.122 0.050 0.251 0.219 0.148 0.111 0.035 0.019 0.008 0.005 48 P 0.351 0.216 0.051 0.157 0.089 0.053 0.042 0.021 0.011 0.006 0.002 49 T 0.407 0.131 0.047 0.148 0.108 0.071 0.046 0.018 0.012 0.007 0.004 50 G 0.122 0.138 0.034 0.114 0.091 0.092 0.116 0.082 0.091 0.070 0.052 51 V 0.075 0.089 0.042 0.127 0.123 0.128 0.152 0.099 0.085 0.050 0.031 52 A 0.049 0.027 0.022 0.033 0.040 0.062 0.128 0.135 0.193 0.160 0.153 53 A 0.067 0.094 0.127 0.245 0.175 0.115 0.084 0.038 0.028 0.017 0.010 54 Q 0.069 0.106 0.115 0.204 0.156 0.120 0.100 0.047 0.039 0.026 0.018 55 T 0.062 0.041 0.031 0.057 0.059 0.075 0.124 0.127 0.153 0.130 0.141 56 Q 0.510 0.170 0.081 0.105 0.053 0.033 0.027 0.009 0.007 0.004 0.002 57 K 0.090 0.132 0.058 0.198 0.160 0.134 0.123 0.049 0.033 0.016 0.007 58 L 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.026 0.051 0.137 0.207 0.557 59 R 0.128 0.272 0.109 0.217 0.122 0.072 0.046 0.014 0.009 0.005 0.005 60 V 0.070 0.124 0.081 0.217 0.162 0.137 0.123 0.047 0.026 0.011 0.004 61 G 0.527 0.170 0.063 0.123 0.061 0.026 0.013 0.005 0.004 0.003 0.004 62 D 0.001 0.010 0.010 0.063 0.104 0.153 0.263 0.172 0.121 0.068 0.035 63 R 0.005 0.028 0.027 0.171 0.241 0.208 0.193 0.069 0.036 0.015 0.007 64 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.034 0.078 0.170 0.254 0.449 65 V 0.002 0.003 0.006 0.025 0.045 0.081 0.202 0.190 0.207 0.153 0.087 66 T 0.003 0.013 0.017 0.079 0.089 0.090 0.175 0.159 0.173 0.117 0.085 67 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.018 0.061 0.119 0.239 0.299 0.243 68 C 0.004 0.019 0.024 0.124 0.162 0.173 0.211 0.128 0.090 0.042 0.022 69 G 0.174 0.161 0.060 0.173 0.125 0.096 0.099 0.049 0.032 0.019 0.012 70 T 0.056 0.103 0.070 0.264 0.205 0.132 0.099 0.038 0.020 0.009 0.004 71 S 0.213 0.256 0.071 0.200 0.121 0.061 0.041 0.015 0.010 0.006 0.005 72 T 0.020 0.012 0.005 0.018 0.025 0.039 0.084 0.098 0.199 0.203 0.296 73 E 0.167 0.180 0.076 0.193 0.142 0.102 0.087 0.027 0.016 0.007 0.004 74 G 0.418 0.186 0.050 0.155 0.081 0.051 0.035 0.013 0.007 0.004 0.002 75 M 0.008 0.011 0.006 0.034 0.062 0.090 0.203 0.196 0.170 0.127 0.094 76 T 0.037 0.706 0.064 0.109 0.040 0.020 0.011 0.005 0.004 0.002 0.002 77 H 0.010 0.011 0.009 0.062 0.189 0.254 0.238 0.115 0.068 0.030 0.014 78 T 0.769 0.118 0.031 0.037 0.020 0.011 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.024 0.047 0.501 0.266 0.108 0.043 0.009 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.062 0.194 0.304 0.418 81 V 0.001 0.001 0.018 0.063 0.156 0.326 0.271 0.090 0.048 0.020 0.006 82 N 0.003 0.019 0.726 0.165 0.049 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.033 0.127 0.400 0.204 0.121 0.070 0.035 84 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.067 0.214 0.332 0.358 85 K 0.002 0.013 0.134 0.247 0.286 0.176 0.100 0.025 0.011 0.004 0.002 86 N 0.025 0.095 0.551 0.168 0.087 0.050 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 87 A 0.005 0.006 0.005 0.018 0.029 0.073 0.249 0.179 0.170 0.144 0.123 88 S 0.608 0.229 0.044 0.067 0.026 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.158 0.122 0.061 0.195 0.141 0.116 0.111 0.047 0.030 0.014 0.007 90 S 0.062 0.186 0.123 0.348 0.176 0.072 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.105 0.195 0.294 0.238 0.144 92 E 0.005 0.071 0.069 0.471 0.276 0.083 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.057 0.196 0.351 0.381 94 Q 0.004 0.025 0.021 0.322 0.360 0.166 0.077 0.017 0.005 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.081 0.229 0.336 0.322 96 V 0.003 0.025 0.029 0.316 0.312 0.173 0.091 0.029 0.014 0.004 0.001 97 A 0.060 0.114 0.042 0.127 0.125 0.136 0.187 0.100 0.066 0.032 0.011 98 G 0.179 0.149 0.056 0.277 0.169 0.089 0.047 0.019 0.009 0.004 0.001 99 G 0.510 0.211 0.040 0.099 0.058 0.032 0.026 0.011 0.007 0.004 0.003 100 D 0.449 0.281 0.044 0.113 0.054 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 101 V 0.182 0.127 0.039 0.116 0.113 0.115 0.121 0.073 0.059 0.035 0.019 102 S 0.283 0.308 0.074 0.139 0.078 0.046 0.033 0.015 0.012 0.007 0.004 103 E 0.503 0.151 0.069 0.123 0.072 0.039 0.022 0.010 0.007 0.003 0.001 104 T 0.378 0.136 0.043 0.106 0.087 0.072 0.071 0.040 0.034 0.021 0.011 105 S 0.238 0.242 0.079 0.172 0.101 0.063 0.045 0.025 0.019 0.010 0.005 106 V 0.419 0.169 0.045 0.113 0.079 0.061 0.049 0.026 0.020 0.011 0.005