# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.088 0.217 0.055 0.004 0.069 0.110 0.294 0.005 0.003 0.004 0.010 0.007 0.007 0.003 0.016 0.020 0.010 0.018 0.012 0.019 0.016 2 A 0.016 0.068 0.246 0.079 0.004 0.038 0.137 0.273 0.004 0.002 0.004 0.009 0.007 0.006 0.003 0.016 0.017 0.009 0.015 0.009 0.013 0.025 3 H 0.029 0.104 0.198 0.063 0.006 0.037 0.224 0.178 0.004 0.003 0.005 0.010 0.005 0.007 0.004 0.014 0.017 0.021 0.015 0.012 0.019 0.025 4 H 0.036 0.156 0.245 0.107 0.008 0.061 0.111 0.105 0.005 0.003 0.005 0.011 0.006 0.007 0.004 0.018 0.015 0.017 0.027 0.011 0.018 0.024 5 H 0.033 0.117 0.306 0.120 0.012 0.052 0.093 0.097 0.005 0.003 0.006 0.009 0.006 0.006 0.005 0.013 0.022 0.024 0.022 0.010 0.013 0.026 6 H 0.035 0.117 0.247 0.112 0.012 0.041 0.141 0.112 0.005 0.002 0.004 0.012 0.006 0.006 0.004 0.015 0.021 0.035 0.023 0.009 0.012 0.029 7 H 0.045 0.164 0.186 0.103 0.010 0.070 0.156 0.052 0.005 0.002 0.005 0.009 0.006 0.005 0.005 0.017 0.016 0.051 0.025 0.008 0.015 0.045 8 H 0.024 0.124 0.276 0.115 0.013 0.036 0.079 0.047 0.005 0.003 0.007 0.013 0.005 0.007 0.002 0.018 0.031 0.070 0.041 0.018 0.021 0.047 9 S 0.035 0.169 0.172 0.164 0.016 0.020 0.098 0.040 0.006 0.002 0.004 0.011 0.006 0.004 0.004 0.022 0.030 0.073 0.029 0.011 0.017 0.067 10 L 0.031 0.146 0.224 0.119 0.008 0.044 0.109 0.012 0.009 0.005 0.009 0.011 0.010 0.006 0.006 0.029 0.032 0.034 0.025 0.015 0.034 0.081 11 N 0.058 0.063 0.110 0.094 0.025 0.007 0.118 0.010 0.013 0.006 0.009 0.021 0.009 0.011 0.003 0.053 0.154 0.039 0.068 0.027 0.056 0.046 12 Q 0.052 0.072 0.023 0.030 0.004 0.007 0.057 0.004 0.026 0.006 0.008 0.017 0.034 0.011 0.026 0.134 0.063 0.003 0.087 0.023 0.042 0.270 13 I 0.002 0.108 0.009 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.063 0.018 0.012 0.021 0.028 0.021 0.128 0.162 0.019 0.059 0.041 0.171 0.085 14 N 0.002 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.020 0.016 0.043 0.060 0.026 0.004 0.235 0.103 0.001 0.032 0.149 0.168 0.072 15 I 0.001 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.193 0.032 0.004 0.024 0.042 0.158 0.149 0.069 0.004 0.009 0.033 0.152 0.065 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.082 0.028 0.062 0.064 0.041 0.002 0.082 0.024 0.001 0.001 0.350 0.204 0.004 17 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.100 0.176 0.011 0.043 0.088 0.079 0.124 0.053 0.002 0.001 0.109 0.097 0.039 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.189 0.064 0.087 0.104 0.068 0.008 0.065 0.019 0.006 0.001 0.127 0.157 0.012 19 Y 0.001 0.032 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.111 0.195 0.020 0.052 0.069 0.044 0.115 0.031 0.042 0.001 0.047 0.092 0.022 20 A 0.004 0.049 0.047 0.044 0.006 0.007 0.006 0.001 0.089 0.145 0.051 0.071 0.081 0.060 0.021 0.097 0.020 0.014 0.001 0.045 0.077 0.061 21 F 0.003 0.331 0.039 0.239 0.022 0.021 0.006 0.005 0.024 0.022 0.044 0.016 0.016 0.016 0.007 0.057 0.024 0.050 0.002 0.010 0.037 0.009 22 P 0.007 0.045 0.326 0.350 0.041 0.103 0.011 0.017 0.009 0.010 0.006 0.006 0.008 0.005 0.003 0.011 0.011 0.005 0.001 0.004 0.008 0.014 23 E 0.017 0.087 0.154 0.063 0.009 0.037 0.408 0.110 0.006 0.005 0.006 0.003 0.003 0.004 0.003 0.019 0.017 0.015 0.002 0.005 0.018 0.011 24 R 0.040 0.141 0.090 0.084 0.009 0.072 0.248 0.100 0.009 0.004 0.004 0.005 0.007 0.006 0.003 0.056 0.029 0.009 0.014 0.008 0.035 0.026 25 Y 0.019 0.135 0.094 0.081 0.004 0.023 0.096 0.084 0.015 0.010 0.013 0.009 0.008 0.012 0.008 0.073 0.083 0.026 0.030 0.022 0.071 0.084 26 Y 0.013 0.082 0.055 0.044 0.002 0.009 0.038 0.043 0.035 0.010 0.009 0.017 0.020 0.015 0.007 0.127 0.217 0.009 0.070 0.019 0.071 0.086 27 L 0.009 0.088 0.042 0.033 0.001 0.005 0.025 0.013 0.031 0.019 0.017 0.008 0.023 0.018 0.033 0.120 0.162 0.014 0.041 0.023 0.080 0.196 28 K 0.005 0.028 0.023 0.016 0.003 0.002 0.008 0.005 0.029 0.029 0.029 0.043 0.028 0.035 0.007 0.128 0.221 0.008 0.038 0.128 0.161 0.029 29 S 0.013 0.038 0.019 0.024 0.004 0.004 0.016 0.005 0.038 0.042 0.052 0.029 0.037 0.048 0.049 0.086 0.097 0.010 0.019 0.105 0.086 0.179 30 F 0.002 0.062 0.009 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.061 0.028 0.024 0.025 0.033 0.016 0.117 0.078 0.080 0.012 0.174 0.168 0.054 31 Q 0.007 0.066 0.015 0.047 0.006 0.005 0.005 0.004 0.034 0.033 0.040 0.021 0.039 0.036 0.031 0.070 0.036 0.117 0.007 0.108 0.103 0.169 32 V 0.004 0.149 0.030 0.071 0.002 0.009 0.006 0.004 0.033 0.058 0.037 0.038 0.028 0.040 0.033 0.088 0.030 0.041 0.007 0.089 0.128 0.073 33 D 0.012 0.181 0.122 0.210 0.022 0.028 0.017 0.018 0.024 0.025 0.036 0.033 0.031 0.019 0.021 0.034 0.026 0.047 0.004 0.020 0.037 0.034 34 E 0.024 0.099 0.179 0.372 0.012 0.074 0.070 0.020 0.010 0.008 0.017 0.009 0.008 0.011 0.007 0.024 0.006 0.003 0.003 0.015 0.023 0.009 35 G 0.276 0.043 0.024 0.053 0.199 0.056 0.240 0.039 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.005 36 I 0.006 0.123 0.076 0.128 0.002 0.343 0.020 0.163 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.011 0.004 0.001 0.066 0.013 0.018 0.007 37 T 0.004 0.127 0.034 0.136 0.003 0.085 0.025 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.009 38 V 0.002 0.006 0.041 0.008 0.001 0.276 0.010 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 39 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.003 0.037 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.003 0.002 0.490 0.001 0.001 0.005 0.150 0.344 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.111 0.010 0.285 0.017 0.001 0.016 0.354 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 46 G 0.750 0.013 0.022 0.004 0.040 0.017 0.061 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 47 I 0.004 0.050 0.250 0.066 0.001 0.071 0.030 0.241 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.256 0.001 0.002 0.006 48 L 0.004 0.027 0.287 0.014 0.002 0.008 0.189 0.397 0.003 0.001 0.001 0.020 0.009 0.005 0.001 0.005 0.003 0.002 0.004 0.003 0.007 0.009 49 S 0.023 0.066 0.170 0.027 0.002 0.022 0.334 0.271 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.005 0.009 0.005 0.004 0.031 0.001 0.004 0.006 50 Q 0.022 0.086 0.390 0.040 0.004 0.028 0.318 0.022 0.003 0.003 0.001 0.009 0.004 0.006 0.002 0.006 0.006 0.002 0.015 0.006 0.009 0.017 51 F 0.007 0.472 0.143 0.195 0.005 0.059 0.009 0.018 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.008 0.022 0.004 0.020 0.008 0.005 0.002 52 P 0.007 0.030 0.272 0.516 0.024 0.050 0.020 0.046 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 53 E 0.008 0.064 0.051 0.036 0.005 0.018 0.682 0.091 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.003 0.005 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.003 54 I 0.011 0.369 0.104 0.232 0.002 0.036 0.087 0.040 0.006 0.004 0.005 0.010 0.006 0.010 0.004 0.013 0.007 0.009 0.007 0.004 0.012 0.020 55 D 0.012 0.413 0.072 0.204 0.011 0.028 0.020 0.031 0.007 0.006 0.006 0.011 0.006 0.005 0.009 0.017 0.010 0.090 0.004 0.006 0.019 0.013 56 L 0.013 0.045 0.461 0.058 0.011 0.219 0.035 0.053 0.009 0.003 0.005 0.007 0.007 0.007 0.006 0.011 0.007 0.012 0.007 0.002 0.006 0.016 57 S 0.011 0.052 0.190 0.052 0.007 0.019 0.330 0.223 0.007 0.002 0.004 0.016 0.008 0.006 0.002 0.010 0.012 0.025 0.004 0.004 0.006 0.010 58 T 0.044 0.079 0.180 0.104 0.005 0.081 0.258 0.099 0.009 0.003 0.008 0.011 0.011 0.008 0.004 0.018 0.019 0.006 0.009 0.005 0.012 0.028 59 N 0.088 0.118 0.157 0.062 0.012 0.024 0.164 0.062 0.010 0.008 0.010 0.014 0.009 0.021 0.005 0.038 0.043 0.016 0.034 0.014 0.048 0.044 60 K 0.034 0.101 0.096 0.052 0.005 0.020 0.048 0.029 0.023 0.008 0.013 0.018 0.020 0.013 0.010 0.080 0.084 0.006 0.183 0.025 0.060 0.071 61 I 0.011 0.137 0.090 0.091 0.003 0.009 0.031 0.017 0.028 0.021 0.025 0.011 0.018 0.039 0.016 0.084 0.088 0.017 0.068 0.023 0.053 0.123 62 G 0.025 0.047 0.024 0.034 0.015 0.007 0.023 0.010 0.030 0.018 0.024 0.056 0.033 0.039 0.008 0.100 0.099 0.009 0.139 0.085 0.136 0.041 63 I 0.004 0.066 0.034 0.040 0.001 0.007 0.010 0.009 0.031 0.022 0.036 0.013 0.029 0.041 0.048 0.058 0.051 0.024 0.035 0.044 0.062 0.336 64 F 0.003 0.033 0.023 0.015 0.002 0.002 0.006 0.003 0.029 0.031 0.023 0.108 0.037 0.025 0.004 0.091 0.080 0.017 0.007 0.267 0.180 0.014 65 S 0.025 0.096 0.062 0.064 0.006 0.010 0.045 0.003 0.036 0.023 0.028 0.011 0.015 0.023 0.091 0.056 0.042 0.009 0.010 0.044 0.054 0.248 66 R 0.008 0.198 0.045 0.106 0.015 0.014 0.010 0.005 0.040 0.032 0.026 0.032 0.036 0.042 0.005 0.119 0.077 0.013 0.022 0.070 0.078 0.007 67 P 0.005 0.087 0.033 0.638 0.012 0.008 0.010 0.006 0.006 0.008 0.007 0.004 0.010 0.009 0.036 0.009 0.007 0.006 0.004 0.010 0.013 0.070 68 I 0.005 0.240 0.054 0.137 0.005 0.018 0.029 0.012 0.015 0.031 0.022 0.037 0.014 0.024 0.004 0.049 0.039 0.011 0.006 0.096 0.136 0.017 69 K 0.007 0.325 0.045 0.414 0.007 0.015 0.017 0.014 0.007 0.007 0.005 0.004 0.005 0.005 0.014 0.018 0.010 0.011 0.008 0.008 0.022 0.032 70 L 0.012 0.162 0.204 0.188 0.011 0.095 0.029 0.035 0.013 0.010 0.013 0.020 0.012 0.009 0.012 0.035 0.032 0.010 0.006 0.030 0.043 0.019 71 T 0.019 0.089 0.161 0.140 0.023 0.064 0.167 0.181 0.008 0.003 0.013 0.012 0.009 0.009 0.007 0.014 0.032 0.007 0.005 0.008 0.012 0.016 72 D 0.013 0.094 0.101 0.066 0.007 0.049 0.154 0.290 0.008 0.002 0.004 0.009 0.006 0.004 0.004 0.022 0.028 0.057 0.009 0.020 0.015 0.038 73 V 0.007 0.085 0.106 0.045 0.001 0.037 0.098 0.267 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.011 0.009 0.199 0.006 0.007 0.009 0.092 74 L 0.009 0.125 0.144 0.055 0.003 0.024 0.084 0.188 0.005 0.002 0.004 0.011 0.004 0.007 0.002 0.028 0.027 0.102 0.012 0.033 0.039 0.094 75 K 0.015 0.157 0.228 0.106 0.009 0.011 0.056 0.079 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.009 0.006 0.240 0.010 0.009 0.014 0.034 76 E 0.071 0.048 0.344 0.196 0.009 0.029 0.220 0.011 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.023 0.006 0.005 0.009 0.006 77 G 0.529 0.009 0.008 0.008 0.130 0.007 0.287 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 78 D 0.011 0.106 0.017 0.088 0.004 0.015 0.008 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 0.003 0.004 0.003 0.010 0.017 0.002 0.673 0.005 0.013 0.005 79 R 0.009 0.126 0.080 0.141 0.003 0.014 0.016 0.029 0.029 0.006 0.012 0.023 0.064 0.025 0.012 0.038 0.029 0.001 0.068 0.008 0.012 0.255 80 I 0.002 0.187 0.022 0.050 0.001 0.007 0.009 0.013 0.025 0.018 0.034 0.019 0.030 0.054 0.026 0.062 0.050 0.004 0.241 0.014 0.067 0.066 81 E 0.004 0.033 0.024 0.025 0.003 0.006 0.007 0.021 0.071 0.024 0.036 0.054 0.083 0.070 0.009 0.051 0.045 0.010 0.216 0.039 0.079 0.090 82 I 0.004 0.057 0.021 0.022 0.001 0.004 0.010 0.022 0.065 0.044 0.042 0.047 0.039 0.060 0.030 0.078 0.068 0.019 0.022 0.170 0.116 0.061 83 Y 0.008 0.053 0.121 0.021 0.003 0.019 0.030 0.012 0.076 0.035 0.021 0.045 0.064 0.043 0.030 0.081 0.034 0.006 0.005 0.090 0.086 0.117 84 R 0.006 0.101 0.070 0.061 0.006 0.032 0.007 0.027 0.047 0.019 0.053 0.018 0.024 0.043 0.006 0.133 0.054 0.006 0.012 0.162 0.100 0.013 85 P 0.018 0.030 0.127 0.382 0.026 0.014 0.022 0.095 0.013 0.011 0.017 0.012 0.019 0.016 0.013 0.017 0.070 0.002 0.003 0.021 0.021 0.053 86 L 0.013 0.150 0.128 0.063 0.002 0.023 0.189 0.083 0.019 0.013 0.015 0.017 0.010 0.021 0.007 0.054 0.012 0.003 0.007 0.049 0.095 0.029 87 L 0.030 0.218 0.095 0.109 0.015 0.026 0.136 0.082 0.009 0.008 0.012 0.013 0.011 0.021 0.007 0.059 0.007 0.020 0.013 0.027 0.062 0.018 88 A 0.007 0.128 0.369 0.153 0.005 0.023 0.106 0.028 0.006 0.004 0.004 0.010 0.003 0.008 0.003 0.041 0.005 0.001 0.007 0.025 0.044 0.023 89 D 0.007 0.617 0.023 0.218 0.019 0.018 0.021 0.031 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.008 0.002 0.003 0.009 0.002 90 P 0.003 0.005 0.258 0.020 0.003 0.675 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.007 0.030 0.004 0.001 0.015 0.117 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.002 0.026 0.013 0.017 0.001 0.048 0.057 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 93 I 0.001 0.030 0.031 0.090 0.001 0.018 0.019 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 94 R 0.004 0.122 0.112 0.080 0.001 0.013 0.046 0.502 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.008 0.014 0.026 0.016 0.007 0.017 0.016 95 R 0.009 0.083 0.275 0.081 0.004 0.011 0.110 0.305 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.009 0.028 0.006 0.004 0.013 0.038 96 E 0.034 0.076 0.384 0.131 0.004 0.018 0.236 0.046 0.003 0.002 0.004 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.004 0.009 0.006 0.005 0.009 0.010 97 G 0.444 0.063 0.105 0.050 0.092 0.024 0.143 0.022 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.002 0.005 0.002 0.004 0.012 0.002 0.005 0.006