# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.005 0.008 0.010 0.247 0.717 2 E 0.023 0.013 0.047 0.043 0.335 0.539 3 N 0.025 0.013 0.100 0.058 0.392 0.414 4 L 0.038 0.017 0.190 0.090 0.423 0.242 5 Y 0.083 0.016 0.118 0.093 0.331 0.359 6 F 0.152 0.033 0.114 0.079 0.309 0.314 7 Q 0.184 0.029 0.102 0.085 0.291 0.309 8 S 0.244 0.025 0.072 0.035 0.281 0.343 9 M 0.173 0.008 0.044 0.009 0.335 0.431 10 G 0.216 0.006 0.008 0.001 0.182 0.587 11 L 0.667 0.007 0.003 0.001 0.060 0.263 12 R 0.893 0.002 0.001 0.001 0.023 0.081 13 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 14 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 M 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 17 K 0.922 0.002 0.001 0.001 0.028 0.048 18 K 0.660 0.021 0.001 0.001 0.117 0.199 19 G 0.127 0.018 0.004 0.001 0.679 0.171 20 P 0.054 0.019 0.033 0.003 0.801 0.091 21 T 0.037 0.008 0.085 0.003 0.777 0.091 22 D 0.054 0.010 0.142 0.005 0.718 0.071 23 S 0.085 0.013 0.051 0.007 0.538 0.305 24 L 0.150 0.018 0.018 0.006 0.394 0.414 25 G 0.298 0.007 0.005 0.001 0.214 0.475 26 I 0.817 0.011 0.003 0.001 0.041 0.128 27 S 0.942 0.008 0.001 0.001 0.014 0.034 28 I 0.940 0.006 0.001 0.001 0.017 0.036 29 A 0.793 0.007 0.002 0.001 0.069 0.130 30 G 0.476 0.011 0.005 0.001 0.189 0.318 31 G 0.224 0.037 0.008 0.001 0.472 0.258 32 V 0.180 0.060 0.011 0.002 0.453 0.294 33 G 0.118 0.034 0.015 0.003 0.628 0.202 34 S 0.076 0.039 0.020 0.004 0.690 0.171 35 P 0.044 0.018 0.028 0.003 0.814 0.093 36 L 0.028 0.015 0.051 0.013 0.786 0.108 37 G 0.022 0.011 0.028 0.006 0.719 0.214 38 D 0.079 0.020 0.005 0.001 0.393 0.501 39 V 0.283 0.015 0.003 0.002 0.117 0.581 40 P 0.688 0.014 0.001 0.002 0.062 0.232 41 I 0.919 0.002 0.001 0.001 0.020 0.058 42 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 43 I 0.981 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 44 A 0.964 0.001 0.001 0.005 0.009 0.021 45 M 0.908 0.002 0.001 0.004 0.021 0.064 46 M 0.691 0.015 0.002 0.005 0.061 0.226 47 H 0.349 0.020 0.005 0.008 0.440 0.178 48 P 0.058 0.007 0.009 0.026 0.738 0.163 49 T 0.019 0.008 0.018 0.044 0.767 0.144 50 G 0.083 0.048 0.024 0.056 0.635 0.155 51 V 0.086 0.021 0.127 0.323 0.211 0.233 52 A 0.127 0.020 0.192 0.387 0.170 0.104 53 A 0.119 0.012 0.245 0.358 0.207 0.059 54 Q 0.142 0.016 0.144 0.329 0.254 0.115 55 T 0.102 0.010 0.126 0.246 0.384 0.132 56 Q 0.136 0.011 0.073 0.183 0.361 0.237 57 K 0.301 0.017 0.045 0.049 0.205 0.383 58 L 0.289 0.118 0.020 0.026 0.121 0.425 59 R 0.191 0.029 0.024 0.018 0.693 0.045 60 V 0.105 0.007 0.009 0.014 0.824 0.042 61 G 0.026 0.002 0.006 0.005 0.927 0.034 62 D 0.511 0.015 0.003 0.002 0.436 0.034 63 R 0.949 0.007 0.001 0.001 0.013 0.029 64 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 65 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 66 T 0.988 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 67 I 0.898 0.002 0.001 0.004 0.056 0.039 68 C 0.493 0.006 0.003 0.010 0.329 0.159 69 G 0.299 0.012 0.006 0.007 0.476 0.200 70 T 0.528 0.033 0.008 0.005 0.233 0.193 71 S 0.439 0.064 0.007 0.008 0.154 0.328 72 T 0.078 0.023 0.039 0.009 0.833 0.018 73 E 0.024 0.003 0.021 0.006 0.919 0.027 74 G 0.004 0.001 0.031 0.007 0.929 0.028 75 M 0.036 0.073 0.005 0.010 0.738 0.138 76 T 0.025 0.025 0.001 0.027 0.032 0.890 77 H 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 78 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 84 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.001 85 K 0.002 0.001 0.013 0.972 0.011 0.002 86 N 0.002 0.001 0.018 0.912 0.029 0.038 87 A 0.005 0.009 0.041 0.516 0.115 0.314 88 S 0.012 0.007 0.026 0.017 0.320 0.619 89 G 0.029 0.001 0.011 0.001 0.341 0.617 90 S 0.551 0.008 0.003 0.001 0.117 0.321 91 I 0.938 0.003 0.001 0.001 0.012 0.047 92 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 93 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 94 Q 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 95 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 96 V 0.884 0.002 0.001 0.001 0.023 0.090 97 A 0.455 0.007 0.001 0.002 0.169 0.366 98 G 0.106 0.008 0.004 0.004 0.365 0.513 99 G 0.065 0.016 0.009 0.003 0.385 0.523 100 D 0.124 0.026 0.015 0.004 0.383 0.447 101 V 0.132 0.039 0.026 0.014 0.307 0.483 102 S 0.070 0.012 0.014 0.010 0.332 0.561 103 E 0.046 0.012 0.017 0.013 0.286 0.626 104 T 0.034 0.023 0.010 0.014 0.159 0.760 105 S 0.033 0.029 0.006 0.014 0.128 0.789 106 V 0.015 0.004 0.003 0.006 0.060 0.912