# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.233 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.072 0.580 2 E 0.104 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.025 0.102 0.683 3 N 0.094 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.045 0.087 0.611 4 L 0.082 0.025 0.003 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.009 0.004 0.007 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.056 0.087 0.122 0.576 5 Y 0.067 0.025 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.007 0.006 0.005 0.005 0.076 0.094 0.090 0.598 6 F 0.091 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.002 0.048 0.090 0.095 0.642 7 Q 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.065 0.037 0.090 0.707 8 S 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.069 0.027 0.097 0.771 9 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 0.111 0.820 10 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.639 0.044 0.040 0.245 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.009 0.081 0.857 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.012 0.882 0.025 0.007 0.053 13 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.188 0.042 0.056 0.709 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.019 0.003 0.021 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.060 0.045 0.549 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.028 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.659 0.052 0.027 0.179 17 K 0.008 0.001 0.001 0.003 0.029 0.068 0.149 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.058 0.076 0.396 18 K 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.028 0.095 0.768 19 G 0.147 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.077 0.094 0.635 20 P 0.113 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.037 0.102 0.717 21 T 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.039 0.106 0.745 22 D 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.065 0.151 0.661 23 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.010 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.152 0.075 0.133 0.549 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.037 0.024 0.064 0.073 0.027 0.011 0.280 0.081 0.075 0.313 25 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.033 0.033 0.126 0.017 0.018 0.572 0.111 0.014 0.059 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.029 0.005 0.710 0.061 0.028 0.129 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.009 0.006 0.864 0.053 0.008 0.033 28 I 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.600 0.065 0.057 0.251 29 A 0.020 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.105 0.065 0.194 30 G 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.039 0.126 0.575 31 G 0.075 0.005 0.002 0.001 0.005 0.024 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.132 0.103 0.486 32 V 0.010 0.004 0.001 0.007 0.030 0.083 0.030 0.014 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.058 0.120 0.550 33 G 0.017 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.026 0.090 0.821 34 S 0.290 0.005 0.002 0.002 0.009 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.011 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.021 0.071 0.104 0.453 35 P 0.172 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.095 0.663 36 L 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.020 0.046 0.086 0.765 37 G 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.024 0.111 0.776 38 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.019 0.003 0.007 0.001 0.005 0.001 0.075 0.023 0.149 0.661 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.008 0.008 0.026 0.035 0.018 0.008 0.165 0.042 0.138 0.536 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.021 0.015 0.099 0.021 0.019 0.455 0.068 0.051 0.236 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.019 0.013 0.014 0.711 0.060 0.026 0.131 42 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.007 0.829 0.062 0.012 0.073 43 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.752 0.036 0.027 0.168 44 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.721 0.037 0.041 0.182 45 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.050 0.119 0.478 46 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.388 0.037 0.108 0.460 47 H 0.412 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.097 0.069 0.294 48 P 0.070 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.026 0.099 0.699 49 T 0.046 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.018 0.073 0.657 50 G 0.145 0.405 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.171 0.049 0.176 51 V 0.110 0.136 0.018 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.409 0.070 0.204 52 A 0.042 0.116 0.043 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.002 0.002 0.001 0.029 0.311 0.087 0.313 53 A 0.338 0.023 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.002 0.003 0.038 0.097 0.076 0.370 54 Q 0.154 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.044 0.096 0.636 55 T 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.019 0.098 0.832 56 Q 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.055 0.131 0.595 57 K 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.034 0.142 0.666 58 L 0.014 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.031 0.110 0.455 59 R 0.470 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.002 0.131 0.100 0.046 0.216 60 V 0.125 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.203 0.081 0.103 0.462 61 G 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.043 0.148 0.613 62 D 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.606 0.097 0.059 0.209 63 R 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.654 0.129 0.030 0.157 64 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.062 0.008 0.063 65 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.418 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.046 0.008 0.053 66 T 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.837 0.015 0.015 0.108 67 I 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.050 0.041 0.205 68 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.020 0.126 0.791 69 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.042 0.071 0.772 70 T 0.009 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.670 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.023 0.222 71 S 0.251 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.027 0.057 0.520 72 T 0.208 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.001 0.002 0.001 0.022 0.077 0.071 0.489 73 E 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.035 0.004 0.006 0.054 0.026 0.103 0.738 74 G 0.010 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.066 0.113 0.736 75 M 0.002 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.071 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.110 0.139 0.460 76 T 0.017 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.042 77 H 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.021 78 T 0.004 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.003 0.026 79 Q 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.012 80 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 81 V 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.022 82 N 0.017 0.477 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.021 0.058 83 L 0.115 0.431 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.050 0.125 84 L 0.245 0.030 0.066 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.415 0.041 0.192 85 K 0.051 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.095 0.788 86 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.054 0.923 87 A 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.040 0.134 0.744 88 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.187 0.777 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.035 0.125 0.617 90 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.509 0.068 0.077 0.332 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.036 0.033 0.144 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.004 0.877 0.059 0.005 0.041 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.035 0.007 0.048 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.065 0.002 0.016 95 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.009 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.094 0.035 0.213 96 V 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.804 0.047 0.024 0.111 97 A 0.190 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.058 0.118 0.526 98 G 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.040 0.115 0.786 99 G 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.036 0.104 0.814 100 D 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.052 0.106 0.689 101 V 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.036 0.085 0.814 102 S 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.004 0.001 0.040 0.032 0.084 0.781 103 E 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.006 0.003 0.020 0.013 0.068 0.854 104 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.013 0.083 0.865 105 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.017 0.092 0.838 106 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.101 0.851