# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0363/T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.043 0.105 0.190 0.013 0.070 0.022 0.008 0.008 0.004 0.062 0.074 0.316 0.011 0.008 0.027 2 A 0.021 0.055 0.171 0.208 0.019 0.058 0.029 0.015 0.005 0.003 0.041 0.060 0.256 0.017 0.017 0.024 3 H 0.018 0.061 0.143 0.221 0.021 0.082 0.028 0.023 0.010 0.007 0.030 0.040 0.230 0.018 0.023 0.046 4 H 0.029 0.054 0.112 0.168 0.022 0.133 0.030 0.024 0.011 0.010 0.068 0.041 0.223 0.015 0.021 0.039 5 H 0.033 0.078 0.101 0.117 0.017 0.103 0.026 0.028 0.010 0.008 0.129 0.072 0.216 0.014 0.018 0.031 6 H 0.040 0.101 0.086 0.102 0.011 0.071 0.019 0.029 0.017 0.009 0.106 0.140 0.194 0.015 0.024 0.038 7 H 0.047 0.071 0.141 0.115 0.014 0.086 0.031 0.015 0.017 0.007 0.085 0.072 0.206 0.013 0.025 0.056 8 H 0.045 0.114 0.265 0.158 0.008 0.035 0.014 0.022 0.007 0.005 0.047 0.061 0.152 0.004 0.022 0.040 9 S 0.036 0.021 0.066 0.040 0.075 0.301 0.051 0.015 0.009 0.015 0.060 0.055 0.195 0.030 0.007 0.024 10 L 0.022 0.086 0.065 0.041 0.005 0.084 0.018 0.095 0.007 0.003 0.317 0.034 0.151 0.013 0.047 0.014 11 N 0.018 0.295 0.073 0.154 0.001 0.016 0.006 0.011 0.067 0.010 0.014 0.169 0.068 0.001 0.034 0.064 12 Q 0.281 0.033 0.290 0.176 0.001 0.005 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.002 0.154 13 I 0.035 0.008 0.768 0.172 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 14 N 0.001 0.022 0.161 0.810 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.023 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.002 0.946 0.004 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.077 0.004 0.888 0.009 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Y 0.001 0.008 0.001 0.937 0.010 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 A 0.003 0.104 0.080 0.769 0.009 0.015 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 21 F 0.006 0.017 0.012 0.352 0.061 0.512 0.004 0.004 0.002 0.011 0.005 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 22 P 0.002 0.020 0.005 0.024 0.016 0.558 0.002 0.033 0.001 0.001 0.317 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.462 0.003 0.039 0.001 0.018 0.001 0.016 0.021 0.003 0.123 0.290 0.015 0.001 0.003 0.003 24 R 0.074 0.063 0.100 0.131 0.003 0.017 0.018 0.005 0.064 0.004 0.027 0.220 0.174 0.005 0.024 0.073 25 Y 0.021 0.013 0.780 0.038 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.089 0.001 0.003 0.022 26 Y 0.021 0.098 0.305 0.371 0.004 0.064 0.006 0.003 0.003 0.001 0.011 0.011 0.077 0.002 0.001 0.024 27 L 0.017 0.049 0.109 0.503 0.010 0.223 0.012 0.002 0.002 0.001 0.009 0.009 0.048 0.002 0.001 0.003 28 K 0.003 0.314 0.119 0.510 0.001 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.001 0.003 0.004 29 S 0.003 0.005 0.052 0.921 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 30 F 0.021 0.006 0.369 0.591 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 31 Q 0.001 0.003 0.028 0.946 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.002 0.010 0.010 0.752 0.098 0.120 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.001 0.020 0.001 0.044 0.717 0.179 0.012 0.004 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 34 E 0.001 0.034 0.001 0.020 0.002 0.018 0.001 0.765 0.003 0.002 0.124 0.010 0.001 0.001 0.020 0.001 35 G 0.003 0.118 0.016 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.635 0.044 0.006 0.043 0.004 0.001 0.002 0.104 36 I 0.738 0.009 0.140 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 0.001 0.001 0.004 37 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.017 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.666 0.004 0.017 45 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.332 0.001 0.643 0.003 46 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.721 0.003 0.001 0.247 47 I 0.126 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.049 0.767 0.007 0.002 0.004 48 L 0.001 0.011 0.034 0.003 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.828 0.009 0.011 0.004 49 S 0.001 0.008 0.010 0.023 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.888 0.002 0.011 0.019 50 Q 0.011 0.035 0.100 0.082 0.001 0.010 0.015 0.001 0.003 0.001 0.006 0.019 0.602 0.012 0.009 0.095 51 F 0.020 0.005 0.167 0.049 0.005 0.102 0.062 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.528 0.012 0.011 0.015 52 P 0.008 0.099 0.091 0.055 0.002 0.049 0.010 0.010 0.001 0.001 0.138 0.028 0.470 0.006 0.011 0.022 53 E 0.023 0.134 0.032 0.205 0.009 0.046 0.021 0.003 0.023 0.002 0.034 0.091 0.200 0.057 0.006 0.115 54 I 0.020 0.057 0.546 0.168 0.001 0.004 0.015 0.008 0.001 0.001 0.008 0.010 0.097 0.002 0.046 0.017 55 D 0.003 0.005 0.045 0.020 0.004 0.782 0.007 0.003 0.002 0.009 0.005 0.009 0.093 0.001 0.002 0.011 56 L 0.007 0.025 0.006 0.012 0.001 0.022 0.002 0.005 0.001 0.001 0.859 0.006 0.050 0.001 0.001 0.002 57 S 0.003 0.161 0.012 0.033 0.001 0.018 0.003 0.002 0.008 0.001 0.009 0.707 0.029 0.003 0.008 0.003 58 T 0.023 0.023 0.271 0.080 0.004 0.019 0.040 0.003 0.008 0.001 0.021 0.012 0.315 0.012 0.027 0.141 59 N 0.027 0.098 0.550 0.116 0.002 0.027 0.010 0.005 0.004 0.001 0.008 0.022 0.090 0.001 0.010 0.029 60 K 0.040 0.049 0.273 0.338 0.039 0.035 0.032 0.008 0.006 0.003 0.031 0.005 0.054 0.045 0.003 0.039 61 I 0.019 0.035 0.260 0.579 0.004 0.012 0.002 0.032 0.002 0.001 0.005 0.004 0.022 0.001 0.017 0.005 62 G 0.007 0.012 0.106 0.687 0.031 0.052 0.006 0.002 0.013 0.022 0.006 0.003 0.019 0.002 0.001 0.031 63 I 0.068 0.045 0.035 0.679 0.045 0.073 0.005 0.016 0.001 0.001 0.014 0.005 0.009 0.002 0.001 0.002 64 F 0.004 0.083 0.053 0.561 0.016 0.170 0.003 0.039 0.011 0.009 0.020 0.014 0.009 0.001 0.003 0.004 65 S 0.017 0.170 0.053 0.600 0.005 0.052 0.003 0.009 0.021 0.008 0.025 0.016 0.011 0.001 0.002 0.008 66 R 0.056 0.064 0.115 0.579 0.005 0.063 0.005 0.006 0.006 0.005 0.043 0.029 0.015 0.001 0.002 0.008 67 P 0.022 0.070 0.299 0.529 0.007 0.026 0.003 0.003 0.005 0.001 0.007 0.008 0.008 0.001 0.002 0.010 68 I 0.008 0.039 0.092 0.826 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 69 K 0.003 0.011 0.014 0.114 0.013 0.819 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.018 0.002 0.021 0.003 0.215 0.001 0.008 0.001 0.001 0.711 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 71 T 0.001 0.357 0.007 0.040 0.001 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.009 0.559 0.009 0.001 0.002 0.001 72 D 0.013 0.007 0.072 0.169 0.002 0.043 0.006 0.003 0.010 0.002 0.045 0.030 0.552 0.002 0.012 0.032 73 V 0.021 0.018 0.427 0.056 0.009 0.019 0.036 0.002 0.002 0.001 0.056 0.021 0.252 0.018 0.002 0.059 74 L 0.017 0.040 0.098 0.212 0.032 0.071 0.019 0.029 0.003 0.002 0.016 0.067 0.364 0.007 0.013 0.010 75 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.455 0.004 0.171 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.347 0.001 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.587 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.401 0.001 77 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.371 0.208 0.009 0.003 0.006 0.006 0.004 0.383 78 D 0.977 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 79 R 0.051 0.015 0.798 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.113 80 I 0.129 0.008 0.645 0.197 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 81 E 0.001 0.013 0.187 0.780 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.005 0.006 0.941 0.002 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.051 0.029 0.886 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.009 0.012 0.823 0.009 0.102 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 85 P 0.004 0.168 0.056 0.491 0.015 0.160 0.005 0.004 0.001 0.001 0.028 0.026 0.037 0.001 0.001 0.002 86 L 0.006 0.063 0.017 0.600 0.007 0.131 0.004 0.014 0.004 0.003 0.053 0.044 0.046 0.001 0.003 0.005 87 L 0.009 0.234 0.064 0.300 0.019 0.151 0.014 0.004 0.006 0.002 0.042 0.030 0.095 0.005 0.004 0.021 88 A 0.020 0.111 0.127 0.624 0.001 0.007 0.002 0.018 0.002 0.002 0.012 0.015 0.036 0.001 0.009 0.014 89 D 0.002 0.002 0.007 0.010 0.001 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.042 0.001 0.001 0.001 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.939 0.030 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.948 0.005 0.003 0.013 93 I 0.001 0.008 0.142 0.011 0.001 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.719 0.010 0.007 0.025 94 R 0.006 0.017 0.085 0.047 0.003 0.021 0.033 0.006 0.001 0.001 0.005 0.013 0.696 0.008 0.022 0.035 95 R 0.008 0.004 0.030 0.017 0.117 0.017 0.154 0.003 0.003 0.004 0.015 0.003 0.124 0.466 0.003 0.034 96 E 0.010 0.062 0.042 0.031 0.018 0.015 0.040 0.141 0.003 0.001 0.029 0.017 0.108 0.043 0.426 0.014 97 G 0.006 0.046 0.063 0.031 0.013 0.026 0.051 0.030 0.089 0.079 0.033 0.030 0.124 0.028 0.052 0.297