# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.133 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.093 0.077 0.495 2 A 0.051 0.091 0.012 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.077 0.095 0.609 3 H 0.067 0.072 0.009 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.071 0.091 0.632 4 H 0.134 0.062 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.072 0.088 0.591 5 H 0.107 0.018 0.004 0.002 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.105 0.107 0.611 6 H 0.032 0.022 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.064 0.106 0.727 7 H 0.070 0.007 0.005 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.060 0.106 0.706 8 H 0.033 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.041 0.130 0.708 9 S 0.159 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.075 0.062 0.097 0.586 10 L 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.059 0.072 0.149 0.661 11 N 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.004 0.291 0.059 0.111 0.505 12 Q 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.010 0.008 0.003 0.003 0.004 0.005 0.377 0.040 0.096 0.431 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.631 0.028 0.059 0.264 14 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.021 0.018 0.794 0.056 0.014 0.079 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.760 0.057 0.024 0.147 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.045 0.004 0.022 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.029 0.009 0.062 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.045 0.009 0.058 19 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.042 0.037 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.620 0.033 0.046 0.187 20 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.024 0.067 0.335 21 F 0.385 0.099 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.128 0.053 0.279 22 P 0.260 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.056 0.075 0.556 23 E 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.021 0.079 0.830 24 R 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.082 0.086 0.545 25 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.063 0.107 0.681 26 Y 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.036 0.009 0.006 0.006 0.568 0.066 0.034 0.225 27 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.003 0.215 0.033 0.058 0.669 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 0.005 0.781 0.032 0.016 0.133 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.381 0.019 0.042 0.551 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.015 0.013 0.098 31 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.059 0.067 0.670 32 V 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.507 0.034 0.057 0.379 33 D 0.655 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.053 0.040 0.215 34 E 0.024 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.100 0.771 35 G 0.016 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.079 0.702 36 I 0.009 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.512 0.052 0.241 37 T 0.002 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.003 0.015 38 V 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.020 39 Q 0.005 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.747 0.007 0.030 40 T 0.011 0.552 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.363 0.023 0.042 41 A 0.029 0.229 0.044 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.586 0.032 0.071 42 I 0.083 0.101 0.126 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.480 0.055 0.144 43 T 0.210 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.083 0.601 44 Q 0.020 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.063 0.073 0.682 45 S 0.040 0.057 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.260 0.155 0.462 46 G 0.139 0.129 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.301 0.126 0.291 47 I 0.171 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.169 0.082 0.448 48 L 0.361 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.051 0.092 0.474 49 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 0.089 0.865 50 Q 0.034 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.087 0.830 51 F 0.556 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.073 0.072 0.240 52 P 0.161 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.110 0.664 53 E 0.057 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.053 0.129 0.639 54 I 0.020 0.007 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.087 0.213 0.589 55 D 0.067 0.089 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.415 0.084 0.304 56 L 0.256 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.103 0.084 0.515 57 S 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.037 0.109 0.739 58 T 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.124 0.804 59 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.048 0.118 0.500 60 K 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.387 0.130 0.064 0.369 61 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.059 0.062 0.387 62 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.003 0.737 0.038 0.025 0.167 63 I 0.017 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.586 0.073 0.042 0.256 64 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.045 0.038 0.243 65 S 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.043 0.076 0.696 66 R 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.588 0.037 0.062 0.293 67 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.029 0.114 0.818 68 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.546 0.043 0.073 0.308 69 K 0.384 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.062 0.448 70 L 0.047 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.068 0.068 0.075 0.661 71 T 0.079 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.063 0.669 72 D 0.114 0.185 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.076 0.071 0.388 73 V 0.057 0.016 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.123 0.099 0.622 74 L 0.196 0.002 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.113 0.097 0.405 75 K 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.043 0.046 0.283 76 E 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.032 0.128 0.785 77 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.030 0.180 0.712 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.438 0.097 0.107 0.347 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.637 0.095 0.041 0.209 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.799 0.028 0.023 0.145 81 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.013 0.004 0.856 0.044 0.009 0.056 82 I 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.517 0.051 0.075 0.338 83 Y 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.543 0.076 0.063 0.283 84 R 0.184 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.091 0.104 0.272 85 P 0.142 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.078 0.121 0.459 86 L 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.065 0.113 0.385 87 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.022 0.194 0.586 88 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.008 0.132 0.740 89 D 0.227 0.422 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.068 0.041 0.216 90 P 0.227 0.507 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.022 0.168 91 K 0.060 0.494 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.062 0.034 0.336 92 E 0.087 0.416 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.064 0.035 0.368 93 I 0.065 0.153 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.156 0.047 0.497 94 R 0.274 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.023 0.044 0.620 95 R 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.038 0.925 96 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.051 0.922 97 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.071 0.895